Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6478
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6478, 483 aa
1>>>pF1KE6478 483 - 483 aa - 483 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0531+/-0.000447; mu= 19.6748+/- 0.028
mean_var=69.7647+/-14.414, 0's: 0 Z-trim(109.1): 117 B-trim: 974 in 1/50
Lambda= 0.153552
statistics sampled from 17091 (17208) to 17091 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.553), E-opt: 0.2 (0.202), width: 16
Scan time: 6.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_861441 (OMIM: 138500,242600,608331) proton-coup ( 483) 3131 703.3 3.8e-202
XP_005268434 (OMIM: 138500,242600,608331) PREDICTE ( 393) 2573 579.6 5.3e-165
XP_005268443 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535889 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535885 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
NP_510968 (OMIM: 606561) proton-coupled amino acid ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535887 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535886 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535891 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535894 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535892 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535888 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535890 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_016864705 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535893 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535883 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 476) 2204 497.9 2.5e-140
XP_011535882 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 482) 2204 497.9 2.5e-140
XP_006714822 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 398) 2023 457.8 2.6e-128
XP_011535896 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 448) 2023 457.8 2.8e-128
XP_011535895 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 448) 2023 457.8 2.8e-128
XP_016864572 (OMIM: 138500,242600,608331) PREDICTE ( 310) 1844 418.1 1.8e-116
XP_016864573 (OMIM: 138500,242600,608331) PREDICTE ( 285) 1806 409.6 5.8e-114
NP_861439 (OMIM: 608332) proton-coupled amino acid ( 470) 1782 404.5 3.4e-112
XP_016864706 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 418) 1772 402.2 1.5e-111
XP_011535897 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 422) 1772 402.2 1.5e-111
NP_001295079 (OMIM: 606561) proton-coupled amino a ( 386) 1764 400.4 4.7e-111
XP_006714819 (OMIM: 138500,242600,608331) PREDICTE ( 450) 1636 372.1 1.8e-102
XP_016864708 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 323) 1591 362.0 1.4e-99
NP_689526 (OMIM: 613760) proton-coupled amino acid ( 504) 1557 354.6 3.7e-97
XP_016864707 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 362) 1518 345.9 1.1e-94
XP_011535932 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 355) 1467 334.6 2.8e-91
XP_011535933 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 355) 1467 334.6 2.8e-91
NP_001138489 (OMIM: 608332) proton-coupled amino a ( 511) 1370 313.2 1.1e-84
XP_016872664 (OMIM: 613760) PREDICTED: proton-coup ( 398) 1317 301.4 3.1e-81
XP_016872663 (OMIM: 613760) PREDICTED: proton-coup ( 407) 1308 299.4 1.2e-80
XP_011535935 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 307) 1225 280.9 3.4e-75
NP_001273068 (OMIM: 613760) proton-coupled amino a ( 369) 1223 280.5 5.4e-75
XP_016872665 (OMIM: 613760) PREDICTED: proton-coup ( 369) 1223 280.5 5.4e-75
XP_011535931 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 364) 1193 273.9 5.3e-73
NP_001295080 (OMIM: 606561) proton-coupled amino a ( 243) 1074 247.4 3.4e-65
XP_016864709 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 243) 1074 247.4 3.4e-65
XP_011535898 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coup ( 298) 1074 247.5 3.9e-65
XP_011535929 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 444) 1012 233.9 7.3e-61
XP_016872666 (OMIM: 613760) PREDICTED: proton-coup ( 272) 974 225.3 1.7e-58
XP_011535936 (OMIM: 608332) PREDICTED: proton-coup ( 249) 557 132.9 1e-30
XP_016875479 (OMIM: 608490) PREDICTED: sodium-coup ( 456) 222 58.9 3.6e-08
XP_011537089 (OMIM: 608490) PREDICTED: sodium-coup ( 456) 222 58.9 3.6e-08
XP_011537088 (OMIM: 608490) PREDICTED: sodium-coup ( 478) 222 58.9 3.7e-08
NP_001265316 (OMIM: 608490) sodium-coupled neutral ( 487) 222 58.9 3.8e-08
NP_109599 (OMIM: 608490) sodium-coupled neutral am ( 487) 222 58.9 3.8e-08
>>NP_861441 (OMIM: 138500,242600,608331) proton-coupled (483 aa)
initn: 3131 init1: 3131 opt: 3131 Z-score: 3750.1 bits: 703.3 E(85289): 3.8e-202
Smith-Waterman score: 3131; 100.0% identity (100.0% similar) in 483 aa overlap (1-483:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLTCLLAILIPRLDLVISLVGSVSGTALAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLTCLLAILIPRLDLVISLVGSVSGTALAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 IIPPLLEVTTFYSEGMSPLTIFKDALISILGFVGFVVGTYQALDELLKSEDSHPFSNSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_861 IIPPLLEVTTFYSEGMSPLTIFKDALISILGFVGFVVGTYQALDELLKSEDSHPFSNSTT
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 FVR
:::
NP_861 FVR
>>XP_005268434 (OMIM: 138500,242600,608331) PREDICTED: p (393 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 3083.3 bits: 579.6 E(85289): 5.3e-165
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 393 aa overlap (1-393:1-393)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLTCLLAILIPRLDLVISLVGSVSGTALAL
:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLT
370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 IIPPLLEVTTFYSEGMSPLTIFKDALISILGFVGFVVGTYQALDELLKSEDSHPFSNSTT
>>XP_005268443 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coupled (476 aa)
initn: 2197 init1: 2197 opt: 2204 Z-score: 2640.3 bits: 497.9 E(85289): 2.5e-140
Smith-Waterman score: 2204; 73.0% identity (89.5% similar) in 459 aa overlap (21-479:19-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
.:: :: .. :. : ::. . .... : ::.:
XP_005 MSTQRLRNEDYHDYSSTDVSPEESPSEGLNNLS-----SPGSYQRFGQSNSTTWFQTL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
:::.:::.:::.::::::::::::.:::.:::..:..: ::: ::::::..::.:::: :
XP_005 IHLLKGNIGTGLLGLPLAVKNAGIVMGPISLLIIGIVAVHCMGILVKCAHHFCRRLNKSF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
.:::::::.:::..: .::.:::::::..:.::::.:::::::::.::::::.:::.::.
XP_005 VDYGDTVMYGLESSPCSWLRNHAHWGRRVVDFFLIVTQLGFCCVYFVFLADNFKQVIEAA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
:.:::::..:::::::::::::::::::::::::::.::::: :.:::.::::.::::::
XP_005 NGTTNNCHNNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVFIRNLRALSIFSLLANITMLVSLV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
.: :.:.:.:::::.::::: ::::::::::::::::.::.:::::::::. :.:: ::
XP_005 MIYQFIVQRIPDPSHLPLVAPWKTYPLFFGTAIFSFEGIGMVLPLENKMKDPRKFPLILY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
::: ::: :::... ::::.:: .:..::.:::::::::::::::: ::. ::::::::
XP_005 LGMVIVTILYISLGCLGYLQFGANIQGSITLNLPNCWLYQSVKLLYSIGIFFTYALQFYV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLTCLLAILIPRLDLVISLVGSVSGTALAL
:::::::: .::. . : .:: .: :.:::::.:::::::::::::::::::..::::
XP_005 PAEIIIPFFVSRAPEHCELVVDLFVRTVLVCLTCILAILIPRLDLVISLVGSVSSSALAL
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 IIPPLLEVTTFYSEGMSPLTIFKDALISILGFVGFVVGTYQALDELLKSEDSHPFSNSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::.. .. : :::
XP_005 IIPPLLEVTTFYSEGMSPLTIFKDALISILGFVGFVVGTYEALYELIQPSNAPIFINSTC
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 FVR
XP_005 AFI
>>XP_011535889 (OMIM: 606561) PREDICTED: proton-coupled (476 aa)
initn: 2197 init1: 2197 opt: 2204 Z-score: 2640.3 bits: 497.9 E(85289): 2.5e-140
Smith-Waterman score: 2204; 73.0% identity (89.5% similar) in 459 aa overlap (21-479:19-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSVTKSTEGPQGAVAIKLDLMSPPESAKKLENKDSTFLDESPSESAGLKKTKGITVFQAL
.:: :: .. :. : ::. . .... : ::.:
XP_011 MSTQRLRNEDYHDYSSTDVSPEESPSEGLNNLS-----SPGSYQRFGQSNSTTWFQTL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IHLVKGNMGTGILGLPLAVKNAGILMGPLSLLVMGFIACHCMHILVKCAQRFCKRLNKPF
:::.:::.:::.::::::::::::.:::.:::..:..: ::: ::::::..::.:::: :
XP_011 IHLLKGNIGTGLLGLPLAVKNAGIVMGPISLLIIGIVAVHCMGILVKCAHHFCRRLNKSF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 MDYGDTVMHGLEANPNAWLQNHAHWGRHIVSFFLIITQLGFCCVYIVFLADNLKQVVEAV
.:::::::.:::..: .::.:::::::..:.::::.:::::::::.::::::.:::.::.
XP_011 VDYGDTVMYGLESSPCSWLRNHAHWGRRVVDFFLIVTQLGFCCVYFVFLADNFKQVIEAA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NSTTNNCYSNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVLIRNLRILTIFSMLANISMLVSLV
:.:::::..:::::::::::::::::::::::::::.::::: :.:::.::::.::::::
XP_011 NGTTNNCHNNETVILTPTMDSRLYMLSFLPFLVLLVFIRNLRALSIFSLLANITMLVSLV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 IIIQYITQEIPDPSRLPLVASWKTYPLFFGTAIFSFESIGVVLPLENKMKNARHFPAILS
.: :.:.:.:::::.::::: ::::::::::::::::.::.:::::::::. :.:: ::
XP_011 MIYQFIVQRIPDPSHLPLVAPWKTYPLFFGTAIFSFEGIGMVLPLENKMKDPRKFPLILY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LGMSIVTSLYIGMAALGYLRFGDDIKASISLNLPNCWLYQSVKLLYIAGILCTYALQFYV
::: ::: :::... ::::.:: .:..::.:::::::::::::::: ::. ::::::::
XP_011 LGMVIVTILYISLGCLGYLQFGANIQGSITLNLPNCWLYQSVKLLYSIGIFFTYALQFYV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 PAEIIIPFAISRVSTRWALPLDLSIRLVMVCLTCLLAILIPRLDLVISLVGSVSGTALAL
:::::::: .::. . : .:: .: :.:::::.:::::::::::::::::::..::::
XP_011 PAEIIIPFFVSRAPEHCELVVDLFVRTVLVCLTCILAILIPRLDLVISLVGSVSSSALAL
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430 440 450 460 470 480
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pF1KE6 FVR
XP_011 AFI
483 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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