FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5736, 832 aa 1>>>pF1KE5736 832 - 832 aa - 832 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5196+/-0.000499; mu= 19.9732+/- 0.031 mean_var=85.3884+/-17.667, 0's: 0 Z-trim(108.9): 407 B-trim: 80 in 1/52 Lambda= 0.138795 statistics sampled from 16559 (16983) to 16559 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16 Scan time: 9.850 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004054 (OMIM: 603017) cadherin-17 precursor [Ho ( 832) 5468 1106.0 0 NP_001138135 (OMIM: 603017) cadherin-17 precursor ( 832) 5468 1106.0 0 XP_011515092 (OMIM: 603017) PREDICTED: cadherin-17 ( 752) 4233 858.7 0 NP_004053 (OMIM: 603118) cadherin-16 isoform 1 pre ( 829) 1288 269.0 6e-71 NP_001191674 (OMIM: 603118) cadherin-16 isoform 3 ( 790) 1030 217.4 2.1e-55 NP_001191673 (OMIM: 603118) cadherin-16 isoform 2 ( 807) 1030 217.4 2.1e-55 XP_005255827 (OMIM: 603118) PREDICTED: cadherin-16 ( 651) 1023 215.9 4.7e-55 NP_001191675 (OMIM: 603118) cadherin-16 isoform 4 ( 732) 938 198.9 6.9e-50 NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 903 191.9 9.8e-48 NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 903 192.0 1e-47 XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 833 177.8 1.3e-43 NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 833 177.9 1.4e-43 NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 833 177.9 1.5e-43 NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 824 176.1 4.8e-43 XP_006714498 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864421 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864414 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_005248285 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864417 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864418 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864416 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_016864420 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 791 169.5 5.3e-41 XP_011512230 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 724) 784 168.1 1.3e-40 XP_011521109 (OMIM: 603118) PREDICTED: cadherin-16 ( 766) 772 165.7 7.2e-40 NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 724 156.1 6.1e-37 NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 724 156.1 6.4e-37 NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 ( 459) 705 152.1 5.3e-36 NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 698 150.9 2.2e-35 NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 698 150.9 2.3e-35 NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 698 150.9 2.4e-35 NP_001161139 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 2 ( 574) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864429 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864428 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864430 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 574) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864427 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 NP_001278886 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 3 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864425 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 XP_011512232 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864424 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 XP_016864426 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 575) 673 145.8 5.4e-34 XP_011512231 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 622) 630 137.2 2.2e-31 XP_016878318 (OMIM: 603008) PREDICTED: cadherin-8 ( 621) 594 130.0 3.3e-29 XP_016864422 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 567) 582 127.5 1.6e-28 XP_016864423 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 567) 582 127.5 1.6e-28 XP_011538341 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3418) 548 121.3 7.2e-26 >>NP_004054 (OMIM: 603017) cadherin-17 precursor [Homo s (832 aa) initn: 5468 init1: 5468 opt: 5468 Z-score: 5918.2 bits: 1106.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5468; 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