FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0704, 407 aa 1>>>pF1KE0704 407 - 407 aa - 407 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2640+/-0.000888; mu= 9.4514+/- 0.054 mean_var=166.8542+/-35.086, 0's: 0 Z-trim(111.6): 103 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.099290 statistics sampled from 12361 (12475) to 12361 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16 Scan time: 3.220 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12 ( 407) 2722 401.9 5.7e-112 CCDS2213.1 RBMS1 gene_id:5937|Hs108|chr2 ( 406) 1831 274.2 1.5e-73 CCDS54557.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 433) 1615 243.3 3.3e-64 CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 437) 1544 233.1 3.8e-61 CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 420) 1534 231.7 9.9e-61 CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 421) 1534 231.7 1e-60 CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 419) 1527 230.7 2e-60 CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 346) 394 68.3 1.2e-11 CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 359) 392 68.0 1.6e-11 >>CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12 (407 aa) initn: 2722 init1: 2722 opt: 2722 Z-score: 2123.6 bits: 401.9 E(32554): 5.7e-112 Smith-Waterman score: 2722; 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CCDS54 RPWPREGEVLRGRTVPRQNREAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPF 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE0 LS-SPVSSYQRVTQTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLT .. ::::.:: : . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.:::::: CCDS54 IAASPVSTYQ---------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLT 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 pF1KE0 QQLGHLSLSSTGTYMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSG ::..::::..::::: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..:: CCDS54 QQMNHLSLGTTGTYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSG 360 370 380 390 400 410 390 400 pF1KE0 QQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK ::.:.:::. .::. .::.: .: CCDS54 QQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSK 420 430 >>CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (437 aa) initn: 1316 init1: 1206 opt: 1544 Z-score: 1211.3 bits: 233.1 E(32554): 3.8e-61 Smith-Waterman score: 1807; 65.2% identity (83.2% similar) in 422 aa overlap (21-407:25-436) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK :. :. . ::::::: ::. :.::......:::: CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::. CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.:: CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..::: CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.:: CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ--- 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT : . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..::: CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE0 ----------------YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------E :: .:: :::.:: :::::: ..::.: . CCDS33 IQSQDRIMILHQLLCQYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQD 360 370 380 390 400 410 390 400 pF1KE0 SSGQQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK .::::.:.:::. .::. .::.: .: CCDS33 TSGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP 420 430 >>CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (420 aa) initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534 Z-score: 1203.8 bits: 231.7 E(32554): 9.9e-61 Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK :. :. . ::::::: ::. :.::......:::: CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::. CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.:: CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..::: CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.:: CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ--- 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT : . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..::: CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH :: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..::::.:.:::. .:: CCDS33 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH 360 370 380 390 400 410 400 pF1KE0 G-VYSFQFNK . .::.: .: CCDS33 APAYSYQQSK 420 >>CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (421 aa) initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534 Z-score: 1203.7 bits: 231.7 E(32554): 1e-60 Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK :. :. . ::::::: ::. :.::......:::: CCDS54 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::. CCDS54 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.:: CCDS54 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..::: CCDS54 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.:: CCDS54 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ--- 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT : . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..::: CCDS54 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH :: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..::::.:.:::. .:: CCDS54 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH 360 370 380 390 400 410 400 pF1KE0 G-VYSFQFNK . .::.: .: CCDS54 APAYSYQQSKP 420 >>CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (419 aa) initn: 1503 init1: 1206 opt: 1527 Z-score: 1198.4 bits: 230.7 E(32554): 2e-60 Smith-Waterman score: 1700; 63.2% identity (80.3% similar) in 421 aa overlap (22-407:25-418) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSKT : :. . ::::::: ::. :.::......::::: CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSKT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 NLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTA ::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.. CCDS33 NLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVAS 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 LKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRG :::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::: CCDS33 LKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSRG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 VGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGR :::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::: CCDS33 VGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNGR 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 AWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVTQ :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.:: CCDS33 PWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---- 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 TSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT- :.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..::: CCDS33 ----------------------GAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGTI 300 310 320 330 360 370 380 pF1KE0 ---------------YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ES :: .:: :::.:: :::::: ..::.: .. CCDS33 QSQDRIMILHQLLCQYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDT 340 350 360 370 380 390 390 400 pF1KE0 SGQQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK ::::.:.:::. .::. .::.: .: CCDS33 SGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP 400 410 >>CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 (346 aa) initn: 391 init1: 183 opt: 394 Z-score: 322.3 bits: 68.3 E(32554): 1.2e-11 Smith-Waterman score: 394; 33.5% identity (63.9% similar) in 233 aa overlap (36-255:18-243) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 TSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSG-SNGNDQLSKTNLYIRGLQ :.. . : :: ..:: . ::::: . : CCDS55 METQLSNGPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 PGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKASGVQA . :...: .: :.: : : . :: :.. :::::.. .:. :.::...:.. .:. CCDS55 QNMTQEELKSLFGSIGEIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQT 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KE0 QMAKQQEQDPT-------NLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRD-TSGTSRG . : . :. :::.:.:: .: ..::: ... .:..:..::: : ..: ::: CCDS55 KTIKVSYARPSSASIRDANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRG 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 VGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQ--- ::: :... . : : .:: . :::. ..:. :::.. :... ::. . : CCDS55 VGFIRFDKRIEAEEAIKGLNG---QKPPGA---TEPITVKFANN-PSQKTNQAILSQLYQ 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 -NGRAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQR .: .: . .. . ..: : CCDS55 SPNRRYPGPLAQQAQRFRFSPMTIDGMTSLAGINIPGHPGTGWCIFVYNLAPDADESILW 230 240 250 260 270 280 >>CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 (359 aa) initn: 391 init1: 183 opt: 392 Z-score: 320.5 bits: 68.0 E(32554): 1.6e-11 Smith-Waterman score: 392; 35.7% identity (66.2% similar) in 207 aa overlap (36-233:18-217) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 TSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSG-SNGNDQLSKTNLYIRGLQ :.. . : :: ..:: . ::::: . : CCDS65 METQLSNGPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 PGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKASGVQA . :...: .: :.: : : . :: :.. :::::.. .:. :.::...:.. .:. CCDS65 QNMTQEELKSLFGSIGEIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQT 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KE0 QMAKQQEQDPT-------NLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRD-TSGTSRG . : . :. :::.:.:: .: ..::: ... .:..:..::: : ..: ::: CCDS65 KTIKVSYARPSSASIRDANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRG 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 VGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGR ::: :... . : : .::. :::. ..:. :::.. :... ::. . : CCDS65 VGFIRFDKRIEAEEAIKGLNGQ---KPPGA---TEPITVKFANN-PSQKTNQAILSQLYQ 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 AWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQRVTQT CCDS65 SPNRRYPGPLAQQAQRFRLDNLLNMAYGVKRFSPMTIDGMTSLAGINIPGHPGTGWCIFV 230 240 250 260 270 280 407 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 01:43:53 2016 done: Tue Nov 8 01:43:53 2016 Total Scan time: 3.220 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]