FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6496, 532 aa 1>>>pF1KE6496 532 - 532 aa - 532 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5421+/-0.000373; mu= 18.6400+/- 0.023 mean_var=90.6554+/-18.483, 0's: 0 Z-trim(115.2): 44 B-trim: 1476 in 1/51 Lambda= 0.134703 statistics sampled from 25413 (25455) to 25413 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16 Scan time: 6.560 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003046 (OMIM: 600336) vesicular acetylcholine t ( 532) 3483 687.2 3.3e-197 NP_003044 (OMIM: 193002) chromaffin granule amine ( 525) 1034 211.2 6.1e-54 NP_001129163 (OMIM: 193002) chromaffin granule ami ( 525) 1034 211.2 6.1e-54 NP_003045 (OMIM: 193001) synaptic vesicular amine ( 514) 1014 207.3 8.9e-53 XP_011542929 (OMIM: 193002) PREDICTED: chromaffin ( 472) 944 193.7 1e-48 NP_001135797 (OMIM: 193002) chromaffin granule ami ( 472) 944 193.7 1e-48 XP_011542927 (OMIM: 193002) PREDICTED: chromaffin ( 497) 843 174.1 8.8e-43 NP_001135796 (OMIM: 193002) chromaffin granule ami ( 493) 580 123.0 2.1e-27 XP_011542928 (OMIM: 193002) PREDICTED: chromaffin ( 493) 580 123.0 2.1e-27 XP_016865725 (OMIM: 613361) PREDICTED: MFS-type tr ( 409) 284 65.4 3.8e-10 NP_439896 (OMIM: 613361) MFS-type transporter SLC1 ( 456) 284 65.4 4.1e-10 >>NP_003046 (OMIM: 600336) vesicular acetylcholine trans (532 aa) initn: 3483 init1: 3483 opt: 3483 Z-score: 3661.4 bits: 687.2 E(85289): 3.3e-197 Smith-Waterman score: 3483; 99.8% identity (99.8% similar) in 532 aa overlap (1-532:1-532) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MESAEPAGQARAAATKLSEAVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPDY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 MESAEPAGQARAAATKLSEAVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPDY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 IAHMRGGGEGPTRTPEVWEPTLPLPTPANASAYTANTSASPTAAWPAGSALRPRYPTESE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 IAHMRGGGEGPTRTPEVWEPTLPLPTPANASAYTANTSASPTAAWPAGSALRPRYPTESE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 DVKIGVLFASKAILQLLVNPLSGPFIDRMSYDVPLLIGLGVMFASTVLFAFAEDYATLFA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 DVKIGVLFASKAILQLLVNPLSGPFIDRMSYDVPLLIGLGVMFASTVLFAFAEDYATLFA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 ARSLQGLGSAFADTSGIAMIADKYPEEPERSRALGVALAFISFGSLVAPPFGGILYEFAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 ARSLQGLGSAFADTSGIAMIADKYPEEPERSRALGVALAFISFGSLVAPPFGGILYEFAG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 KRVPFLVLAAVSLFDALLLLAVAKPFSAAARARANLPVGTPIHRLMLDPYIAVVAGALTT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 KRVPFLVLAAVSLFDALLLLAVAKPFSAAARARANLPVGTPIHRLMLDPYIAVVAGALTT 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 CNIPLAFLEPTIATWMKHTMAASEWEMGMAWLPAFVPHVLGVYLTVRLAARYPHLQWLYG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 CNIPLAFLEPTIATWMKHTMAASEWEMGMAWLPAFVPHVLGVYLTVRLAARYPHLQWLYG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE6 ALGLAVIGASSCIVPACRSFAPLVVSLCGLCFGIALVDTALLPTLAFLVDVRHVSVYGSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 ALGLAVIGASSCIVPACRSFAPLVVSLCGLCFGIALVDTALLPTLAFLVDVRHVSVYGSV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 YAIADISYSVAYALGPIVAGHIVHSLGFEQLSLGMGLANLLYAPVLLLLRNVGLLTRSRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 YAIADISYSVAYALGPIVAGHIVHSLGFEQLSLGMGLANLLYAPVLLLLRNVGLLTRSRS 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 ERDVLLDEPPQGLYDAVRLRERPVSGQDGEPRSPPGPFDECEDDYNYYYTRS ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::: NP_003 ERDVLLDEPPQGLYDAVRLRERPVSGQDGEPRSPPGPFDACEDDYNYYYTRS 490 500 510 520 530 >>NP_003044 (OMIM: 193002) chromaffin granule amine tran (525 aa) initn: 1171 init1: 510 opt: 1034 Z-score: 1089.4 bits: 211.2 E(85289): 6.1e-54 Smith-Waterman score: 1134; 38.3% identity (67.9% similar) in 517 aa overlap (25-510:13-518) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MESAEPAGQARAAATKLSEAVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPDY :.: : .:.::::.: :::::::::. :.::::: . 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NP_001 TIPPPATEAISAHKNNCLQGTGFLEEEITRVGVLFASKAVMQLLVNPFVGPLTNRIGYHI 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KE6 PLLIGLGVMFASTVLFAFAEDYATLFAARSLQGLGSAFADTSGIAMIADKYPEEPERSRA :.. :. .:: :::.:::. :. ::.::.:::.::.:....:..:.:. : .. ::.:: NP_001 PMFAGFVIMFLSTVMFAFSGTYTLLFVARTLQGIGSSFSSVAGLGMLASVYTDDHERGRA 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 LGVALAFISFGSLVAPPFGGILYEFAGKRVPFLVLAAVSLFDALLLLAVAKPFSAAARAR .:.::. ...: ::. :::...:::.:: .:::.:: ..:.:. : : . .: : .. NP_001 MGTALGGLALGLLVGAPFGSVMYEFVGKSAPFLILAFLALLDGALQLCILQP-SKVSPES 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 ANLPVGTPIHRLMLDPYIAVVAGALTTCNIPLAFLEPTIATWMKHTMAASEWEMGMAWLP :. :::. :. :::: :.::.. :. .:.::::. :: .:: . .:..:.:.:: NP_001 AK---GTPLFMLLKDPYILVAAGSICFANMGVAILEPTLPIWMMQTMCSPKWQLGLAFLP 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 AFVPHVLGVYLTVRLAARYPHLQWLYGALGLAVIGASSCIVPACRSFAPLVVSLCGLCFG : : ...:. : :: .. .:: . .:. :.:.: :: ... :. :: .. NP_001 ASVSYLIGTNLFGVLANKMG--RWLCSLIGMLVVGTSLLCVPLAHNIFGLIGPNAGLGLA 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE6 IALVDTALLPTLAFLVDVRHVSVYGSVYAIADISYSVAYALGPIVAGHIVHSLGFEQLSL :..::....: .. :::.::.:::::::::::... ...:.:: ..: ::...:: : . NP_001 IGMVDSSMMPIMGHLVDLRHTSVYGSVYAIADVAFCMGFAIGPSTGGAIVKAIGFPWLMV 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 pF1KE6 GMGLANLLYAPVLLLLRNVGLLTRSRSERDVLL--DEPPQGLYDAVR--LRERPVSGQDG :. :..:::. ::. .. :. ..: : : . . :.. .: :. :.:. NP_001 ITGVINIVYAPLCYYLRS----PPAKEEKLAILSQDCPMETRMYATQKPTKEFPL-GEDS 470 480 490 500 510 510 520 530 pF1KE6 EPRSPPGPFDECEDDYNYYYTRS . NP_001 DEEPDHEE 520 >>NP_003045 (OMIM: 193001) synaptic vesicular amine tran (514 aa) initn: 1138 init1: 467 opt: 1014 Z-score: 1068.5 bits: 207.3 E(85289): 8.9e-53 Smith-Waterman score: 1154; 37.7% identity (69.9% similar) in 522 aa overlap (17-513:3-513) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MESAEPAGQARAAATKLSE-AVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPD ::: :. ::: ::.:.:.: :: .:::::::: :.:::.:. 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NP_003 SMMPIMGYLVDLRHVSVYGSVYAIADVAFCMGYAIGPSAGGAIAKAIGFPWLMTIIGIID 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 LLYAPVLLLLRNVGLLTRSRSER-DVLLDE--PPQG-LYDAVRLRERPVSGQDGEPRSPP .:.::. ..::. .. :. .:.:. : . .: .. :. :.: : .: NP_003 ILFAPLCFFLRS----PPAKEEKMAILMDHNCPIKTKMYTQNNIQSYPI-GEDEESESD 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 GPFDECEDDYNYYYTRS >>XP_011542929 (OMIM: 193002) PREDICTED: chromaffin gran (472 aa) initn: 1081 init1: 510 opt: 944 Z-score: 995.5 bits: 193.7 E(85289): 1e-48 Smith-Waterman score: 1043; 40.0% identity (69.2% similar) in 438 aa overlap (25-435:13-444) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MESAEPAGQARAAATKLSEAVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPDY :.: : .:.::::.: :::::::::. :.::::: . 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XP_011 ASVSYLIGTNLFGVLANKMG--RWLCSLIGMLVVGTSLLCVPLAHNIFGLIGPNAGLGLA 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE6 IALVDTALLPTLAFLVDVRHVSVYGSVYAIADISYSVAYALGPIVAGHIVHSLGFEQLSL :..::....: .. :::.::.:::::::::::... ...:.: XP_011 IGMVDSSMMPIMGHLVDLRHTSVYGSVYAIADVAFCMGFAIGYSESGLPHGDPDVCNPEA 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 GMGLANLLYAPVLLLLRNVGLLTRSRSERDVLLDEPPQGLYDAVRLRERPVSGQDGEPRS XP_011 HEGISSGGGQ 470 >>NP_001135797 (OMIM: 193002) chromaffin granule amine t (472 aa) initn: 1081 init1: 510 opt: 944 Z-score: 995.5 bits: 193.7 E(85289): 1e-48 Smith-Waterman score: 1043; 40.0% identity (69.2% similar) in 438 aa overlap (25-435:13-444) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MESAEPAGQARAAATKLSEAVGAALQEPRRQRRLVLVIVCVALLLDNMLYMVIVPIVPDY :.: : .:.::::.: :::::::::. :.::::: . 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NP_001 MGTALGGLALGLLVGAPFGSVMYEFVGKSAPFLILAFLALLDGALQLCILQP-SKVSPES 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 ANLPVGTPIHRLMLDPYIAVVAGALTTCNIPLAFLEPTIATWMKHTMAASEWEMGMAWLP :. :::. :. :::: :.::.. :. .:.::::. :: .:: . .:..:.:.:: NP_001 AK---GTPLFMLLKDPYILVAAGSICFANMGVAILEPTLPIWMMQTMCSPKWQLGLAFLP 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 AFVPHVLGVYLTVRLAARYPHLQWLYGALGLAVIGASSCIVPACRSFAPLVVSLCGLCFG : : ...:. : :: .. .:: . .:. :.:.: :: ... :. :: .. 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XP_011 ITGVINIVYAPLCYYLRS----PPAKEEKLAILSQDCPMETRMYATQKPTKEFPL-GEDS 440 450 460 470 480 510 520 530 pF1KE6 EPRSPPGPFDECEDDYNYYYTRS . XP_011 DEEPDHEE 490 >>XP_016865725 (OMIM: 613361) PREDICTED: MFS-type transp (409 aa) initn: 167 init1: 113 opt: 284 Z-score: 303.1 bits: 65.4 E(85289): 3.8e-10 Smith-Waterman score: 302; 22.2% identity (55.8% similar) in 405 aa overlap (109-486:5-395) 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 EPTLPLPTPANASAYTANTSASPTAAWPAGSALRPRYPTESE-----DVKIGVLFASKAI : : : .: :.: .. ::..:. :. XP_016 MMCYSILGPFFPKEAEKKGASNTIIGMIFGCFAL 10 20 30 140 150 160 170 180 pF1KE6 LQLLVNPLSGPFIDRMSYDVPLLIGLGVMFASTVLFAFAEDY-------ATLFAARSLQG ..::.. . : .. ... .. :. : . :.::. . : : .: ... XP_016 FELLASLVFGNYLVHIGAKFMFVAGMFVSGGVTILFGVLDRVPDGPVFIAMCFLVRVMDA 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 LGSAFADTSGIAMIADKYPEEPERSRALGVALAFISFGSLVAPPFGGILYEFAGKRVPFL .. : : :.. ...: .:.. . .:: .: ..: ...:: ::.::. : .:::. 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XP_016 EGLSTLGLVSGLFSAMWSIGAFMGPTLGGFLYEKIGFEWAAAIQGLWALISGLAMGLFYL 330 340 350 360 370 380 480 490 500 510 520 530 pF1KE6 VGLLTRSRSERDVLLDEPPQGLYDAVRLRERPVSGQDGEPRSPPGPFDECEDDYNYYYTR . :.::. . .: XP_016 LEYSRRKRSKSQNILSTEEERTTLLPNET 390 400 532 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 13:52:54 2016 done: Tue Nov 8 13:52:55 2016 Total Scan time: 6.560 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]