FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5781, 644 aa 1>>>pF1KE5781 644 - 644 aa - 644 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7694+/-0.000834; mu= 16.3871+/- 0.050 mean_var=66.0694+/-13.296, 0's: 0 Z-trim(106.6): 117 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.157788 statistics sampled from 8975 (9094) to 8975 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16 Scan time: 2.400 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS31180.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 ( 644) 4447 1021.4 0 CCDS81448.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 ( 906) 4428 1017.1 0 CCDS7177.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 ( 923) 4428 1017.1 0 CCDS31179.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 ( 609) 4065 934.5 0 CCDS46498.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 901) 2185 506.5 6.2e-143 CCDS2365.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 906) 2185 506.5 6.2e-143 CCDS46497.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 909) 2185 506.5 6.2e-143 CCDS46496.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 926) 2185 506.6 6.3e-143 CCDS2364.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 931) 2185 506.6 6.4e-143 CCDS46499.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 ( 555) 1998 463.9 2.6e-130 CCDS5700.1 PCOLCE gene_id:5118|Hs108|chr7 ( 449) 546 133.4 6.8e-31 CCDS10347.1 MFGE8 gene_id:4240|Hs108|chr15 ( 387) 541 132.2 1.3e-30 CCDS64195.1 EDIL3 gene_id:10085|Hs108|chr5 ( 470) 539 131.8 2.1e-30 CCDS4062.1 EDIL3 gene_id:10085|Hs108|chr5 ( 480) 539 131.8 2.2e-30 CCDS81918.1 MFGE8 gene_id:4240|Hs108|chr15 ( 343) 528 129.2 9.1e-30 CCDS3811.1 TLL1 gene_id:7092|Hs108|chr4 (1013) 475 117.3 1e-25 CCDS588.2 CDCP2 gene_id:200008|Hs108|chr1 ( 449) 397 99.4 1.1e-20 CCDS7113.1 CUBN gene_id:8029|Hs108|chr10 (3623) 407 102.0 1.5e-20 CCDS45345.1 MFGE8 gene_id:4240|Hs108|chr15 ( 335) 381 95.8 1e-19 CCDS44026.1 F8 gene_id:2157|Hs108|chrX ( 216) 356 90.0 3.6e-18 CCDS7449.1 TLL2 gene_id:7093|Hs108|chr10 (1015) 358 90.7 1.1e-17 CCDS34856.1 BMP1 gene_id:649|Hs108|chr8 ( 730) 353 89.5 1.8e-17 CCDS6026.1 BMP1 gene_id:649|Hs108|chr8 ( 986) 353 89.5 2.3e-17 CCDS73251.1 OVCH2 gene_id:341277|Hs108|chr11 ( 565) 348 88.3 3.1e-17 CCDS35457.1 F8 gene_id:2157|Hs108|chrX (2351) 356 90.3 3.2e-17 CCDS1281.1 F5 gene_id:2153|Hs108|chr1 (2224) 354 89.9 4.2e-17 CCDS1241.1 DDR2 gene_id:4921|Hs108|chr1 ( 855) 334 85.2 4.1e-16 CCDS58460.1 NETO2 gene_id:81831|Hs108|chr16 ( 518) 327 83.5 7.8e-16 CCDS46878.1 DCBLD2 gene_id:131566|Hs108|chr3 ( 775) 327 83.6 1.1e-15 CCDS5476.1 AEBP1 gene_id:165|Hs108|chr7 (1158) 328 83.9 1.4e-15 CCDS42444.1 NETO1 gene_id:81832|Hs108|chr18 ( 156) 305 78.4 8.5e-15 CCDS12000.1 NETO1 gene_id:81832|Hs108|chr18 ( 533) 308 79.2 1.6e-14 CCDS10727.1 NETO2 gene_id:81831|Hs108|chr16 ( 525) 305 78.5 2.6e-14 CCDS34522.1 DCBLD1 gene_id:285761|Hs108|chr6 ( 539) 286 74.2 5.2e-13 CCDS7637.1 CPXM2 gene_id:119587|Hs108|chr10 ( 756) 281 73.1 1.6e-12 CCDS75419.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 767) 280 72.9 1.9e-12 CCDS4690.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 876) 280 72.9 2.1e-12 CCDS56411.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 894) 280 72.9 2.1e-12 CCDS34385.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 913) 280 72.9 2.2e-12 CCDS47396.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 919) 280 72.9 2.2e-12 CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331) 281 73.2 2.6e-12 CCDS3127.1 PCOLCE2 gene_id:26577|Hs108|chr3 ( 415) 270 70.5 5.2e-12 CCDS2193.1 TNFAIP6 gene_id:7130|Hs108|chr2 ( 277) 260 68.2 1.7e-11 CCDS12604.2 MEGF8 gene_id:1954|Hs108|chr19 (2778) 264 69.4 7.5e-11 CCDS62693.1 MEGF8 gene_id:1954|Hs108|chr19 (2845) 264 69.4 7.7e-11 >>CCDS31180.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 (644 aa) initn: 4447 init1: 4447 opt: 4447 Z-score: 5464.9 bits: 1021.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4447; 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CCDS46 QDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDIRRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSK 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KE5 PTA---GPTT---------PNGNLVDECDDDQANCHSGTGDDFQLTGGTTVLATEKPTVI ::. :::. :. . . :: . :: :.:: .: CCDS46 PTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGE---NCSFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPC 600 610 620 630 640 650 640 pF1KE5 DSTIQSGIK CCDS46 GWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYARLISPPVHLPRSPVC 660 670 680 690 700 710 >>CCDS2365.1 NRP2 gene_id:8828|Hs108|chr2 (906 aa) initn: 1712 init1: 754 opt: 2185 Z-score: 2679.6 bits: 506.5 E(32554): 6.2e-143 Smith-Waterman score: 2205; 50.6% identity (77.6% similar) in 621 aa overlap (27-623:28-643) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MERGLPLLCAVLALVLAPAGAFRNDKCGDTIKIESPGYLTSPGYPHSYHPSEKCEWLIQ :: .. .. ::.::::::..: ..:::.. 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CCDS23 YIKFTSDYARQGAGFSLRYEIFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTIL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 A-PKMSEIILEFESFDLEPDSNPPGGMFCRYDRLEIWDGFPDVGPHIGRYCGQKTPGRIR : ::: ::::.: :::: : : :.:: :.::::.: ::: ::.::: :::...: CCDS23 AKPKM-EIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKYDWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 SSSGILSMVFYTDSAIAKEGFSANYSVLQSSVSEDFKCMEALGMESGEIHSDQITASSQY ::.::::..:.:: :.::.:::: : .... :.:.: ::::::.: ..::.::: : CCDS23 SSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVPLGMESGRIANEQISASSTY 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 STN-WSAERSRLNYPENGWTPGEDSYREWIQVDLGLLRFVTAVGTQGAISKETKKKYYVK : . :. ..:::. .:::::. :: .:..:::: .: ..::..::::::.::.. :::: CCDS23 SDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQNGYYVK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 TYKIDVSSNGEDWITIKEGNKPVLFQGNTNPTDVVVAVFPKPLITRFVRIKPATWETGIS .::..::.:::::.. ..:.. .::.:.. :.::. . ::.::::::.: ::..::. 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