FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2261, 726 aa 1>>>pF1KE2261 726 - 726 aa - 726 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9552+/-0.000392; mu= -0.8306+/- 0.025 mean_var=234.4383+/-49.278, 0's: 0 Z-trim(120.7): 47 B-trim: 2326 in 2/59 Lambda= 0.083764 statistics sampled from 36250 (36303) to 36250 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16 Scan time: 10.800 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001231 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform a [Homo ( 726) 4834 597.4 6.5e-170 XP_016875686 (OMIM: 143055) PREDICTED: cyclin-T1 i ( 646) 4287 531.3 4.7e-150 NP_490595 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform b [Homo ( 730) 1543 199.7 3.4e-50 NP_001232 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform a [Homo ( 663) 1540 199.3 4.1e-50 NP_001264771 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform b [H ( 184) 1180 155.5 1.7e-37 NP_001307677 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform d [H ( 586) 742 102.9 3.9e-21 XP_016860718 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 586) 742 102.9 3.9e-21 XP_016860720 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 519) 739 102.5 4.6e-21 XP_016860717 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 642) 727 101.1 1.5e-20 XP_016860716 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 709) 727 101.1 1.6e-20 XP_016860719 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 555) 675 94.8 1e-18 NP_001307678 (OMIM: 603862) cyclin-T2 isoform e [H ( 555) 675 94.8 1e-18 XP_016860721 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 488) 672 94.4 1.2e-18 NP_001092872 (OMIM: 603544) cyclin-K [Homo sapiens ( 580) 485 71.8 8.7e-12 XP_011535577 (OMIM: 603544) PREDICTED: cyclin-K is ( 580) 485 71.8 8.7e-12 XP_005268211 (OMIM: 603544) PREDICTED: cyclin-K is ( 580) 485 71.8 8.7e-12 XP_016860722 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 i ( 398) 449 67.4 1.3e-10 NP_112199 (OMIM: 613482) cyclin-L2 isoform A [Homo ( 520) 355 56.1 4.3e-07 NP_001295114 (OMIM: 613384) cyclin-L1 isoform 2 [H ( 428) 342 54.5 1.1e-06 XP_006713773 (OMIM: 613384) PREDICTED: cyclin-L1 i ( 493) 342 54.5 1.2e-06 NP_064703 (OMIM: 613384) cyclin-L1 isoform 1 [Homo ( 526) 342 54.5 1.3e-06 XP_005277977 (OMIM: 300707,300708) PREDICTED: cycl ( 238) 253 43.6 0.0011 NP_001034666 (OMIM: 613482) cyclin-L2 isoform B [H ( 226) 252 43.4 0.0012 NP_689487 (OMIM: 300707,300708) cyclin-related pro ( 248) 249 43.1 0.0017 >>NP_001231 (OMIM: 143055) cyclin-T1 isoform a [Homo sap (726 aa) initn: 4834 init1: 4834 opt: 4834 Z-score: 3171.5 bits: 597.4 E(85289): 6.5e-170 Smith-Waterman score: 4834; 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XP_016 LSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKHHGPISTTPGIIP 230 240 250 260 270 280 410 420 430 440 pF1KE2 ---------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSVI----LKMPIEG .::.::... .:...: ::: .:.. : ::: .:.:: XP_016 QKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSVTSPIKMKIPIA- 290 300 310 320 330 340 450 460 470 480 490 500 pF1KE2 SENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAADKHNSVEDSVTK : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: .....:.: ... : XP_016 --NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSSERHSSSDEGSGK 350 360 370 380 390 400 510 520 530 540 550 pF1KE2 S--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRPGDPKHSSQ--TS : :.:::::: :::..:: :::::::. .:.. : :::.. XP_016 SKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHH---TSSHKHSHSH----SGSSS-GGSKHSADGIPP 410 420 430 440 450 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 NLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSLNFSFPSLPTM .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.::: XP_016 TVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSSGGLRTSQHPRET 460 470 480 490 500 620 630 640 650 660 670 pF1KE2 GQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDTVNMLHSLLSA XP_016 GQEASGDQRS 510 >>XP_016860717 (OMIM: 603862) PREDICTED: cyclin-T2 isofo (642 aa) initn: 1582 init1: 673 opt: 727 Z-score: 490.0 bits: 101.1 E(85289): 1.5e-20 Smith-Waterman score: 1581; 46.9% identity (67.2% similar) in 655 aa overlap (6-598:5-620) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN .. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.::::::::::::: XP_016 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD ::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : : XP_016 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN :. .:::::.:.:::::.:.:::: ::::::::::::::: XP_016 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTL---------------------ASKDLAQTSYFMATN 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE ::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::: XP_016 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM :::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : . 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