FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5806, 452 aa 1>>>pF1KB5806 452 - 452 aa - 452 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2066+/-0.000819; mu= 12.8892+/- 0.049 mean_var=74.5473+/-15.318, 0's: 0 Z-trim(107.6): 22 B-trim: 47 in 1/49 Lambda= 0.148545 statistics sampled from 9681 (9692) to 9681 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16 Scan time: 3.260 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 ( 452) 3014 655.2 3.8e-188 CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 437) 1185 263.3 3.6e-70 CCDS34337.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 431) 1181 262.4 6.4e-70 CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 433) 1179 262.0 8.7e-70 CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 ( 460) 1105 246.1 5.4e-65 CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 ( 442) 1069 238.4 1.1e-62 CCDS13454.1 TFAP2C gene_id:7022|Hs108|chr20 ( 450) 1008 225.3 9.7e-59 >>CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 (452 aa) initn: 3014 init1: 3014 opt: 3014 Z-score: 3491.4 bits: 655.2 E(32554): 3.8e-188 Smith-Waterman score: 3014; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASPYF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASPYF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 STNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 STNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 ALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMSHGSQYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 ALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMSHGSQYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 SVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 SVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 PECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 PECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 ARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 ARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 SSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 SSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 ADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD :::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 ADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD 430 440 450 >>CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (437 aa) initn: 1150 init1: 1098 opt: 1185 Z-score: 1373.3 bits: 263.3 E(32554): 3.6e-70 Smith-Waterman score: 1218; 50.3% identity (70.2% similar) in 453 aa overlap (11-437:13-437) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSN--SYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFA : : ::::.. . :: ::: .:..: :.:. ::.. : ...: CCDS45 MLWKLTDNIKYEDCEDRHDGTSNGTARLPQLG---TVGQSP--YTSAPPLSH-TPNADFQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 SPYFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFIN- ::: .: :.. :: . .:: . : :::: :: . : : : : . . 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CCDS34 PPYFPPPYQ--PIYPQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHAQPQ---PQHPGWPGQRQSQ 50 60 70 80 90 120 130 140 150 pF1KB5 ----LHNARAL--KSSCLDEQRRELGCLDAYRRH---------------DLSLMS--HGS ::. :.: . : :: ::. :::: :::. : :. CCDS34 ESGLLHTHRGLPHQLSGLDP-RRD------YRRHEDLLHGPHALSSGLGDLSIHSLPHAI 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB5 QYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFC . : .. . :. . : .:. : . . .. ... :: ::::...:: CCDS34 EEVPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLF--GG--VVNPNEVFC 160 170 180 190 200 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 SVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRL ::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::.::::::::::: ::::::.. CCDS34 SVPGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKI 210 220 230 240 250 260 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQT :::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::.: : ::: . .::. CCDS34 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQV 270 280 290 300 310 320 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 ARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAIC .::.:.:::::::::: :::.:::::::.:::.:::. :: ::::.::.::::.::.: CCDS34 TRKNMLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVC 330 340 350 360 370 380 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 AALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD ::....:. :.: :. ..: .: .. .......... :: CCDS34 AAVTALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK 390 400 410 420 430 >>CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (433 aa) initn: 1150 init1: 1098 opt: 1179 Z-score: 1366.4 bits: 262.0 E(32554): 8.7e-70 Smith-Waterman score: 1212; 50.1% identity (70.2% similar) in 453 aa overlap (11-437:9-433) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSN--SYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASP : . ::::.. . :: ::: .:..: :.:. ::.. : ...: : CCDS43 MSILAKMGDWQDRHDGTSNGTARLPQLG---TVGQSP--YTSAPPLSH-TPNADFQPP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 YFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFIN--- :: .: :.. :: . .:: . : :::: :: . : : : : . . CCDS43 YFPPPYQ--PIYPQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHAQPQPQ---HPGWPGQRQSQES 60 70 80 90 100 120 130 140 150 pF1KB5 --LHNARAL--KSSCLDEQRRELGCLDAYRRH---------------DLSLMS--HGSQY ::. :.: . : :: ::. :::: :::. : :. . CCDS43 GLLHTHRGLPHQLSGLDP-RRD------YRRHEDLLHGPHALSSGLGDLSIHSLPHAIEE 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB5 GMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSV : .. . :. . : .:. : . . .. ... :: ::::...:::: CCDS43 VPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLF--GG--VVNPNEVFCSV 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 PGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGL ::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::.::::::::::: ::::::..:: CCDS43 PGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKIGL 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 NLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTAR :::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::.: : ::: . .::..: CCDS43 NLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQVTR 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 KKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAA :.:.:::::::::: :::.:::::::.:::.:::. :: ::::.::.::::.::.::: CCDS43 KNMLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVCAA 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 LSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD ....:. :.: :. ..: .: .. .......... :: CCDS43 VTALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK 400 410 420 430 >>CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 (460 aa) initn: 1239 init1: 1049 opt: 1105 Z-score: 1280.3 bits: 246.1 E(32554): 5.4e-65 Smith-Waterman score: 1212; 51.4% identity (69.2% similar) in 451 aa overlap (13-432:27-454) 10 20 30 40 pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDG--SNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSS : :::: :.: :: ::: ::... :::. CCDS49 MHSPPRDQAAIMLWKLVENVKYEDIYEDRHDGVPSHSSRLSQLG---SVSQG--PYSSAP 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 PLTYSTTGTEFASPYFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQY--- ::.. : ...: ::: .: : .::: . .:: . : :::: ::. ::. CCDS49 PLSH-TPSSDFQPPYFPPPYQPLP-YHQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHQPQQHPWG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KB5 -YQQIHHG-EPTDFINLHNARALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMS--HGSQYGMH :. . : : ... : . : :: ::. . :: :. : : :: . :: CCDS49 QRQRQEVGSEAGSLLPQPRAALPQLSGLDP-RRD---YHSVRRPDVLLHSAHHGLDAGMG 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 pF1KB5 PDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQ-CGLVLNGQGGVIRR----------------G . : ::. : .:.:. .:. :. : :. ::.. : CCDS49 DSLSLH-----GLGHPGMEDVQSVEDANNSGMNLLDQS-VIKKVPVPPKSVTSLMMNKDG 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 pF1KB5 --GTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKS : :: ..::::::::::::::::::::..::.::::::::::::::::.:::::: CCDS49 FLGGMSVNTGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKS 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KB5 KNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVG ::::: :::.:...:::::::::::::::::::::::::.:::::::: ::::::::::. CCDS49 KNGGRSLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYICETEFPAKAVS 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 EHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTH :.: ::: . .. .::.:.:::::.:::: :::.:::.:.:.:::.:::. :: ::: CCDS49 EYLNRQHTDPSDLHSRKNMLLATKQLCKEFTDLLAQDRTPIGNSRPSPILEPGIQSCLTH 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KB5 FSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEK---HTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPL :::::::::.:::::::...:. :.: :. ..: ..: : .. : : ...: CCDS49 FSLITHGFGAPAICAALTALQNYLTEALKGMDKMFLNNTTTNRHTSGEGPGSKTGDKEEK 400 410 420 430 440 450 440 450 pF1KB5 RKTSEAAVKEGKTEKTD CCDS49 HRK 460 >>CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 (442 aa) initn: 1152 init1: 1051 opt: 1069 Z-score: 1238.8 bits: 238.4 E(32554): 1.1e-62 Smith-Waterman score: 1122; 50.2% identity (66.0% similar) in 430 aa overlap (39-437:31-442) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 VHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYS---TTGTEFASPYFSTNHQ ::. . :: .. :...:: ::: . CCDS39 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLPQAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYFPPPYP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 YTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYS-LNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNARALKS :: . . . . : .. : :. : : . : : . : :. CCDS39 QPPLPYGQ-APDAAAAFPHLAGDPYGGLAPLAQPQP--PQAAWAAPRAAARAHEE---PP 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB5 SCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSL--MSHGSQYGMH--PDQRL-LPGPSLGLAAA-GADDL . : : :: :: : . .. . :: : : : : :: ::::: : .:: CCDS39 GLLAPPARALG-LDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLP----GLAAAPGLEDL 120 130 140 150 160 180 190 200 210 pF1KB5 QGSVEAQCGLVLNGQGGVIRR---------------------GGTCVVNPTDLFCSVPGR :. : :. : :. ::.. :: ..:: ..::::::: CCDS39 QAMDEP--GMSLLDQS-VIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGG--ITNPGEVFCSVPGR 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 LSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLP :::::::::::::..::.::::::::::::::::.:::::::::::::::.:...::::: CCDS39 LSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLP 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 AGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKM ::::::::::::::::::::.::::::::.:::::::::..:.: ::: . : .::.: CCDS39 AGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSM 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 ILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALST .::.::::::: ::..:::::::.:::. ::. .: :::::::::::: :::::::.. 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