Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB0466
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0466, 988 aa
1>>>pF1KB0466 988 - 988 aa - 988 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8177+/-0.00117; mu= -9.0041+/- 0.071
mean_var=476.6093+/-97.528, 0's: 0 Z-trim(115.3): 21 B-trim: 437 in 1/54
Lambda= 0.058748
statistics sampled from 15817 (15834) to 15817 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.758), E-opt: 0.2 (0.486), width: 16
Scan time: 4.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4047.3 JMY gene_id:133746|Hs108|chr5 ( 988) 6486 564.8 3.1e-160
CCDS45333.1 WHAMM gene_id:123720|Hs108|chr15 ( 809) 1176 114.6 8e-25
>>CCDS4047.3 JMY gene_id:133746|Hs108|chr5 (988 aa)
initn: 6486 init1: 6486 opt: 6486 Z-score: 2990.2 bits: 564.8 E(32554): 3.1e-160
Smith-Waterman score: 6486; 99.9% identity (100.0% similar) in 988 aa overlap (1-988:1-988)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSFALEETLESDWVAVRPHVFDEREKHKFVFIVAWNEIEGKFAITCHNRTAQRQRSGSRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 MSFALEETLESDWVAVRPHVFDEREKHKFVFIVAWNEIEGKFAITCHNRTAQRQRSGSRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QAGARGGAEAGGAASDGSRGPGSPAGRGRPEATASATLVRSPGPRRSSAWAEGGSPRSTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 QAGARGGAEAGGAASDGSRGPGSPAGRGRPEATASATLVRSPGPRRSSAWAEGGSPRSTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 SLLGDPRLRSPGSKGAESRLRSPVRAKPIPGQKTSEADDAAGAAAAAARPAPREAQVSSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SLLGDPRLRSPGSKGAESRLRSPVRAKPIPGQKTSEADDAAGAAAAAARPAPREAQVSSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 RIVSASGTVSEEIEVLEMVKEDEAPLALSDAEQPPPATELESPAEECSWAGLFSFQDLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 RIVSASGTVSEEIEVLEMVKEDEAPLALSDAEQPPPATELESPAEECSWAGLFSFQDLRA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 VHQQLCSVNSQLEPCLPVFPEEPSGMWTVLFGGAPEMTEQEIDTLCYQLQVYLGHGLDTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VHQQLCSVNSQLEPCLPVFPEEPSGMWTVLFGGAPEMTEQEIDTLCYQLQVYLGHGLDTC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 GWKILSQVLFTETDDPEEYYESLSELRQKGYEEVLQRARKRIQELLDKHKNTESMVELLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 GWKILSQVLFTETDDPEEYYESLSELRQKGYEEVLQRARKRIQELLDKHKNTESMVELLD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LYQLEDEAYSSLAEATTELYQYLLQPFRDMRELAMLRRQQIKISMENDYLGPRRIESLQK
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LYQMEDEAYSSLAEATTELYQYLLQPFRDMRELAMLRRQQIKISMENDYLGPRRIESLQK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 EDADWQRKAHMAVLSIQDLTVKYFEITAKAQKAVYDRMRADQKKFGKASWAAAAERMEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 EDADWQRKAHMAVLSIQDLTVKYFEITAKAQKAVYDRMRADQKKFGKASWAAAAERMEKL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 QYAVSKETLQMMRAKEICLEQRKHALKEEMQSLRGGTEAIARLDQLEADYYDLQLQLYEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 QYAVSKETLQMMRAKEICLEQRKHALKEEMQSLRGGTEAIARLDQLEADYYDLQLQLYEV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 QFEILKCEELLLTAQLESIKRLISEKRDEVVYYDTYESMEAMLEKEEMAASAYLQREELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 QFEILKCEELLLTAQLESIKRLISEKRDEVVYYDTYESMEAMLEKEEMAASAYLQREELQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 KLQQKARQLEARRGRVSAKKSYLRNKKEICIAKHNEKIQQRTRIEDEYRTHHTVQLKREK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 KLQQKARQLEARRGRVSAKKSYLRNKKEICIAKHNEKIQQRTRIEDEYRTHHTVQLKREK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 LHDEEERKSAWVSQERQRTLDRLRTFKQRYPGQVILKSTRLRLAHARRKGAASPVLQEDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LHDEEERKSAWVSQERQRTLDRLRTFKQRYPGQVILKSTRLRLAHARRKGAASPVLQEDH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 CDSLPSVLQVEEKTEEVGEGRVKRGPSQTTEPQSLVQLEDTSLTQLEATSLPLSGVTSEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 CDSLPSVLQVEEKTEEVGEGRVKRGPSQTTEPQSLVQLEDTSLTQLEATSLPLSGVTSEL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 PPTISLPLLNNNLEPCSVTINPLPSPLPPTPPPPPPPPPPPPPPPLPVAKDSGPETLEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 PPTISLPLLNNNLEPCSVTINPLPSPLPPTPPPPPPPPPPPPPPPLPVAKDSGPETLEKD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 LPRKEGNEKRIPKSASAPSAHLFDSSQLVSARKKLRKTAEGLQRRRVSSPMDEVLASLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LPRKEGNEKRIPKSASAPSAHLFDSSQLVSARKKLRKTAEGLQRRRVSSPMDEVLASLKR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 GSFHLKKVEQRTLPPFPDEDDSNNILAQIRKGVKLKKVQKDVLRESFTLLPDTDPLTRSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 GSFHLKKVEQRTLPPFPDEDDSNNILAQIRKGVKLKKVQKDVLRESFTLLPDTDPLTRSI
910 920 930 940 950 960
970 980
pF1KB0 HEALRRIKEASPESEDEEEALPCTDWEN
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 HEALRRIKEASPESEDEEEALPCTDWEN
970 980
>>CCDS45333.1 WHAMM gene_id:123720|Hs108|chr15 (809 aa)
initn: 1805 init1: 1080 opt: 1176 Z-score: 559.1 bits: 114.6 E(32554): 8e-25
Smith-Waterman score: 1579; 36.7% identity (64.2% similar) in 790 aa overlap (214-987:63-808)
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 SASGTVSEEIEVLEMVKEDEAPLALSDAEQPPPATELESPAEECSWAGLFSFQDLRAVHQ
: : . :. . :::::.: ::..:.
CCDS45 AWNGAEGKFAVTCHDRTAQQRRLREGARLGPEPEPKPEAAVSPSSWAGLLSAAGLRGAHR
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290
pF1KB0 QLCSVNSQLEPCLPVFPEEPS-----------GMWTVLFGGAPEMTEQEIDTLCYQLQVY
:: .. :: :.: .: : . :.:..:. : .. :: ::. :
CCDS45 QLAALWPPLERCFPRLPPELDVGGGGAWGLGLGLWALLWPTRAGPGEAALQELCGQLERY
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 LGHGLDTCGWKILSQVLFTETDDPEEYYESLSELRQKGYEEVLQRARKRIQELLDKHKNT
:: . : :: . ..:: . :: :.:... . .: :...... : ..
CCDS45 LGAAADGCGGATVRDALFPAEGGAADC-ESPREFRERALRARWVEADARLRQVIQGHGKA
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 ESMVELLDLYQLEDEAYSSLAEATTELYQYLLQPFRDMRELAMLRRQQIKISMENDYLGP
..:: :...:: :::::. :. ..: ..:::::::: :::.: : . .: :...: :::
CCDS45 NTMVALMNVYQEEDEAYQELVTVATMFFQYLLQPFRAMREVATLCKLDILKSLDEDDLGP
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 RRIESLQKEDADWQRKAHMAVLSIQDLTVKYFEITAKAQKAVYDRMRADQKKFGKASWAA
::. .:.:: .: :.:. ::.::::.::.::. :.:: .. .:. : :.::.:.::.
CCDS45 RRVVALEKEAEEWTRRAEEAVVSIQDITVNYFKETVKALAGMQKEMEQDAKRFGQAAWAT
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KB0 AAERMEKLQYAVSKETLQMMRAKEICLEQRKHALKEEMQSLRGGTEAIARLDQLEADYYD
: :.:::: ...::::.:::::.::.... .. .:..: . .:.:: ..:.
CCDS45 AIPRLEKLQLMLARETLQLMRAKELCLNHKRAEIQGKMEDLPEQEKNTNVVDELEIQFYE
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KB0 LQLQLYEVQFEILKCEELLLTAQLESIKRLISEKRDEVVYYDTYESMEAMLEKEEMAASA
.::.::::.::::: ::.:::.::.:.::::.::.::::::: :. : . . ...
CCDS45 IQLELYEVKFEILKNEEILLTTQLDSLKRLIKEKQDEVVYYDPCENPEELKVIDCVVGLQ
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KB0 YLQREELQKLQQKARQLEARRGRVSAKKSYLRNKKEICIAKHNEKIQQRTRIEDEYRTHH
. :...:... .:::..:::. ::.. ::..:. : .: ..:: . : ::
CCDS45 DDKNLEVKELRRQCQQLESKRGRICAKRASLRSRKDQCKENHRFRLQQAEESIRYSRQHH
460 470 480 490 500 510
660 670 680 690 700 710
pF1KB0 TVQLKREKLHDEEERKSAWVSQERQRTLDRLRTFKQRYPGQVILKSTRLRLAHARRKGAA
..:.::.:...::..:. :..::::.::.:::.::.. :::.. :. ..
CCDS45 SIQMKRDKIKEEEQKKKEWINQERQKTLQRLRSFKDK------------RLAQSVRNTSG
520 530 540 550
720 730 740 750 760 770
pF1KB0 S-PVLQEDHCDSLPSVLQVEEKTEEVGEGRVKRGPSQTTEPQSLVQLEDTSLTQLEATSL
: :: .::: :. . : . :. :. : : ... .. :
CCDS45 SEPV-----APNLPSDLSQQMCLPASHAVSVIHPSSRKTRG---VPLSEAG----NVKSP
560 570 580 590 600
780 790 800 810 820 830
pF1KB0 PLSGVTSELPPTISLPLLNNNLEPCSVTINPLPSPLPPTPPPPPPPPPPPPPPPLPVAKD
.. ...: . .:. . . : . . : : :: :::::::::::::::: . ..
CCDS45 KCQNCHGNIPVQVFVPVGD---QTHSKSSEELSLPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPLRALSS
610 620 630 640 650 660
840 850 860 870 880 890
pF1KB0 SGPETLEKDLPRKEGNEKRIPKSASAPSAHLFDSSQLVSARKKLRKTAEGLQRRRVSSPM
:. . ...: : : . . : . .: .. ..:. . :
CCDS45 SSQAATHQNLGF------RAPVKDDQPRPLVCESPA--------ERPRDSLESFSCPGSM
670 680 690 700 710
900 910 920 930 940 950
pF1KB0 DEVLASLKRGSFHLKKVEQRTLPPFPDEDDSNNILAQIRKGVKLKKVQKDVLRESFTLLP
:::::::..: :.::: .. : : . ...::: ::.:::::::. : : . . :
CCDS45 DEVLASLRHGRAPLRKVEVPAVRP-PHASINEHILAAIRQGVKLKKVHPD-LGPNPSSKP
720 730 740 750 760
960 970 980
pF1KB0 D----TDPLTRSIHEALRRIKEASPESEDEEEALPCTDWEN
:. : :::. ::.:::..: .::.. . .:.
CCDS45 TSNRRTSDLERSIKAALQRIKRVSADSEEDSDEQDPGQWDG
770 780 790 800
988 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 17:12:29 2016 done: Sun Nov 6 17:12:30 2016
Total Scan time: 4.590 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]