FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6269, 694 aa 1>>>pF1KB6269 694 - 694 aa - 694 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6256+/-0.000372; mu= 10.2061+/- 0.023 mean_var=161.9849+/-32.139, 0's: 0 Z-trim(118.8): 46 B-trim: 1609 in 1/54 Lambda= 0.100771 statistics sampled from 31992 (32038) to 31992 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.376), width: 16 Scan time: 12.180 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004280 (OMIM: 604135) nuclear factor erythroid ( 694) 4671 691.5 2.9e-198 NP_003195 (OMIM: 163260) nuclear factor erythroid ( 772) 846 135.4 7.9e-31 XP_005257467 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear fac ( 772) 846 135.4 7.9e-31 XP_005257472 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear fac ( 731) 844 135.1 9.2e-31 XP_005257469 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear fac ( 742) 844 135.1 9.3e-31 NP_001317191 (OMIM: 163260) nuclear factor erythro ( 742) 844 135.1 9.3e-31 NP_001317190 (OMIM: 163260) nuclear factor erythro ( 761) 844 135.1 9.5e-31 XP_005257468 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear fac ( 761) 844 135.1 9.5e-31 NP_001300833 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 505) 604 100.1 2.2e-20 NP_001300832 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 532) 604 100.1 2.3e-20 NP_001300831 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 575) 604 100.1 2.4e-20 NP_001138885 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 582) 604 100.1 2.5e-20 NP_001300829 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 589) 604 100.1 2.5e-20 NP_001300830 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 589) 604 100.1 2.5e-20 NP_001138884 (OMIM: 600492) nuclear factor erythro ( 589) 604 100.1 2.5e-20 NP_006155 (OMIM: 600492) nuclear factor erythroid ( 605) 604 100.2 2.5e-20 NP_001129495 (OMIM: 601490) transcription factor N ( 373) 532 89.5 2.5e-17 NP_006154 (OMIM: 601490) transcription factor NF-E ( 373) 532 89.5 2.5e-17 NP_001248390 (OMIM: 601490) transcription factor N ( 373) 532 89.5 2.5e-17 XP_005268963 (OMIM: 601490) PREDICTED: transcripti ( 373) 532 89.5 2.5e-17 NP_996749 (OMIM: 602751) transcription regulator p ( 736) 278 52.8 5.5e-06 NP_001177 (OMIM: 602751) transcription regulator p ( 736) 278 52.8 5.5e-06 XP_005248816 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 841) 261 50.4 3.4e-05 XP_011534342 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 841) 261 50.4 3.4e-05 XP_016866655 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 841) 261 50.4 3.4e-05 NP_001164265 (OMIM: 605394) transcription regulato ( 841) 261 50.4 3.4e-05 XP_016866654 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 841) 261 50.4 3.4e-05 NP_068585 (OMIM: 605394) transcription regulator p ( 841) 261 50.4 3.4e-05 XP_011534341 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 841) 261 50.4 3.4e-05 XP_005248815 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 877) 261 50.4 3.5e-05 XP_016866652 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866645 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866653 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866647 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866651 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866648 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866650 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866646 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 XP_016866649 (OMIM: 605394) PREDICTED: transcripti ( 927) 261 50.4 3.6e-05 >>NP_004280 (OMIM: 604135) nuclear factor erythroid 2-re (694 aa) initn: 4671 init1: 4671 opt: 4671 Z-score: 3680.5 bits: 691.5 E(85289): 2.9e-198 Smith-Waterman score: 4671; 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XP_005 LDKQMSRDEHRARAMKIPFTNDKIINLPVEEFNELLSKYQLSEAQLSLIRDIRRRGKNKM 610 620 630 640 650 660 600 610 620 630 640 650 pF1KB6 AAQNCRKRKLDIILNLEDDVCNLQAKKETLKREQAQCNKAINIMKQKLHDLYHDIFSRLR ::::::::::: ::::: :: .:: : : ::... ... ::::...::...:.::: XP_005 AAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRDKARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQEVFGRLR 670 680 690 700 710 720 660 670 680 690 pF1KB6 DDQGRPVNPNHYALQCTHDGSILIVPKELVASGHKKETQKGKRK :..::: .:..:::: . :::.:..:. .. . ... .: : . XP_005 DENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK 730 740 750 760 770 >>XP_005257472 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear factor (731 aa) initn: 1073 init1: 626 opt: 844 Z-score: 673.2 bits: 135.1 E(85289): 9.2e-31 Smith-Waterman score: 1252; 37.2% identity (63.6% similar) in 744 aa overlap (4-694:4-729) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MKHLKRWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLL--LPPPTLLQDELLFLGGPASSAYA ::.. . : ::..:.:::: :.:::.: :: ::: :.. .: :: ::::. XP_005 MLSLKKYLTEG--LLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSPF----SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVH . : .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.::::: XP_005 QTQFHNLRNTLDGYG----IHPKSIDLDNYFTAR-RLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVH 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KB6 SVAAGSADEAHGLLGAAAASSTGGAGAS-VDGG---SQAVQGGGGDPR--AARSGPLDAG ::.. .. : : ::.: .. :.: :.. :: : : . .: . :. .: XP_005 RDPEGSVSGSQPNSGLALESSSGLQDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPV-SG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 EEEKAPAEPTA--QVPDAGGCASEENGVLREKHEAVDHSSQHEENEER------VSAQKE . : . : .: : . .:.. : .: ... .... :. : :... XP_005 DLTKEDIDLGAGREVFDYSHRQKEQD-VEKELRDGGEQDTWAGEGAEALARNLLVDGETG 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KB6 NSLQ-QNDDDENKIAEKPDWEAEKTTESRNERH--LNGTDTSFSLEDLFQLLSSQPENSL .:. : : ..:.: :.: . . : :.::.. :.::. .: : : : . XP_005 ESFPAQFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPLLTGTESPFDLEQQWQDLMSIMEMQA 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB6 EGISLGDIPLPGSISDGMNSSAHYHVNFSQAISQDVNLHEAILL-CPNNTFRRDPTART- .. . . : : :..: . . :.:.:.::.: : : .. . .: ... XP_005 MEVNTSASEILYSAPPGDPLSTNYSLAPNTPINQNVSLHQASLGGCSQDFLLFSPEVESL 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 pF1KB6 -SQSQEPFLQLN-SHTTNPEQTLPGTNLTG-FLSPVDNHMRNLTSQDLLYD-----LDIN :. .: : :..:. ..:. .::::: :. : : : :. : : :: XP_005 PVASSSTLLPLAPSNSTSLNSTFGSTNLTGLFFPPQLNGTANDTAGPELPDPLGGLLDEA 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 pF1KB6 IFDEINLMSLATEDNFDPIDVSQLFDEPDSDSGLSLDSSHNNTSV--------------- ..:::.::.:: :..:.:...::: .: ::::::::::::. .:. XP_005 MLDEISLMDLAIEEGFNPVQASQLEEEFDSDSGLSLDSSHSPSSLSSSEGSSSSSSSSSS 410 420 430 440 450 460 440 450 460 470 480 pF1KB6 ----IKSNSSHSVCDEGAIGYCTDHESSSHHDLEGAVGGYYPEPSKLCHLDQSDSDFHGD .:..: : .:::.:: .: :. . .. ::::: : :: ::.:... .: . XP_005 SSSSASSSASSSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEGAVG-YQPEYSKFCRMSYQDPAQLSC 470 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 540 pF1KB6 LTF-QHVFHNHTYHLQPTAPESTSEPFPWPGKSQKIRSRYLEDTDRNLSRDEQRAKALHI : . .:: :::::.. :.: .:.. : : :. . . . . :...::::.::.:..: XP_005 LPYLEHVGHNHTYNMAPSALDSADLPPPSALKKGS-KEKQADFLDKQMSRDEHRARAMKI 530 540 550 560 570 580 550 560 570 580 590 600 pF1KB6 PFSVDEIVGMPVDSFNSMLSRYYLTDLQVSLIRDIRRRGKNKVAAQNCRKRKLDIILNLE ::. :.:...::. :: .::.: :.. :.:::::::::::::.::::::::::: ::::: XP_005 PFTNDKIINLPVEEFNELLSKYQLSEAQLSLIRDIRRRGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLE 590 600 610 620 630 640 610 620 630 640 650 660 pF1KB6 DDVCNLQAKKETLKREQAQCNKAINIMKQKLHDLYHDIFSRLRDDQGRPVNPNHYALQCT :: .:: : : ::... ... ::::...::...:.::::..::: .:..:::: . XP_005 RDVEDLQRDKARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQEVFGRLRDENGRPYSPSQYALQYA 650 660 670 680 690 700 670 680 690 pF1KB6 HDGSILIVPKELVASGHKKETQKGKRK :::.:..:. .. . ... .: : . XP_005 GDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK 710 720 730 >>XP_005257469 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear factor (742 aa) initn: 1077 init1: 626 opt: 844 Z-score: 673.2 bits: 135.1 E(85289): 9.3e-31 Smith-Waterman score: 1215; 36.8% identity (61.7% similar) in 741 aa overlap (17-694:15-740) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MKHLKRWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLL--LPPPTLLQDELLFLGGPASSAYA .:.:::: :.:::.: :: ::: :.. .: :: ::::. XP_005 MLSLKKYLTEGLLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSPF----SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVH . : .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.::::: XP_005 QTQFHNLRNTLDGYG----IHPKSIDLDNYFTAR-RLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVH 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KB6 SVAAGSADEAHGLLGAAAASSTGGAGAS-VDGG---SQAVQGGGGDPR--AARSGPLDAG ::.. .. : : ::.: .. :.: :.. :: : : . .: . :. .: XP_005 RDPEGSVSGSQPNSGLALESSSGLQDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPV-SG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 EEEKAPAEPTA----QVPDAGGCASEENGVLREKHEAV-----DHSSQHEENEERVSAQK . : . : : :. . :.:.. : : . : : . : XP_005 DLTKEDIDLIDILWRQDIDLGAGREVFDYSHRQKEQDVEKELRDGGEQDTWAGEGAEALA 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 pF1KB6 ENSLQQNDDDEN----------KIAEKPDWEAEKTTESRNERH--LNGTDTSFSLEDLFQ .: : ... :. .:.: :.: . . : :.::.. :.::. .: XP_005 RNLLVDGETGESFPAQFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPLLTGTESPFDLEQQWQ 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 LLSSQPENSLEGISLGDIPLPGSISDGMNSSAHYHVNFSQAISQDVNLHEAILL-CPNNT : : : . .. . . : : :..: . . :.:.:.::.: : : .. 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XP_005 SPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK 710 720 730 740 >>NP_001317191 (OMIM: 163260) nuclear factor erythroid 2 (742 aa) initn: 1077 init1: 626 opt: 844 Z-score: 673.2 bits: 135.1 E(85289): 9.3e-31 Smith-Waterman score: 1215; 36.8% identity (61.7% similar) in 741 aa overlap (17-694:15-740) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MKHLKRWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLL--LPPPTLLQDELLFLGGPASSAYA .:.:::: :.:::.: :: ::: :.. .: :: ::::. NP_001 MLSLKKYLTEGLLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 LSPF----SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVH . : .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.::::: NP_001 QTQFHNLRNTLDGYG----IHPKSIDLDNYFTAR-RLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVH 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KB6 SVAAGSADEAHGLLGAAAASSTGGAGAS-VDGG---SQAVQGGGGDPR--AARSGPLDAG ::.. .. : : ::.: .. :.: :.. :: : : . .: . :. .: NP_001 RDPEGSVSGSQPNSGLALESSSGLQDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPV-SG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 EEEKAPAEPTA----QVPDAGGCASEENGVLREKHEAV-----DHSSQHEENEERVSAQK . : . : : :. . :.:.. : : . : : . : NP_001 DLTKEDIDLIDILWRQDIDLGAGREVFDYSHRQKEQDVEKELRDGGEQDTWAGEGAEALA 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 pF1KB6 ENSLQQNDDDEN----------KIAEKPDWEAEKTTESRNERH--LNGTDTSFSLEDLFQ .: : ... :. .:.: :.: . . : :.::.. :.::. .: NP_001 RNLLVDGETGESFPAQFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPLLTGTESPFDLEQQWQ 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 LLSSQPENSLEGISLGDIPLPGSISDGMNSSAHYHVNFSQAISQDVNLHEAILL-CPNNT : : : . .. . . : : :..: . . :.:.:.::.: : : .. 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NP_001 SPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK 710 720 730 740 >>NP_001317190 (OMIM: 163260) nuclear factor erythroid 2 (761 aa) initn: 1073 init1: 626 opt: 844 Z-score: 673.0 bits: 135.1 E(85289): 9.5e-31 Smith-Waterman score: 1133; 35.2% identity (61.0% similar) in 738 aa overlap (36-694:36-759) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 RWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLLLPPPTLLQDELLFLGGPASSAYALSPF--- ::: :.. .: :: ::::. . : NP_001 KYLTEGLLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYTQTQFHNL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 -SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVHSVAAGSA .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.::::: ::. 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NP_001 GRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK 720 730 740 750 760 >>XP_005257468 (OMIM: 163260) PREDICTED: nuclear factor (761 aa) initn: 1073 init1: 626 opt: 844 Z-score: 673.0 bits: 135.1 E(85289): 9.5e-31 Smith-Waterman score: 1133; 35.2% identity (61.0% similar) in 738 aa overlap (36-694:36-759) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 RWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLLLPPPTLLQDELLFLGGPASSAYALSPF--- ::: :.. .: :: ::::. . : XP_005 KYLTEGLLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYTQTQFHNL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 -SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVHSVAAGSA .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.::::: ::. XP_005 RNTLDGYG----IHPKSIDLDNYFTAR-RLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVHRDPEGSV 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 pF1KB6 DEAHGLLGAAAASSTGGAGAS-VDGG---SQAVQGGGGDPR--AARSGP----------- . .. : : ::.: .. :.: :.. :: : : . .: . : XP_005 SGSQPNSGLALESSSGLQDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPVSGDLTKEDID 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 pF1KB6 LDAGEE------EKAPAEPTAQVPDAG--------GCASEENGVLREKHEAVDHSSQHEE : ::.: .. . .. :.: : . ..: . . . . .: XP_005 LGAGREVFDYSHRQKEQDVEKELRDGGEQDTWAGEGAEALARNLLVDGETGESFPAQVPS 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 pF1KB6 NEERVSAQKENSLQ---------QNDD---DENKIAEKPDWEAEKTTESRNERH--LNGT .:.... . :. :. .: . : ..:.: :.: . . : :.:: XP_005 GEDQTALSLEECLRLLEATCPFGENAEFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPLLTGT 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 DTSFSLEDLFQLLSSQPENSLEGISLGDIPLPGSISDGMNSSAHYHVNFSQAISQDVNLH .. :.::. .: : : : . .. . . : : :..: . . :.:.:.:: XP_005 ESPFDLEQQWQDLMSIMEMQAMEVNTSASEILYSAPPGDPLSTNYSLAPNTPINQNVSLH 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 EAILL-CPNNTFRRDPTART--SQSQEPFLQLN-SHTTNPEQTLPGTNLTG-FLSPVDNH .: : : .. . .: ... :. .: : :..:. ..:. .::::: :. : : XP_005 QASLGGCSQDFLLFSPEVESLPVASSSTLLPLAPSNSTSLNSTFGSTNLTGLFFPPQLNG 360 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 pF1KB6 MRNLTSQDLLYD-----LDINIFDEINLMSLATEDNFDPIDVSQLFDEPDSDSGLSLDSS : :. : : :: ..:::.::.:: :..:.:...::: .: ::::::::::: XP_005 TANDTAGPELPDPLGGLLDEAMLDEISLMDLAIEEGFNPVQASQLEEEFDSDSGLSLDSS 420 430 440 450 460 470 430 440 450 460 pF1KB6 HNNTSV-------------------IKSNSSHSVCDEGAIGYCTDHESSSHHDLEGAVGG :. .:. .:..: : .:::.:: .: :. . .. ::::: XP_005 HSPSSLSSSEGSSSSSSSSSSSSSSASSSASSSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEGAVG- 480 490 500 510 520 530 470 480 490 500 510 520 pF1KB6 YYPEPSKLCHLDQSDSDFHGDLTF-QHVFHNHTYHLQPTAPESTSEPFPWPGKSQKIRSR : :: ::.:... .: . : . .:: :::::.. :.: .:.. : : :. . . . 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