FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0984, 452 aa 1>>>pF1KB0984 452 - 452 aa - 452 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7960+/-0.000477; mu= 11.0672+/- 0.029 mean_var=143.8268+/-31.943, 0's: 0 Z-trim(114.1): 209 B-trim: 1054 in 1/50 Lambda= 0.106943 statistics sampled from 23408 (23709) to 23408 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16 Scan time: 6.690 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 3185 503.6 4.4e-142 XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 1472 239.2 1.4e-62 NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 808 136.9 1.1e-31 NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 805 136.4 1.6e-31 XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 794 134.7 5e-31 NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 689 118.5 3.9e-26 NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 678 116.8 1.2e-25 XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25 XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25 NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 678 116.8 1.2e-25 XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25 XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 603 105.2 3.6e-22 NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 501 89.5 2.1e-17 NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 501 89.5 2.1e-17 NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 494 88.4 4.4e-17 NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 460 83.2 1.7e-15 NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 460 83.2 1.8e-15 NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 457 82.7 2.3e-15 NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 454 82.1 2.5e-15 NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 445 80.9 8.7e-15 XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 436 79.3 1.4e-14 XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 436 79.3 1.4e-14 XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 435 79.2 1.7e-14 NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 435 79.2 1.8e-14 XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 435 79.2 1.8e-14 NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 435 79.2 1.9e-14 NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 435 79.4 2.5e-14 XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 435 79.4 2.5e-14 NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 432 78.9 3.5e-14 XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 410 75.2 2.3e-13 XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 410 75.2 2.3e-13 XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 410 75.3 2.5e-13 XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 410 75.3 2.5e-13 NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 406 74.9 5.5e-13 XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 402 74.1 6.1e-13 XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 397 73.3 9.3e-13 NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 395 72.9 1.1e-12 NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 371 69.4 2e-11 NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11 NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 373 69.8 2e-11 NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 371 69.5 2.3e-11 NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 366 68.7 3.9e-11 XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 364 68.3 4.4e-11 NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 364 68.3 4.4e-11 >>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa) initn: 3185 init1: 3185 opt: 3185 Z-score: 2671.9 bits: 503.6 E(85289): 4.4e-142 Smith-Waterman score: 3185; 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NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSV--CPVCRQRF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB0 EQINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQ ::. : .: .:.. ...: ... . :..: : ..::: : . :: .:..:. NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB0 EHRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRC-WKDYVNLRLEA .:: : :.: ::.:..::: . : .: : ..:.:: . : :: :. . NP_003 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQ-ELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 IRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCH :.::. .. : :::...:. :.: .: .. : ..::.:.. . :. . ::.. :: NP_003 IHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCH 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 KPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEAN . .:::: .:.:::: :. . .::: :. . ::. : ::::: . :: NP_003 SSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTAN 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 NDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF-LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFG ..: : :.. .: .:..: :. .. :.: : :::.:::: : . : .: NP_003 PWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 VCNMYRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCV-KNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDC :: ..:.. ...:.:.. . :. . . . .:: :: : .::.::: NP_003 VCRDSVRRKGH-FLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQV---PPCQVGIFLDY 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB0 EAKTVSFVDV-NQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF :: ::: .. ...::::.. .:.:. ::::.: NP_003 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST 420 430 440 450 460 470 NP_003 DY >>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa) initn: 692 init1: 269 opt: 805 Z-score: 687.1 bits: 136.4 E(85289): 1.6e-31 Smith-Waterman score: 805; 34.2% identity (59.6% similar) in 448 aa overlap (9-447:10-442) 10 20 30 40 50 pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKST .: : : .:..:: ::: ::::.::: :. : . : :: . . 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NP_660 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHL-RKQMQDALLFQAQADET-CVLWQKMVESQRQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 AIRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMC . .:.... . :::.. :. :... :.. ::. . :..... : . ::. : NP_660 NVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRC 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 HKPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEA . : . ::: . : :.: ..: :. :. . :: .. . :: . : .:: .:: . : NP_660 QLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 NNDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF----LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWN : ...: : ::. : .: .: .:. : . : . ::::..::::.::: . 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