FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2787, 577 aa 1>>>pF1KE2787 577 - 577 aa - 577 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4502+/-0.000897; mu= 19.1008+/- 0.054 mean_var=82.1017+/-17.091, 0's: 0 Z-trim(107.2): 13 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.141546 statistics sampled from 9534 (9540) to 9534 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16 Scan time: 1.660 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS9264.1 SLC15A4 gene_id:121260|Hs109|chr12 ( 577) 3805 787.0 0 CCDS7998.1 SLC15A3 gene_id:51296|Hs109|chr11 ( 581) 1656 348.2 1.7e-95 >>CCDS9264.1 SLC15A4 gene_id:121260|Hs109|chr12 (577 aa) initn: 3805 init1: 3805 opt: 3805 Z-score: 4199.8 bits: 787.0 E(33420): 0 Smith-Waterman score: 3805; 100.0% identity (100.0% similar) in 577 aa overlap (1-577:1-577) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MEGSGGGAGERAPLLGARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYGITSNLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 MEGSGGGAGERAPLLGARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYGITSNLVL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 FLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALYLLGMLAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 FLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALYLLGMLAF 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PLLAAPATRAALCGSARLLNCTAPGPDAAARCCSPATFAGLVLVGLGVATVKANITPFGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 PLLAAPATRAALCGSARLLNCTAPGPDAAARCCSPATFAGLVLVGLGVATVKANITPFGA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 DQVKDRGPEATRRFFNWFYWSINLGAILSLGGIAYIQQNVSFVTGYAIPTVCVGLAFVVF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 DQVKDRGPEATRRFFNWFYWSINLGAILSLGGIAYIQQNVSFVTGYAIPTVCVGLAFVVF 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 LCGQSVFITKPPDGSAFTDMFKILTYSCCSQKRSGERQSNGEGIGVFQQSSKQSLFDSCK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 LCGQSVFITKPPDGSAFTDMFKILTYSCCSQKRSGERQSNGEGIGVFQQSSKQSLFDSCK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 MSHGGPFTEEKVEDVKALVKIVPVFLALIPYWTVYFQMQTTYVLQSLHLRIPEISNITTT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 MSHGGPFTEEKVEDVKALVKIVPVFLALIPYWTVYFQMQTTYVLQSLHLRIPEISNITTT 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 PHTLPAAWLTMFDAVLILLLIPLKDKLVDPILRRHGLLPSSLKRIAVGMFFVMCSAFAAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 PHTLPAAWLTMFDAVLILLLIPLKDKLVDPILRRHGLLPSSLKRIAVGMFFVMCSAFAAG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 ILESKRLNLVKEKTINQTIGNVVYHAADLSLWWQVPQYLLIGISEIFASIAGLEFAYSAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 ILESKRLNLVKEKTINQTIGNVVYHAADLSLWWQVPQYLLIGISEIFASIAGLEFAYSAA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 PKSMQSAIMGLFFFFSGVGSFVGSGLLALVSIKAIGWMSSHTDFGNINGCYLNYYFFLLA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 PKSMQSAIMGLFFFFSGVGSFVGSGLLALVSIKAIGWMSSHTDFGNINGCYLNYYFFLLA 490 500 510 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 AIQGATLLLFLIISVKYDHHRDHQRSRANGVPTSRRA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS92 AIQGATLLLFLIISVKYDHHRDHQRSRANGVPTSRRA 550 560 570 >>CCDS7998.1 SLC15A3 gene_id:51296|Hs109|chr11 (581 aa) initn: 1414 init1: 523 opt: 1656 Z-score: 1828.0 bits: 348.2 E(33420): 1.7e-95 Smith-Waterman score: 1831; 50.8% identity (75.0% similar) in 587 aa overlap (9-570:14-581) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEGSGGGAGERAPLL--GARRAAAAAAAAGAFAGRRAACGAVLLTELLERAAFYG ::: ::: ::: : :::: .::::.:.::::::.: CCDS79 MPAPRAREQPRVPGERQPLLPRGAR---------GPRRWRRAAGAAVLLVEMLERAAFFG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 ITSNLVLFLNGAPFCWEGAQASEALLLFMGLTYLGSPFGGWLADARLGRARAILLSLALY .:.::::.::.. : : : ::..: :.:.: .:: .: ::::::. ::: ::. ::: :: CCDS79 VTANLVLYLNSTNFNWTGEQATRAALVFLGASYLLAPVGGWLADVYLGRYRAVALSLLLY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 LLGMLAFPLLAAPATRAALCGS--ARLLN--CTAPG-PDAAAR-CCSPATFAGLVLVGLG : . .: : : :...:: : :. : . : : .. :.:. .:::.:.::. 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