Result of FASTA (ccds) for pFN21AE0704
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0704, 407 aa
  1>>>pF1KE0704 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2640+/-0.000888; mu= 9.4514+/- 0.054
 mean_var=166.8542+/-35.086, 0's: 0 Z-trim(111.6): 103  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.099290
 statistics sampled from 12361 (12475) to 12361 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.383), width:  16
 Scan time:  3.220

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12          ( 407) 2722 401.9 5.7e-112
CCDS2213.1 RBMS1 gene_id:5937|Hs108|chr2           ( 406) 1831 274.2 1.5e-73
CCDS54557.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3         ( 433) 1615 243.3 3.3e-64
CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3         ( 437) 1544 233.1 3.8e-61
CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3         ( 420) 1534 231.7 9.9e-61
CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3         ( 421) 1534 231.7   1e-60
CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3         ( 419) 1527 230.7   2e-60
CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9         ( 346)  394 68.3 1.2e-11
CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9          ( 359)  392 68.0 1.6e-11


>>CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12               (407 aa)
 initn: 2722 init1: 2722 opt: 2722  Z-score: 2123.6  bits: 401.9 E(32554): 5.7e-112
Smith-Waterman score: 2722; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSGSNGNDQLSKTNLYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSGSNGNDQLSKTNLYI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 GVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRGVGFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRGVGFA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 RMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGRAWPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGRAWPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQRVTQTSPLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQRVTQTSPLQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 VPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGTYMPTAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGTYMPTAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       
pF1KE0 AMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
              370       380       390       400       

>>CCDS2213.1 RBMS1 gene_id:5937|Hs108|chr2                (406 aa)
 initn: 1564 init1: 1195 opt: 1831  Z-score: 1433.9  bits: 274.2 E(32554): 1.5e-73
Smith-Waterman score: 1831; 69.5% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (9-407:11-406)

                 10         20        30          40         50    
pF1KE0   MLLSVTSRPGISTFGYNRN-NKKPYVSLAQQMAPPSPS--NSTPNSSSGSN-GNDQLS
                 :  .:. : .  . :  .  :. :::::::  .:. ::::.:: : ::::
CCDS22 MGKVWKQQMYPQYATYYYPQYLQAKQSLVPAHPMAPPSPSTTSSNNNSSSSSNSGWDQLS
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE0 KTNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAV
       ::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS22 KTNLYIRGLPPHTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPAAAQKAV
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE0 TALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTS
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::
CCDS22 SALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELENMLKPFGQVISTRILRDSSGTS
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE0 RGVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQN
       ::::::::::::::::.: :::::.::::::: ::..:::::::::: ::::: .:.. :
CCDS22 RGVGFARMESTEKCEAVIGHFNGKFIKTPPGVSAPTEPLLCKFADGGQKKRQNPNKYIPN
              190       200       210       220       230       240

          240         250        260       270       280       290 
pF1KE0 GRAWPRNADMGV--MALTYDPTTA-LQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQ
       :: : :.... .  :.:::::::: .::::::.::.:. :::..:....::..::::.::
CCDS22 GRPWHREGEVRLAGMTLTYDPTTAAIQNGFYPSPYSIATNRMITQTSITPYIASPVSAYQ
              250       260       270       280       290       300

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE0 RVTQTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSS
                : .::::. . :..:  :.::::.:.: .:::::::..::.::..::::.:
CCDS22 ---------VQSPSWMQPQPYILQHPGAVLTPSMEHTMSLQPASMISPLAQQMSHLSLGS
                       310       320       330       340       350 

             360       370       380       390       400       
pF1KE0 TGTYMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
       ::::::...::::::. ::. . ...: :::.:::: ::::.. ..:. :.:: ::
CCDS22 TGTYMPATSAMQGAYLPQYAHMQTTAVPVEEASGQQ-QVAVETSNDHSPYTFQPNK
             360       370       380        390       400      

>>CCDS54557.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3              (433 aa)
 initn: 1772 init1: 1183 opt: 1615  Z-score: 1266.3  bits: 243.3 E(32554): 3.3e-64
Smith-Waterman score: 1818; 65.9% identity (83.5% similar) in 419 aa overlap (21-407:25-433)

                   10        20        30         40        50     
pF1KE0     MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
                               :. :.   . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS54 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
       :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS54 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
       .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS54 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
       ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS54 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
              190       200       210       220       230       240

         240                    250       260       270       280  
pF1KE0 RAWPR-------------NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPY
       : :::             : . : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:.
CCDS54 RPWPREGEVLRGRTVPRQNREAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPF
              250       260        270       280       290         

             290       300       310       320       330       340 
pF1KE0 LS-SPVSSYQRVTQTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLT
       .. ::::.::         : . ::: :  :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::
CCDS54 IAASPVSTYQ---------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLT
     300                310       320       330       340       350

             350       360       370       380                     
pF1KE0 QQLGHLSLSSTGTYMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSG
       ::..::::..::::: .:: :::.:: :::::: ..::.:                ..::
CCDS54 QQMNHLSLGTTGTYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSG
              360       370       380       390       400       410

         390        400       
pF1KE0 QQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK
       ::.:.:::. .::. .::.: .:
CCDS54 QQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSK
              420       430   

>>CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3              (437 aa)
 initn: 1316 init1: 1206 opt: 1544  Z-score: 1211.3  bits: 233.1 E(32554): 3.8e-61
Smith-Waterman score: 1807; 65.2% identity (83.2% similar) in 422 aa overlap (21-407:25-436)

                   10        20        30         40        50     
pF1KE0     MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
                               :. :.   . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
       :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
       .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
              130       140       150       160       170       180

         180       190       200       210       220       230     
pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
       ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
              190       200       210       220       230       240

         240       250       260       270       280        290    
pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
       : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::   
CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
              250        260       270       280       290         

          300       310       320       330       340       350    
pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
             : . ::: :  :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
              300       310       320       330       340       350

                          360       370       380                  
pF1KE0 ----------------YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------E
                       :: .:: :::.:: :::::: ..::.:                .
CCDS33 IQSQDRIMILHQLLCQYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQD
              360       370       380       390       400       410

            390        400        
pF1KE0 SSGQQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK 
       .::::.:.:::. .::. .::.: .: 
CCDS33 TSGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP
              420       430       

>>CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3              (420 aa)
 initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534  Z-score: 1203.8  bits: 231.7 E(32554): 9.9e-61
Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420)

                   10        20        30         40        50     
pF1KE0     MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
                               :. :.   . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
       :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
       .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
              130       140       150       160       170       180

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pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
       ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
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pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
       : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::   
CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
              250        260       270       280       290         

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pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
             : . ::: :  :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
              300       310       320       330       340       350

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pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH
       :: .:: :::.:: :::::: ..::.:                ..::::.:.:::. .::
CCDS33 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH
              360       370       380       390       400       410

       400       
pF1KE0 G-VYSFQFNK
       . .::.: .:
CCDS33 APAYSYQQSK
              420

>>CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3              (421 aa)
 initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534  Z-score: 1203.7  bits: 231.7 E(32554): 1e-60
Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420)

                   10        20        30         40        50     
pF1KE0     MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
                               :. :.   . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS54 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
               10        20        30        40        50        60

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pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
       :::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS54 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
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pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
       .:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS54 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
              130       140       150       160       170       180

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pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
       ::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS54 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
              190       200       210       220       230       240

         240       250       260       270       280        290    
pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
       : :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::   
CCDS54 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
              250        260       270       280       290         

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pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
             : . ::: :  :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS54 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
              300       310       320       330       340       350

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pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH
       :: .:: :::.:: :::::: ..::.:                ..::::.:.:::. .::
CCDS54 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH
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       400        
pF1KE0 G-VYSFQFNK 
       . .::.: .: 
CCDS54 APAYSYQQSKP
              420 

>>CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3              (419 aa)
 initn: 1503 init1: 1206 opt: 1527  Z-score: 1198.4  bits: 230.7 E(32554): 2e-60
Smith-Waterman score: 1700; 63.2% identity (80.3% similar) in 421 aa overlap (22-407:25-418)

                  10        20        30         40        50      
pF1KE0    MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSKT
                               : :.   . ::::::: ::. :.::......:::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSKT
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE0 NLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTA
       ::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::..
CCDS33 NLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVAS
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KE0 LKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRG
       :::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.:::
CCDS33 LKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSRG
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 VGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGR
       :::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..::::
CCDS33 VGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNGR
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280        290     
pF1KE0 AWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVTQ
        :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::    
CCDS33 PWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ----
               250       260       270       280       290         

         300       310       320       330       340       350     
pF1KE0 TSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT-
                             :.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..::: 
CCDS33 ----------------------GAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGTI
                               300       310       320       330   

                         360       370       380                   
pF1KE0 ---------------YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ES
                      :: .:: :::.:: :::::: ..::.:                ..
CCDS33 QSQDRIMILHQLLCQYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDT
           340       350       360       370       380       390   

           390        400        
pF1KE0 SGQQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK 
       ::::.:.:::. .::. .::.: .: 
CCDS33 SGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP
           400       410         

>>CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9              (346 aa)
 initn: 391 init1: 183 opt: 394  Z-score: 322.3  bits: 68.3 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 394; 33.5% identity (63.9% similar) in 233 aa overlap (36-255:18-243)

          10        20        30        40         50        60    
pF1KE0 TSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSG-SNGNDQLSKTNLYIRGLQ
                                     :.. . : ::  ..:: . ::::: .  : 
CCDS55              METQLSNGPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLP
                            10        20        30        40       

           70        80        90       100       110       120    
pF1KE0 PGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKASGVQA
        . :...: .:    :.: : : . :: :..  :::::.. .:. :.::...:..  .:.
CCDS55 QNMTQEELKSLFGSIGEIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQT
        50        60        70        80        90       100       

          130              140       150       160        170      
pF1KE0 QMAKQQEQDPT-------NLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRD-TSGTSRG
       .  : .   :.       :::.:.:: .: ..::: ... .:..:..::: : ..: :::
CCDS55 KTIKVSYARPSSASIRDANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRG
       110       120       130       140       150       160       

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 VGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQ---
       ::: :...  . :  :  .::   . :::.   ..:.  :::.. :... ::. . :   
CCDS55 VGFIRFDKRIEAEEAIKGLNG---QKPPGA---TEPITVKFANN-PSQKTNQAILSQLYQ
       170       180          190          200        210       220

            240       250       260       270       280       290  
pF1KE0 -NGRAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQR
         .: .:    . .. . ..: :                                     
CCDS55 SPNRRYPGPLAQQAQRFRFSPMTIDGMTSLAGINIPGHPGTGWCIFVYNLAPDADESILW
              230       240       250       260       270       280

>>CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9               (359 aa)
 initn: 391 init1: 183 opt: 392  Z-score: 320.5  bits: 68.0 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 392; 35.7% identity (66.2% similar) in 207 aa overlap (36-233:18-217)

          10        20        30        40         50        60    
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                                     :.. . : ::  ..:: . ::::: .  : 
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