FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3414, 353 aa 1>>>pF1KE3414 353 - 353 aa - 353 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3612+/-0.00134; mu= 4.7908+/- 0.081 mean_var=411.5947+/-86.397, 0's: 0 Z-trim(111.6): 138 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.063218 statistics sampled from 12415 (12536) to 12415 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.385), width: 16 Scan time: 2.730 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 2488 241.1 1e-63 CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 2404 233.5 2.1e-61 CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 1450 146.5 3.3e-35 CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 1450 146.5 3.4e-35 CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 1439 145.5 6.8e-35 CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 1276 130.5 1.9e-30 CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 1242 127.4 1.6e-29 CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 939 99.8 3.2e-21 CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 685 76.7 3.2e-14 CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 679 76.1 4.7e-14 CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 675 75.8 6.2e-14 CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 669 75.4 1e-13 CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 597 68.5 7.7e-12 CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 591 68.1 1.2e-11 CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 579 67.0 2.6e-11 CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 576 66.7 3e-11 >>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (353 aa) initn: 2488 init1: 2488 opt: 2488 Z-score: 1257.3 bits: 241.1 E(32554): 1e-63 Smith-Waterman score: 2488; 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71.1% identity (84.3% similar) in 356 aa overlap (15-350:29-376) 10 20 30 40 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGK .: ::.:::::::::::::..:::...:.:: CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGT 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 LTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPG :::::::::: .::::::::::.: . :::::: ::::..:::::::::::.::.: ::: CCDS22 LTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPG 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 AHVTVKKLFVGGIKEDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPV ::.::::.:::::::::::..::::::.::::.:::.. ::::::::::.:::::::: : CCDS22 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTV 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 DKIVLQKYHTINGHNAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFG-F----GDSRGGGGNFGP ::::.:::::::::: ::.::::.:::: . :.: ::::. : : :. ::::::: CCDS22 DKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAGSQR-GRGGGSGNFMGRGGNFGGGGGNFGR 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 pF1KE3 GPGSNFRGGSDGYGSGR----GFGDG-YNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGY : . . ::: : :.: : ::: :::.:: :::.::.:::.. ::::::::::: CCDS22 GGNFGGRGGYGGGGGGSRGSYGGGDGGYNGFGGD--GGNYGGGPGYSS-RGGYGGGGPGY 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 pF1KE3 GNQGGGYGGG--YD------NYGGGNYGSG-NYNDFGNYN-QQPSNYGPMKSGNFGGSRN :::::::::: :: :.::::::.: ::::::::. :: :::::::.:.::: :. CCDS22 GNQGGGYGGGGGYDGYNEGGNFGGGNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGG-RS 300 310 320 330 340 350 330 340 350 pF1KE3 MGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY :.::::: :: : :::::::.: CCDS22 SGSPYGGG-YGSG--GGSGGYGSRRF 360 370 >>CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (372 aa) initn: 1694 init1: 1173 opt: 1439 Z-score: 740.0 bits: 145.5 E(32554): 6.8e-35 Smith-Waterman score: 1572; 66.5% identity (82.1% similar) in 358 aa overlap (15-351:8-361) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:: CCDS44 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK ::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::: CCDS44 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH :::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.::: CCDS44 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGG--GNFGPGPGSNFRG-----GSDG : :::::::.::: ..::. ::.:. .:: .:::: :: . : :.:: : :: : CCDS44 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 YGSGRGFGDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGG--YDNY- :. : ::::::.:. : : ::.:::.:: :::.:: ::::::.::::. ::.: CCDS44 GGGYGGSGDGYNGFGNDGGYG--GGGPGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYN 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 --GGGNYGSGN---------YNDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPG :::..:.:. ::::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . CCDS44 NGGGGGFGGGSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFA 300 310 320 330 340 340 350 pF1KE3 GSGGSGGYGGRSRY ..::::: : CCDS44 KPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF 350 360 370 >>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (320 aa) initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276 Z-score: 660.3 bits: 130.5 E(32554): 1.9e-30 Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (15-351:8-309) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:: CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK ::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::: CCDS41 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH :::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.::: CCDS41 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF : :::::::.::: ..::. ::.:. :::: : :..: ::.:..: : .: CCDS41 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGS----------GNFGGGRGGGF-GGNDNFGRGGNF 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY .: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.: CCDS41 ----SGRGG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY 230 240 250 260 310 320 330 340 350 pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY :::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..::::: : CCDS41 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGR 270 280 290 300 310 CCDS41 RF 320 >>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 (320 aa) initn: 1108 init1: 1108 opt: 1242 Z-score: 643.5 bits: 127.4 E(32554): 1.6e-29 Smith-Waterman score: 1371; 63.2% identity (79.0% similar) in 334 aa overlap (15-348:8-306) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:: CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK ::::::::.... :::::: . ::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::: CCDS31 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH :::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::..:: CCDS31 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGH 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF : :::::: .::: ..::. :: :. :::: : :..: ::.:..: : .: CCDS31 NCEVRKALPKQEMASASSSQRGRRGS----------GNFGGGRGDGF-GGNDNFGRGGNF 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY .: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.: CCDS31 ----SGRGG------FGGSCG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY 230 240 250 260 310 320 330 340 350 pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY :::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..:::: CCDS31 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPQNQGGYGVSSSSSSYGSGR 270 280 290 300 310 CCDS31 RF 320 >>CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 (305 aa) initn: 1208 init1: 843 opt: 939 Z-score: 494.3 bits: 99.8 E(32554): 3.2e-21 Smith-Waterman score: 1045; 50.4% identity (72.3% similar) in 339 aa overlap (16-351:2-304) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR :. :. :::::::. .:.: .::...: .: ::::::. .: .:: CCDS41 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKR 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK :: :::::.:.. :.:::::: ::..:: .:: ::::.::.:..::::. ::::::::.: CCDS41 SRCFGFVTYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLK 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH :. : : ..: ..: .. :::.:.::::::::::: :..:: .:: .. :.: :.:: CCDS41 GDVAEGDLIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGH 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF .::.::. .... :: ::. : .:::: :. : : :: : : ..: CCDS41 RVEVKKAVPKEDIY------SGGGGG-GSRSSRGGRGGRGRG------GGRDQNGLSKGG 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY : :::.::: ::: ::: ..::::: : ..:::..::.: . CCDS41 GGGYNSYGGYGGGG--------GGGYNAYGGGGGG------------SSYGGSDYGNG-F 220 230 240 250 310 320 330 340 350 pF1KE3 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGG-GNYGP--GGSGGSGGYGGRSRY . ::.:.:. :.::::::: ::. . :. .:: .: :: :: ::.::::: : CCDS41 GGFGSYSQHQSSYGPMKSG--GGGGGGGSSWGGRSNSGPYRGGYGGGGGYGGSSF 260 270 280 290 300 >>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (332 aa) initn: 765 init1: 364 opt: 685 Z-score: 368.8 bits: 76.7 E(32554): 3.2e-14 Smith-Waterman score: 695; 38.0% identity (70.5% similar) in 292 aa overlap (15-306:64-332) 10 20 30 40 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQW ...:. :.:.::::..:....:..:. .. CCDS34 TGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKF 40 50 60 70 80 90 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 GKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGK :...::.. :: . :::::::. :.. : :. .. . : .::::..::.:.: ... CCDS34 GEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKD-- 100 110 120 130 140 150 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 PGAHVTVKKLFVGGIKEDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHD : :::.::::.. .. :...:.:: :.:.:..::. : . .:.::: :.:: ... CCDS34 P-----VKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEE 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 PVDKIVLQKYHTINGHNAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPG :: :.. .:.::..: . :.. : .. .:. : . .::: : . :. ::.:: : : : CCDS34 PVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQYGSGGRG-NRNRGN-RGSGG--GGGGG 210 220 230 240 250 260 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 SNFRGGSDGYGSGRGFGDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYG .. .. ..:::. . : ::. : ::: :.. :: :: : : :::: :. CCDS34 GQSQSWNQGYGNYWNQGYGYQ-QGYGPGYGGYDYSP-YG-----YYGYGPGYD-----YS 270 280 290 300 310 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 GGYDNYGGGNYGSGNYNDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGS : ::: .. .:. :.. : CCDS34 QGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY 320 330 >>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa) initn: 565 init1: 306 opt: 679 Z-score: 365.8 bits: 76.1 E(32554): 4.7e-14 Smith-Waterman score: 679; 38.8% identity (72.3% similar) in 289 aa overlap (6-290:64-336) 10 20 30 pF1KE3 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEE : . .. .: :... :.::::::..::.. CCDS35 TQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDE-GKMFIGGLSWDTTKK 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 SLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKR .:..:. ..:...::.. :: . :::::::: :. :: .: . :...:.:..::: CCDS35 DLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKR 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 AVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIKEDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGF : : . . .: :::.::::.. :: :...:.:: .:....::. : ...:.::: CCDS35 AKAMK-TKEP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGF 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 GFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGHNAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGG :.:: ...:: ::. .:::... . :.. :.:....:. :.. ..::: :. : .:: CCDS35 CFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQ-QQQWGSRGG-FA-GRARGR 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 GGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGFGD-GYNGYG-GGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGG :: ::..:. : ..: . .:.:. :::. : :: :: .. : .: : : :.. CCDS35 GG----GPSQNWNQGYSNYWN-QGYGNYGYNSQGYGGYGGYDYTGYNNYYG-YGDYSNQQ 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 PGYG--NQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNYNDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPY ::: .. ::. ..: : CCDS35 SGYGKVSRRGGHQNSYKPY 320 330 353 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Oct 20 17:10:52 2017 done: Fri Oct 20 17:10:53 2017 Total Scan time: 2.730 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]