Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2261
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2261, 726 aa
1>>>pF1KE2261 726 - 726 aa - 726 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4870+/-0.000981; mu= 2.1462+/- 0.060
mean_var=226.8416+/-45.097, 0's: 0 Z-trim(112.6): 19 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.085156
statistics sampled from 13291 (13306) to 13291 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.409), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8766.1 CCNT1 gene_id:904|Hs108|chr12 ( 726) 4834 607.1 3.1e-173
CCDS2174.1 CCNT2 gene_id:905|Hs108|chr2 ( 730) 1543 202.8 1.6e-51
CCDS2175.1 CCNT2 gene_id:905|Hs108|chr2 ( 663) 1540 202.4 1.9e-51
CCDS61109.1 CCNT1 gene_id:904|Hs108|chr12 ( 184) 1180 157.8 1.4e-38
CCDS45160.1 CCNK gene_id:8812|Hs108|chr14 ( 580) 485 72.7 1.8e-12
>>CCDS8766.1 CCNT1 gene_id:904|Hs108|chr12 (726 aa)
initn: 4834 init1: 4834 opt: 4834 Z-score: 3223.6 bits: 607.1 E(32554): 3.1e-173
Smith-Waterman score: 4834; 100.0% identity (100.0% similar) in 726 aa overlap (1-726:1-726)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
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CCDS87 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRTSENLALTGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPGKRWLSSQPSFKLEPTQGHRTSENLALTGV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 DHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENMEANVKSQYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLKEYRAKHAEELAAQKRQLENMEANVKSQYAY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDKAASSKPEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AAQNLLSHHDSHSSVILKMPIEGSENPERPFLEKADKTALKMRIPVAGGDKAASSKPEEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 KMRIKVHAAADKHNSVEDSVTKSREHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 RPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 RPGDPKHSSQTSNLAHKTYSLSSSFSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSSSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 NFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 NFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQDT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 VNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSEPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGNTDKPRPPPLPSEPPPP
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 LPPLPK
::::::
CCDS87 LPPLPK
>>CCDS2174.1 CCNT2 gene_id:905|Hs108|chr2 (730 aa)
initn: 1716 init1: 1458 opt: 1543 Z-score: 1038.5 bits: 202.8 E(32554): 1.6e-51
Smith-Waterman score: 1846; 47.6% identity (68.3% similar) in 744 aa overlap (6-673:5-728)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
CCDS21 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : :
CCDS21 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
:. .:::::.:.:::::.:.:::::::.::.:::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS21 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTLGFEITIEHPHTDVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
CCDS21 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
:::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : .
CCDS21 FLQILEKTPNRLKKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KE2 SMSTSTTSAVPS-LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFK
:.. .::: :. .:.. ..:.:: :: . ..: . : : .
CCDS21 SFQKPSTSAFPAPVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSAR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE2 LEPTQGHRTSENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKH
: ... .:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .::
CCDS21 TEQLYSQKQETSLSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE2 AEELAA---------------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSV
... .::.::... .:...: ::: .:.. : :::
CCDS21 HGPISTTPGIIPQKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSV
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 I----LKMPIEGSENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAA
.:.:: : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: ...
CCDS21 TSPIKMKIPIA---NTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSS
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540
pF1KE2 DKHNSVEDSVTKS--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRP
..:.: ... :: :.:::::: :::..:: :::::::. .:..
CCDS21 ERHSSSDEGSGKSKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTS---SHKHSHSH----SGSSSG
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590
pF1KE2 GDPKHSSQ--TSNLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSS
:. :::.. .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
CCDS21 GS-KHSADGIPPTVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSS
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 SLNFSFPSLPTMGQ-MPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHS------KLDKGPTGANGHN-
. . : : .. : . .:.: . : .: .. :::: :. .:: .
CCDS21 GSSSSSSS--SVKQYISSHNSVFNHPLPPPPPVTYQVGYGHLSTLVKLDKKPVETNGPDA
650 660 670 680 690
660 670 680 690 700
pF1KE2 ------TTQTIDYQDTVNMLHSLLSAQGVQPTQPTAFEFVRPYSDYLNPRSGGISSRSGN
..: .::.:: .:: :::::::.
CCDS21 NHEYSTSSQHMDYKDTFDMLDSLLSAQGMNM
700 710 720 730
>>CCDS2175.1 CCNT2 gene_id:905|Hs108|chr2 (663 aa)
initn: 1724 init1: 1458 opt: 1540 Z-score: 1037.1 bits: 202.4 E(32554): 1.9e-51
Smith-Waterman score: 1761; 49.6% identity (70.2% similar) in 655 aa overlap (6-598:5-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
.. ..::.::::::::.:::: ::. ::::: :::::::.:.:::::::::::::
CCDS21 MASGRGASSRWFFTREQLENTPSRRCGVEADKELSCRQQAANLIQEMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::: .:::.: : .. .::::::::::: .::::::::::.:::: : : :
CCDS21 TAIVYMHRFYMHHSFTKFNKNIISSTALFLAAKVEEQARKLEHVIKVAHACLHPLEPLLD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
:. .:::::.:.:::::.:.:::::::.::.:::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS21 TKCDAYLQQTQELVILETIMLQTLGFEITIEHPHTDVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
::::::: ::: : :.:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
CCDS21 SLHLTTFCLQYKPTVIACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDPTVTLELLDELTHE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADDRGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLM
:::::::::::::.: :::: .::.: :.: . .. ..... .: : .
CCDS21 FLQILEKTPNRLKKIRNWRANQAARKPKVDGQVSETPLLGSSLVQNSILVDSVTGVPTNP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KE2 SMSTSTTSAVPS-LPVSE--------ESSSNL---------TSVEMLPGKRWLSSQPSFK
:.. .::: :. .:.. ..:.:: :: . ..: . : : .
CCDS21 SFQKPSTSAFPAPVPLNSGNISVQDSHTSDNLSMLATGMPSTSYGLSSHQEWPQHQDSAR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE2 LEPTQGHRTSENLALTGVDHSLPQDGSNAFISQKQNSKSVPSAKVSLK-EYR-----AKH
: ... .:. . . .. : : .. : .. . : . :.: :: .::
CCDS21 TEQLYSQKQETSLSGSQYNINFQQGPSISLHSGLHHRPDKISDHSSVKQEYTHKAGSSKH
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE2 AEELAA---------------QKRQLENMEANVKSQYAYAAQNLLSHHD------SHSSV
... .::.::... .:...: ::: .:.. : :::
CCDS21 HGPISTTPGIIPQKMSLDKYREKRKLETLDLDVRDHYI-AAQVEQQHKQGQSQAASSSSV
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 I----LKMPIEGSENPERPFLEKADKT-ALKMRIPVAGGDKAASSKPEEIKMRIKVHAAA
.:.:: : :. . .: .:. .::.:::. ::.::. ::.::.::: ...
CCDS21 TSPIKMKIPI---ANTEKYMADKKEKSGSLKLRIPIPPTDKSASK--EELKMKIKV-SSS
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540
pF1KE2 DKHNSVEDSVTKS--------REHKEKHKTHPSNHHHHHNHHSHKHSHSQLPVGTGNKRP
..:.: ... :: :.:::::: :::..:: .:. :.:::: :...
CCDS21 ERHSSSDEGSGKSKHSSPHISRDHKEKHKEHPSSRHHTSSHK-HSHSHS----GSSS---
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590
pF1KE2 GDPKHSSQ--TSNLAHKTYSLSSS--FSSSSSTRKRGPSEETGGAVFDHPAKIAKSTKSS
: :::.. .. .. .:::. :::::.::: ... : .: .:..::.:::
CCDS21 GGSKHSADGIPPTVLRSPVGLSSDGISSSSSSSRKR---LHVNDASHNHHSKMSKSSKSS
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 SLNFSFPSLPTMGQMPGHSSDTSGLSFSQPSCKTRVPHSKLDKGPTGANGHNTTQTIDYQ
CCDS21 GGLRTSQHPRETGQEASGDQRS
650 660
>>CCDS61109.1 CCNT1 gene_id:904|Hs108|chr12 (184 aa)
initn: 1180 init1: 1180 opt: 1180 Z-score: 806.2 bits: 157.8 E(32554): 1.4e-38
Smith-Waterman score: 1180; 100.0% identity (100.0% similar) in 180 aa overlap (1-180:1-180)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTIN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 SLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHE
CCDS61 RTDT
>>CCDS45160.1 CCNK gene_id:8812|Hs108|chr14 (580 aa)
initn: 428 init1: 302 opt: 485 Z-score: 337.5 bits: 72.7 E(32554): 1.8e-12
Smith-Waterman score: 486; 33.1% identity (66.5% similar) in 260 aa overlap (12-254:24-275)
10 20 30 40
pF1KE2 MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDM
::. ...: ..::. :.:: : ::...: .. :.
CCDS45 MKENKENSSPSVTSANLDHTKPCWYWDKKDLAHTPSQLEGLDPATEARYRREGARFIFDV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GQRLNVSQLTINTAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVA
: ::.. :. :.:.:.:::::..:: ::: .. ::::.:::: ::: . .::.:
CCDS45 GTRLGLHYDTLATGIIYFHRFYMFHSFKQFPRYVTGACCLFLAGKVEETPKKCKDIIKTA
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 HTCLHPQE--SLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRA
.. :. . .. : .: ....:: :.:::. :.: ..::. ..: .. ...
CCDS45 RSLLNDVQFGQFGDDPKE-------EVMVLERILLQTIKFDLQVEHPYQFLLKYAKQLKG
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE2 SKD----LAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLA---CKWSNWEIPVSTDGK
.:. :.: .. ....:: ::.:::. : ..: . ..:: ::. : . .
CCDS45 DKNKIQKLVQMAWTFVNDSL-CTTLSLQWEPEIIAVAVMYLAGRLCKFEIQEWTSKPMYR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 HWWEYVDATVTLELLDELTHEFL--------QILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKKTKADD
.::: : ...:... :..: :. ..::..:..
CCDS45 RWWEQFVQDVPVDVLEDICHQILDLYSQGKQQMPHHTPHQLQQPPSLQPTPQVPQVQQSQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 RGTDEKTSEQTILNMISQSSSDTTIAGLMSMSTSTTSAVPSLPVSEESSSNLTSVEMLPG
CCDS45 PSQSSEPSQPQQKDPQQPAQQQQPAQQPKKPSPQPSSPRQVKRAVVVSPKEENKAAEPPP
300 310 320 330 340 350
726 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 05:00:33 2016 done: Sun Nov 6 05:00:33 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]