FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5593, 420 aa 1>>>pF1KE5593 420 - 420 aa - 420 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6746+/-0.00034; mu= 10.7241+/- 0.021 mean_var=114.1311+/-24.212, 0's: 0 Z-trim(117.9): 245 B-trim: 1339 in 1/51 Lambda= 0.120053 statistics sampled from 29952 (30293) to 29952 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16 Scan time: 8.090 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001159864 (OMIM: 190920) trophoblast glycoprote ( 420) 2790 494.1 2.7e-139 XP_011534399 (OMIM: 190920) PREDICTED: trophoblast ( 420) 2790 494.1 2.7e-139 NP_006661 (OMIM: 190920) trophoblast glycoprotein ( 420) 2790 494.1 2.7e-139 NP_848665 (OMIM: 610462) reticulon-4 receptor-like ( 420) 405 81.1 6e-15 NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473) 367 74.5 6.3e-13 NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811) 322 66.9 2.1e-10 NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 312 65.1 5.5e-10 NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 306 64.0 1.1e-09 XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 306 64.0 1.1e-09 NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 306 64.0 1.1e-09 NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 306 64.0 1.2e-09 NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 306 64.0 1.2e-09 NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 306 64.0 1.2e-09 NP_004479 (OMIM: 173511) platelet glycoprotein V p ( 560) 300 63.0 2.2e-09 XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 292 61.6 6.6e-09 NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 292 61.6 6.6e-09 NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 292 61.6 6.6e-09 XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 292 61.6 6.6e-09 XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 292 61.6 6.6e-09 XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 283 60.1 2e-08 NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 283 60.1 2e-08 XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 283 60.1 2e-08 NP_001010847 (OMIM: 615212) leucine-rich repeat-co ( 294) 273 58.1 3.4e-08 NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 271 58.0 7.6e-08 XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873567 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518545 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 NP_065980 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-conta ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 271 58.0 8.1e-08 >>NP_001159864 (OMIM: 190920) trophoblast glycoprotein p (420 aa) initn: 2790 init1: 2790 opt: 2790 Z-score: 2621.9 bits: 494.1 E(85289): 2.7e-139 Smith-Waterman score: 2790; 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100.0% identity (100.0% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-420) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MPGGCSRGPAAGDGRLRLARLALVLLGWVSSSSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MPGGCSRGPAAGDGRLRLARLALVLLGWVSSSSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 QCPALCECSEAARTVKCVNRNLTEVPTDLPAYVRNLFLTGNQLAVLPAGAFARRPPLAEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 QCPALCECSEAARTVKCVNRNLTEVPTDLPAYVRNLFLTGNQLAVLPAGAFARRPPLAEL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 AALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPSLRQLDLSHNPLADLSPFAFSGSNASVSAPSPLVELIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPSLRQLDLSHNPLADLSPFAFSGSNASVSAPSPLVELIL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 NHIVPPEDERQNRSFEGMVVAALLAGRALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 NHIVPPEDERQNRSFEGMVVAALLAGRALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLD 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 LSNNSLVSLTYVSFRNLTHLESLHLEDNALKVLHNGTLAELQGLPHIRVFLDNNPWVCDC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LSNNSLVSLTYVSFRNLTHLESLHLEDNALKVLHNGTLAELQGLPHIRVFLDNNPWVCDC 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 HMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCAYPEKMRNRVLLELNSADLDCDPILPPSLQTSYVFLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 HMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCAYPEKMRNRVLLELNSADLDCDPILPPSLQTSYVFLG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 IVLALIGAIFLLVLYLNRKGIKKWMHNIRDACRDHMEGYHYRYEINADPRLTNLSSNSDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 IVLALIGAIFLLVLYLNRKGIKKWMHNIRDACRDHMEGYHYRYEINADPRLTNLSSNSDV 370 380 390 400 410 420 >>NP_006661 (OMIM: 190920) trophoblast glycoprotein prec (420 aa) initn: 2790 init1: 2790 opt: 2790 Z-score: 2621.9 bits: 494.1 E(85289): 2.7e-139 Smith-Waterman score: 2790; 100.0% identity (100.0% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-420) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MPGGCSRGPAAGDGRLRLARLALVLLGWVSSSSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 MPGGCSRGPAAGDGRLRLARLALVLLGWVSSSSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 QCPALCECSEAARTVKCVNRNLTEVPTDLPAYVRNLFLTGNQLAVLPAGAFARRPPLAEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 QCPALCECSEAARTVKCVNRNLTEVPTDLPAYVRNLFLTGNQLAVLPAGAFARRPPLAEL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 AALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPSLRQLDLSHNPLADLSPFAFSGSNASVSAPSPLVELIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 AALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPSLRQLDLSHNPLADLSPFAFSGSNASVSAPSPLVELIL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 NHIVPPEDERQNRSFEGMVVAALLAGRALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 NHIVPPEDERQNRSFEGMVVAALLAGRALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLD 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 LSNNSLVSLTYVSFRNLTHLESLHLEDNALKVLHNGTLAELQGLPHIRVFLDNNPWVCDC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 LSNNSLVSLTYVSFRNLTHLESLHLEDNALKVLHNGTLAELQGLPHIRVFLDNNPWVCDC 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 HMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCAYPEKMRNRVLLELNSADLDCDPILPPSLQTSYVFLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 HMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCAYPEKMRNRVLLELNSADLDCDPILPPSLQTSYVFLG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 IVLALIGAIFLLVLYLNRKGIKKWMHNIRDACRDHMEGYHYRYEINADPRLTNLSSNSDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_006 IVLALIGAIFLLVLYLNRKGIKKWMHNIRDACRDHMEGYHYRYEINADPRLTNLSSNSDV 370 380 390 400 410 420 >>NP_848665 (OMIM: 610462) reticulon-4 receptor-like 2 p (420 aa) initn: 285 init1: 138 opt: 405 Z-score: 389.4 bits: 81.1 E(85289): 6e-15 Smith-Waterman score: 407; 31.9% identity (54.7% similar) in 320 aa overlap (54-349:23-315) 30 40 50 60 70 80 pF1KE5 VLLGWVSSSSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPDQCPALCECSEAARTVKCVNRNLT : : .:: :: : . ::.: :.. NP_848 MLPGLRRLLQAPASACLLLMLLALPLAAPSCPMLCTCYSSPPTVSCQANNFS 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KE5 EVPTDLPAYVRNLFLTGNQLAVLPAGAFARRPPLAELAALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPS :: .:: .. ::: .: . .: :.:. ..: .: : .. :. . :.:.:: . NP_848 SVPLSLPPSTQRLFLQNNLIRTLRPGTFG-----SNLLTLWLFSNNLSTIYPGTFRHLQA 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 LRQLDLSHN-PLADLSPFAFSGSNASVSAPSPLVELILNHIVPPEDERQNRSFEGMVVAA :..:::. : : .: : .:.: : .: :. . : :. : . NP_848 LEELDLGDNRHLRSLEPDTFQG----------LERLQSLHLY----RCQLSSLPGNIF-- 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 LLAGRALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLDLSNNSLVSLTYVSFRNLTHLES :.: .:. : : : .:.: :..:.: .: :: : .: : :: ::.: :. NP_848 ----RGLVSLQYLYLQENSLLHLQDDLFADLANLSHLFLHGNRLRLLTEHVFRGLGSLDR 160 170 180 190 200 270 280 290 300 pF1KE5 LHLEDNALKVLH----------------NGTLAELQG-----LPHIRVF-LDNNPWVCDC : :. : :. .: :..:: : : :: .. . :. :::.::: NP_848 LLLHGNRLQGVHRAAFRGLSRLTILYLFNNSLASLPGEALADLPSLEFLRLNANPWACDC 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 pF1KE5 HMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCAYPEKMRNRVLLELNSADLD-CDPILPPSLQTSYVFL . . .:.....: ... .::: : . ..: : : ::.. : : : NP_848 RARPLWAWFQRARV--SSSDVTCATPPERQGRDLRALREADFQACPPAAPTRPGSRARGN 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 GIVLALIGAIFLLVLYLNRKGIKKWMHNIRDACRDHMEGYHYRYEINADPRLTNLSSNSD NP_848 SSSNHLYGVAEAGAPPADPSTLYRDLPAEDSRGRQGGDAPTEDDYWGGYGGEDQRGEQMC 330 340 350 360 370 380 >>NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 receptor p (473 aa) initn: 257 init1: 99 opt: 367 Z-score: 353.1 bits: 74.5 E(85289): 6.3e-13 Smith-Waterman score: 367; 30.0% identity (59.6% similar) in 297 aa overlap (62-350:27-315) 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 SSPTSSASSFSSSAPFLASAVSAQPPLPDQCPALCEC-SEAARTVKCVNRNLTEVPTDLP ::. : : .: :..: ...: ::. .: NP_075 MKRASAGGSRLLAWVLWLQAWQVAAPCPGACVCYNEPKVTTSCPQQGLQAVPVGIP 10 20 30 40 50 100 110 120 130 140 pF1KE5 AYVRNLFLTGNQLAVLPAGAF-ARRPPLAELAALNLSGSRLDEVRAGAFEHLPSLRQLDL : . .:: ::... .::..: : : .:. : : .. : .. :.:: : :.:::: NP_075 AASQRIFLHGNRISHVPAASFRACR----NLTILWLHSNVLARIDAAAFTGLALLEQLDL 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 SHNP-LADLSPFAFSGSNA--SVSAPSPLVELILNHIVPPEDERQNRSFEGMVVAALLAG : : : ...: .: : . .. .. . . : .. .. :: NP_075 SDNAQLRSVDPATFHGLGRLHTLHLDRCGLQELGPGLFRGLAALQYLYLQDNALQALPDD 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 --RALQGLRRLELASNHFLYLPRDVLAQLPSLRHLDLSNNSLVSLTYVSFRNLTHLESLH : : .: .: : .:.. .:. .. : :: .: : .: .. . .::.: .: .:. NP_075 TFRDLGNLTHLFLHGNRISSVPERAFRGLHSLDRLLLHQNRVAHVHPHAFRDLGRLMTLY 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 LEDNALKVLHNGTLAELQGLPHIRVFLDNNPWVCDCHMADMVTWLKETEVVQGKDRLTCA : : :..: . .:: :..: ..: :..:::::::. . .::.. . ..... :. 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