FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5683, 552 aa 1>>>pF1KE5683 552 - 552 aa - 552 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3331+/-0.000536; mu= 18.3790+/- 0.033 mean_var=68.6288+/-14.364, 0's: 0 Z-trim(106.6): 35 B-trim: 650 in 1/49 Lambda= 0.154818 statistics sampled from 14721 (14735) to 14721 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.508), E-opt: 0.2 (0.173), width: 16 Scan time: 7.740 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005319 (OMIM: 601636) hyaluronan synthase 2 [Ho ( 552) 3718 840.4 0 NP_005320 (OMIM: 602428) hyaluronan synthase 3 iso ( 553) 2735 620.8 3.4e-177 XP_011521363 (OMIM: 602428) PREDICTED: hyaluronan ( 553) 2735 620.8 3.4e-177 XP_005255978 (OMIM: 602428) PREDICTED: hyaluronan ( 553) 2735 620.8 3.4e-177 NP_001186209 (OMIM: 602428) hyaluronan synthase 3 ( 553) 2735 620.8 3.4e-177 NP_001284365 (OMIM: 601463) hyaluronan synthase 1 ( 577) 1675 384.1 6.5e-106 NP_001514 (OMIM: 601463) hyaluronan synthase 1 iso ( 578) 1675 384.1 6.5e-106 NP_619515 (OMIM: 602428) hyaluronan synthase 3 iso ( 281) 1041 242.3 1.5e-63 XP_011525186 (OMIM: 601463) PREDICTED: hyaluronan ( 328) 612 146.5 1.2e-34 >>NP_005319 (OMIM: 601636) hyaluronan synthase 2 [Homo s (552 aa) initn: 3718 init1: 3718 opt: 3718 Z-score: 4488.9 bits: 840.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 3718; 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XP_005 RCG--KKPEQYSLAFAEV 540 550 >>NP_001186209 (OMIM: 602428) hyaluronan synthase 3 isof (553 aa) initn: 2720 init1: 2048 opt: 2735 Z-score: 3302.3 bits: 620.8 E(85289): 3.4e-177 Smith-Waterman score: 2735; 70.5% identity (90.1% similar) in 546 aa overlap (10-550:9-550) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MHCERFLCILRIIGTTLFGVSLLLGITAAYIVGYQFIQTDNYYFSFGLYGAFLASHLIIQ ::..::.::....: :: :::..:::::.:...:.:::::::.:. ::.:: NP_001 MPVQLTTALRVVGTSLFALAVLGGILAAYVTGYQFIHTEKHYLSFGLYGAILGLHLLIQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE5 SLFAFLEHRKMKKS---LETPIKLNKTVALCIAAYQEDPDYLRKCLQSVKRLTYPGIKVV :::::::::.:... :. : .:::::::::::::::::::.:..:...: .::: NP_001 SLFAFLEHRRMRRAGQALKLPSPRRGSVALCIAAYQEDPDYLRKCLRSAQRISFPDLKVV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 MVIDGNSEDDLYMMDIFSEVMG-RDKSATYIWKNNFHEKGPGETDESHKESSQHVTQLVL ::.::: ..: ::.::: ::.: .... ..:..:::: : :::. : .:. ..: ..: NP_001 MVVDGNRQEDAYMLDIFHEVLGGTEQAGFFVWRSNFHEAGEGETEASLQEGMDRVRDVVR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 SNKSICIMQKWGGKREVMYTAFRALGRSVDYVQVCDSDTMLDPASSVEMVKVLEEDPMVG .. :::::::::::::::::.::: ::::.:::::::.:::: ..::..::::::.:: NP_001 ASTFSCIMQKWGGKREVMYTAFKALGDSVDYIQVCDSDTVLDPACTIEMLRVLEEDPQVG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 GVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNIERACQSYFGCVQCISGPLGMYRNSLLHEFV :::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::..:. NP_001 GVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNVERACQSYFGCVQCISGPLGMYRNSLLQQFL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 EDWYNQEFMGNQCSFGDDRHLTNRVLSLGYATKYTARSKCLTETPIEYLRWLNQQTRWSK ::::.:.:.:..:::::::::::::::::: :::::::::::::: .::::::::::::: NP_001 EDWYHQKFLGSKCSFGDDRHLTNRVLSLGYRTKYTARSKCLTETPTKYLRWLNQQTRWSK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 SYFREWLYNAMWFHKHHLWMTYEAIITGFFPFFLIATVIQLFYRGKIWNILLFLLTVQLV :::::::::..::::::::::::...:::::::::::::::::::.:::::::::::::: NP_001 SYFREWLYNSLWFHKHHLWMTYESVVTGFFPFFLIATVIQLFYRGRIWNILLFLLTVQLV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 GLIKSSFASCLRGNIVMVFMSLYSVLYMSSLLPAKMFAIATINKAGWGTSGRKTIVVNFI :.::...: :::: :.::::::.::::::::::.::::::::.::::::::::::::: NP_001 GIIKATYACFLRGNAEMIFMSLYSLLYMSSLLPAKIFAIATINKSGWGTSGRKTIVVNFI 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 GLIPVSVWFTILLGGVIFTIYKESKRPFSESKQTVLIVGTLLYACYWVMLLTLYVVLINK ::::::.: ..::::. .: : .. :::.. . :. :..::.:::: :: ::...: . NP_001 GLIPVSIWVAVLLGGLAYTAYCQDL--FSETELAFLVSGAILYGCYWVALLMLYLAIIAR 480 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE5 -CGRRKKGQQYDMVLDV :: :: .::.... NP_001 RCG--KKPEQYSLAFAEV 540 550 >>NP_001284365 (OMIM: 601463) hyaluronan synthase 1 isof (577 aa) initn: 2062 init1: 1607 opt: 1675 Z-score: 2022.5 bits: 384.1 E(85289): 6.5e-106 Smith-Waterman score: 2085; 54.3% identity (78.7% similar) in 554 aa overlap (11-543:20-571) 10 20 30 40 pF1KE5 MHCERFLCILRIIGTTLFGVSLLLGI-TAAYIVGYQFIQTDNY-YFSFGLY : . : :.. :.::. : :: .: . .: : ..:::: NP_001 MRQDAPKPTPAACRCSGLARRVLTIAFAL-LILGLMTWAYAAGVP-LASDRYGLLAFGLY 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 GAFLASHLIIQSLFAFLEHRKMKKSLETPIK--LNKTVALCIAAYQEDPDYLRKCLQSVK ::::..::. :::::.::::.. . . :. ..::: :.:::::: :::.:: :.. NP_001 GAFLSAHLVAQSLFAYLEHRRVAAAARGPLDAATARSVALTISAYQEDPAYLRQCLASAR 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE5 RLTYPG--IKVVMVIDGNSEDDLYMMDIFSEVMGRDKSATYIWKNNFHEK---------G : :: ..:.::.::: .::::.:.: ::.. . :::.: .:.:. : NP_001 ALLYPRARLRVLMVVDGNRAEDLYMVDMFREVFADEDPATYVWDGNYHQPWEPAAAGAVG 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 PGETDESHKESSQH--VTQLVLSNKSICIMQKWGGKREVMYTAFRALGRSVDYVQVCDSD : : . :. . : :: . . .:. :.::::::::::::.::: ::::::::::: NP_001 AGAYREVEAEDPGRLAVEALVRTRRCVCVAQRWGGKREVMYTAFKALGDSVDYVQVCDSD 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 TMLDPASSVEMVKVLEEDPMVGGVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNIERACQSYF : ::: . .:.:.::.::: ::.:::::.::: :::.:::::.:::.:::.:::::::: NP_001 TRLDPMALLELVRVLDEDPRVGAVGGDVRILNPLDSWVSFLSSLRYWVAFNVERACQSYF 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 GCVQCISGPLGMYRNSLLHEFVEDWYNQEFMGNQCSFGDDRHLTNRVLSLGYATKYTARS ::.:::::::.:::.::..:.: ::::.:.:..:.::::::::::.::.:::::::.:: NP_001 HCVSCISGPLGLYRNNLLQQFLEAWYNQKFLGTHCTFGDDRHLTNRMLSMGYATKYTSRS 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 KCLTETPIEYLRWLNQQTRWSKSYFREWLYNAMWFHKHHLWMTYEAIITGFFPFFLIATV .: .::: .::::.:::::::::::::::::.:.:.:: ::::::...:.::::. ::: NP_001 RCYSETPSSFLRWLSQQTRWSKSYFREWLYNALWWHRHHAWMTYEAVVSGLFPFFVAATV 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 IQLFYRGKIWNILLFLLTVQLVGLIKSSFASCLRGNIVMVFMSLYSVLYMSSLLPAKMFA ..::: :. : .: :: :: :.: :..::. ::: . ::..:::. ::: .:::::..: NP_001 LRLFYAGRPWALLWVLLCVQGVALAKAAFAAWLRGCLRMVLLSLYAPLYMCGLLPAKFLA 420 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 510 pF1KE5 IATINKAGWGTSGRKTIVVNFIGLIPVSVWFTILLGGVIFTIYKESKRPFSESKQTV--- ..:.:..:::::::. ...:.. :.:...: .::::.. .. .:.. .: .... NP_001 LVTMNQSGWGTSGRRKLAANYVPLLPLALWALLLLGGLVRSVAHEARADWSGPSRAAEAY 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 pF1KE5 -LIVGTLLYACYWVMLLTLYVVLINKCGRRKKGQQYDMVLDV : .:. :. ::: .:::: : . . ::. : NP_001 HLAAGAGAYVGYWVAMLTLYWVGVRRLCRRRTGGYRVQV 540 550 560 570 >>NP_001514 (OMIM: 601463) hyaluronan synthase 1 isoform (578 aa) initn: 2062 init1: 1607 opt: 1675 Z-score: 2022.5 bits: 384.1 E(85289): 6.5e-106 Smith-Waterman score: 2085; 54.3% identity (78.7% similar) in 554 aa overlap (11-543:21-572) 10 20 30 40 pF1KE5 MHCERFLCILRIIGTTLFGVSLLLGI-TAAYIVGYQFIQTDNY-YFSFGL : . : :.. :.::. : :: .: . .: : ..::: NP_001 MRQQDAPKPTPAACRCSGLARRVLTIAFAL-LILGLMTWAYAAGVP-LASDRYGLLAFGL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 YGAFLASHLIIQSLFAFLEHRKMKKSLETPIK--LNKTVALCIAAYQEDPDYLRKCLQSV :::::..::. :::::.::::.. . . :. ..::: :.:::::: :::.:: :. NP_001 YGAFLSAHLVAQSLFAYLEHRRVAAAARGPLDAATARSVALTISAYQEDPAYLRQCLASA 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE5 KRLTYPG--IKVVMVIDGNSEDDLYMMDIFSEVMGRDKSATYIWKNNFHEK--------- . : :: ..:.::.::: .::::.:.: ::.. . :::.: .:.:. NP_001 RALLYPRARLRVLMVVDGNRAEDLYMVDMFREVFADEDPATYVWDGNYHQPWEPAAAGAV 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 GPGETDESHKESSQH--VTQLVLSNKSICIMQKWGGKREVMYTAFRALGRSVDYVQVCDS : : : . :. . : :: . . .:. :.::::::::::::.::: :::::::::: NP_001 GAGAYREVEAEDPGRLAVEALVRTRRCVCVAQRWGGKREVMYTAFKALGDSVDYVQVCDS 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 DTMLDPASSVEMVKVLEEDPMVGGVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNIERACQSY :: ::: . .:.:.::.::: ::.:::::.::: :::.:::::.:::.:::.::::::: NP_001 DTRLDPMALLELVRVLDEDPRVGAVGGDVRILNPLDSWVSFLSSLRYWVAFNVERACQSY 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 FGCVQCISGPLGMYRNSLLHEFVEDWYNQEFMGNQCSFGDDRHLTNRVLSLGYATKYTAR : ::.:::::::.:::.::..:.: ::::.:.:..:.::::::::::.::.:::::::.: NP_001 FHCVSCISGPLGLYRNNLLQQFLEAWYNQKFLGTHCTFGDDRHLTNRMLSMGYATKYTSR 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 SKCLTETPIEYLRWLNQQTRWSKSYFREWLYNAMWFHKHHLWMTYEAIITGFFPFFLIAT :.: .::: .::::.:::::::::::::::::.:.:.:: ::::::...:.::::. :: NP_001 SRCYSETPSSFLRWLSQQTRWSKSYFREWLYNALWWHRHHAWMTYEAVVSGLFPFFVAAT 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 VIQLFYRGKIWNILLFLLTVQLVGLIKSSFASCLRGNIVMVFMSLYSVLYMSSLLPAKMF :..::: :. : .: :: :: :.: :..::. ::: . ::..:::. ::: .:::::.. NP_001 VLRLFYAGRPWALLWVLLCVQGVALAKAAFAAWLRGCLRMVLLSLYAPLYMCGLLPAKFL 420 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 510 pF1KE5 AIATINKAGWGTSGRKTIVVNFIGLIPVSVWFTILLGGVIFTIYKESKRPFSESKQTV-- :..:.:..:::::::. ...:.. :.:...: .::::.. .. .:.. .: .... NP_001 ALVTMNQSGWGTSGRRKLAANYVPLLPLALWALLLLGGLVRSVAHEARADWSGPSRAAEA 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 pF1KE5 --LIVGTLLYACYWVMLLTLYVVLINKCGRRKKGQQYDMVLDV : .:. :. ::: .:::: : . . ::. : NP_001 YHLAAGAGAYVGYWVAMLTLYWVGVRRLCRRRTGGYRVQV 540 550 560 570 >>NP_619515 (OMIM: 602428) hyaluronan synthase 3 isoform (281 aa) initn: 764 init1: 483 opt: 1041 Z-score: 1261.8 bits: 242.3 E(85289): 1.5e-63 Smith-Waterman score: 1041; 61.8% identity (87.0% similar) in 238 aa overlap (10-243:9-246) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MHCERFLCILRIIGTTLFGVSLLLGITAAYIVGYQFIQTDNYYFSFGLYGAFLASHLIIQ ::..::.::....: :: :::..:::::.:...:.:::::::.:. ::.:: NP_619 MPVQLTTALRVVGTSLFALAVLGGILAAYVTGYQFIHTEKHYLSFGLYGAILGLHLLIQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE5 SLFAFLEHRKMKKS---LETPIKLNKTVALCIAAYQEDPDYLRKCLQSVKRLTYPGIKVV :::::::::.:... :. : .:::::::::::::::::::.:..:...: .::: NP_619 SLFAFLEHRRMRRAGQALKLPSPRRGSVALCIAAYQEDPDYLRKCLRSAQRISFPDLKVV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 MVIDGNSEDDLYMMDIFSEVMG-RDKSATYIWKNNFHEKGPGETDESHKESSQHVTQLVL ::.::: ..: ::.::: ::.: .... ..:..:::: : :::. : .:. ..: ..: NP_619 MVVDGNRQEDAYMLDIFHEVLGGTEQAGFFVWRSNFHEAGEGETEASLQEGMDRVRDVVR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 SNKSICIMQKWGGKREVMYTAFRALGRSVDYVQVCDSDTMLDPASSVEMVKVLEEDPMVG .. :::::::::::::::::.::: ::::.:::::::.:::: ..::..::::::.:: NP_619 ASTFSCIMQKWGGKREVMYTAFKALGDSVDYIQVCDSDTVLDPACTIEMLRVLEEDPQVG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 GVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNIERACQSYFGCVQCISGPLGMYRNSLLHEFV ::::::: NP_619 GVGGDVQPPGKGMAVEDDQVQAAQVRATEAWSVHQRHVSREQ 240 250 260 270 280 >>XP_011525186 (OMIM: 601463) PREDICTED: hyaluronan synt (328 aa) initn: 1003 init1: 610 opt: 612 Z-score: 743.0 bits: 146.5 E(85289): 1.2e-34 Smith-Waterman score: 1022; 54.1% identity (74.7% similar) in 292 aa overlap (11-285:21-310) 10 20 30 40 pF1KE5 MHCERFLCILRIIGTTLFGVSLLLGI-TAAYIVGYQFIQTDNY-YFSFGL : . : :.. :.::. : :: .: . .: : ..::: XP_011 MRQQDAPKPTPAACRCSGLARRVLTIAFAL-LILGLMTWAYAAGVP-LASDRYGLLAFGL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 YGAFLASHLIIQSLFAFLEHRKMKKSLETPIK--LNKTVALCIAAYQEDPDYLRKCLQSV :::::..::. :::::.::::.. . . :. ..::: :.:::::: :::.:: :. XP_011 YGAFLSAHLVAQSLFAYLEHRRVAAAARGPLDAATARSVALTISAYQEDPAYLRQCLASA 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE5 KRLTYPG--IKVVMVIDGNSEDDLYMMDIFSEVMGRDKSATYIWKNNFHEK--------- . : :: ..:.::.::: .::::.:.: ::.. . :::.: .:.:. XP_011 RALLYPRARLRVLMVVDGNRAEDLYMVDMFREVFADEDPATYVWDGNYHQPWEPAAAGAV 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 GPGETDESHKESSQH--VTQLVLSNKSICIMQKWGGKREVMYTAFRALGRSVDYVQVCDS : : : . :. . : :: . . .:. :.::::::::::::.::: :::::::::: XP_011 GAGAYREVEAEDPGRLAVEALVRTRRCVCVAQRWGGKREVMYTAFKALGDSVDYVQVCDS 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 DTMLDPASSVEMVKVLEEDPMVGGVGGDVQILNKYDSWISFLSSVRYWMAFNIERACQSY :: ::: . .:.:.::.::: ::.:::::.::: :::.:::::.:::.:::.::::::: XP_011 DTRLDPMALLELVRVLDEDPRVGAVGGDVRILNPLDSWVSFLSSLRYWVAFNVERACQSY 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 FGCVQCISGPLGMYRNSLLHEFVEDWYNQEFMGNQCSFGDDRHLTNRVLSLGYATKYTAR : ::.::::::: XP_011 FHCVSCISGPLGTPPGPAATQRRPRPSCGG 300 310 320 552 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 03:29:18 2016 done: Tue Nov 8 03:29:20 2016 Total Scan time: 7.740 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]