Result of FASTA (ccds) for pFN21AE4253
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE4253, 1013 aa
  1>>>pF1KE4253 1013 - 1013 aa - 1013 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8463+/-0.000977; mu= 15.0691+/- 0.059
 mean_var=113.6976+/-22.672, 0's: 0 Z-trim(108.1): 44  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.120281
 statistics sampled from 9923 (9964) to 9923 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.306), width:  16
 Scan time:  4.330

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6869.2 GARNL3 gene_id:84253|Hs108|chr9         (1013) 6732 1179.9       0
CCDS69663.1 GARNL3 gene_id:84253|Hs108|chr9        ( 991) 6560 1150.0       0
CCDS82035.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17     ( 711)  755 142.6 2.8e-33
CCDS45574.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17     ( 715)  755 142.6 2.8e-33
CCDS45573.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17     ( 730)  755 142.6 2.8e-33
CCDS218.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1          ( 663)  733 138.8 3.7e-32
CCDS53276.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1        ( 681)  733 138.8 3.8e-32
CCDS53277.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1        ( 727)  733 138.8   4e-32
CCDS81276.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1        ( 748)  733 138.8 4.1e-32
CCDS61491.1 SIPA1L1 gene_id:26037|Hs108|chr14      (1782)  700 133.3 4.4e-30
CCDS61490.1 SIPA1L1 gene_id:26037|Hs108|chr14      (1783)  700 133.3 4.4e-30
CCDS9807.1 SIPA1L1 gene_id:26037|Hs108|chr14       (1804)  700 133.3 4.5e-30
CCDS8108.1 SIPA1 gene_id:6494|Hs108|chr11          (1042)  688 131.1 1.2e-29
CCDS41474.1 SIPA1L2 gene_id:57568|Hs108|chr1       (1722)  681 130.0 4.2e-29
CCDS33007.1 SIPA1L3 gene_id:23094|Hs108|chr19      (1781)  679 129.6 5.5e-29


>>CCDS6869.2 GARNL3 gene_id:84253|Hs108|chr9              (1013 aa)
 initn: 6732 init1: 6732 opt: 6732  Z-score: 6314.1  bits: 1179.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6732; 100.0% identity (100.0% similar) in 1013 aa overlap (1-1013:1-1013)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MVVDFCRRFVARSLCIILMKHFCSSSVSEDLGCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MVVDFCRRFVARSLCIILMKHFCSSSVSEDLGCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 AGRFRVENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 AGRFRVENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 FFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 FFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 EIFHPEIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 EIFHPEIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 ITLKGWTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ITLKGWTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DIVTIVFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQQNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DIVTIVFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQQNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 TPPVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 TPPVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNML
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 NRRSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 NRRSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 PQCFCSNFPHEAVCADPWGQALLVSTDAGVLLVDDDLPSVPVFDRTLPVKQMHVLETLDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 PQCFCSNFPHEAVCADPWGQALLVSTDAGVLLVDDDLPSVPVFDRTLPVKQMHVLETLDL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 LVLRADKGKDARLFVFRLSALQKGLEGKQAGKSRSDCRENKLEKTKGCHLYAINTHHSRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LVLRADKGKDARLFVFRLSALQKGLEGKQAGKSRSDCRENKLEKTKGCHLYAINTHHSRE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 LRIVVAIRNKLLLITRKHNKPSGVTSTSLLSPLSESPVEEFQYIREICLSDSPMVMTLVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LRIVVAIRNKLLLITRKHNKPSGVTSTSLLSPLSESPVEEFQYIREICLSDSPMVMTLVD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE4 GPAEESDNLICVAYRHQFDVVNESTGEAFRLHHVEANRVNFVAAIDVYEDGEAGLLLCYN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GPAEESDNLICVAYRHQFDVVNESTGEAFRLHHVEANRVNFVAAIDVYEDGEAGLLLCYN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE4 YSCIYKKVCPFNGGSFLVQPSASDFQFCWNQAPYAIVCAFPYLLAFTTDSMEIRLVVNGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 YSCIYKKVCPFNGGSFLVQPSASDFQFCWNQAPYAIVCAFPYLLAFTTDSMEIRLVVNGN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE4 LVHTAVVPQLQLVASRSDIYFTATAAVNEVSSGGSSKGASARNSPQTPPGRDTPVFPSSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LVHTAVVPQLQLVASRSDIYFTATAAVNEVSSGGSSKGASARNSPQTPPGRDTPVFPSSL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE4 GEGEIQSKNLYKIPLRNLVGRSIERPLKSPLVSKVITPPTPISVGLAAIPVTHSLSLSRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GEGEIQSKNLYKIPLRNLVGRSIERPLKSPLVSKVITPPTPISVGLAAIPVTHSLSLSRM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE4 EIKEIASRTRRELLGLSDEGGPKSEGAPKAKSKPRKRLEESQGGPKPGAVRSSSSDRIPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 EIKEIASRTRRELLGLSDEGGPKSEGAPKAKSKPRKRLEESQGGPKPGAVRSSSSDRIPS
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010   
pF1KE4 GSLESASTSEANPEGHSASSDQDPVADREGSPVSGSSPFQLTAFSDEDIIDLK
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GSLESASTSEANPEGHSASSDQDPVADREGSPVSGSSPFQLTAFSDEDIIDLK
              970       980       990      1000      1010   

>>CCDS69663.1 GARNL3 gene_id:84253|Hs108|chr9             (991 aa)
 initn: 6560 init1: 6560 opt: 6560  Z-score: 6153.0  bits: 1150.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6560; 100.0% identity (100.0% similar) in 989 aa overlap (25-1013:3-991)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MVVDFCRRFVARSLCIILMKHFCSSSVSEDLGCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQR
                               ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69                       MKSSVSEDLGCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQR
                                     10        20        30        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 AGRFRVENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 AGRFRVENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSP
       40        50        60        70        80        90        

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 FFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 FFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPR
      100       110       120       130       140       150        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 EIFHPEIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 EIFHPEIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDT
      160       170       180       190       200       210        

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 ITLKGWTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ITLKGWTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGN
      220       230       240       250       260       270        

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DIVTIVFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQQNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 DIVTIVFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQQNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLP
      280       290       300       310       320       330        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 TPPVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 TPPVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNML
      340       350       360       370       380       390        

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 NRRSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 NRRSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWE
      400       410       420       430       440       450        

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 PQCFCSNFPHEAVCADPWGQALLVSTDAGVLLVDDDLPSVPVFDRTLPVKQMHVLETLDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PQCFCSNFPHEAVCADPWGQALLVSTDAGVLLVDDDLPSVPVFDRTLPVKQMHVLETLDL
      460       470       480       490       500       510        

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 LVLRADKGKDARLFVFRLSALQKGLEGKQAGKSRSDCRENKLEKTKGCHLYAINTHHSRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 LVLRADKGKDARLFVFRLSALQKGLEGKQAGKSRSDCRENKLEKTKGCHLYAINTHHSRE
      520       530       540       550       560       570        

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 LRIVVAIRNKLLLITRKHNKPSGVTSTSLLSPLSESPVEEFQYIREICLSDSPMVMTLVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 LRIVVAIRNKLLLITRKHNKPSGVTSTSLLSPLSESPVEEFQYIREICLSDSPMVMTLVD
      580       590       600       610       620       630        

              670       680       690       700       710       720
pF1KE4 GPAEESDNLICVAYRHQFDVVNESTGEAFRLHHVEANRVNFVAAIDVYEDGEAGLLLCYN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GPAEESDNLICVAYRHQFDVVNESTGEAFRLHHVEANRVNFVAAIDVYEDGEAGLLLCYN
      640       650       660       670       680       690        

              730       740       750       760       770       780
pF1KE4 YSCIYKKVCPFNGGSFLVQPSASDFQFCWNQAPYAIVCAFPYLLAFTTDSMEIRLVVNGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 YSCIYKKVCPFNGGSFLVQPSASDFQFCWNQAPYAIVCAFPYLLAFTTDSMEIRLVVNGN
      700       710       720       730       740       750        

              790       800       810       820       830       840
pF1KE4 LVHTAVVPQLQLVASRSDIYFTATAAVNEVSSGGSSKGASARNSPQTPPGRDTPVFPSSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 LVHTAVVPQLQLVASRSDIYFTATAAVNEVSSGGSSKGASARNSPQTPPGRDTPVFPSSL
      760       770       780       790       800       810        

              850       860       870       880       890       900
pF1KE4 GEGEIQSKNLYKIPLRNLVGRSIERPLKSPLVSKVITPPTPISVGLAAIPVTHSLSLSRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GEGEIQSKNLYKIPLRNLVGRSIERPLKSPLVSKVITPPTPISVGLAAIPVTHSLSLSRM
      820       830       840       850       860       870        

              910       920       930       940       950       960
pF1KE4 EIKEIASRTRRELLGLSDEGGPKSEGAPKAKSKPRKRLEESQGGPKPGAVRSSSSDRIPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 EIKEIASRTRRELLGLSDEGGPKSEGAPKAKSKPRKRLEESQGGPKPGAVRSSSSDRIPS
      880       890       900       910       920       930        

              970       980       990      1000      1010   
pF1KE4 GSLESASTSEANPEGHSASSDQDPVADREGSPVSGSSPFQLTAFSDEDIIDLK
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GSLESASTSEANPEGHSASSDQDPVADREGSPVSGSSPFQLTAFSDEDIIDLK
      940       950       960       970       980       990 

>>CCDS82035.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17          (711 aa)
 initn: 608 init1: 608 opt: 755  Z-score: 711.0  bits: 142.6 E(32554): 2.8e-33
Smith-Waterman score: 755; 40.1% identity (69.0% similar) in 319 aa overlap (97-411:136-449)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KE4 ENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVT
                                     : : ..:::. : :.  . .  . ..::: 
CCDS82 SLGSSICEEEEEDNLSPNTFGYKLECKGEARAYRRHFLGKDHLNFYCTGSSLGNLILSVK
         110       120       130       140       150       160     

        130       140       150       160        170       180     
pF1KE4 LSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTL-SVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHP
          .. . .   :.::  :  : .  .: .  . : :: .: .:.  :        ...:
CCDS82 C--EEAEGIEYLRVILRSKLKTVHERIPLAGLSKLPSVPQIAKAFCDDAVGLRFNPVLYP
           170       180       190       200       210       220   

         190       200       210       220       230       240     
pF1KE4 EIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKG
       . .. ..  .:.: . .:::::.. :  :  ..:.:.:.  :  :..::.::::::::. 
CCDS82 KASQMIVSYDEHEVNNTFKFGVIYQKARQTLEEELFGNNEESPAFKEFLDLLGDTITLQD
           230       240       250       260       270       280   

         250       260       270       280       290       300     
pF1KE4 WTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTI
       . :.:::::. .  ::..::::... .:::::::: ::..  . ::..::::::::::.:
CCDS82 FKGFRGGLDVTHGQTGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAI
           290       300       310       320       330       340   

         310       320       330          340       350       360  
pF1KE4 VFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQ---QNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLPTP
       .:::  :..: : :.:: :.: : . .:. .    .. .:.... ..:.:: ::::::.:
CCDS82 IFQE--ENTP-FVPDMIASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSP
             350        360       370       380       390       400

            370       380       390       400       410       420  
pF1KE4 PVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNR
       :::    :::.:::.:: :.:.:  ..  ::. . ::   :. .::..:           
CCDS82 PVFQKGPEFREFLLTKLTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLG
              410       420       430       440       450       460

            430       440       450       460       470       480  
pF1KE4 RSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQ
                                                                   
CCDS82 PEEDKFENGGHGGFLESFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVT
              470       480       490       500       510       520

>>CCDS45574.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17          (715 aa)
 initn: 608 init1: 608 opt: 755  Z-score: 711.0  bits: 142.6 E(32554): 2.8e-33
Smith-Waterman score: 755; 40.1% identity (69.0% similar) in 319 aa overlap (97-411:140-453)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KE4 ENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVT
                                     : : ..:::. : :.  . .  . ..::: 
CCDS45 SLGSSICEEEEEDNLSPNTFGYKLECKGEARAYRRHFLGKDHLNFYCTGSSLGNLILSVK
     110       120       130       140       150       160         

        130       140       150       160        170       180     
pF1KE4 LSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTL-SVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHP
          .. . .   :.::  :  : .  .: .  . : :: .: .:.  :        ...:
CCDS45 C--EEAEGIEYLRVILRSKLKTVHERIPLAGLSKLPSVPQIAKAFCDDAVGLRFNPVLYP
     170         180       190       200       210       220       

         190       200       210       220       230       240     
pF1KE4 EIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKG
       . .. ..  .:.: . .:::::.. :  :  ..:.:.:.  :  :..::.::::::::. 
CCDS45 KASQMIVSYDEHEVNNTFKFGVIYQKARQTLEEELFGNNEESPAFKEFLDLLGDTITLQD
       230       240       250       260       270       280       

         250       260       270       280       290       300     
pF1KE4 WTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTI
       . :.:::::. .  ::..::::... .:::::::: ::..  . ::..::::::::::.:
CCDS45 FKGFRGGLDVTHGQTGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAI
       290       300       310       320       330       340       

         310       320       330          340       350       360  
pF1KE4 VFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQ---QNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLPTP
       .:::  :..: : :.:: :.: : . .:. .    .. .:.... ..:.:: ::::::.:
CCDS45 IFQE--ENTP-FVPDMIASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSP
       350          360       370       380       390       400    

            370       380       390       400       410       420  
pF1KE4 PVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNR
       :::    :::.:::.:: :.:.:  ..  ::. . ::   :. .::..:           
CCDS45 PVFQKGPEFREFLLTKLTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLG
          410       420       430       440       450       460    

            430       440       450       460       470       480  
pF1KE4 RSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQ
                                                                   
CCDS45 PEEDKFENGGHGGFLESFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVT
          470       480       490       500       510       520    

>>CCDS45573.1 RAP1GAP2 gene_id:23108|Hs108|chr17          (730 aa)
 initn: 608 init1: 608 opt: 755  Z-score: 710.8  bits: 142.6 E(32554): 2.8e-33
Smith-Waterman score: 755; 40.1% identity (69.0% similar) in 319 aa overlap (97-411:155-468)

         70        80        90       100       110       120      
pF1KE4 ENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVT
                                     : : ..:::. : :.  . .  . ..::: 
CCDS45 SLGSSICEEEEEDNLSPNTFGYKLECKGEARAYRRHFLGKDHLNFYCTGSSLGNLILSVK
          130       140       150       160       170       180    

        130       140       150       160        170       180     
pF1KE4 LSDQNNQRVPQYRAILWRKTGTQKICLPYSPTKTL-SVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHP
          .. . .   :.::  :  : .  .: .  . : :: .: .:.  :        ...:
CCDS45 C--EEAEGIEYLRVILRSKLKTVHERIPLAGLSKLPSVPQIAKAFCDDAVGLRFNPVLYP
            190       200       210       220       230       240  

         190       200       210       220       230       240     
pF1KE4 EIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKG
       . .. ..  .:.: . .:::::.. :  :  ..:.:.:.  :  :..::.::::::::. 
CCDS45 KASQMIVSYDEHEVNNTFKFGVIYQKARQTLEEELFGNNEESPAFKEFLDLLGDTITLQD
            250       260       270       280       290       300  

         250       260       270       280       290       300     
pF1KE4 WTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTI
       . :.:::::. .  ::..::::... .:::::::: ::..  . ::..::::::::::.:
CCDS45 FKGFRGGLDVTHGQTGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAI
            310       320       330       340       350       360  

         310       320       330          340       350       360  
pF1KE4 VFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVRYNQ---QNDNYRLKIFSEESVPLFGPPLPTP
       .:::  :..: : :.:: :.: : . .:. .    .. .:.... ..:.:: ::::::.:
CCDS45 IFQE--ENTP-FVPDMIASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSP
              370        380       390       400       410         

            370       380       390       400       410       420  
pF1KE4 PVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNR
       :::    :::.:::.:: :.:.:  ..  ::. . ::   :. .::..:           
CCDS45 PVFQKGPEFREFLLTKLTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLG
     420       430       440       450       460       470         

            430       440       450       460       470       480  
pF1KE4 RSFSDVLPESPKSARKKEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQ
                                                                   
CCDS45 PEEDKFENGGHGGFLESFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVT
     480       490       500       510       520       530         

>>CCDS218.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1               (663 aa)
 initn: 650 init1: 533 opt: 733  Z-score: 690.8  bits: 138.8 E(32554): 3.7e-32
Smith-Waterman score: 733; 37.7% identity (67.5% similar) in 363 aa overlap (62-411:52-401)

              40        50        60        70        80           
pF1KE4 GCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQRAGRFRVENGSSDENATALPGTWR----RTDV
                                     : . .: :.. :  :..: :       : :
CCDS21 KTEEDYIPYPSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIE-GTNHE-ITSIPETEPLQSPTTKV
              30        40        50         60         70         

        90        100       110       120       130       140      
pF1KE4 HLE-NPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKT
       .:: ::   .: : :.:::. : :: . ::  . . .:.  .  ..:.  . : .:  : 
CCDS21 KLECNPT--ARIYRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGDQE--HLRLLLRTKC
      80          90       100       110       120         130     

        150            160       170       180       190       200 
pF1KE4 GTQKICLPYS-----PTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHPEIQKDLLVLEEQEGSV
        : .  .: :     :. .  .: .   .:.:.:   :  ...:. .. .....:.  : 
CCDS21 RTYHDVIPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFY--P--VLYPKASRLIVTFDEHVISN
         140       150       160       170           180       190 

             210       220       230       240       250       260 
pF1KE4 NFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKGWTGYRGGLDTKNDTTG
       ::::::.. : :: ...:.::..  :  : .::..::. . :. . :.:::::. .  ::
CCDS21 NFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTG
             200       210       220       230       240       250 

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE4 IHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTIVFQEGEESSPAFKPSM
        .:::  ....:::::::: :::.. . ::..::::::::::..:::.  :..: : :.:
CCDS21 TESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQD--ENTP-FVPDM
             260       270       280       290         300         

             330       340          350       360       370        
pF1KE4 IRSHFTHIFALVRYNQQNDN---YRLKIFSEESVPLFGPPLPTPPVFTDHQEFRDFLLVK
       : :.: : ...:. .  . .   :.... ....::.:::::: : ::    ::..:::.:
CCDS21 IASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTK
      310       320       330       340       350       360        

      380       390       400       410       420       430        
pF1KE4 LINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNRRSFSDVLPESPKSARK
       :::.: :  ..  ::. ..::   :...:...:                           
CCDS21 LINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFF
      370       380       390       400       410       420        

      440       450       460       470       480       490        
pF1KE4 KEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQCFCSNFPHEAVCADPW
                                                                   
CCDS21 ESFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLIVPGKSPTRK
      430       440       450       460       470       480        

>>CCDS53276.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1             (681 aa)
 initn: 642 init1: 552 opt: 733  Z-score: 690.6  bits: 138.8 E(32554): 3.8e-32
Smith-Waterman score: 733; 37.7% identity (67.5% similar) in 363 aa overlap (62-411:52-401)

              40        50        60        70        80           
pF1KE4 GCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQRAGRFRVENGSSDENATALPGTWR----RTDV
                                     : . .: :.. :  :..: :       : :
CCDS53 KTEEDYIPYPSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIE-GTNHE-ITSIPETEPLQSPTTKV
              30        40        50         60         70         

        90        100       110       120       130       140      
pF1KE4 HLE-NPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKT
       .:: ::   .: : :.:::. : :: . ::  . . .:.  .  ..:.  . : .:  : 
CCDS53 KLECNPT--ARIYRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGDQE--HLRLLLRTKC
      80          90       100       110       120         130     

        150            160       170       180       190       200 
pF1KE4 GTQKICLPYS-----PTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHPEIQKDLLVLEEQEGSV
        : .  .: :     :. .  .: .   .:.:.:   :  ...:. .. .....:.  : 
CCDS53 RTYHDVIPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFY--P--VLYPKASRLIVTFDEHVISN
         140       150       160       170           180       190 

             210       220       230       240       250       260 
pF1KE4 NFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKGWTGYRGGLDTKNDTTG
       ::::::.. : :: ...:.::..  :  : .::..::. . :. . :.:::::. .  ::
CCDS53 NFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTG
             200       210       220       230       240       250 

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE4 IHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTIVFQEGEESSPAFKPSM
        .:::  ....:::::::: :::.. . ::..::::::::::..:::.  :..: : :.:
CCDS53 TESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQD--ENTP-FVPDM
             260       270       280       290         300         

             330       340          350       360       370        
pF1KE4 IRSHFTHIFALVRYNQQNDN---YRLKIFSEESVPLFGPPLPTPPVFTDHQEFRDFLLVK
       : :.: : ...:. .  . .   :.... ....::.:::::: : ::    ::..:::.:
CCDS53 IASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTK
      310       320       330       340       350       360        

      380       390       400       410       420       430        
pF1KE4 LINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNRRSFSDVLPESPKSARK
       :::.: :  ..  ::. ..::   :...:...:                           
CCDS53 LINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFF
      370       380       390       400       410       420        

      440       450       460       470       480       490        
pF1KE4 KEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQCFCSNFPHEAVCADPW
                                                                   
CCDS53 ESFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLLIPGKSASRF
      430       440       450       460       470       480        

>>CCDS53277.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1             (727 aa)
 initn: 650 init1: 533 opt: 733  Z-score: 690.2  bits: 138.8 E(32554): 4e-32
Smith-Waterman score: 733; 37.7% identity (67.5% similar) in 363 aa overlap (62-411:116-465)

              40        50        60        70        80           
pF1KE4 GCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQRAGRFRVENGSSDENATALPGTWR----RTDV
                                     : . .: :.. :  :..: :       : :
CCDS53 KTEEDYIPYPSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIE-GTNHE-ITSIPETEPLQSPTTKV
          90       100       110       120         130       140   

        90        100       110       120       130       140      
pF1KE4 HLE-NPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKT
       .:: ::   .: : :.:::. : :: . ::  . . .:.  .  ..:.  . : .:  : 
CCDS53 KLECNPT--ARIYRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGDQE--HLRLLLRTKC
           150         160       170       180         190         

        150            160       170       180       190       200 
pF1KE4 GTQKICLPYS-----PTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHPEIQKDLLVLEEQEGSV
        : .  .: :     :. .  .: .   .:.:.:   :  ...:. .. .....:.  : 
CCDS53 RTYHDVIPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFY--P--VLYPKASRLIVTFDEHVISN
     200       210       220       230           240       250     

             210       220       230       240       250       260 
pF1KE4 NFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKGWTGYRGGLDTKNDTTG
       ::::::.. : :: ...:.::..  :  : .::..::. . :. . :.:::::. .  ::
CCDS53 NFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTG
         260       270       280       290       300       310     

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE4 IHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTIVFQEGEESSPAFKPSM
        .:::  ....:::::::: :::.. . ::..::::::::::..:::.  :..: : :.:
CCDS53 TESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQD--ENTP-FVPDM
         320       330       340       350       360          370  

             330       340          350       360       370        
pF1KE4 IRSHFTHIFALVRYNQQNDN---YRLKIFSEESVPLFGPPLPTPPVFTDHQEFRDFLLVK
       : :.: : ...:. .  . .   :.... ....::.:::::: : ::    ::..:::.:
CCDS53 IASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTK
            380       390       400       410       420       430  

      380       390       400       410       420       430        
pF1KE4 LINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNRRSFSDVLPESPKSARK
       :::.: :  ..  ::. ..::   :...:...:                           
CCDS53 LINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFF
            440       450       460       470       480       490  

      440       450       460       470       480       490        
pF1KE4 KEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQCFCSNFPHEAVCADPW
                                                                   
CCDS53 ESFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLIVPGKSPTRK
            500       510       520       530       540       550  

>>CCDS81276.1 RAP1GAP gene_id:5909|Hs108|chr1             (748 aa)
 initn: 669 init1: 552 opt: 733  Z-score: 690.0  bits: 138.8 E(32554): 4.1e-32
Smith-Waterman score: 733; 37.7% identity (67.5% similar) in 363 aa overlap (62-411:52-401)

              40        50        60        70        80           
pF1KE4 GCRRGDFSRKHYGSVELLISSDADGAIQRAGRFRVENGSSDENATALPGTWR----RTDV
                                     : . .: :.. :  :..: :       : :
CCDS81 KTEEDYIPYPSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIE-GTNHE-ITSIPETEPLQSPTTKV
              30        40        50         60         70         

        90        100       110       120       130       140      
pF1KE4 HLE-NPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEKSPFFLSVTLSDQNNQRVPQYRAILWRKT
       .:: ::   .: : :.:::. : :: . ::  . . .:.  .  ..:.  . : .:  : 
CCDS81 KLECNPT--ARIYRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGDQE--HLRLLLRTKC
      80          90       100       110       120         130     

        150            160       170       180       190       200 
pF1KE4 GTQKICLPYS-----PTKTLSVKSILSAMNLDKFEKGPREIFHPEIQKDLLVLEEQEGSV
        : .  .: :     :. .  .: .   .:.:.:   :  ...:. .. .....:.  : 
CCDS81 RTYHDVIPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFY--P--VLYPKASRLIVTFDEHVISN
         140       150       160       170           180       190 

             210       220       230       240       250       260 
pF1KE4 NFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSNEIGSEPFQKFLNLLGDTITLKGWTGYRGGLDTKNDTTG
       ::::::.. : :: ...:.::..  :  : .::..::. . :. . :.:::::. .  ::
CCDS81 NFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTG
             200       210       220       230       240       250 

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE4 IHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLPYSKENKQQVERKRHIGNDIVTIVFQEGEESSPAFKPSM
        .:::  ....:::::::: :::.. . ::..::::::::::..:::.  :..: : :.:
CCDS81 TESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQD--ENTP-FVPDM
             260       270       280       290         300         

             330       340          350       360       370        
pF1KE4 IRSHFTHIFALVRYNQQNDN---YRLKIFSEESVPLFGPPLPTPPVFTDHQEFRDFLLVK
       : :.: : ...:. .  . .   :.... ....::.:::::: : ::    ::..:::.:
CCDS81 IASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTK
      310       320       330       340       350       360        

      380       390       400       410       420       430        
pF1KE4 LINGEKATLETPTFAQKRRRTLDMLIRSLHQDLMPDLHKNMLNRRSFSDVLPESPKSARK
       :::.: :  ..  ::. ..::   :...:...:                           
CCDS81 LINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFF
      370       380       390       400       410       420        

      440       450       460       470       480       490        
pF1KE4 KEEARQAEFVRIGQALKLKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQCFCSNFPHEAVCADPW
                                                                   
CCDS81 ESFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLLIPGKSASRF
      430       440       450       460       470       480        

>>CCDS61491.1 SIPA1L1 gene_id:26037|Hs108|chr14           (1782 aa)
 initn: 639 init1: 476 opt: 700  Z-score: 653.5  bits: 133.3 E(32554): 4.4e-30
Smith-Waterman score: 741; 36.8% identity (63.7% similar) in 386 aa overlap (89-451:482-857)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE4 QRAGRFRVENGSSDENATALPGTWRRTDVHLENPEYHTRWYFKYFLGQVHQNYIGNDAEK
                                     .:. .  . .: :.:  . : ::.: : . 
CCDS61 SSHCTNAGVAVLEVPKENLVLHLDRVKRYIVEHVDLGAYYYRKFFYQKEHWNYFGADENL
             460       470       480       490       500       510 

      120       130          140       150                  160    
pF1KE4 SPFFLSVTLSDQNNQR---VPQYRAILWRKTGTQKI-------CLP----YSPTKTLSVK
       .:  .:.     ....    :    :..: .  . .        .:    .: .. : .:
CCDS61 GPVAVSIRREKPDEMKENGSPYNYRIIFRTSELMTLRGSVLEDAIPSTAKHSTARGLPLK
             520       530       540       550       560       570 

          170       180        190       200       210       220   
pF1KE4 SILSAMNLDKFEKGPREIFH-PEIQKDLLVLEEQEGSVNFKFGVLFAKDGQLTDDEMFSN
        .:  .  .   .  :  :. :.. ..:. :.::  . . : :... : :: :..::..:
CCDS61 EVLEHVVPELNVQCLRLAFNTPKVTEQLMKLDEQGLNYQQKVGIMYCKAGQSTEEEMYNN
             580       590       600       610       620       630 

           230       240       250       260       270       280   
pF1KE4 EIGSEPFQKFLNLLGDTITLKGWTGYRGGLDTKNDTTGIHSVYTVYQGHEIMFHVSTMLP
       : ..  :..::.:::. . :::.  ::. ::::.:.:: ::.::.:. .:::::::::::
CCDS61 ESAGPAFEEFLQLLGERVRLKGFEKYRAQLDTKTDSTGTHSLYTTYKDYEIMFHVSTMLP
             640       650       660       670       680       690 

           290       300       310       320       330        340  
pF1KE4 YSKENKQQVERKRHIGNDIVTIVFQEGEESSPAFKPSMIRSHFTHIFALVR-YNQQNDN-
       :. .::::. ::::::::::::::::   ..  :.:. ::::: :.:..:: .:  .:. 
CCDS61 YTPNNKQQLLRKRHIGNDIVTIVFQE--PGAQPFSPKNIRSHFQHVFVIVRVHNPCSDSV
             700       710         720       730       740         

              350       360       370       380       390       400
pF1KE4 -YRLKIFSEESVPLFGPPLPTPPVFTDHQEFRDFLLVKLINGEKATLETPTFAQKRRRTL
        : . .   ..:: ::::.:   .:   . ::::::.:.::.:.:       :.: ..  
CCDS61 CYSVAVTRSRDVPSFGPPIPKGVTFPKSNVFRDFLLAKVINAENA-------AHKSEKFR
     750       760       770       780       790              800  

              410        420        430       440          450     
pF1KE4 DMLIRSLHQDLMPDL-HKNMLNRR-SFSDVLPESPKSARKKEEARQ---AEFVRIGQALK
        :  :. .:. . :: .::. :   . :  .:    ...:::...    ::.  .:    
CCDS61 AMATRT-RQEYLKDLAEKNVTNTPIDPSGKFPFISLASKKKEKSKPYPGAELSSMGAIVW
             810       820       830       840       850       860 

         460       470       480       490       500       510     
pF1KE4 LKSIVRGDAPSSLAASGICKKEPWEPQCFCSNFPHEAVCADPWGQALLVSTDAGVLLVDD
                                                                   
CCDS61 AVRAEDYNKAMELDCLLGISNEFIVLIEQETKSVVFNCSCRDVIGWTSTDTSLKIFYERG
             870       880       890       900       910       920 




1013 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 03:18:25 2016 done: Sun Nov  6 03:18:26 2016
 Total Scan time:  4.330 Total Display time:  0.200

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com