FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7637, 326 aa 1>>>pF1KB7637 326 - 326 aa - 326 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0297+/-0.000932; mu= 12.7616+/- 0.056 mean_var=107.5154+/-22.934, 0's: 0 Z-trim(107.4): 197 B-trim: 10 in 1/49 Lambda= 0.123691 statistics sampled from 9355 (9580) to 9355 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16 Scan time: 2.620 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9028.1 ALX1 gene_id:8092|Hs108|chr12 ( 326) 2195 402.5 2.4e-112 CCDS31468.1 ALX4 gene_id:60529|Hs108|chr11 ( 411) 782 150.4 2.3e-36 CCDS819.1 ALX3 gene_id:257|Hs108|chr1 ( 343) 686 133.2 2.9e-31 CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX ( 562) 397 81.8 1.4e-15 CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 271) 382 78.9 5.1e-15 CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 324) 382 79.0 5.9e-15 CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 317) 377 78.1 1.1e-14 CCDS44388.2 DRGX gene_id:644168|Hs108|chr10 ( 263) 356 74.2 1.3e-13 CCDS58767.1 VSX1 gene_id:30813|Hs108|chr20 ( 301) 345 72.3 5.4e-13 CCDS13168.1 VSX1 gene_id:30813|Hs108|chr20 ( 365) 345 72.4 6.2e-13 CCDS4182.1 PITX1 gene_id:5307|Hs108|chr5 ( 314) 344 72.2 6.3e-13 CCDS44074.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 505) 346 72.7 7e-13 CCDS44075.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 518) 346 72.7 7.1e-13 CCDS186.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 520) 346 72.7 7.2e-13 CCDS7532.1 PITX3 gene_id:5309|Hs108|chr10 ( 302) 342 71.8 7.8e-13 CCDS9827.1 VSX2 gene_id:338917|Hs108|chr14 ( 361) 341 71.7 1e-12 CCDS34583.1 UNCX gene_id:340260|Hs108|chr7 ( 531) 339 71.5 1.7e-12 CCDS3463.1 PHOX2B gene_id:8929|Hs108|chr4 ( 314) 328 69.3 4.6e-12 CCDS2450.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 403) 324 68.7 9e-12 CCDS2449.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 407) 324 68.7 9.1e-12 CCDS8214.1 PHOX2A gene_id:401|Hs108|chr11 ( 284) 321 68.0 1e-11 CCDS42826.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 479) 324 68.7 1e-11 CCDS46522.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 483) 324 68.8 1e-11 CCDS42825.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 484) 324 68.8 1e-11 CCDS2448.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 505) 324 68.8 1.1e-11 CCDS4039.1 OTP gene_id:23440|Hs108|chr5 ( 325) 320 67.9 1.3e-11 CCDS43164.1 SHOX2 gene_id:6474|Hs108|chr3 ( 331) 320 67.9 1.3e-11 CCDS11972.1 RAX gene_id:30062|Hs108|chr18 ( 346) 317 67.4 1.9e-11 CCDS33884.2 SHOX2 gene_id:6474|Hs108|chr3 ( 355) 317 67.4 1.9e-11 CCDS1291.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1 ( 217) 313 66.5 2.2e-11 CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11 ( 422) 317 67.5 2.2e-11 CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11 ( 436) 317 67.5 2.3e-11 CCDS1290.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1 ( 245) 311 66.2 3.1e-11 CCDS33640.1 ISX gene_id:91464|Hs108|chr22 ( 245) 309 65.8 4e-11 CCDS12112.1 RAX2 gene_id:84839|Hs108|chr19 ( 184) 303 64.7 6.7e-11 >>CCDS9028.1 ALX1 gene_id:8092|Hs108|chr12 (326 aa) initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195 Z-score: 2130.5 bits: 402.5 E(32554): 2.4e-112 Smith-Waterman score: 2195; 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CCDS31 CDPVPACMSPHAHPPGSGASSVTDFLSVSGAGSHVGQTHMGSLFGAASLSPGLNGYELNG 330 340 350 360 370 380 300 310 320 pF1KB7 KPEFERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM .: .:..::::.::::::::.: :::: CCDS31 EP--DRKTSSIAALRMKAKEHSAAISWAT 390 400 410 >>CCDS819.1 ALX3 gene_id:257|Hs108|chr1 (343 aa) initn: 704 init1: 578 opt: 686 Z-score: 674.9 bits: 133.2 E(32554): 2.9e-31 Smith-Waterman score: 686; 52.9% identity (75.0% similar) in 208 aa overlap (119-324:140-341) 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 HTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELE : :. . ..:::::.::::...:::::: CCDS81 CRGGPRDGPSNLQGSPGPCLASLHLPLSPGLPDSMELAKNKSKKRRNRTTFSTFQLEELE 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 KVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGQIQQAKSHFAATYD ::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::::::.::.... :.:.:: CCDS81 KVFQKTHYPDVYAREQLALRTDLTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGKIQEGRNPFTAAYD 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 ISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCML-PRDTSS-CMTPYSHSPRTDSSYTGFS :::::::::.::.::.:::. .:: : :.. :. : ::.:::: . ... : CCDS81 ISVLPRTDSHPQLQNSLWASPGSG-SPGGPCLVSPEGIPSPCMSPYSHPHGSVAGFMGVP 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 NHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPEFERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM . . . : .: .::.:: . . . .: :.. ::.: :: . ..: CCDS81 APSAAHPGIYSIHGFPPTL-----GGHSFEPSSDGDYKSPSLVSLRVKPKEPPGLLNWTT 290 300 310 320 330 340 >>CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX (562 aa) initn: 454 init1: 352 opt: 397 Z-score: 393.3 bits: 81.8 E(32554): 1.4e-15 Smith-Waterman score: 446; 39.1% identity (62.1% similar) in 235 aa overlap (120-323:316-547) 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 TELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEK :. . .. . :.::.:::::: ::::::. CCDS14 GGELSPKEELLLHPEDAEGKDGEDSVCLSAGSDSEEGLLKRKQRRYRTTFTSYQLEELER 290 300 310 320 330 340 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 VFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYG-QIQQAKSHF----A .:::::::::..::.::.: .:::::::::::::::::::::. : : . : . CCDS14 AFQKTHYPDVFTREELAMRLDLTEARVQVWFQNRRAKWRKREKAGAQTHPPGLPFPGPLS 350 360 370 380 390 400 210 220 230 240 250 pF1KB7 ATYDISVLPRTDSYP-----QIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCMTPYSHSPRTD ::. .: : :. : .. :.. :...... . : :. . : : .: CCDS14 ATHPLS--PYLDASPFPPHHPALDSAWTAAAAAAAAAFPSLPPPPGSASLPP-SGAPLGL 410 420 430 440 450 460 260 270 280 290 300 pF1KB7 SSYTGFS--NHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPE----------------- :.. : . : .: . : : . ::.:... :. .: CCDS14 STFLGAAVFRHPAFISPAFGRLFSTMAPLTSASTAAALLRQPTPAVEGAVASGALADPAT 470 480 490 500 510 520 310 320 pF1KB7 --FERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM .::.::::.::.:::::.:... CCDS14 AAADRRASSIAALRLKAKEHAAQLTQLNILPGTSTGKEVC 530 540 550 560 >>CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (271 aa) initn: 396 init1: 348 opt: 382 Z-score: 383.1 bits: 78.9 E(32554): 5.1e-15 Smith-Waterman score: 419; 35.7% identity (62.3% similar) in 244 aa overlap (98-320:4-247) 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 TSPCQDSSVNYGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNV :: .: . :. ..:.. . : . CCDS36 METNCRKLVSACVQLEKDKSQQGKNEDVGAEDP 10 20 30 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 SSSKK-RRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAK :..:. ::.:: ::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.::::: CCDS36 SKKKRQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAK 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 WRKRERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTS :::::: : . :. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .: CCDS36 WRKRERNQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNS 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 pF1KB7 SCMTPYSHS-----PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATN ..: : . : . ::.. :. . . :: :::. . :: ... . CCDS36 MNVNPLSSQSMFSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPT 160 170 180 190 200 210 300 310 320 pF1KB7 G---HAFETKPEFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM .: : : : . ::.: ::.:::.:.. CCDS36 PACPYAPPTPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNPASNLSACQYAVDRPV 220 230 240 250 260 270 >>CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (324 aa) initn: 396 init1: 348 opt: 382 Z-score: 382.0 bits: 79.0 E(32554): 5.9e-15 Smith-Waterman score: 430; 33.6% identity (60.1% similar) in 301 aa overlap (49-320:3-300) 20 30 40 50 60 70 pF1KB7 DFYMGAGGPLEHVMETLDNESFYSKASAGKCVQAFGPLPRAEHHVRLERTSPCQDSSVNY :.. ::: . ::.. . : ..:: .. CCDS36 MNCMK--GPL-HLEHRAAGTKLSAVSSSSCHH 10 20 80 90 100 110 120 130 pF1KB7 ----GITKV--EGQP--LHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSS ....: ::: : . .: . : :: . ..:.. . : . :.. CCDS36 PQPLAMASVLAPGQPRSLDSSKHRLEVHTISDTSSPEAAEKDKSQQGKNEDVGAEDPSKK 30 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 pF1KB7 KK-RRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRK :. ::.:: ::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.:::::::: CCDS36 KRQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRK 90 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 RERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCM ::: : . :. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .: . CCDS36 RERNQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNSMNV 150 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 pF1KB7 TPYSHS-----PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATNG-- .: : . : . ::.. :. . . :: :::. . :: ... . CCDS36 NPLSSQSMFSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPTPAC 210 220 230 240 250 260 300 310 320 pF1KB7 -HAFETKPEFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM .: : : : . ::.: ::.:::.:.. CCDS36 PYAPPTPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNPASNLSACQYAVDRPV 270 280 290 300 310 320 >>CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (317 aa) initn: 396 init1: 348 opt: 377 Z-score: 377.3 bits: 78.1 E(32554): 1.1e-14 Smith-Waterman score: 414; 35.6% identity (63.9% similar) in 233 aa overlap (108-320:63-293) 80 90 100 110 120 130 pF1KB7 YGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRT : ...:. ...: . :. ....::.:: CCDS36 KKVEFTDSPESRKEAASSKFFPRQHPGANEKDKSQQGKNEDVGAEDPSK--KKRQRRQRT 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KB7 TFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGQIQ ::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.::::::::::: : . CCDS36 HFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERNQQAE 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KB7 QAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCMTPYSHS-- :. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .: ..: : . CCDS36 LCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNSMNVNPLSSQSM 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 pF1KB7 ---PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATNG---HAFETKP : . ::.. :. . . :: :::. . :: ... . .: : : CCDS36 FSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPTPACPYAPPTPP 220 230 240 250 260 270 300 310 320 pF1KB7 EFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM : . ::.: ::.:::.:.. 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