FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8516, 871 aa 1>>>pF1KB8516 871 - 871 aa - 871 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5674+/-0.000885; mu= 10.8413+/- 0.053 mean_var=122.4059+/-24.406, 0's: 0 Z-trim(109.5): 29 B-trim: 109 in 1/53 Lambda= 0.115924 statistics sampled from 10891 (10918) to 10891 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 4.520 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9134.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 871) 5847 989.4 0 CCDS53829.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 837) 5460 924.7 0 CCDS53828.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 824) 3914 666.1 6.9e-191 CCDS53827.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 764) 2875 492.4 1.3e-138 CCDS9135.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 811) 2871 491.7 2.2e-138 CCDS45576.1 TRPV1 gene_id:7442|Hs108|chr17 ( 839) 2313 398.4 2.8e-110 CCDS32576.1 TRPV2 gene_id:51393|Hs108|chr17 ( 764) 1891 327.8 4.6e-89 CCDS5874.2 TRPV6 gene_id:55503|Hs108|chr7 ( 765) 561 105.4 4.2e-22 CCDS5875.1 TRPV5 gene_id:56302|Hs108|chr7 ( 729) 536 101.2 7.2e-21 CCDS11029.1 TRPV3 gene_id:162514|Hs108|chr17 ( 790) 520 98.5 5e-20 CCDS58500.1 TRPV3 gene_id:162514|Hs108|chr17 ( 791) 520 98.5 5e-20 >>CCDS9134.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 (871 aa) initn: 5847 init1: 5847 opt: 5847 Z-score: 5287.3 bits: 989.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5847; 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49.2% identity (76.8% similar) in 720 aa overlap (134-841:98-813) 110 120 130 140 150 160 pF1KB8 MDSLFDYGTYRHHSSDNKRWRKKIIEKQPQSPKAPAPQPPPILKVFNRPILFDIVSRGST : . : . :....: .:. :.... CCDS45 GELDSCPTITVSPVITIQRPGDGPTGARLLSQDSVAASTEKTLRLYDRRSIFEAVAQNNC 70 80 90 100 110 120 170 180 190 200 210 220 pF1KB8 ADLDGLLPFLLTHKKRLTDEEFREPSTGKTCLPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNM ::..:: :: ::.:::.::..: :::::: ::.::: .:.: :::.::.::..: .. CCDS45 QDLESLLLFLQKSKKHLTDNEFKDPETGKTCLLKAMLNLHDGQNTTIPLLLEIARQTDSL 130 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 280 pF1KB8 REFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYVELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFY .:..:. . : ::.:::::::::::: : ::: .::::.: :.: ::. :: CCDS45 KELVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMALVTLLVENGADVQAAAHGDFFKKTKGRPGFY 190 200 210 220 230 240 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 FGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADMRRQDSRGNTVLHALVAIADNTRENTKFVT :::::::::::::: ::..: .: . ::. .:: ::::::::: .:::: .:::::: CCDS45 FGELPLSLAACTNQLGIVKFLLQNSWQTADISARDSVGNTVLHALVEVADNTADNTKFVT 250 260 270 280 290 300 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 KMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPLMMAAKTGKIGIFQHIIRREVTDEDTRHLS .::. .:. :.: : .:: . :. :..:: .:: :::::.. .:..::. . . :::: CCDS45 SMYNEILMLGAKLHPTLKLEELTNKKGMTPLALAAGTGKIGVLAYILQREIQEPECRHLS 310 320 330 340 350 360 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 RKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVLEILVYNS-KIENRHEMLAVEPINELLRDK ::: .::::::.::::::: .::: :. ::::...:.: . :::.:: :::.:.::.:: CCDS45 RKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTC-EKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLNRLLQDK 370 380 390 400 410 420 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 WRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPLEGTPPYPYRTTVDYLRLAGEVITLFTGV : .: ::.: . : :.:::..:::.:..: ::. .. : ::.:..::..... :: CCDS45 WDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPVDGLPPFKMEKTGDYFRVTGEILSVLGGV 430 440 450 460 470 480 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 LFFFTNIKDLFMKKCPGVNSLFIDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFAL ::: .:. :... :....::.:. ..:.:. :........::.. .. :.: :::.: CCDS45 YFFFRGIQ-YFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKEYVASMVFSL 490 500 510 520 530 540 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 VLGWMNALYFTRGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVSLLNPCANM .::: : ::.:::.. : :..::.:....:: ::..::..:..:...:.:.:.. : CCDS45 ALGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYIVFLFGFSTAVVTLIEDGKND 550 560 570 580 590 600 650 660 670 680 690 pF1KB8 KVCNEDQTNCTVPTYPSCR--DSETFSTF--LLDLFKLTIGMGDLEMLSSTKYPVVFIIL .. .:. .. :.:: :: : . :.:::.::::::::. . . .::::: CCDS45 SLPSESTSHRW--RGPACRPPDSSYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVFIIL 610 620 630 640 650 660 700 710 720 730 740 750 pF1KB8 LVTYIILTFVLLLNMLIALMGETVGQVSKESKHIWKLQWATTILDIERSFPVFLRKAFRS :..:.:::..::::::::::::::.....:::.::::: : :::: :.:: .:::::: CCDS45 LLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKAFRS 670 680 690 700 710 720 760 770 780 790 800 810 pF1KB8 GEMVTVGKSSDGTPDRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQY-YGFSHTVGRL :... :: . :: : :::::::::::. :: :.::::::::. : . .:: .:. CCDS45 GKLLQVGYTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPGNCEGVKRTLSFSLRSSRV 730 740 750 760 770 780 820 830 840 850 860 870 pF1KB8 RRDRWSS--VVPRVVELN----KNSNPDEVVVPLDSMGNPRCDGHQQGYPRKWRTDDAPL .:.. .:: . : . ....:.:: CCDS45 SGRHWKNFALVPLLREASARDRQSAQPEEVYLRQFSGSLKPEDAEVFKSPAASGEK 790 800 810 820 830 >>CCDS32576.1 TRPV2 gene_id:51393|Hs108|chr17 (764 aa) initn: 1303 init1: 449 opt: 1891 Z-score: 1712.5 bits: 327.8 E(32554): 4.6e-89 Smith-Waterman score: 1893; 45.4% identity (70.7% similar) in 710 aa overlap (98-799:33-725) 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 RMKFQGAFRKGVPNPIDLLESTLYESSVVPGPKKAPMDSLFDYGTYRHHSSDNKRWRKKI : ::.: :. ...... .: CCDS32 SPSSSPVFRLETLDGGQEDGSEADRGKLDFGSGLPPMESQFQ--------GEDRKFAPQI 10 20 30 40 50 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 IEKQPQSPKAPAPQPPPILKVFNRPILFDIVSRGSTADLDGLLPFLLTHKKRLTDEEFRE . . : :: : . :.: ::. :::: :: :: .: .: ::: :. : CCDS32 RVNLNYRKGTGASQPDP--NRFDRDRLFNAVSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTE 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 PSTGKTCLPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIE ::::::: ::.:::..: : : ::.: . .:: . ..:. : ::::..::::::: CCDS32 GSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQIDRDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIE 120 130 140 150 160 170 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 RRCKHYVELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTEN .: . :.::: .::.:::.: ::::: : .: ::::::::::::::.: .:.:: :: CCDS32 KRSLQCVKLLVENGANVHARACGRFFQ-KGQGTCFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLEN 180 190 200 210 220 230 310 320 330 340 350 360 pF1KB8 PHKKADMRRQDSRGNTVLHALVAIADNTRENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLN ::. :... ::.::::::::: :.::. :: .::.::: :: ::: : .:: . : CCDS32 PHQPASLQATDSQGNTVLHALVMISDNSAENIALVTSMYDGLLQAGARLCPTVQLEDIRN 240 250 260 270 280 290 370 380 390 400 410 420 pF1KB8 NDGLSPLMMAAKTGKIGIFQHIIRREVTDEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTC . :.:: .::: ::: ::.::..:: . :::::: .: :::: :::::.:.:.: CCDS32 LQDLTPLKLAAKEGKIEIFRHILQREFSG--LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDSC 300 310 320 330 340 430 440 450 460 470 480 pF1KB8 GEEASVLEILVYNSKIENRHEMLAVEPINELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTL :: :::::.... : .::.:...::.:.::. :: . .:..: . : : ::: CCDS32 -EENSVLEIIAFHCKSPHRHRMVVLEPLNKLLQAKWDLL-IPKFFLNFLCNLIYMFIFTA 350 360 370 380 390 400 490 500 510 520 530 540 pF1KB8 TAYYQPLEGTPPYPY-RTTV-DYLRLAGEVITLFTGVLFFFTNIKDLFMKKCPGVNSLFI .::.:: :. .. : . . :.:... :. :. .. .. : .. . :: CCDS32 VAYHQPTLKKQAAPHLKAEVGNSMLLTGHILILLGGIYLLVGQLW-YFWRRHVFIWISFI 410 420 430 440 450 460 550 560 570 580 590 600 pF1KB8 DGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFALVLGWMNALYFTRGLKLTGTYSIM :. :..:... ..:..:: .: . .:: :: ..: ::::::.: ::.:::.. :: ::.: CCDS32 DSYFEILFLFQALLTVVSQVLCFLAIEWYLPLLVSALVLGWLNLLYYTRGFQHTGIYSVM 470 480 490 500 510 520 610 620 630 640 650 660 pF1KB8 IQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVSLLNPCANMKVCNEDQTNCTVPTYPSCRD--- :::....::.::::.::.:..:.: ::::: . .. . ... .: . . .: CCDS32 IQKVILRDLLRFLLIYLVFLFGFAVALVSLSQEAWRPEAPTGPNATESVQPMEGQEDEGN 530 540 550 560 570 580 670 680 690 700 710 pF1KB8 SETFSTFL---LDLFKLTIGMGDLEMLSSTKYPVVFIILLVTYIILTFVLLLNMLIALMG . . .: :.:::.:::::.: . . .. . ..::..:..::..::::::::::. CCDS32 GAQYRGILEASLELFKFTIGMGELAFQEQLHFRGMVLLLLLAYVLLTYILLLNMLIALMS 590 600 610 620 630 640 720 730 740 750 760 770 pF1KB8 ETVGQVSKESKHIWKLQWATTILDIERSFPVFLRKAFRSGEMVTVGKSSDGTPDRRWCFR :::..:. .: ::::: : ..:..: .. . :: :.: :.::: . ::.::.::::: CCDS32 ETVNSVATDSWSIWKLQKAISVLEMENGY-WWCRKKQRAGVMLTVGTKPDGSPDERWCFR 650 660 670 680 690 700 780 790 800 810 820 830 pF1KB8 VDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQYYGFSHTVGRLRRDRWSSVVPRVVELNKNSNPD :.::::. :.:.: . ::: CCDS32 VEEVNWASWEQTLPTLCEDPSGAGVPRTLENPVLASPPKEDEDGASEENYVPVQLLQSN 710 720 730 740 750 760 >>CCDS5874.2 TRPV6 gene_id:55503|Hs108|chr7 (765 aa) initn: 808 init1: 203 opt: 561 Z-score: 510.4 bits: 105.4 E(32554): 4.2e-22 Smith-Waterman score: 941; 33.8% identity (61.6% similar) in 580 aa overlap (225-782:144-675) 200 210 220 230 240 250 pF1KB8 LPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYV :.. :. . :.::::::::. . . : CCDS58 QRGAMGETALHIAALYDNLEAAMVLMEAAPELVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLV 120 130 140 150 160 170 260 270 280 290 300 310 pF1KB8 ELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADM . :.:. :.: :.: : :. .. . .:::: :::.:::.:. .:: : :. ::. CCDS58 RALLARRASVSARATGTAFR-RSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEH---GADI 180 190 200 210 220 320 330 340 350 360 370 pF1KB8 RRQDSRGNTVLHALVAIADNTRENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPL : ::: :::::: :. . : :. .::.::: . . :. : :..::.:. CCDS58 RAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKTFACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPF 230 240 250 260 270 280 380 390 400 410 420 430 pF1KB8 MMAAKTGKIGIFQHIIRREVTDEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVL .:. :. .:::.... :: .:.:::. :.::::. .:. :.: :.: CCDS58 KLAGVEGNTVMFQHLMQK-----------RKHTQWTYGPLTSTLYDLTEIDSSGDEQSLL 290 300 310 320 330 440 450 460 470 480 490 pF1KB8 EILVYNSKIENRHEMLAVEPINELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPL :... ..: : : ..: :..::. ::...: : . . :: .. ::. :.:: CCDS58 ELIITTKKREAR-QILDQTPVKELVSLKWKRYGRPYFCMLGAIYLLYIICFTMCCIYRPL 340 350 360 370 380 390 500 510 520 530 pF1KB8 EG-----TPPYP------------YRTTVDYLRLAGEVITLFTGVLFFFTNIKDLFMKKC . : : : : : .::.::..:.. ......... :.: CCDS58 KPRTNNRTSPRDNTLLQQKLLQEAYMTPKDDIRLVGELVTVIGAIIILLVEVPDIFRM-- 400 410 420 430 440 450 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 PGVNSLF----IDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFALVLGWMNALYFT ::. .: . : :..: . :. .:.:. .. : . . .. : ::::::: :..::. CCDS58 -GVTRFFGQTILGGPFHVLIITYAFMVLVTMVMRLISASGEVVPMSFALVLGWCNVMYFA 460 470 480 490 500 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 RGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVSLLNPCANMKVCNEDQTNCT ::... : ..:::::..: ::.:: .. . ..:.:::. ... .:: . CCDS58 RGFQMLGPFTIMIQKMIFGDLMRFCWLMAVVILGFASAFYIIFQ--------TEDPEELG 510 520 530 540 550 560 660 670 680 690 700 710 pF1KB8 -VPTYPSCRDSETFSTFLLDLFKLTIGMGDLEMLSSTKYPVVFIILLVTYIILTFVLLLN :: :::: .:: ::: : .. .. : .. : ... :.. .:.:: CCDS58 HFYDYPMA----LFSTF--ELF-LTIIDGPANY--NVDLPFMYSITYAAFAIIATLLMLN 570 580 590 600 610 720 730 740 750 760 770 pF1KB8 MLIALMGETVGQVSKESKHIWKLQWATTILDIERSFPVFLRKAFRSGEMVTVGKSSDGTP .:::.::.: .:..: ..:. : ..: . .::..: : ::: :. : CCDS58 LLIAMMGDTHWRVAHERDELWRAQIVATTVMLERKLPRCLWP--RSG---ICGREY-GLG 620 630 640 650 660 780 790 800 810 820 830 pF1KB8 DRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQYYGFSHTVGRLRRDRWSSVVPRVVEL :: : .::.. CCDS58 DR-WFLRVEDRQDLNRQRIQRYAQAFHTRGSEDLDKDSVEKLELGCPFSPHLSLPMPSVS 670 680 690 700 710 720 >>CCDS5875.1 TRPV5 gene_id:56302|Hs108|chr7 (729 aa) initn: 699 init1: 227 opt: 536 Z-score: 488.1 bits: 101.2 E(32554): 7.2e-21 Smith-Waterman score: 910; 33.4% identity (60.8% similar) in 586 aa overlap (225-791:104-640) 200 210 220 230 240 250 pF1KB8 LPKALLNLSNGRNDTIPVLLDIAERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYV :.. : . ::::::::. . . : CCDS58 QRGALGETALHIAALYDNLEAALVLMEAAPELVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLV 80 90 100 110 120 130 260 270 280 290 300 310 pF1KB8 ELLVAQGADVHAQARGRFFQPKDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADM . :... :.: :.: : :. . .. .:::: :::.:::.:. .:: : :. ::. CCDS58 RALLTRRASVSARATGTAFRHSPRN-LIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADI 140 150 160 170 180 320 330 340 350 360 370 pF1KB8 RRQDSRGNTVLHALVAIADNTRENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPL : ::: :::::: :. . : :. .::.::: .. . :. : :..::.:. CCDS58 RAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKTFACQMYNLLLSYDGHGDHLQPLDLVPNHQGLTPF 190 200 210 220 230 240 380 390 400 410 420 430 pF1KB8 MMAAKTGKIGIFQHIIRREVTDEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVL .:. :. .:::..... ::.. :.:::. : ::::. .:. ::: : : CCDS58 KLAGVEGNTVMFQHLMQKR------RHIQ-----WTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFL 250 260 270 280 290 440 450 460 470 480 490 pF1KB8 EILVYNSKIENRHEMLAVEPINELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPL :..: ..: : : ..: :..::. :: :.: : : .. :: :. :: :.:: CCDS58 ELVVSSDKREAR-QILEQTPVKELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPL 300 310 320 330 340 350 500 510 520 530 pF1KB8 E---GTPPYP--------------YRTTVDYLRLAGEVITLFTGVLFFFTNIKDLF-MKK . :. . :.: : .::.::.... .:.... .: :.: . CCDS58 KFRGGNRTHSRDITILQQKLLQEAYETREDIIRLVGELVSIVGAVIILLLEIPDIFRVGA 360 370 380 390 400 410 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 CPGVNSLFIDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAYLAVMVFALVLGWMNALYFTRGL .. .. : :... . :. ::.:. .. :.. .. .. : ::::::: ...:::::. CCDS58 SRYFGKTILGGPFHVIIITYASLVLVTMVMRLTNTNGEVVPMSFALVLGWCSVMYFTRGF 420 430 440 450 460 470 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 KLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVSLLNPCANMKVCNEDQTNC-TVP .. : ..:::::..: ::.:: .. . ..:.:::. ... .:: :. 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