Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1771
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1771, 277 aa
1>>>pF1KE1771 277 - 277 aa - 277 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4358+/-0.000942; mu= 14.8799+/- 0.057
mean_var=92.5306+/-19.336, 0's: 0 Z-trim(107.2): 182 B-trim: 421 in 1/51
Lambda= 0.133331
statistics sampled from 9215 (9432) to 9215 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 2.150
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7112.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 ( 277) 1794 355.2 3e-98
CCDS31157.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 ( 224) 1465 291.8 2.9e-79
CCDS646.1 LRRC40 gene_id:55631|Hs108|chr1 ( 602) 358 79.3 7.4e-15
CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX ( 748) 359 79.6 7.6e-15
CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX ( 765) 359 79.6 7.7e-15
CCDS53866.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 696) 358 79.3 8.2e-15
CCDS31972.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 728) 358 79.4 8.5e-15
CCDS53865.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 ( 763) 358 79.4 8.8e-15
CCDS726.1 LRRC8D gene_id:55144|Hs108|chr1 ( 858) 349 77.7 3.2e-14
CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 ( 524) 332 74.2 2.1e-13
CCDS766.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 335) 325 72.7 3.9e-13
CCDS58014.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 339) 325 72.7 4e-13
CCDS6411.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1630) 332 74.7 4.9e-13
CCDS6412.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1655) 332 74.7 4.9e-13
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 320 72.2 1.8e-12
CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18 ( 301) 313 70.3 1.8e-12
CCDS55124.1 LRRD1 gene_id:401387|Hs108|chr7 ( 860) 318 71.7 2e-12
CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 893) 317 71.5 2.3e-12
CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302) 319 72.1 2.4e-12
CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 910) 317 71.6 2.4e-12
CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346) 319 72.1 2.4e-12
CCDS58951.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1367) 319 72.1 2.4e-12
CCDS3990.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1371) 319 72.1 2.4e-12
CCDS12189.1 LRRC8E gene_id:80131|Hs108|chr19 ( 796) 316 71.3 2.5e-12
CCDS58953.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1412) 319 72.1 2.5e-12
CCDS58952.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1419) 319 72.1 2.5e-12
CCDS725.1 LRRC8C gene_id:84230|Hs108|chr1 ( 803) 307 69.6 8.2e-12
CCDS58522.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1214) 307 69.7 1.1e-11
CCDS58521.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1258) 307 69.8 1.1e-11
CCDS11192.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1269) 307 69.8 1.1e-11
CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495) 304 69.3 1.9e-11
CCDS645.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1537) 304 69.3 2e-11
CCDS46951.1 LRRIQ4 gene_id:344657|Hs108|chr3 ( 560) 297 67.5 2.4e-11
CCDS44621.1 LRRC10B gene_id:390205|Hs108|chr11 ( 292) 292 66.3 2.9e-11
CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7 ( 683) 290 66.2 7e-11
>>CCDS7112.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 (277 aa)
initn: 1794 init1: 1794 opt: 1794 Z-score: 1877.4 bits: 355.2 E(32554): 3e-98
Smith-Waterman score: 1794; 100.0% identity (100.0% similar) in 277 aa overlap (1-277:1-277)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNMLDVNGLFTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNMLDVNGLFTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 ELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLKHLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 ELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLKHLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEILPPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEILPPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQVFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 QLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQVFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE1 TYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDKSKKISRKPLAAKNR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDKSKKISRKPLAAKNR
250 260 270
>>CCDS31157.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 (224 aa)
initn: 1465 init1: 1465 opt: 1465 Z-score: 1536.6 bits: 291.8 E(32554): 2.9e-79
Smith-Waterman score: 1465; 100.0% identity (100.0% similar) in 224 aa overlap (54-277:1-224)
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 DRGISNMLDVNGLFTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQIS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQIS
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 SLQKLKHLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SLQKLKHLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSD
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 NDFEILPPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NDFEILPPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLD
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 LTGQKQVFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSETYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTGQKQVFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSETYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDK
160 170 180 190 200 210
270
pF1KE1 SKKISRKPLAAKNR
::::::::::::::
CCDS31 SKKISRKPLAAKNR
220
>>CCDS646.1 LRRC40 gene_id:55631|Hs108|chr1 (602 aa)
initn: 469 init1: 189 opt: 358 Z-score: 380.2 bits: 79.3 E(32554): 7.4e-15
Smith-Waterman score: 359; 33.1% identity (67.3% similar) in 248 aa overlap (3-240:128-368)
10 20 30
pF1KE1 MSKSLKKL-VEESREKNQPEVDMSDRGISNM-
..:.:: : ... : :: . :... .
CCDS64 TDDLRLLPALTVLDIHDNQLTSLPSAIRELENLQKLNVSHNKLKILPEEITNLRNLKCLY
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80
pF1KE1 LDVN-------GLFTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQIS
:. : :. ::.. .: ::.:.:: :: ... :..: ::. .:... ::..:.
CCDS64 LQHNELTCISEGFEQLSNLEDLDLSNNHLTTVPASFSSLSSLVRLNLSSNELKSLPAEIN
160 170 180 190 200 210
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 SLQKLKHLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSD
...::::. . : :.:.: .... .::.: : :.: :: .: . :. :....
CCDS64 RMKRLKHLDCNSNLLETIPPELAGMESLELLYLRRNKLR--FLP-EFPSCSLLKELHVGE
220 230 240 250 260 270
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 NDFEILPPD-IGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNL
:..:.: . . .:... .:.:::: : :.: :: : .:..: ...: .. :: ::::
CCDS64 NQIEMLEAEHLKHLNSILVLDLRDNKLKSVPDEIILLRSLERLDLSNNDISSLPYSLGNL
280 290 300 310 320 330
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 DLTGQKQVFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSETYKYLYGRHMQANPEPPKKNND
: . . :.:: : . .. :...:..:.::.
CCDS64 HL----KFLALEGNPLRTIRREIISKGTQEVLKYLRSKIKDDGPSQSESATETAMTLPSE
340 350 360 370 380 390
270
pF1KE1 KSKKISRKPLAAKNR
CCDS64 SRVNIHAIITLKILDYSDKQATLIPDEVFDAVKSNIVTSINFSKNQLCEIPKRMVELKEM
400 410 420 430 440 450
>>CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX (748 aa)
initn: 397 init1: 173 opt: 359 Z-score: 380.0 bits: 79.6 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 359; 33.9% identity (64.0% similar) in 236 aa overlap (3-237:78-301)
10 20 30
pF1KE1 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNMLD
.:: . .::. .. ...: : .. :
CCDS59 VPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEA--GSSGILSLSGR---KLRD
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 VNGL-FTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLKHL
: . :. :: ::.:..: .: .. . ::.::...: :. .: :..:: : .:
CCDS59 FPGSGYDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPEAIKNLQMLTYL
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 NLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEILPP
:.. : :.:::. . .:: :.:: .. :.: :.: .. : : : .: :....::
CCDS59 NISRNLLSTLPKYLFDLP-LKVLVVSNNKLV--SIPEEIGKLKDLMELDISCNEIQVLPQ
170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 DIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQVF
..::: .:. :..: :.: :: :.:.: .: : .. :..: .: .: . ::.
CCDS59 QMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVK-LDFSCNKVTEIPVCYRKLH---HLQVI
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 KAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSETYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDKSKKISRKP
.::: .: :. : :.:.:.
CCDS59 ILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPSQPLTDSME
280 290 300 310 320 330
>>CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX (765 aa)
initn: 397 init1: 173 opt: 359 Z-score: 379.9 bits: 79.6 E(32554): 7.7e-15
Smith-Waterman score: 359; 33.9% identity (64.0% similar) in 236 aa overlap (3-237:78-301)
10 20 30
pF1KE1 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNMLD
.:: . .::. .. ...: : .. :
CCDS48 VPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEA--GSSGILSLSGR---KLRD
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 VNGL-FTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLKHL
: . :. :: ::.:..: .: .. . ::.::...: :. .: :..:: : .:
CCDS48 FPGSGYDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPEAIKNLQMLTYL
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 NLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEILPP
:.. : :.:::. . .:: :.:: .. :.: :.: .. : : : .: :....::
CCDS48 NISRNLLSTLPKYLFDLP-LKVLVVSNNKLV--SIPEEIGKLKDLMELDISCNEIQVLPQ
170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 DIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQVF
..::: .:. :..: :.: :: :.:.: .: : .. :..: .: .: . ::.
CCDS48 QMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVK-LDFSCNKVTEIPVCYRKLH---HLQVI
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 KAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEYIRSETYKYLYGRHMQANPEPPKKNNDKSKKISRKP
.::: .: :. : :.:.:.
CCDS48 ILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPSQPLTDSME
280 290 300 310 320 330
>>CCDS53866.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 (696 aa)
initn: 435 init1: 165 opt: 358 Z-score: 379.4 bits: 79.3 E(32554): 8.2e-15
Smith-Waterman score: 358; 31.9% identity (62.3% similar) in 273 aa overlap (1-262:59-322)
10 20 30
pF1KE1 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNM
....:.. .::. :. ...: : ....
CCDS53 HHHHHQHHGGTGAPGGAGGGGGGSGGFNLPLNRGLERALEEA--ANSGGLNLSARKLKEF
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KE1 LDVNGL-FTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLK
. . :: .: ::.:.:. :: .. .. .::.::...: :. .: : .:: :
CCDS53 PRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEILNLYHNCIRVIPEAIVNLQMLT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 HLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEIL
.:::. :.:..:: . .:: :.:: . :.:. ::: .. : : : .: :.. :
CCDS53 YLNLSRNQLSALPACLCGLP-LKVLIASNNKLG--SLPEEIGQLKQLMELDVSCNEITAL
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 PPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQ
: .::.: .:. :..: : : ::.:. .:. .: . .. :.. :.: . .. : :
CCDS53 PQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVK-FDFSCNKVLVIPICFREMK---QLQ
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE1 VFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEY-------IRSETYKYLYGR---HMQANPEPPKK
:. :::: .: :. : :.:.: :.. ::. :.. . : ::
CCDS53 VLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTMERPHLHQHVEDGKK
260 270 280 290 300 310
260 270
pF1KE1 NNDKSKKISRKPLAAKNR
..:
CCDS53 DSDSGVGSDNGDKRLSATEPSDEDTVSLNVPMSNIMEEEQIIKEDSCHRLSPVKGEFHQE
320 330 340 350 360 370
>>CCDS31972.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13 (728 aa)
initn: 435 init1: 165 opt: 358 Z-score: 379.1 bits: 79.4 E(32554): 8.5e-15
Smith-Waterman score: 358; 31.9% identity (62.3% similar) in 273 aa overlap (1-262:59-322)
10 20 30
pF1KE1 MSKSLKKLVEESREKNQPEVDMSDRGISNM
....:.. .::. :. ...: : ....
CCDS31 HHHHHQHHGGTGAPGGAGGGGGGSGGFNLPLNRGLERALEEA--ANSGGLNLSARKLKEF
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KE1 LDVNGL-FTLSHITQLVLSHNKLTMVPPNIAELKNLEVLNFFNNQIEELPTQISSLQKLK
. . :: .: ::.:.:. :: .. .. .::.::...: :. .: : .:: :
CCDS31 PRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEILNLYHNCIRVIPEAIVNLQMLT
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 HLNLGMNRLNTLPRGFGSLPALEVLDLTYNNLSENSLPGNFFYLTTLRALYLSDNDFEIL
.:::. :.:..:: . .:: :.:: . :.:. ::: .. : : : .: :.. :
CCDS31 YLNLSRNQLSALPACLCGLP-LKVLIASNNKLG--SLPEEIGQLKQLMELDVSCNEITAL
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 PPDIGKLTKLQILSLRDNDLISLPKEIGELTQLKELHIQGNRLTVLPPELGNLDLTGQKQ
: .::.: .:. :..: : : ::.:. .:. .: . .. :.. :.: . .. : :
CCDS31 PQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVK-FDFSCNKVLVIPICFREMK---QLQ
210 220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE1 VFKAENNPWVTPIADQFQLGVSHVFEY-------IRSETYKYLYGR---HMQANPEPPKK
:. :::: .: :. : :.:.: :.. ::. :.. . : ::
CCDS31 VLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTMERPHLHQHVEDGKK
260 270 280 290 300 310
260 270
pF1KE1 NNDKSKKISRKPLAAKNR
..:
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: .::.: .:. :..: : : ::.:. .:. .: . .. :.. :.: . .. : :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]