FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5932, 538 aa 1>>>pF1KB5932 538 - 538 aa - 538 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8412+/-0.000368; mu= 12.2447+/- 0.023 mean_var=162.2353+/-32.958, 0's: 0 Z-trim(119.1): 336 B-trim: 407 in 1/56 Lambda= 0.100694 statistics sampled from 32208 (32666) to 32208 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16 Scan time: 11.010 The best scores are: opt bits E(85289) NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo s ( 538) 3549 527.9 3e-149 XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-synt ( 382) 2481 372.6 1.2e-102 NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo s ( 540) 1990 301.4 4.5e-81 NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin ( 505) 1603 245.2 3.6e-64 XP_005260574 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 504) 1423 219.0 2.7e-56 XP_011527310 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 495) 1202 186.9 1.2e-46 XP_011527309 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 496) 1202 186.9 1.2e-46 XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 349 62.8 1.8e-09 XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 349 62.8 1.8e-09 XP_016859859 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 337) 349 62.8 1.9e-09 XP_016859858 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 345) 349 62.8 1.9e-09 XP_016859857 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 349) 349 62.8 1.9e-09 XP_016859855 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 436) 349 62.9 2.3e-09 XP_016859854 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 437) 349 62.9 2.3e-09 XP_016859851 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 537) 349 63.0 2.6e-09 NP_061841 (OMIM: 608715) gamma-2-syntrophin [Homo ( 539) 349 63.0 2.6e-09 XP_016859850 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 540) 349 63.0 2.6e-09 XP_016859863 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 270) 341 61.6 3.6e-09 XP_016859852 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 480) 341 61.8 5.4e-09 XP_016869071 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 304) 296 55.1 3.7e-07 XP_016869070 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 316) 296 55.1 3.8e-07 NP_001308704 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07 NP_001308706 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07 NP_001308707 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07 NP_001308705 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07 XP_011515850 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 472) 296 55.3 5e-07 NP_001274743 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 480) 296 55.3 5e-07 NP_001308702 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 296 55.3 5.3e-07 NP_001274742 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 296 55.3 5.3e-07 NP_061840 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin isofor ( 517) 296 55.3 5.3e-07 XP_016869069 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 296 55.3 5.3e-07 XP_016869068 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 296 55.3 5.3e-07 NP_001017408 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ a ( 454) 263 50.5 1.3e-05 NP_065132 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ and ( 462) 263 50.5 1.4e-05 NP_066943 (OMIM: 300189,300850) disks large homolo ( 817) 231 46.1 0.0005 XP_006724689 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 831) 231 46.1 0.00051 XP_011529185 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 835) 231 46.1 0.00051 XP_006724688 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 849) 231 46.1 0.00052 XP_011522004 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 664) 215 43.7 0.0022 NP_001308005 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 664) 215 43.7 0.0022 NP_001308006 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 664) 215 43.7 0.0022 XP_016879779 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 697) 215 43.7 0.0023 XP_016879778 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 699) 215 43.7 0.0023 XP_016879777 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 702) 215 43.7 0.0023 NP_001122299 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 721) 215 43.7 0.0023 XP_016859853 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 466) 212 43.1 0.0023 NP_001308004 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 724) 215 43.7 0.0023 XP_005256548 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 754) 215 43.7 0.0024 NP_001308003 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 764) 215 43.7 0.0024 NP_001356 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 iso ( 767) 215 43.7 0.0024 >>NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo sapie (538 aa) initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549 Z-score: 2800.4 bits: 527.9 E(85289): 3e-149 Smith-Waterman score: 3549; 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NP_006 RRVRVVKQEAGGLGISIKGGRENRMPILISKIFPGLAADQSRALRLGDAILSVNGTDLRQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 ATHDEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGST-SDP ::::.:::::::::::::::::..::.:::.:: : ::.. :: :.:: ..:: : NP_006 ATHDQAVQALKRAGKEVLLEVKFIREVTPYIKKPSLVSDLPWEGAAPQSPSFSGSEDSGS 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 PSSQSFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAW :. :. . .::: ::::::...:.... : ::: .:.::::...:.::: ::.:::..: NP_006 PKHQNST--KDRKIIPLKMCFAARNLSMPDLENRLIELHSPDSRNTLILRCKDTATAHSW 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 FSAIHSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAG-SREIRHLGWLAE--KVPGESKKQWKPALV : :::.:. :: .:.::. .:: :. :: :.:..:..:::: :. : ...::.:.:. NP_006 FVAIHTNIMALLPQVLAELNAMLGATSTAGGSKEVKHIAWLAEQAKLDG-GRQQWRPVLM 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 VLTEKDLLIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQ ..::::::.:: :: ..:: :: :.:::.:::::::: : ::. : ::.::::::.:: NP_006 AVTEKDLLLYDCMPWTRDAWASPCHSYPLVATRLVHSGSGCRSPSLGSDLTFATRTGSRQ 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 GIETHLFRAETSRDLSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSIT ::: ::::.:: :::: ::: .::::: .:::: :.: .: ..:: ::::::::::.:. NP_006 GIEMHLFRVETHRDLSSWTRILVQGCHAAAELIKEVSLGCMLNGQEVRLTIHYENGFTIS 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 TEPQEGAFPKTIIQSPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSF : .:. . . . :.:.::::.::::: ::::::: .::. .:::::::::::..:.: NP_006 RE--NGGSSSILYRYPFERLKMSADDGIRNLYLDFGGPEGELTMDLHSCPKPIVFVLHTF 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 LSAKITRLGLVA ::::.::.::. NP_006 LSAKVTRMGLLV 530 540 >>NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin [Ho (505 aa) initn: 1647 init1: 541 opt: 1603 Z-score: 1273.0 bits: 245.2 E(85289): 3.6e-64 Smith-Waterman score: 1665; 50.8% identity (75.6% similar) in 532 aa overlap (15-538:2-505) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVR-------DRWHKVLVNLSEDALVLSSEEG :.: :: :.::::. . .::..::..:.::.:..: .: NP_003 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV . . :. . . ::..:::: :: :.::.. :.: : NP_003 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV 50 60 70 80 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH : : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .::: NP_003 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ :::::.::..::::.::::::....:: :... . .::..:: :: .: :. . 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XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTAPSSPSSPIAKDPRYEKRWLDTL 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 SIPLKMCYVTRSMALADPEN-RQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAIHSNVNDLL :.::.: ..: : .. .:. . :. . ::: . . :. :. .:. .: XP_016 SVPLSMARISRYKAGTEKLRWNAFEVLALDGVSSGILRFYTAQDGTDWLRAVSANIRELT 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 TRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDLLIYDSMPR XP_016 LQNMKMANKCCSPSDQLKEKTSCMLSSGGRLTNYLD 290 300 310 >>XP_016859859 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (337 aa) initn: 401 init1: 331 opt: 349 Z-score: 290.6 bits: 62.8 E(85289): 1.9e-09 Smith-Waterman score: 464; 33.3% identity (63.3% similar) in 270 aa overlap (110-360:72-336) 80 90 100 110 120 130 pF1KB5 GGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGVKVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILI .: : . .: .::::.:::::.:...:..: XP_016 YDIRLKLTKEVLTIQKQDVVCVGGSHQGRNRRTVTLRRQPVGGLGLSIKGGSEHNVPVVI 50 60 70 80 90 100 140 150 160 170 180 190 pF1KB5 SKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATHDEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATP ::::. ::::: :.::::.:.::: ...:::.:.:. :. :: :: . :.:.::: XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA 110 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 pF1KB5 YVKK--GSP--VSE--IGWETPPPESP-RLGG-STSDPPSSQSFSFHRDRK--------- ..: ::: :. : .: .: .:.: :.. ::: : . .: . 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