Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB0984
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0984, 452 aa
1>>>pF1KB0984 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9644+/-0.00108; mu= 10.0768+/- 0.064
mean_var=128.7343+/-28.450, 0's: 0 Z-trim(107.3): 128 B-trim: 346 in 1/50
Lambda= 0.113039
statistics sampled from 9338 (9492) to 9338 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.292), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 3185 531.1 9e-151
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 3172 529.0 3.9e-150
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 3014 503.2 2.2e-142
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 2687 449.9 2.5e-126
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 1576 268.7 8.7e-72
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 1348 231.5 1.4e-60
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 1345 231.0 1.9e-60
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 1278 220.1 3.7e-57
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 1218 210.3 3.3e-54
CCDS7947.2 TRIM48 gene_id:79097|Hs108|chr11 ( 224) 1041 181.2 9.3e-46
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 808 143.4 4.6e-34
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 805 143.0 6.4e-34
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 779 138.7 1.2e-32
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 725 129.9 5.6e-30
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 689 124.1 3.3e-28
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 678 122.2 1.1e-27
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 639 115.9 8.9e-26
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 632 114.7 2e-25
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 559 102.8 7.7e-22
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 522 96.8 5.3e-20
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 501 93.4 5.5e-19
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 494 92.2 1.2e-18
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 460 86.7 5.7e-17
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 460 86.7 6e-17
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 454 85.6 8.5e-17
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 460 86.9 8.7e-17
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 445 84.3 3.2e-16
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 435 82.5 7e-16
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 435 82.5 7.3e-16
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 435 82.6 9.7e-16
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 432 82.2 1.4e-15
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 406 77.9 2.6e-14
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 371 72.1 1.1e-12
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 373 72.5 1.1e-12
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 371 72.2 1.3e-12
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 366 71.4 2.3e-12
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 364 71.0 2.6e-12
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 359 70.2 5.2e-12
CCDS5679.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 500) 359 70.2 5.3e-12
CCDS34093.1 TRIM61 gene_id:391712|Hs108|chr4 ( 209) 327 64.8 9.9e-11
>>CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3185 init1: 3185 opt: 3185 Z-score: 2820.3 bits: 531.1 E(32554): 9e-151
Smith-Waterman score: 3185; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3172 init1: 3172 opt: 3172 Z-score: 2808.9 bits: 529.0 E(32554): 3.9e-150
Smith-Waterman score: 3172; 99.3% identity (99.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS53 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
:::::::::::::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YRKEKNQNEKIDGKEGLFLLGCIKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 3014 init1: 3014 opt: 3014 Z-score: 2669.6 bits: 503.2 E(32554): 2.2e-142
Smith-Waterman score: 3014; 95.1% identity (97.6% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
:::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::
CCDS55 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
:::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS55 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
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130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::: ::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
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190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS55 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS55 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
:: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
: :::::::::::. ::::::::::::: ::::::::.:::::.::::::::::::::::
CCDS55 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLLLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2714 init1: 2687 opt: 2687 Z-score: 2381.4 bits: 449.9 E(32554): 2.5e-126
Smith-Waterman score: 2687; 84.5% identity (91.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
::::: :::: :: ::.:.::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :: :.:.
CCDS60 MNSGISQVFQRELTCPICLNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPILTQCFECLKTTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
: ::::::.:::::: :::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS60 QRNLKTNIRLKKMASRARKASLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:::::: : ::::::::::::.::::::::.:::.::::::::: ::::::.::::::
CCDS60 HRYHRHCPAEWAAEEHREKLLKKMQSLWEKVCENQRNLNVETTRISHWKDYVNVRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: ::::: : :: .:::::
CCDS60 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGTYAELMKMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
::::::::::::::::::::::::::: :: :::::::::::::::: ::: :.:::. :
CCDS60 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNLELRAGPITGLRDRLNQFRVDITLPHNEANSHI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
: :::.:::::.:..:..:::: ::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 FRRGDLRSICIGCDRQNAPHITATPTSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
: : ::: .: :. ::: :::::::::::::::::: :::.:.::..:::::::::.::
CCDS60 YWKGTNQNGNIHGEEGLFSLGCVKNDIQCSLFTTSPLTLQYVPRPTNHVGLFLDCEARTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::: :.:::::::::::::::::.:.
CCDS60 SFVDVNQSSPIHTIPNCSFSPPLRPIFCCVHL
430 440 450
>>CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 (446 aa)
initn: 1589 init1: 1229 opt: 1576 Z-score: 1402.3 bits: 268.7 E(32554): 8.7e-72
Smith-Waterman score: 1576; 51.9% identity (77.2% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
:.: . ..:: :: : .:.::..::::: :::::::::. :.:.. ..: : . .
CCDS20 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
....:::: ::.....:::.::: :::::.:.:::::.:::.::..:.::::::::.:::
CCDS20 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
: :.:.::: ::::::::::..:. ::.: ::.::: : . :. : :: . ::
CCDS20 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::.:. :.:::..:: :.:. .:::..:. : .:: .. . :. ::.:: ::::::
CCDS20 NEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHKP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
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CCDS60 AWTKRN-DMRLDSE-GIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIV
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::
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:
CCDS79 F
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]