FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4091, 458 aa 1>>>pF1KE4091 458 - 458 aa - 458 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1056+/-0.000738; mu= 19.3995+/- 0.045 mean_var=71.5760+/-14.096, 0's: 0 Z-trim(109.8): 37 B-trim: 43 in 1/50 Lambda= 0.151597 statistics sampled from 11141 (11178) to 11141 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16 Scan time: 3.080 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 ( 458) 3218 712.8 1.9e-205 CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 527) 354 86.4 7.5e-17 CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 551) 354 86.5 7.8e-17 CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 556) 354 86.5 7.8e-17 CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 329 81.2 5.4e-15 CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 329 81.2 5.5e-15 CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 327 80.7 7.5e-15 CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 ( 979) 316 78.3 3.8e-14 CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 ( 531) 311 77.0 5.1e-14 CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 306 75.8 8.2e-14 CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 319 79.5 8.4e-14 CCDS5577.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 464) 303 75.2 1.5e-13 CCDS64683.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 454) 302 75.0 1.8e-13 CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 305 75.9 2.2e-13 CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 452) 300 74.6 2.4e-13 CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 421) 295 73.5 4.8e-13 CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 298 74.4 5.9e-13 CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 298 74.4 6.2e-13 CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 298 74.4 6.2e-13 CCDS14246.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX ( 815) 292 73.0 1.3e-12 CCDS35229.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX (1152) 292 73.1 1.7e-12 CCDS75486.1 IBTK gene_id:25998|Hs108|chr6 (1338) 282 71.0 8.5e-12 CCDS34490.1 IBTK gene_id:25998|Hs108|chr6 (1353) 282 71.0 8.6e-12 CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 288 72.7 9.2e-12 >>CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 (458 aa) initn: 3218 init1: 3218 opt: 3218 Z-score: 3802.1 bits: 712.8 E(32554): 1.9e-205 Smith-Waterman score: 3218; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 SAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 SAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 QVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 QVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 LASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 LASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNK 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 HGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 HGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 LETYEGWKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGVCYSWGWNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 LETYEGWKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGVCYSWGWNE 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 HGMCGDGTEANVWAPKPVQALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 HGMCGDGTEANVWAPKPVQALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPD 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE4 AIEDTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 AIEDTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL 430 440 450 >>CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (527 aa) initn: 330 init1: 285 opt: 354 Z-score: 416.0 bits: 86.4 E(32554): 7.5e-17 Smith-Waterman score: 354; 35.9% identity (62.5% similar) in 184 aa overlap (17-196:149-320) 10 20 30 40 pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFC .:::: :. ::.: : . .:.... 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CCDS47 GIGEFKEISFT---PKKIMTLNDIKIIQVSCGHYHSLALSKDSQVFSWGKNSHGQLGLGK 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 AF--LPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG : ::.... ... .. . .: .: : . : : :: . :::. : CCDS47 EFPSQASPQRVRS--LEGIPLAQVAAGGAHSFALSLCGTSFGWGSNSAGQLA-----LSG 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 WKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAII-GGVCYSWGWNEHGMCG .. : : : :. . . :.. .:::. :. .. : ...: :. :. : CCDS47 RNVPVQ------SNKPLSVGALKN--LGVVYISCGDAHTAVLTQDGKVFTFGDNRSGQLG 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 DGTEANVWAPKPVQALLSSSGLL--VGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPDAIE . . .:. :. . .::. . ::. :.:: CCDS47 YSPTPEKRGPQLVERI---DGLVSQIDCGSYHTLAYVHTTGQVVSFGHGPSDTSKPTHPE 270 280 290 300 310 320 430 440 450 pF1KE4 DTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL CCDS47 ALTENFDISCLISAEDFVDVQVKHIFAGTYANFVTTHQDTSSTRAPGKTLPEISRISQSM 330 340 350 360 370 380 >>CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024 aa) initn: 269 init1: 255 opt: 327 Z-score: 380.1 bits: 80.7 E(32554): 7.5e-15 Smith-Waterman score: 328; 33.7% identity (62.4% similar) in 202 aa overlap (103-298:140-329) 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 CGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQ : :..:: .. :...:.... :.: :: CCDS36 LILSSDGKPFEYDNYSMKHLRFESILQEKKIIQITCGDYHSLALSKGGELFAWGQNLHGQ 110 120 130 140 150 160 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 LGVPHGPRRCVVPQAIE-LHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRLCPG ::: . ..:: .: : .. :.:: :..: . :: ...:: . ::. : : CCDS36 LGVGRKFPSTTTPQIVEHLAGVPLAQISAGEAHSMALSMSGNIYSWGKN--ECGQ-LGLG 170 180 190 200 210 220 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 QTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEAAFL .: . .:: . ::.:.:. : :..::: ::. : ....:..:::::..... CCDS36 HTE----SKDDPSLIEGLDNQKVEFVACGGSHSALLTQDGLLFTFGAGKHGQLGHNST-- 230 240 250 260 270 280 260 270 280 290 300 pF1KE4 PVPQKIEAHCFQNE----KVTAIWSG-WTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG :. :. : .:: : : : :. .. ::.:..: . :::: CCDS36 ---QNELRPCLVAELVGYRVTQIACGRWHTLAYVSDLGKVFSFGSGKDGQLGNGGTRDQL 290 300 310 320 330 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 WKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGVCYSWGWNEHGMCGD CCDS36 MPLPVKVSSSEELKLESHTSEKELIMIAGGNQSILLWIKKENSYVNLKRTIPTLNEGTVK 340 350 360 370 380 390 >>CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 (979 aa) initn: 211 init1: 141 opt: 316 Z-score: 367.4 bits: 78.3 E(32554): 3.8e-14 Smith-Waterman score: 316; 25.6% identity (52.4% similar) in 433 aa overlap (3-401:327-725) 10 20 30 pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGH ..: .: .. : :. . .. : :. CCDS98 PTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGK 300 310 320 330 340 350 40 50 60 70 80 pF1KE4 KEDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFV-----CGLNKDGQLGLGHTE . ::.:. . . :.:.. .:. : :::: .:.. : . :::: : . CCDS98 ST----PQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQGGTKLHGQLG--HGD 360 370 380 390 400 410 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 DIPYFTP--CKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQLGVPH--GPRRCV : : ..: : :.::.:: :::. .:..::. . ::. .: .:: . ::. . CCDS98 KASYRQPKHVEKLQGKAIRQVSCGDDFTVCVTDEGQLYAFGSDYYGCMGVDKVAGPE-VL 420 430 440 450 460 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 VPQAIELH-KEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRLCPG-QTLPLFFTAK :. ... .. : .. : :.:. : . :..:: ::. : .. ..: CCDS98 EPMQLNFFLSNPVEQVSCGDNHVVVLTRNKEVYSWG-----CGEYGRLGLDSEEDYYT-- 470 480 490 500 510 520 210 220 230 240 pF1KE4 EPSRVTGLENSKAMCVLA---GSDHSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLA---------NEAA :..: . ::. ..: : : . ::..:.: . : :. ..:. :. : CCDS98 -PQKV---DVPKALIIVAVQCGCDGTFLLTQSGKVLACGLNEFNKLGLNQCMSGIINHEA 530 540 550 560 570 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 FLPVPQKIE---AHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG . :: :. .. :. .: : :: .: : :...:.: :::: . .:. CCDS98 YHEVPYTTSFTLAKQLSFYKIRTIAPGKTHTAAIDERGRLLTFGCNKCGQLG--VGNYK- 580 590 600 610 620 630 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 WKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGV-CYSWGWNEHGMCG .: .. ..: . .::::.: ..: ..:: . .: . CCDS98 ------------KRLGINLLGGPLGGKQVIRVSCGDEFTIAATDDNHIFAWGNGGNGRLA 640 650 660 670 680 370 380 390 400 410 pF1KE4 -------DGTEANVWAPKPVQALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLS :.. . :.:. . : : .: . :.. . . CCDS98 MTPTERPHGSDICTSWPRPIFGSLHHVPDL-SCRGWHTILIVEKVLNSKTIRSNSSGLSI 690 700 710 720 730 740 420 430 440 450 pF1KE4 PDAIEDTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL CCDS98 GTVFQSSSPGGGGGGGGGEEEDSQQESETPDPSGGFRGTMEADRGMEGLISPTEAMGNSN 750 760 770 780 790 800 >>CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 (531 aa) initn: 246 init1: 246 opt: 311 Z-score: 365.1 bits: 77.0 E(32554): 5.1e-14 Smith-Waterman score: 311; 34.0% identity (60.8% similar) in 194 aa overlap (8-196:140-320) 10 20 30 pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVL : : : . .:::: :. ::.: : . CCDS94 GTTNQGIAPVQVCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNNCGQVGSGSTANQP 110 120 130 140 150 160 40 50 60 70 80 90 pF1KE4 LPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCK- :..... . . : :. : : .: :.:... : : .::::::.. . .:: . CCDS94 TPRKVTNCLHIKRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLGNNGN--QLTPVRV 170 180 190 200 210 220 100 110 120 130 140 150 pF1KE4 -SLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVV-PQAIELHKEK .: . ..:..::. :. ::..: . . :.:..::::. : . .. : : ..::. 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