FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1174, 635 aa 1>>>pF1KE1174 635 - 635 aa - 635 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0504+/-0.000948; mu= 8.3645+/- 0.057 mean_var=223.7360+/-44.329, 0's: 0 Z-trim(113.7): 162 B-trim: 3 in 1/53 Lambda= 0.085745 statistics sampled from 14129 (14314) to 14129 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 3.690 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 ( 635) 4318 547.3 2.3e-155 CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 719) 1961 255.8 1.5e-67 CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19 ( 771) 1897 247.9 3.7e-65 CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 466) 1657 218.0 2.3e-56 CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 ( 789) 1642 216.4 1.2e-55 CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19 ( 628) 1500 198.7 2e-50 >>CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 (635 aa) initn: 4318 init1: 4318 opt: 4318 Z-score: 2902.9 bits: 547.3 E(32554): 2.3e-155 Smith-Waterman score: 4318; 100.0% identity (100.0% similar) in 635 aa overlap (1-635:1-635) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLADNFI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLADNFI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 QALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLRGPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 QALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLRGPV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 NLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLDHNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 NLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLDHNL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 IDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAEASPAPLVLSFSGNPLHCNC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 IDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAEASPAPLVLSFSGNPLHCNC 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 ELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVLEGQRATL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 ELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVLEGQRATL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIATNPAGEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 RCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIATNPAGEA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 TARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGPSDIAASARTAAEGEGTLESEPAVQVTEVTATSGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 TARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGPSDIAASARTAAEGEGTLESEPAVQVTEVTATSGL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 VSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVPGADYDLCLLALSPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 VSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVPGADYDLCLLALSPA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 AGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVLVAALLVFTVALLVR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 AGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVLVAALLVFTVALLVR 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 GRGAGNGRLPLKLSHVQSQTNGGPSPTPKAHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 GRGAGNGRLPLKLSHVQSQTNGGPSPTPKAHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRL 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KE1 GGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAERLEESVV ::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS81 GGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAERLEESVV 610 620 630 >>CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (719 aa) initn: 1926 init1: 764 opt: 1961 Z-score: 1326.4 bits: 255.8 E(32554): 1.5e-67 Smith-Waterman score: 1961; 51.7% identity (78.8% similar) in 571 aa overlap (5-562:8-575) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLAD :.:. .: : :: :::: :: .:.::::..::::::::.::::::::::: CCDS96 MEKILFYLFLIGIAVKAQICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLAD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 NFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLR ::. . :: :::.:::::::::.:. : .::.::..::.:::..:::... . . 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CCDS46 AVGQMVNLNTLTLDHNLIDHIAEGTFVQLHKLVRLDMTSNRLHKLPPDGLFLRSQGTGPK 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 SPAPLVLSFSGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPL :.::..::.::::::::::::::::.: :::::::.: :. ::::..:: :: ::::: CCDS46 PPTPLTVSFGGNPLHCNCELLWLRRLTREDDLETCATPEHLTDRYFWSIPEEEFLCEPPL 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 IARHTQ-RLWVLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVT :.:.. : :.::: ..:::::.::: :..:::.:: ::.:::::.:. .:::.. .: CCDS46 ITRQAGGRALVVEGQAVSLRCRAVGDPEPVVHWVAPDGRLLGNSSRTRVRGDGTLDVTIT 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 pF1KE1 GAGDAGGYTCIATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGG---RPGPSDIAASARTAAE :.: .::::.: :::::: ::. :. :: . : .:: ::::. .: .:. CCDS46 TLRDSGTFTCIASNAAGEATAPVEVCVVPLPLMAPPPAAPPPLTEPGSSDIATPGRPGAN 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 GEGTLESEPAVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHH . .: . ..:.:..: :. : ::. . :.:.::::: :..:.::..:..:. CCDS46 DSA---AERRLVAAELTSNSVLIRWPAQRPVPGIRMYQVQYNSSVDDSLVYRMIPSTSQT 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 510 pF1KE1 FLLKHLVPGADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTL ::.. :. : ::::.::. : . : :::..::..:.: :. :.:: ::::. CCDS46 FLVNDLAAGRAYDLCVLAVYDD-GATALPATRVVGCVQFTTAGDPAPCRPLRAHFLGGTM 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 pF1KE1 TVAVGGVLVAALLVFTVALLVRGR--GAGNGR-------LPLKLSHVQSQTNGGPSPTPK .:.:::.::..::: : :..: . : :..: :: ..::: ::::: . : CCDS46 IIAIGGVIVASVLVFIVLLMIRYKVYGDGDSRRVKGSRSLP-RVSHVCSQTNG--AGTGA 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE1 AHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRLGGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAER :. : : CCDS46 AQAPALPAQDHYEALREVESQAAPAVAVEAKAMEAETASAEPEVVLGRSLGGSATSLCLL 600 610 620 630 640 650 >>CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (466 aa) initn: 1645 init1: 749 opt: 1657 Z-score: 1125.5 bits: 218.0 E(32554): 2.3e-56 Smith-Waterman score: 1657; 54.0% identity (80.1% similar) in 457 aa overlap (5-450:8-462) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLAD :.:. .: : :: :::: :: .:.::::..::::::::.::::::::::: CCDS81 MEKILFYLFLIGIAVKAQICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLAD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 NFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLR ::. . :: :::.:::::::::.:. : .::.::..::.:::..:::... . . CCDS81 NFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMFS 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 GPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLD : ::.::::..::: :. :::: . .::.::::::::. .:: .. : .::::.:: CCDS81 GLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDDVF-ALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSLD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 HNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGR----DAEASPAPLVLSFSG ::.:: .: :.:..: ...:::.:::.: : :::::.:.. .. ::. ..:::.: CCDS81 HNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFGG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 NPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVL :::::::::::::::.: :::::::::: :.:::::..:: :: ::::::.:::... :: CCDS81 NPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRVL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 EGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIA :::::::::.: ::: :..::..:. .:..:..:. .. ::::.: .: . :.:..:::: CCDS81 EGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCIA 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 TNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASART-----AAEGEGTLESE .::::::: :.:... ::: ::. . .: : :::..:... ...:. : :. CCDS81 SNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGDTKL-SQ 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 PAVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVP . :.:.:....:.... : . :::::::.. :.::.:: CCDS81 DKIVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRCFAD 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 GADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVL >>CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 (789 aa) initn: 2194 init1: 868 opt: 1642 Z-score: 1112.7 bits: 216.4 E(32554): 1.2e-55 Smith-Waterman score: 2133; 53.5% identity (74.2% similar) in 656 aa overlap (5-633:4-645) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAA-----ACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRL :: ::: : : ::: ::::::::::.::: .:::::::..::::::::: CCDS34 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 ADNFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGS . ::: .. :: :::::::::::::.:..: .: :::::::::::.::: :: . CCDS34 GGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 LRGPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLN ::: :::::::...:::: :: ::.::: .:::::::::::. .:: .. : :: :. CCDS34 LRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLS 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 LDHNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAE--ASP--APLVLSF :::::.: . :.::.: .:.::::::::: : :::.:.:.. . :.: :: .:: CCDS34 LDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSF 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 SGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLW .:::::::::::::::: : ::::::.:: :: ::::: : : :: ::::::..::..: CCDS34 GGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 VLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTC ::::: :::.:.:.:::.: .:::.:::::::::::. .. ::::.: .: . :.:..:: CCDS34 VLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTC 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 IATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASARTAAEGEGTLESEP-- ::.: :::::: ::. .. ::: .::... . : :::..:..:. : :. .:: CCDS34 IAANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPK 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 -----AVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLK :: :.:::.::.::.:. .. : : :.:.::: :.::.::::..:::.. :... CCDS34 SPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVN 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 HLVPGADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAV .:: :. ::::.::. .. . :::: ..:::.: : : :.......::::. ... CCDS34 NLVSGTGYDLCVLAMWDDTATT-LTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVI 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 pF1KE1 GGVLVAALLVFTVALLVRGRGAGNGRLPLKL----SHVQSQTNGG----PSPTPKAHPPR ::..::.:::: : :.:: . . : . : :. :.: :::::. :: .: . ::. 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