FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9524, 348 aa 1>>>pF1KE9524 348 - 348 aa - 348 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1860+/-0.00105; mu= 16.7003+/- 0.063 mean_var=153.3998+/-59.606, 0's: 0 Z-trim(105.2): 284 B-trim: 999 in 2/45 Lambda= 0.103553 statistics sampled from 7796 (8303) to 7796 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16 Scan time: 2.650 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 ( 348) 2387 369.3 2.7e-102 CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 1085 174.8 9.8e-44 CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41 CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41 CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41 CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 1027 166.1 4.1e-41 CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 ( 402) 533 92.4 7e-19 CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 ( 354) 402 72.7 5.1e-13 CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 478) 395 71.9 1.2e-12 CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 390 70.9 1.7e-12 CCDS3664.1 TACR3 gene_id:6870|Hs108|chr4 ( 465) 390 71.1 2.1e-12 CCDS1958.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 407) 377 69.1 7.4e-12 CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 489) 377 69.2 8.1e-12 CCDS46345.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 311) 368 67.6 1.6e-11 CCDS7293.1 TACR2 gene_id:6865|Hs108|chr10 ( 398) 360 66.5 4.2e-11 >>CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 (348 aa) initn: 2387 init1: 2387 opt: 2387 Z-score: 1949.9 bits: 369.3 E(32554): 2.7e-102 Smith-Waterman score: 2387; 100.0% identity (100.0% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-348) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLVATL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLVATL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 RYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVAGLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 RYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVAGLV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE9 TGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIPEGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 TGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIPEGL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 QCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQESATT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 QCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQESATT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE9 QKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVTIPSFFSKSACIYNP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 QKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVTIPSFFSKSACIYNP 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 IIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVGPN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 IIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVGPN 310 320 330 340 >>CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 (348 aa) initn: 1064 init1: 1038 opt: 1085 Z-score: 898.7 bits: 174.8 E(32554): 9.8e-44 Smith-Waterman score: 1085; 45.9% identity (77.5% similar) in 338 aa overlap (9-341:9-346) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MRKMSEEEFYL-FKNISSV--GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLV ::. :.: ..: .:.. :::..: : : . ::.: ....:::.: ..: CCDS30 MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 ATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVA .:...:::: ::::::.:.. . ... . . .. .: .:::::: : ::::..:.. 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CCDS83 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV ....:.::.::: ::::.:: :::.::. ::... :: . : :. :..:::::.: CCDS83 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 SSTQVGPN :: :.: CCDS83 SS--VSPA 360 >>CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX (364 aa) initn: 1052 init1: 963 opt: 1033 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41 Smith-Waterman score: 1033; 44.3% identity (74.8% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363) 10 20 30 40 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM .. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...: CCDS35 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV : . . :..::.::...::::.:::.::::.. . . ... : . :::: CCDS35 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG .:. .:.:::. .. :.. ::::....::..:.:::::: ::..: :.. . .: . CCDS35 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY . ::.:::::. :.::. ::::: .. :..: . .:: :.. : :.:::.: . : CCDS35 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCY 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL :. :..::: ::.:: .:::::.::.::::::: .:: :. ::: :: . . : .. . CCDS35 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV ....:.::.::: ::::.:: :::.::. ::... :: . : :. :..:::::.: CCDS35 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 SSTQVGPN :: :.: CCDS35 SS--VSPA 360 >>CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX (364 aa) initn: 1052 init1: 963 opt: 1033 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41 Smith-Waterman score: 1033; 44.3% identity (74.8% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363) 10 20 30 40 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM .. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...: CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV : . . :..::.::...::::.:::.::::.. . . ... : . :::: CCDS14 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG .:. .:.:::. .. :.. ::::....::..:.:::::: ::..: :.. . .: . CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY . ::.:::::. :.::. ::::: .. :..: . .:: :.. : :.:::.: . : CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCY 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL :. :..::: ::.:: .:::::.::.::::::: .:: :. ::: :: . . : .. . CCDS14 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV ....:.::.::: ::::.:: :::.::. ::... :: . : :. :..:::::.: CCDS14 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 SSTQVGPN :: :.: CCDS14 SS--VSPA 360 >>CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX (364 aa) initn: 1047 init1: 957 opt: 1027 Z-score: 851.7 bits: 166.1 E(32554): 4.1e-41 Smith-Waterman score: 1027; 43.2% identity (75.7% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363) 10 20 30 40 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM .. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...: CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV : . :..::.::...::::.:::.::::.. . . ... .: . .:::: CCDS14 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG .:. .:.:::. .. :.. ::::....::..:.:::::: ::..: :.. . .: . CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY . ::.:::::. :.::. ::::: .. :..: . .:: :.. : :.::..: . : CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCY 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL :. :..::: ::.:: .:::::.::.::::::. ..:::. ::. :: . . : .... CCDS14 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAF 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV ....:..:.::: ::::.:: :::.::. ::... :: . : :. :..:::::.: CCDS14 HPLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 SSTQVGPN :: :.: CCDS14 SS--VSPA 360 >>CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 (402 aa) initn: 470 init1: 180 opt: 533 Z-score: 452.4 bits: 92.4 E(32554): 7e-19 Smith-Waterman score: 533; 30.5% identity (62.4% similar) in 311 aa overlap (19-319:23-325) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWA---FYLQAAFMGTVFLIGFPLNA :: . ::... . : ..:.. :.: : CCDS31 MYSGNRSGGHGYWDGGGAAGAEGPAPAGTLSPAPLFSPGTYERLALLLGSIGLLGVGNNL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 MVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASC--NGYFVFGRHVCALEG .::: ....:: : . .:::.:.. .:. .:.: .:: :: ::. :. :. .: CCDS31 LVLVLYYKFQRLRTPTHLLLVNISLSDLLVSLFGVTFTFV-SCLRNGW-VWDTVGCVWDG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 FLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYI-VICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFF : :.. :.:. .:. ::.:::: :. :: .. . :.: . : ... . :.. CCDS31 FSGSLFGIVSIATLTVLAYERYIRVVHARVINFSWAWR-AITYI---WLYSLAWAGAPLL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 GWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLL---RAL ::.:.: . .: :: . .. . :.. :::. :..:::..: : ..: : : CCDS31 GWNRYILDVHGLGCTVDWKSKDAN--DSSFVLFLFLGCLVVPLGVIAHCYGHILYSIRML 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 KAVAAQQQ-ESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVT . : : . : :.....: .:. .: ::..:: .. . .::...: . . CCDS31 RCVEDLQTIQVIKILKYEKKLAKMCFLMIFTFLVCWMPYIVICFLVVNGHGHLVTPTISI 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 IPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVG . .:.:: .:::.:: :: ..:. .....: CCDS31 VSYLFAKSNTVYNPVIYVFMIRKFRRSLLQLLCLRLLRCQRPAKDLPAAGSEMQIRPIVM 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 PN CCDS31 SQKDGDRPKKKVTFNSSSIIFIITSDESLSVDDSDKTNGSKVDVIQVRPL 360 370 380 390 400 >>CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 (354 aa) initn: 380 init1: 229 opt: 402 Z-score: 347.2 bits: 72.7 E(32554): 5.1e-13 Smith-Waterman score: 402; 24.2% identity (59.4% similar) in 298 aa overlap (22-313:20-316) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPL-NAMVLVAT :: . : : :.:. :.. : . :..:: . 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