Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5244
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5244, 236 aa
1>>>pF1KE5244 236 - 236 aa - 236 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7402+/-0.000694; mu= 12.2650+/- 0.042
mean_var=72.9957+/-14.950, 0's: 0 Z-trim(111.0): 11 B-trim: 244 in 1/48
Lambda= 0.150116
statistics sampled from 12007 (12018) to 12007 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.747), E-opt: 0.2 (0.369), width: 16
Scan time: 1.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 ( 236) 1576 349.9 8.5e-97
CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX ( 247) 790 179.7 1.5e-45
CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 ( 253) 775 176.4 1.5e-44
CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 ( 241) 773 176.0 1.9e-44
CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 251) 771 175.6 2.7e-44
CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 410) 767 174.8 7.5e-44
CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 686) 763 174.0 2.1e-43
CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 704) 744 169.9 3.8e-42
CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 205) 659 151.3 4.5e-37
>>CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 (236 aa)
initn: 1576 init1: 1576 opt: 1576 Z-score: 1851.3 bits: 349.9 E(32554): 8.5e-97
Smith-Waterman score: 1576; 99.6% identity (100.0% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-236)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAPGS
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CCDS70 MAETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAPGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 QLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKNPV
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CCDS70 QLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKNPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 PAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEPQLRESRRRFLDGDRLTLADCSLLPKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS70 PAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEPQLRESRRRFLDGDRLTLADCSLLPKL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE5 HIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
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CCDS70 HIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
190 200 210 220 230
>>CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX (247 aa)
initn: 779 init1: 530 opt: 790 Z-score: 931.1 bits: 179.7 E(32554): 1.5e-45
Smith-Waterman score: 790; 51.7% identity (78.0% similar) in 232 aa overlap (2-229:10-239)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSPDV
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CCDS14 MSGLRPGTQVDPEIELFVKAGSDGESIGNCPFCQRLFMILWLKGVKFNVTTVDMTRKPEE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFHKF
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CCDS14 LKDLAPGTNPPFLVYNKELKTDFIKIEEFLEQTLAPPRYPHLSPKYKESFDVGCNLFAKF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE5 SAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHEL----AGEPQLRESRRRFLDGDR
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CCDS14 SAYIKNTQKEANKNFEKSLLKEFKRLDDYLNTPLLDEIDPDSAEEPPV--SRRLFLDGDQ
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAA
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CCDS14 LTLADCSLLPKLNIIKVAAKKYRDFDIPAEFSGVWRYLHNAYAREEFTHTCPEDKEIENT
180 190 200 210 220 230
230
pF1KE5 YRPAVHPR
:
CCDS14 YANVAKQKS
240
>>CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 (253 aa)
initn: 773 init1: 529 opt: 775 Z-score: 913.3 bits: 176.4 E(32554): 1.5e-44
Smith-Waterman score: 775; 50.7% identity (76.9% similar) in 229 aa overlap (3-229:16-244)
10 20 30 40
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTR
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CCDS25 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 RSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGND
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CCDS25 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 VFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHEL--AGEPQLRESRRRFLD
.: ::::.::: : .::: . ::..: .:: :: .:: :. . ... : :.:::
CCDS25 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 GDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEI
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CCDS25 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
190 200 210 220 230 240
230
pF1KE5 LAAYRPAVHPR
::
CCDS25 EIAYSDVAKRLTK
250
>>CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 (241 aa)
initn: 774 init1: 510 opt: 773 Z-score: 911.3 bits: 176.0 E(32554): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 773; 52.8% identity (76.4% similar) in 229 aa overlap (3-229:5-233)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAP
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CCDS47 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 GSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKN
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CCDS47 GGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 PVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEPQLRE--SRRRFLDGDRLTLADCSL
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CCDS47 SNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
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CCDS47 LPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKAL
190 200 210 220 230 240
CCDS47 K
>>CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (251 aa)
initn: 793 init1: 521 opt: 771 Z-score: 908.7 bits: 175.6 E(32554): 2.7e-44
Smith-Waterman score: 771; 52.0% identity (77.3% similar) in 229 aa overlap (3-229:13-241)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSP
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CCDS49 MTDSATANGDDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFH
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CCDS49 ADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE5 KFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEP--QLRESRRRFLDGDR
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CCDS49 KFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLDGDE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAA
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CCDS49 LTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEIELA
190 200 210 220 230 240
230
pF1KE5 YRPAVHPR
:
CCDS49 YADVAKRLSRS
250
>>CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (410 aa)
initn: 770 init1: 521 opt: 767 Z-score: 900.7 bits: 174.8 E(32554): 7.5e-44
Smith-Waterman score: 767; 52.4% identity (77.1% similar) in 227 aa overlap (5-229:174-400)
10 20 30
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLL
.. :::::. ::::.:.:: :::::.: :
CCDS47 QHSKAFSTTKYSCYSDAEGLEEKEGAHMNPEIYLFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWL
150 160 170 180 190 200
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 KGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSL
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CCDS47 KGVVFNVTTVDLKRKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKL
210 220 230 240 250 260
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 APRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEP
: ..::::::: :.: ::::.::: .. :: . : .:: .::.:: .:: .:. ..
CCDS47 AAKHRESNTAGIDIFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANT
270 280 290 300 310 320
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 --QLRESRRRFLDGDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQE
. . :::.:::::.::::::.::::::.: : ..:. ::::. :. ::: .:. .
CCDS47 CGEDKGSRRKFLDGDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYLKNAYAR
330 340 350 360 370 380
220 230
pF1KE5 KEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
:: :: ..:: ::
CCDS47 DEFTNTCAADSEIELAYADVAKRLSRS
390 400 410
>>CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (686 aa)
initn: 792 init1: 522 opt: 763 Z-score: 892.6 bits: 174.0 E(32554): 2.1e-43
Smith-Waterman score: 763; 51.1% identity (76.0% similar) in 229 aa overlap (3-229:450-678)
10 20 30
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVL
: . :::::. ::::.:.:: :::::.:
CCDS13 EGPAEGSGEAARVNGRREDGEASEPRALGQEHDITLFVKAGYDGESIGNCPFSQRLFMIL
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 LLKGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFP
:::: :..:::: .:.: :...:::.. :.. .:...:::. .::.:::: :.:: .:
CCDS13 WLKGVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRYP
480 490 500 510 520 530
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 SLAPRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAG
.:. .. :::.:::::: :::::::: .: ..::.:: .::.:: .:: :. .
CCDS13 KLGTQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEIDA
540 550 560 570 580 590
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 --EPQLRESRRRFLDGDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAM
.. : :.:::::.::::::.:::::::. : ..:. .:.:. :. :::..:.
CCDS13 YSTEDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNAY
600 610 620 630 640 650
220 230
pF1KE5 QEKEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
. :: ::: . :: ::
CCDS13 ARDEFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
660 670 680
>>CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (704 aa)
initn: 765 init1: 495 opt: 744 Z-score: 870.2 bits: 169.9 E(32554): 3.8e-42
Smith-Waterman score: 744; 49.6% identity (76.5% similar) in 226 aa overlap (6-229:471-696)
10 20 30
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLK
.. ...:. ::::.:.:: :::::.: ::
CCDS82 ASEPRALGQEHDITLFVKVKLTALGCSRIAIKKYLRAGYDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
450 460 470 480 490 500
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLA
:: :..:::: .:.: :...:::.. :.. .:...:::. .::.:::: :.:: .:.:.
CCDS82 GVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRYPKLG
510 520 530 540 550 560
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 PRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAG--E
.. :::.:::::: :::::::: .: ..::.:: .::.:: .:: :. .
CCDS82 TQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEIDAYST
570 580 590 600 610 620
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 PQLRESRRRFLDGDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEK
.. : :.:::::.::::::.:::::::. : ..:. .:.:. :. :::..:. .
CCDS82 EDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNAYARD
630 640 650 660 670 680
220 230
pF1KE5 EFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
:: ::: . :: ::
CCDS82 EFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
690 700
>>CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (205 aa)
initn: 681 init1: 521 opt: 659 Z-score: 779.0 bits: 151.3 E(32554): 4.5e-37
Smith-Waterman score: 659; 54.6% identity (80.9% similar) in 183 aa overlap (3-183:13-195)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSP
. ...:::::. ::::.:.:: :::::.: :::: :..:::: .:.:
CCDS59 MTDSATANGDDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFH
:...:::.. :.: ...:.:::. .::.:::::: : .:.:: ..::::::: :.:
CCDS59 ADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE5 KFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEP--QLRESRRRFLDGDR
::::.::: .. :: . : .:: .::.:: .:: .:. .. . . :::.:::::.
CCDS59 KFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLDGDE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAA
::::::.::::::.:
CCDS59 LTLADCNLLPKLHVVKEQVPLKGMI
190 200
236 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]