FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0466, 988 aa 1>>>pF1KB0466 988 - 988 aa - 988 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.8661+/-0.000471; mu= -15.4731+/- 0.029 mean_var=548.7422+/-113.996, 0's: 0 Z-trim(123.3): 49 B-trim: 1490 in 1/61 Lambda= 0.054751 statistics sampled from 42777 (42850) to 42777 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.502), width: 16 Scan time: 11.610 The best scores are: opt bits E(85289) NP_689618 (OMIM: 604279) junction-mediating and -r ( 988) 6486 527.7 1.2e-148 XP_005248487 (OMIM: 604279) PREDICTED: junction-me ( 947) 4501 370.9 1.8e-101 XP_011541457 (OMIM: 604279) PREDICTED: junction-me ( 956) 4304 355.3 8.6e-97 NP_001073904 (OMIM: 612393) WASP homolog-associate ( 809) 1176 108.2 1.8e-22 XP_005272478 (OMIM: 612393) PREDICTED: WASP homolo ( 596) 1055 98.5 1.1e-19 XP_016877412 (OMIM: 612393) PREDICTED: WASP homolo ( 507) 993 93.6 2.9e-18 XP_005272479 (OMIM: 612393) PREDICTED: WASP homolo ( 579) 907 86.8 3.5e-16 XP_005272480 (OMIM: 612393) PREDICTED: WASP homolo ( 579) 907 86.8 3.5e-16 XP_011519534 (OMIM: 612393) PREDICTED: WASP homolo ( 536) 727 72.6 6.3e-12 >>NP_689618 (OMIM: 604279) junction-mediating and -regul (988 aa) initn: 6486 init1: 6486 opt: 6486 Z-score: 2790.0 bits: 527.7 E(85289): 1.2e-148 Smith-Waterman score: 6486; 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XP_016 LGAAADGCGGATVRDALFPAEGGAADC-ESPREFRERALRARWVEADARLRQVIQGHGKA 160 170 180 190 200 210 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 ESMVELLDLYQLEDEAYSSLAEATTELYQYLLQPFRDMRELAMLRRQQIKISMENDYLGP ..:: :...:: :::::. :. ..: ..:::::::: :::.: : . .: :...: ::: XP_016 NTMVALMNVYQEEDEAYQELVTVATMFFQYLLQPFRAMREVATLCKLDILKSLDEDDLGP 220 230 240 250 260 270 420 430 440 450 460 470 pF1KB0 RRIESLQKEDADWQRKAHMAVLSIQDLTVKYFEITAKAQKAVYDRMRADQKKFGKASWAA ::. .:.:: .: :.:. ::.::::.::.::. :.:: .. .:. : :.::.:.::. XP_016 RRVVALEKEAEEWTRRAEEAVVSIQDITVNYFKETVKALAGMQKEMEQDAKRFGQAAWAT 280 290 300 310 320 330 480 490 500 510 520 530 pF1KB0 AAERMEKLQYAVSKETLQMMRAKEICLEQRKHALKEEMQSLRGGTEAIARLDQLEADYYD : :.:::: ...::::.:::::.::.... .. .:..: . .:.:: ..:. XP_016 AIPRLEKLQLMLARETLQLMRAKELCLNHKRAEIQGKMEDLPEQEKNTNVVDELEIQFYE 340 350 360 370 380 390 540 550 560 570 580 590 pF1KB0 LQLQLYEVQFEILKCEELLLTAQLESIKRLISEKRDEVVYYDTYESMEAMLEKEEMAASA .::.::::.::::: ::.:::.::.:.::::.::.::::::: :. : . . ... 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