Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1928
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1928, 466 aa
1>>>pF1KE1928 466 - 466 aa - 466 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9891+/-0.000599; mu= -6.8455+/- 0.037
mean_var=478.8229+/-100.669, 0's: 0 Z-trim(116.7): 165 B-trim: 397 in 1/56
Lambda= 0.058612
statistics sampled from 28003 (28170) to 28003 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 9.210
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 2916 261.6 3.3e-69
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 2916 261.6 3.3e-69
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 1817 168.7 3.1e-41
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 1613 151.4 4.9e-36
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1608 151.0 6.2e-36
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 1606 150.8 7.3e-36
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1489 140.9 6.6e-33
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1489 140.9 7e-33
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1470 139.3 2e-32
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1229 119.0 3e-26
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1161 113.3 1.7e-24
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1142 111.9 7.3e-24
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 964 96.9 2.5e-19
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 964 96.9 2.7e-19
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 859 87.7 7.7e-17
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 859 87.7 7.7e-17
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 859 87.7 8e-17
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 803 83.0 2.2e-15
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 794 82.1 3.3e-15
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 793 82.1 3.6e-15
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 795 82.4 3.7e-15
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 791 82.0 4.6e-15
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 792 82.2 4.7e-15
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 786 81.6 6.2e-15
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 777 80.8 1e-14
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 774 80.6 1.3e-14
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 774 80.6 1.3e-14
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 767 80.0 1.8e-14
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 765 79.9 2.3e-14
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 750 78.5 4.8e-14
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 745 78.1 6.6e-14
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 743 78.0 8.3e-14
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 738 77.4 8.8e-14
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 738 77.5 9.8e-14
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 733 77.1 1.3e-13
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 732 76.9 1.3e-13
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 732 76.9 1.3e-13
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 731 76.9 1.5e-13
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 731 76.9 1.5e-13
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 732 77.0 1.5e-13
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 729 76.7 1.6e-13
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 728 76.6 1.7e-13
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 728 76.7 1.9e-13
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 724 76.3 2.2e-13
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 723 76.3 2.7e-13
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 714 75.5 3.9e-13
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 707 74.8 5.2e-13
XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 707 74.8 5.4e-13
NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 692 73.6 1.4e-12
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 681 72.6 2.4e-12
>>XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vimentin (466 aa)
initn: 2916 init1: 2916 opt: 2916 Z-score: 1363.5 bits: 261.6 E(85289): 3.3e-69
Smith-Waterman score: 2916; 100.0% identity (100.0% similar) in 466 aa overlap (1-466:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE1 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
430 440 450 460
>>NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sapiens (466 aa)
initn: 2916 init1: 2916 opt: 2916 Z-score: 1363.5 bits: 261.6 E(85289): 3.3e-69
Smith-Waterman score: 2916; 100.0% identity (100.0% similar) in 466 aa overlap (1-466:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE1 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
430 440 450 460
>>NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,604765,61 (470 aa)
initn: 1836 init1: 1653 opt: 1817 Z-score: 861.2 bits: 168.7 E(85289): 3.1e-41
Smith-Waterman score: 1817; 62.7% identity (84.7% similar) in 464 aa overlap (9-465:12-470)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGG-PGTA-----SRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRS
::::: ::: :: : : :. .. . :. : . . :
NP_001 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELN
:.. :.. :.: ...: :: . .:: :::::::.: :: .:::::::::::::
NP_001 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL----DFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DRFANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARV
:::::::.::::::::: : ::...:::. .:...:::::.:::::::. :::..:::
NP_001 DRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 EVERDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEI
.:::::: .:..::. :::::. .:::::.: .:: ::: :.:::.::::..:::.:::
NP_001 DVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEI
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pF1KE1 AFLKKLHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
:::::.:::::.:::::.:::.::...:.:::::::::::.: :::..::::..::::::
NP_001 AFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
::: .::..:::.::::::::::: :::.:.:: :::.:::::::.:: :::::.:. :
NP_001 KSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
: ::..:::.:.::..::...:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 ASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE1 SLPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINE-TSQHHDDLE
.::. ..:.::.:::. .. ..:.:.:..:::.:::::.:..: :.:.:. :
NP_001 NLPIQTYSALNFRETSPEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
420 430 440 450 460 470
>>NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo sapie (470 aa)
initn: 1600 init1: 924 opt: 1613 Z-score: 768.0 bits: 151.4 E(85289): 4.9e-36
Smith-Waterman score: 1650; 58.1% identity (82.5% similar) in 458 aa overlap (7-462:13-458)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYA
::.:::: :: : . : . : : . . . :::: ::.: :
NP_006 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSA-SPSSSVRL--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRF
:. . :..: : .:: .. .:::.:.:.: :: ::.::: :::::::::
NP_006 ---GSFRSPRAGAGAL------LRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRF
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 ANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVE
::.:.::::::::: : .:: : .:: .: .: ..:.:::::... : .. ::.::
NP_006 ANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFL
::.::::. :...:.:: .::.::..: ::.:::.:.:.::.::::.:::..:: ::
NP_006 RDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KKLHEEEIQELQAQIQEQHVQ-IDVDVS-KPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYK
:::::::...::.... :.:: ..:... ::.:::::::.: ::::.:::::::::::::
NP_006 KKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYK
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFA
::.::::.:::::..:::::::: .: :::.::::::::.:.::::.: ::.::.::.::
NP_006 SKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 VEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
.::..:: .::..:....::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 LPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
.:. .:.:::.. : . : :.::..:.::::.:::.:.:..:.....
NP_006 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAH
410 420 430 440 450 460
NP_006 SY
470
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20 30 40 50 60 70
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:..: :.:: . . . . :: ::
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.:: : :::::: :.:. ::.::..:..:..:::::::.::.:::::::::
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: : :::.::... ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:. .:.:
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::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
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. .:.:....::.::::::::...: :::..:..:..::::::.::::::..:: :: .
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:::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.:: . :::.::....::..:
NP_002 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
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:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:::.:
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pF1KE1 DSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
:. . . : ::....:::: :::.::.:..:.: :.
NP_002 DTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
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10 20 30 40 50
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XP_005 ANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVE
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::.::::. :...:.:: .::.::..: ::.:::.:.:.::.::::.:::..:: ::
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pF1KE1 KKLHEEEIQELQAQIQEQHVQ-IDVDVS-KPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYK
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XP_005 KKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYK
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pF1KE1 SKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFA
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XP_005 SKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFA
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pF1KE1 VEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
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XP_005 LEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
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pF1KE1 LPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDG-QVINETSQHHDDLE
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XP_005 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEQVVTESQKEQRSELDKSSA
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XP_005 HSY
470
>>NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (431 aa)
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20 30 40 50 60 70
pF1KE1 GPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPG
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NP_001 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLG---PG
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KE1 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
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pF1KE1 KILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAEDIMRLREK
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pF1KE1 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
NP_001 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
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pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
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NP_001 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
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pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
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NP_001 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
280 290 300 310 320 330
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pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLR--ET
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NP_001 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGKS
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pF1KE1 NLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
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NP_001 TKDGENHKVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARG
400 410 420 430
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20 30 40 50 60 70
pF1KE1 GPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPG
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::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
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pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
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XP_016 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
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pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
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XP_016 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
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pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLR----
:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:
XP_016 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGKS
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pF1KE1 ------------------------------------ETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVE
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XP_016 TKDGENHKVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVE
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pF1KE1 TRDGQVINETSQHHDDLE
:::.::.:.
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NP_001 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLG---PG
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pF1KE1 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
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NP_001 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
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: : :::.::... ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:. .:.:
NP_001 KALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQK
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pF1KE1 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
NP_001 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
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pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
. .:.:....::.::::::::...: :::..:..:..::::::.::::::..:: :: .
NP_001 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
220 230 240 250 260 270
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pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
:::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.:: . :::.::....::..:
NP_001 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
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pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLRETNL
:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:
NP_001 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGQYS
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pF1KE1 DSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
NP_001 RASWEGHWSPAPSSRACRLLQTGTEDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
400 410 420 430
>>NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sapien (499 aa)
initn: 1290 init1: 704 opt: 1229 Z-score: 592.2 bits: 119.0 E(85289): 3e-26
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10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASS
::::::..:: .:: :. : . . :. : ::: :::
NP_116 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFG---DGSRLSARLSGAGGA------GGFRSQSLSRSNVASS
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pF1KE1 PGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFAN
. :. : .. : : . .:..:.: : : ..:.: ::::: .:: ::::::
NP_116 AACSSAS-SLGLGLAYRRPPA---SDGLDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAV
60 70 80 90 100
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pF1KE1 YIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGK--SRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVE
.:.::. :: ::. : ::: :. . ::.:.:...:.:.:: :... .. .... .:
NP_116 FIEKVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALLE
110 120 130 140 150 160
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pF1KE1 RDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFL
::.:::...::: . .:: :: :: .:.. ..:::.:.:::::::.::::: .:.::.
NP_116 RDGLAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFV
170 180 190 200 210 220
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pF1KE1 KKLHEEEIQELQAQIQ---EQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
...:.::. :: : .: . ...:: :.:::::.:::..: ::::.:::::: :::::
NP_116 RQVHDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWY
230 240 250 260 270 280
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pF1KE1 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
:::::.:.: : :...:.: ...: :::::.:. : :...:.:.:::::::. :.::
NP_116 KSKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERH
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pF1KE1 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
..:.:.:::.::.:.....: : ::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:.
NP_116 SAEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRF
350 360 370 380 390 400
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: ..:.::
NP_116 STSGLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKKTSQIG
410 420 430 440 450 460
466 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 15:34:05 2016 done: Sun Nov 6 15:34:07 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]