FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6149, 596 aa 1>>>pF1KB6149 596 - 596 aa - 596 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6625+/-0.00136; mu= 1.7763+/- 0.078 mean_var=243.1124+/-60.677, 0's: 0 Z-trim(107.7): 159 B-trim: 716 in 2/50 Lambda= 0.082257 statistics sampled from 9548 (9729) to 9548 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.299), width: 16 Scan time: 3.290 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8975.1 IRAK3 gene_id:11213|Hs108|chr12 ( 596) 4055 495.4 8.3e-140 CCDS44937.1 IRAK3 gene_id:11213|Hs108|chr12 ( 535) 3335 410.0 4e-114 CCDS35444.1 IRAK1 gene_id:3654|Hs108|chrX ( 682) 586 83.8 7.7e-16 CCDS14740.1 IRAK1 gene_id:3654|Hs108|chrX ( 712) 586 83.8 7.9e-16 CCDS35443.1 IRAK1 gene_id:3654|Hs108|chrX ( 633) 574 82.4 2e-15 CCDS33697.1 IRAK2 gene_id:3656|Hs108|chr3 ( 625) 451 67.8 4.8e-11 >>CCDS8975.1 IRAK3 gene_id:11213|Hs108|chr12 (596 aa) initn: 4055 init1: 4055 opt: 4055 Z-score: 2623.5 bits: 495.4 E(32554): 8.3e-140 Smith-Waterman score: 4055; 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CCDS35 ER---SGQR-TASVLWPWINRNARVADLVHILTHLQLLRARDIITAWHPPAPLPSPGTTA 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KB6 ---GAVLSPSE-------------KSYQEGGFPNILFK---ETANVTVDNVLIPEHN--- ... .:.: ... .::. . : . : : : CCDS35 PRPSSIPAPAEAEAWSPRKLPSSASTFLSPAFPGSQTHSGPELGLVPSPASLWPPPPSPA 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 pF1KB6 --------EKGV-LLKSSISFQ------NIIEGTRNFHKDFLIGEGEIFEVYRVEIQNLT :..: ::... : .: .::.:: ... :::: . :::. ..: . CCDS35 PSSTKPGPESSVSLLQGARPFPFCWPLCEISRGTHNFSEELKIGEGGFGCVYRAVMRNTV 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 YAVKLFKQEKKMQCKKHWKRFLSELEVLLLFHHPNILELAAYFTETEKFCLIYPYMRNGT :::: .:.. .. . ::.:.: : :.::::...:.: ... .::.: .. ::. 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CCDS14 LGGLSAALRSWHLTPSCPLDPAPLREAGCPQGDTAGESSWGSGPGSRPTAVEGLALGSSA 600 610 620 630 640 650 580 590 pF1KB6 PVESSCSSKFSWDEYEQYKKE CCDS14 SSSSEPPQIIINPARQKMVQKLALYEDGALDSLQLLSSSSLPGLGLEQDRQGPEESDEFQ 660 670 680 690 700 710 >>CCDS35443.1 IRAK1 gene_id:3654|Hs108|chrX (633 aa) initn: 573 init1: 321 opt: 574 Z-score: 390.6 bits: 82.4 E(32554): 2e-15 Smith-Waterman score: 602; 28.0% identity (53.7% similar) in 603 aa overlap (16-549:18-583) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MAGNCGARGALSAHTLLFDLPPALLGELCAVLDSCDGALGWRGLAERLSSSWLDVRHI .:...:: .. .. :.:. . : : .: . . ..: CCDS35 MAGGPGPGEPAAPGAQHFLYEVPPWVMCRFYKVMDALEPA-DWCQFAALIVRDQTELRLC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 EKYVDQGKSGTRELLWSWAQKNKTIGDLLQVLQEMGHRRAIHLITNY------------- :. .:. : .:: : ..: ..::...: .. :: .:: . CCDS35 ER---SGQR-TASVLWPWINRNARVADLVHILTHLQLLRARDIITAWHPPAPLPSPGTTA 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KB6 ---GAVLSPSE-------------KSYQEGGFPNILFK---ETANVTVDNVLIPEHN--- ... .:.: ... .::. . : . : : : CCDS35 PRPSSIPAPAEAEAWSPRKLPSSASTFLSPAFPGSQTHSGPELGLVPSPASLWPPPPSPA 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 pF1KB6 --------EKGV-LLKSSISFQ------NIIEGTRNFHKDFLIGEGEIFEVYRVEIQNLT :..: ::... : .: .::.:: ... :::: . :::. ..: . CCDS35 PSSTKPGPESSVSLLQGARPFPFCWPLCEISRGTHNFSEELKIGEGGFGCVYRAVMRNTV 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 YAVKLFKQEKKMQCKKHWKRFLSELEVLLLFHHPNILELAAYFTETEKFCLIYPYMRNGT :::: .:.. .. . ::.:.: : :.::::...:.: ... .::.: .. ::. 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