Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4460
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4460, 477 aa
1>>>pF1KE4460 477 - 477 aa - 477 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1685+/-0.000837; mu= 10.6585+/- 0.051
mean_var=126.9165+/-25.230, 0's: 0 Z-trim(111.9): 34 B-trim: 276 in 1/52
Lambda= 0.113845
statistics sampled from 12689 (12723) to 12689 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.391), width: 16
Scan time: 3.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 3274 548.7 4.9e-156
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 2656 447.2 1.8e-125
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 1695 289.4 5.7e-78
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 1464 251.4 1.5e-66
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 1029 180.0 4.8e-45
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1023 179.0 9.6e-45
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 973 170.8 2.8e-42
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 916 161.4 1.9e-39
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 847 149.9 3e-36
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 805 143.2 6.1e-34
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 737 132.0 1.4e-30
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 658 119.1 1.4e-26
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 653 118.3 2.3e-26
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 633 115.0 2.2e-25
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 626 113.6 2.5e-25
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 615 112.0 1.7e-24
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 611 111.4 2.9e-24
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 611 111.4 3.1e-24
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 549 101.2 3.1e-21
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 481 90.0 7e-18
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 463 87.1 5.8e-17
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 452 85.2 1.4e-16
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 452 85.2 1.8e-16
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 443 83.8 6.1e-16
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 438 83.0 9.4e-16
>>CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 3274 init1: 3274 opt: 3274 Z-score: 2914.8 bits: 548.7 E(32554): 4.9e-156
Smith-Waterman score: 3274; 99.8% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:1-477)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLEKDVKQFVRRKDSGPV
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CCDS83 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKKDVKQFVRRKDSGPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIVN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGNV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPLY
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CCDS83 LAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPLY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 HSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAVS
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CCDS83 HSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 WAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSMEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 WAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSMEP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 GFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
430 440 450 460 470
>>CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 2731 init1: 2443 opt: 2656 Z-score: 2366.2 bits: 447.2 E(32554): 1.8e-125
Smith-Waterman score: 2656; 78.4% identity (92.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLEKDVKQFVRRKDSGPV
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CCDS83 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKDVKQF-RRKDSNLI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIVN
::::. ::::::::::::::.::::::::::::::::::: .:::.::::::::::::::
CCDS83 VKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIVN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGNV
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CCDS83 YTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGHS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPLY
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CCDS83 LAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPLY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 HSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAVS
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CCDS83 NSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDAIS
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQF
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CCDS83 TLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGNEF
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 WAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSMEP
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CCDS83 WAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSMEQ
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KE4 GFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
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CCDS83 GFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1514 init1: 807 opt: 1695 Z-score: 1513.3 bits: 289.4 E(32554): 5.7e-78
Smith-Waterman score: 1695; 51.6% identity (77.7% similar) in 479 aa overlap (1-477:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLEKDVKQFVRRKDSGPV
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CCDS73 MKFLLILLLQATA-SGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 VK-KIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIV
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CCDS73 MKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRIN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 NYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGN
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CCDS73 NYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 VLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPL
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CCDS73 ILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 YHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAV
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CCDS73 YKYV-DINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP-------NPDNSEPALCDPNLSFDAV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 STLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQ
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CCDS73 TTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 FWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSME
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CCDS73 YWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 PGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVF-EEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
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CCDS73 PGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 1316 init1: 797 opt: 1464 Z-score: 1308.1 bits: 251.4 E(32554): 1.5e-66
Smith-Waterman score: 1464; 46.4% identity (72.6% similar) in 489 aa overlap (1-477:1-483)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MKSLP-----ILLLLCVAVCSAYPLDGAA--RGEDTSMNLVQKYLENYYDLEK--DVKQF
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CCDS83 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VRRKDSGPVVKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRK
: : :. ...::.:.: :.::.::::::. :..:..:::::::::...: ::: :::.:
CCDS83 VAR-GSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 THLTYRIVNYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDF
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CCDS83 NTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YPFDGPGNVLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSAN
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CCDS83 YPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 TEALMYPLYHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCD
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CCDS83 PSALMYPTYK-YKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAP-HHKPSIPDLCD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE4 PALSFDAVSTLRGEILIFKDRHFWRKS--LRK-LEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTS
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CCDS83 SSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPS--TITSSFPQLMSNVDAAYEVAE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 KDLVFIFKGNQFWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKY
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CCDS83 RGTAYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 WRFDEKRNSMEPGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHT
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CCDS83 YSYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSV
420 430 440 450 460 470
470
pF1KE4 LKSNSWLNC
.::.::..:
CCDS83 VKSSSWIGC
480
>>CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 (469 aa)
initn: 1387 init1: 956 opt: 1029 Z-score: 922.1 bits: 180.0 E(32554): 4.8e-45
Smith-Waterman score: 1786; 53.1% identity (79.1% similar) in 478 aa overlap (1-477:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLEKDVKQFVRRKDSGPV
:.:.: :::: .. . .. . .. ...:::::::.::.:..: .: .:..::::
CCDS83 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIVN
:.:...::.:.::.:::: :..::.::..::::::::..: : :.:..::::::: :
CCDS83 VEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGNV
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CCDS83 YTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPLY
::::. :::::.::::::.::.::.. :: :::::.:::::: ::.. ::::: :
CCDS83 LAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 HSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAVS
:. .:.::::.:::..:: . :..:. :. :: :: :.:::..
CCDS83 TFSGDV---QLAQDDIDGIQAIYGRSQN-------PVQPIGPQ--TPKACDSKLTFDAIT
250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQF
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CCDS83 TIRGEVMFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKY
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KE4 WAIRGNEVRAGYPRGIHT-LGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSME
::..:..: :::. :.. .::: ::..::::.:... .:::::: .::::.:: . ::.
CCDS83 WAVQGQNVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMD
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 PGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
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CCDS83 PGYPKMIAHDFPGIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRK
410 420 430 440 450 460
CCDS83 N
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10 20 30 40 50
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: .:.: . : : :: ... .: : ......::..:: .. .....
CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYH-PTNLAGILKEN
10 20 30 40 50
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.. .....::::.:.:::::::::..::.::.::::::::::.. .:: :: : .::
CCDS83 AASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLT
60 70 80 90 100 110
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pF1KE4 YRIVNYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFD
:::::::::. .. :..: .::.::: .::::.:.::..: :::::::...:::::::::
CCDS83 YRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
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::...::::. :::. .::::::::: ::... : :::::::::.:::::: :: . ::
CCDS83 GPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGAL
180 190 200 210 220 230
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CCDS83 MFPIY-TYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPN---------PKHPKTPDKCDPSLS
240 250 260 270 280
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CCDS83 LDAITSLRGETMIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIF
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CCDS83 RGRKFWALNGYDILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTN
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CCDS83 HIMDKDYPRLIEEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSIL
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 NC
:
CCDS83 WC
470
>>CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 (467 aa)
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10 20 30 40 50
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CCDS83 MFSLKTLPFLLLLHVQISKAFPVSSKEKNTKT----VQDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGT
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CCDS83 NVIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYR
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: ::::.: . :. :.. :...: ..:: :.:. .::::: :.: :.::: :::::
CCDS83 IRNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGP
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pF1KE4 GNVLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMY
...::::. :: ::.:::::: .: ::. ... :::::::::.:::::: ::.. ::::
CCDS83 NGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMY
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CCDS83 PNY-AFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYGLSSN----PIQPTGPSTPKP-----CDPSLTFD
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CCDS83 AITTLRGEILFFKDRYFWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKG
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pF1KE4 NQFWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNS
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CCDS83 NQYWALSGYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVF--YRSKTYFFVNDQFWRYDNQRQF
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CCDS83 MEPGYPKSISGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNC
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CCDS83 RYG
>>CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 (488 aa)
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60 70 80 90 100
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CCDS13 RRGPQPWHAALPSSPAPAPATQEAPRPASSLRPPRCGVPDPSDGLSARNRQKRFVLSGGR
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CCDS13 WEKTDLTYRILRFPWQLVQEQVRQTMAEALKVWSDVTPLTFTEVHEGRADIMIDFARYWH
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CCDS13 GDDLPFDGPGGILAHAFFPKTHREGDVHFDYDETWTIGDDQGTDLLQVAAHEFGHVLGLQ
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:.. ..::: .: :. :: :: :.: ::: : : . .:: : : .:
CCDS13 HTTAAKALMSAFYTFRYPLS---LSPDDCRGVQHLYGQPWPTVTSRTPALGPQAGIDTNE
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CCDS13 IAPLEPDAPPDACEA--SFDAVSTIRGELFFFKAGFVWRLRGGQLQPGYPALASRHWQGL
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:: ::::.: .. ...:.: :.:. :.. : : . ::. :: . ::.
CCDS13 PSPVDAAFE-DAQGHIWFFQGAQYWVYDGEKPVLG-PAPLTELGL---VRFPVHAALVWG
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:::: ::: :::: . .. :.. : :. :. :.:::.:.. :. ::. :
CCDS13 PEKNKIYFFRGRDYWRFHPSTRRVDSPVPRR-ATDWRGVPSEIDAAFQDADGYAYFLRGR
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.:::
CCDS13 LYWKFDPVKVKALEGFPRLVGPDFFGCAEPANTFL
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CCDS83 MRLTVLC-AVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSET------
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:... . :..:::::.:: .:: :.: ..:.:.:::::::::... ::. ::: . .
CCDS83 KNANSLEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSRVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVV
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:::::.:: :::. .:: : :::..: . :: : .. : :::::.:: ::: :::
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:::::.::::.::: :..::::::.::.:: .. : :.. .:.::.:::::. ::.. .
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:.::: : . : :.::::::.:::.::: .:
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CCDS88 MNCQQLWLGFLLPMTVSGRVLGLAEVAPVDYLSQYGYLQKPLEGSNNFKPED-ITEALRA
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CCDS88 FQEASELPVSGQLDDATRARMRQPRCGLEDPFNQKTLKYLLLGRWRKKHLTFRILNLPST
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:: .. .:...:.. : .:.::::... : ::: .:: :. . ::::: ::::
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: : : ..:::.:: ::. : :.:: ..::::.::.::: :: ..::: :.:..
CCDS88 ADIPELG---SVHFDEDEFWTEGTYRGVNLRIIAAHEVGHALGLGHSRYSQALMAPVYEG
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CCDS88 YRP--HFKLHPDDVAGIQALYGKKSPVIRDEEEEETELPTVP--PVPTEPSPMPDPCSSE
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CCDS88 L--DAMMLGPRGKTYAFKGDYVWTVSDSGPGP-LFRVSALWEGLPGNLDAAVYSPRTQWI
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:..:..:
CCDS88 ISHNWMHCRPRTIDTTPSGGNTTPSGTGITLDTTLSATETTFEY
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477 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Sun Nov 6 00:58:30 2016 done: Sun Nov 6 00:58:31 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]