Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7790
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7790, 517 aa
1>>>pF1KB7790 517 - 517 aa - 517 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7518+/-0.000867; mu= 3.1913+/- 0.053
mean_var=538.8544+/-115.504, 0's: 0 Z-trim(113.1): 1474 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.055251
statistics sampled from 20387 (22273) to 20387 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 8.810
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006718374 (OMIM: 605016) PREDICTED: zinc finger ( 517) 3508 295.8 2e-79
NP_037382 (OMIM: 605016) zinc finger protein 215 [ ( 517) 3508 295.8 2e-79
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 930 90.4 1.5e-17
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 930 90.4 1.5e-17
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 930 90.4 1.5e-17
XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 538) 714 73.1 2.3e-12
NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 538) 714 73.1 2.3e-12
NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with ( 538) 714 73.1 2.3e-12
XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598) 709 72.8 3.2e-12
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 699 71.9 5e-12
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 699 71.9 5e-12
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 699 71.9 5e-12
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 699 71.9 5e-12
XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 644) 693 71.6 8e-12
NP_001316584 (OMIM: 194528) zinc finger protein 25 ( 455) 681 70.4 1.3e-11
XP_016866749 (OMIM: 600834) PREDICTED: zinc finger ( 485) 674 69.9 2e-11
XP_016866748 (OMIM: 600834) PREDICTED: zinc finger ( 485) 674 69.9 2e-11
NP_003438 (OMIM: 600834) zinc finger protein 165 [ ( 485) 674 69.9 2e-11
XP_016866747 (OMIM: 600834) PREDICTED: zinc finger ( 485) 674 69.9 2e-11
NP_005732 (OMIM: 604191) zinc finger protein 263 [ ( 683) 662 69.2 4.6e-11
XP_011520646 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 683) 662 69.2 4.6e-11
XP_006720894 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 670) 661 69.1 4.8e-11
NP_004211 (OMIM: 608387) zinc finger protein 213 [ ( 459) 653 68.1 6.2e-11
NP_001128127 (OMIM: 608387) zinc finger protein 21 ( 459) 653 68.1 6.2e-11
NP_001310970 (OMIM: 601473) zinc finger protein 75 ( 537) 649 67.9 8.3e-11
NP_001289038 (OMIM: 601473) zinc finger protein 75 ( 537) 649 67.9 8.3e-11
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 648 68.0 9.9e-11
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 648 68.0 9.9e-11
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 648 68.0 9.9e-11
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 648 68.0 9.9e-11
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 639 67.2 1.5e-10
XP_016867182 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867185 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867180 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867183 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867179 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867187 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867184 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867181 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867178 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_016867186 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 630 66.4 2.3e-10
XP_011514048 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 537) 630 66.4 2.4e-10
XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 569) 630 66.5 2.4e-10
NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [ ( 569) 630 66.5 2.4e-10
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 618 65.2 3.8e-10
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 618 65.4 4.4e-10
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 618 65.4 4.4e-10
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 618 65.4 4.4e-10
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 618 65.4 4.4e-10
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 618 65.4 4.5e-10
>>XP_006718374 (OMIM: 605016) PREDICTED: zinc finger pro (517 aa)
initn: 3508 init1: 3508 opt: 3508 Z-score: 1546.7 bits: 295.8 E(85289): 2e-79
Smith-Waterman score: 3508; 99.8% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVLRADMSWQQETNPVVETHDSEASRQKFRHFQYLKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVLRADMSWQQETNPVVETHDSEASRQKFRHFQYLKVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNSKDVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_006 GPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNSKDMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEPVTFKDVVVEFSKEEWGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEPVTFKDVVVEFSKEEWGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKTIFDMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKTIFDMK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SISGEESSHGVIMTRLTESGHPSSDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAFIPETIYTEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SISGEESSHGVIMTRLTESGHPSSDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAFIPETIYTEEED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FECSENKKSFDINSVSSICAIQVGIPSRKGSPKCDKFKTYFKFNLDSVGKQHSEYEYGND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FECSENKKSFDINSVSSICAIQVGIPSRKGSPKCDKFKTYFKFNLDSVGKQHSEYEYGND
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LSLSTDIRHQKSHTTMNSYECYQCGKAFCRSSSLIRHQIIHTGEKPYKCSECGRFFNRRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LSLSTDIRHQKSHTTMNSYECYQCGKAFCRSSSLIRHQIIHTGEKPYKCSECGRFFNRRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 NLTKHQKLHAEAKACTSNKCGKAFSKSEDSNNPTLHFGNNFYQCVNCGKSFNRSSSLIRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NLTKHQKLHAEAKACTSNKCGKAFSKSEDSNNPTLHFGNNFYQCVNCGKSFNRSSSLIRH
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB7 QMIHTGEKPFKCKECSKAFNRSSNLVKHQKLHTRDKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 QMIHTGEKPFKCKECSKAFNRSSNLVKHQKLHTRDKS
490 500 510
>>NP_037382 (OMIM: 605016) zinc finger protein 215 [Homo (517 aa)
initn: 3508 init1: 3508 opt: 3508 Z-score: 1546.7 bits: 295.8 E(85289): 2e-79
Smith-Waterman score: 3508; 99.8% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVLRADMSWQQETNPVVETHDSEASRQKFRHFQYLKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVLRADMSWQQETNPVVETHDSEASRQKFRHFQYLKVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNSKDVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_037 GPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNSKDMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEPVTFKDVVVEFSKEEWGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 TLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEPVTFKDVVVEFSKEEWGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKTIFDMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKTIFDMK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SISGEESSHGVIMTRLTESGHPSSDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAFIPETIYTEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SISGEESSHGVIMTRLTESGHPSSDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAFIPETIYTEEED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FECSENKKSFDINSVSSICAIQVGIPSRKGSPKCDKFKTYFKFNLDSVGKQHSEYEYGND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 FECSENKKSFDINSVSSICAIQVGIPSRKGSPKCDKFKTYFKFNLDSVGKQHSEYEYGND
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LSLSTDIRHQKSHTTMNSYECYQCGKAFCRSSSLIRHQIIHTGEKPYKCSECGRFFNRRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LSLSTDIRHQKSHTTMNSYECYQCGKAFCRSSSLIRHQIIHTGEKPYKCSECGRFFNRRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 NLTKHQKLHAEAKACTSNKCGKAFSKSEDSNNPTLHFGNNFYQCVNCGKSFNRSSSLIRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 NLTKHQKLHAEAKACTSNKCGKAFSKSEDSNNPTLHFGNNFYQCVNCGKSFNRSSSLIRH
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB7 QMIHTGEKPFKCKECSKAFNRSSNLVKHQKLHTRDKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 QMIHTGEKPFKCKECSKAFNRSSNLVKHQKLHTRDKS
490 500 510
>>XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger pro (553 aa)
initn: 886 init1: 349 opt: 930 Z-score: 435.9 bits: 90.4 E(85289): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 930; 34.2% identity (65.8% similar) in 517 aa overlap (20-517:18-527)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVL---RADMSWQQETNPVVETHD-SEASRQKFRHFQY
::. .: . ..::... . :.. .: ::.::.: :
XP_011 MAVESGVISTLIPQDPPEQELILVKVEDNFSWDEKFKQNGSTQSCQELFRQQFRKFCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LKVSGPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNS
.. ::.::::.: ::: ::: ::.:::.::.:::::::::.:::::.. ::. ..:...
XP_011 QETPGPREALSRLQELCYQWLMPELHTKEQILELLVLEQFLSILPEELQIWVQQHNPESG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 KDVVTLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEP-VTFKDVVVEFSK
...:::.::. . ..: . ..:. ... ..:: : : .::.. ..
XP_011 EEAVTLLEDLEREFDDPGQQVGTEKSDVGKGIYSLEHVMVPASPQGPAVPWKDLTCLRAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EEWGQLDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKT
.: . : .. : ...:.... : :. .. . . :..: . .: .
XP_011 QE--STDIHLQPL--KTQLKSWKPCLS-PKSDCENSETATKEGISEEKSQGLPQEPSFRG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 IFDMKS--ISGEESSHGVIMTRLTESGHPS----SDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAF
: . .: . . :. : . ...: : .. :. :: . .. : : ...
XP_011 ISEHESNLVWKQGSATGEKLRSPSQGGSFSQVIFTNKSLGKRDLYDEAERCLI-LTTDSI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 IPETIYTEEEDFECSENKKSFDINS-VSSICAIQVGIPSRKGSPKCDK---FKTYFKFN-
. . . ::. ..:. .:: .: ... :..: : . .: : ...:. ..
XP_011 MCQKVPPEERPYRCDVCGHSFKQHSSLTQHQRIHTGEKPYKCN-QCGKAFSLRSYLIIHQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 -LDSVGKQHSEYEYGNDLSLSTD-IRHQKSHTTMNSYECYQCGKAFCRSSSLIRHQIIHT
. : : . : :. .. :. :::.: :: .. .: .::::: .:: :: :: :::
XP_011 RIHSGEKAYECSECGKAFNQSSALIRHRKIHTGEKACKCNECGKAFSQSSYLIIHQRIHT
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 GEKPYKCSECGRFFNRRTNLTKHQKLHAEAKACTSNKCGKAFSKS-EDSNNPTLHFGNNF
:::::.:.:::. :.. ..: .::..:. . :.::::: .: : .. .: :..
XP_011 GEKPYECNECGKTFSQSSKLIRHQRIHTGERPYECNECGKAFRQSSELITHQRIHSGEKP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KB7 YQCVNCGKSFNRSSSLIRHQMIHTGEKPFKCKECSKAFNRSSNLVKHQKLHTRDKS
:.: .:::.:. ::.::::: ::.::.:..:.::.:.:.::: ::.::..:. :..
XP_011 YECSECGKAFSLSSNLIRHQRIHSGEEPYQCNECGKTFKRSSALVQHQRIHSGDEAYICN
480 490 500 510 520 530
XP_011 ECGKAFRHRSVLMRHQRVHTIK
540 550
>>XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger pro (553 aa)
initn: 886 init1: 349 opt: 930 Z-score: 435.9 bits: 90.4 E(85289): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 930; 34.2% identity (65.8% similar) in 517 aa overlap (20-517:18-527)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MQPLSKLMAISKPRNLSLREQREVL---RADMSWQQETNPVVETHD-SEASRQKFRHFQY
::. .: . ..::... . :.. .: ::.::.: :
XP_006 MAVESGVISTLIPQDPPEQELILVKVEDNFSWDEKFKQNGSTQSCQELFRQQFRKFCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LKVSGPHEALSQLWELCLQWLRPEIHTKKQIIELLVLEQFLAILPEEVRTWVNLQHPNNS
.. ::.::::.: ::: ::: ::.:::.::.:::::::::.:::::.. ::. ..:...
XP_006 QETPGPREALSRLQELCYQWLMPELHTKEQILELLVLEQFLSILPEELQIWVQQHNPESG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 KDVVTLIEDVIEMLEDEDMPCKDSALQMGSIKEKMKAGSRTGKPQEP-VTFKDVVVEFSK
...:::.::. . ..: . ..:. ... ..:: : : .::.. ..
XP_006 EEAVTLLEDLEREFDDPGQQVGTEKSDVGKGIYSLEHVMVPASPQGPAVPWKDLTCLRAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EEWGQLDSAVKNLYRNVMLENFRNLNSLRKAHLLSKPFESLKLESKKKRWIMEKEIPRKT
.: . : .. : ...:.... : :. .. . . :..: . .: .
XP_006 QE--STDIHLQPL--KTQLKSWKPCLS-PKSDCENSETATKEGISEEKSQGLPQEPSFRG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 IFDMKS--ISGEESSHGVIMTRLTESGHPS----SDAWKGENWLYRNQKKWDINLPQEAF
: . .: . . :. : . ...: : .. :. :: . .. : : ...
XP_006 ISEHESNLVWKQGSATGEKLRSPSQGGSFSQVIFTNKSLGKRDLYDEAERCLI-LTTDSI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 IPETIYTEEEDFECSENKKSFDINS-VSSICAIQVGIPSRKGSPKCDK---FKTYFKFN-
. . . ::. ..:. .:: .: ... :..: : . .: : ...:. ..
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