FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6737, 866 aa 1>>>pF1KE6737 866 - 866 aa - 866 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4393+/-0.00102; mu= 20.2042+/- 0.062 mean_var=73.3534+/-14.761, 0's: 0 Z-trim(104.1): 28 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.149749 statistics sampled from 7728 (7740) to 7728 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16 Scan time: 3.230 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4044.1 DMGDH gene_id:29958|Hs108|chr5 ( 866) 5824 1268.3 0 CCDS45520.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 ( 879) 1289 288.6 3.3e-77 CCDS82007.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 ( 779) 1119 251.8 3.4e-66 CCDS6978.1 SARDH gene_id:1757|Hs108|chr9 ( 918) 572 133.7 1.5e-30 CCDS2797.1 AMT gene_id:275|Hs108|chr3 ( 403) 340 83.4 9.2e-16 CCDS54583.1 AMT gene_id:275|Hs108|chr3 ( 347) 326 80.3 6.6e-15 CCDS54585.1 AMT gene_id:275|Hs108|chr3 ( 386) 320 79.0 1.8e-14 CCDS54584.1 AMT gene_id:275|Hs108|chr3 ( 359) 273 68.9 1.9e-11 >>CCDS4044.1 DMGDH gene_id:29958|Hs108|chr5 (866 aa) initn: 5824 init1: 5824 opt: 5824 Z-score: 6794.7 bits: 1268.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5824; 100.0% identity (100.0% similar) in 866 aa overlap (1-866:1-866) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MLRPGAQLLRGLLLRSCPLQGSPGRPRSVCGREGEEKPPLSAETQWKDRAETVIIGGGCV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 MLRPGAQLLRGLLLRSCPLQGSPGRPRSVCGREGEEKPPLSAETQWKDRAETVIIGGGCV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 GVSLAYHLAKAGMKDVVLLEKSELTAGSTWHAAGLTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 GVSLAYHLAKAGMKDVVLLEKSELTAGSTWHAAGLTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 EETGQVVGFHQPGSIRLATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 EETGQVVGFHQPGSIRLATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 VLAGLYNPGDGHIDPYSLTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 VLAGLYNPGDGHIDPYSLTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 ANRIVNAAGFWAREVGKMIGLEHPLIPVQHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 ANRIVNAAGFWAREVGKMIGLEHPLIPVQHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 RQERDGLLFGPYESQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 RQERDGLLFGPYESQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLK 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE6 KADIINVVNGPITYSPDILPMVGPHQGVRNYWVAIGFGYGIIHAGGVGKYLSDWILHGEP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 KADIINVVNGPITYSPDILPMVGPHQGVRNYWVAIGFGYGIIHAGGVGKYLSDWILHGEP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 PFDLIELDPNRYGKWTTTQYTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 PFDLIELDPNRYGKWTTTQYTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLES 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE6 KCSMGFHAGWEQPHWFYKPGQDTQYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 KCSMGFHAGWEQPHWFYKPGQDTQYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKF 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE6 NIKGQDSIRLLDHLFANVIPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 NIKGQDSIRLLDHLFANVIPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSE 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE6 LHDLRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 LHDLRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTK 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE6 SLKVSNIPVTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 SLKVSNIPVTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRL 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE6 EKAFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 EKAFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATD 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KE6 DVDPEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKNYPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS40 DVDPEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKNYPA 790 800 810 820 830 840 850 860 pF1KE6 VIIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT :::::::::::::::::::::::::: CCDS40 VIIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT 850 860 >>CCDS45520.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 (879 aa) initn: 998 init1: 424 opt: 1289 Z-score: 1499.6 bits: 288.6 E(32554): 3.3e-77 Smith-Waterman score: 1289; 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CCDS45 AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 LTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMRANRIVNAAGFWAREVGK ...:::..: . :. . . : . ... . ::: .:... . .:: :: :: :.: CCDS45 VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG- 200 210 220 230 240 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 MIGLEHPL-IPV---QHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYLRQERDGLLFGPYE .. :.:. ::. .: :..: . :. :.. : .: :.:. . :.: : .: CCDS45 -LSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLET--PLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFE 250 260 270 280 290 300 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 SQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLKKADIINVVNGPIT .. : :.: ..: : : :.. ... .. .: :. .:...:: : : CCDS45 KNPK-----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET 310 320 330 340 350 360 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 YSPDILPMVGPHQGVRNYWVAIGFGY-GIIHAGGVGKYLSDWILHGEPPFDLIELDPNRY ..::. ..: .:..:.: :.. :. .::.::::..:..:: : .. ::: .:. CCDS45 FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF 370 380 390 400 410 420 440 450 460 470 480 pF1KE6 GKWTTTQ-YTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLESKCS--MGFHAG : ... . . .. : . . . :. . .:: :.: ::.::... . : : : CCDS45 GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQL-RTSPLYDRLDAQGARWMEKH-G 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 pF1KE6 WEQPHWFYKPGQDT---QYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKFNIK--G .:.:..: : .: . .: . .::. : :: : . : : :.: : ::.: : CCDS45 FERPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTG 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 600 pF1KE6 QDSIRLLDHLFANVIP-KVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELHD ......:..::.: . :: . ::. : . .... . :..:. . ...: CCDS45 DQALEVLQYLFSNDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHC 540 550 560 570 580 590 610 620 630 640 650 660 pF1KE6 LRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSLK :.... : . .. ....: . .:.. ::.: ::..:. .. : : : : .. CCDS45 WAWLKKHMPKDS-NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMS 600 610 620 630 640 650 670 680 690 700 710 720 pF1KE6 VSNIP-VTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRLEK :. . .. ...::: :. :: : .. .:. .:..::. :: : : ::. .::.:: CCDS45 VGYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEK 660 670 680 690 700 710 730 740 750 760 770 780 pF1KE6 AFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATDDV : :: ..: :.::: : : :::.: ::::..:: : : .:. .::. . : : CCDS45 FFAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDS 720 730 740 750 760 770 790 800 810 820 830 pF1KE6 D----PEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKNY : : .: :. ::. ::.:::..::::... . ...: ..:.. CCDS45 DLDLWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINR 780 790 800 810 820 830 840 850 860 pF1KE6 PAVIIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT CCDS45 GEYEIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK 840 850 860 870 >>CCDS82007.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 (779 aa) initn: 841 init1: 295 opt: 1119 Z-score: 1301.9 bits: 251.8 E(32554): 3.4e-66 Smith-Waterman score: 1119; 30.7% identity (62.3% similar) in 737 aa overlap (112-828:5-727) 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 SELTAGSTWHAAGLTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRLATTP : ::: .::.::: .:. . ::: :: : CCDS82 MADYSNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFLAQTQ 10 20 30 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 VRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYSLTMA :. .: . . . . .: :.:. :. :::.. ...... : :. .. ....: CCDS82 DRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSADVALA 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 pF1KE6 LAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMRANRIVNAAGFWAREVGKMIGL ::..: . :. . . : . ... . ::: .:... . .:: :: :: :.: .. CCDS82 LASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG--LSN 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 pF1KE6 EHPL-IPV---QHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYLRQERDGLLFGPYESQEK :.:. ::. .: :..: . :. :.. : .: :.:. . :.: : .:.. : CCDS82 EEPVSIPLHACEHFYLLTRPLE--TPLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFEKNPK 160 170 180 190 200 210 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 MKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLKKADIINVVNGPITYSPD :.: ..: : : :.. ... .. .: :. .:...:: : :..:: CCDS82 -----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPETFTPD 220 230 240 250 260 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 ILPMVGPHQGVRNYWVAIGFGY-GIIHAGGVGKYLSDWILHGEPPFDLIELDPNRYGKWT . ..: .:..:.: :.. :. .::.::::..:..:: : .. ::: .:.: CCDS82 MRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRFGALQ 270 280 290 300 310 320 440 450 460 470 480 490 pF1KE6 TTQ-YTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLESKCS--MGFHAGWEQP ... . . .. : . . . :. . .:: :.: ::.::... . : : :.:.: CCDS82 SSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQL-RTSPLYDRLDAQGARWMEKH-GFERP 330 340 350 360 370 380 500 510 520 530 540 pF1KE6 HWFYKPGQDT---QYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKFNIK--GQDSI ..: : .: . .: . .::. : :: : . : : :.: : ::.: :.... CCDS82 KYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQAL 390 400 410 420 430 440 550 560 570 580 590 600 pF1KE6 RLLDHLFANV--IPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELHDLRW ..:..::.: .: :: . ::. : . .... . :..:. . ...: : CCDS82 EVLQYLFSNDLDVP-VGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCWAW 450 460 470 480 490 500 610 620 630 640 650 660 pF1KE6 IEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSLKVSN .... : . .. ....: . .:.. ::.: ::..:. .. : : : : ..:. CCDS82 LKKHMPKDS-NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSVGY 510 520 530 540 550 560 670 680 690 700 710 720 pF1KE6 IP-VTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRLEKAFR . .. ...::: :. :: : .. .:. .:..::. :: : : ::. .::.:: : CCDS82 ANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKFFA 570 580 590 600 610 620 730 740 750 760 770 780 pF1KE6 AWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATDDVD-- :: ..: :.::: : : :::.: ::::..:: : : .:. .::. . : : : CCDS82 FWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSDLD 630 640 650 660 670 680 790 800 810 820 830 840 pF1KE6 --PEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKNYPAV : .: :. ::. ::.:::..::::... . ...: ..:.. CCDS82 LWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINRGEY 690 700 710 720 730 740 850 860 pF1KE6 IIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT CCDS82 EIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK 750 760 770 >>CCDS6978.1 SARDH gene_id:1757|Hs108|chr9 (918 aa) initn: 1465 init1: 448 opt: 572 Z-score: 662.1 bits: 133.7 E(32554): 1.5e-30 Smith-Waterman score: 1514; 33.1% identity (61.9% similar) in 902 aa overlap (15-858:38-915) 10 20 30 40 pF1KE6 MLRPGAQLLRGLLLRSCPLQGS--PGRPRSVCGREGEEKPPLSA .: : : . :. :: . .: .: :. CCDS69 LRVAAAHPRQSPTRGMGPCNLSSAAGPTAEKSVPYQRTLKEGQGTSVVA-QGPSRPLPST 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 ETQWKDRAETVIIGGGCVGVSLAYHLAKAGMKDVVLLEKSELTAGSTWHAAGLTTYFHPG :..:.:::: .: . ::::: ::. .::::. .::.:.:::.::: ..:. CCDS69 -------ANVVVIGGGSLGCQTLYHLAKLGMSGAVLLERERLTSGTTWHTAGLLWQLRPS 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 -INLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRLATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQ .... . . . ..:::::: .:. : :.. .:.. :.::.: :. ...:. CCDS69 DVEVELLAHTRRVVSRELEEETGLHTGWIQNGGLFIASNRQRLDEYKRLMSLGKAYGVES 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 YLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYSLTMALAAGARKCGALLKYPAPVTS ... : . . ..::.:.. . . :: : :: .:: . .:: .: :: . :::. 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CCDS69 DYALERMGVTYGAQAHLKSPF---DPNNKRVKGIY 890 900 910 >>CCDS2797.1 AMT gene_id:275|Hs108|chr3 (403 aa) initn: 175 init1: 104 opt: 340 Z-score: 396.5 bits: 83.4 E(32554): 9.2e-16 Smith-Waterman score: 343; 26.6% identity (55.4% similar) in 395 aa overlap (470-850:34-397) 440 450 460 470 480 490 pF1KE6 YTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQ-RLESKCSMGFHAGWEQPHWFYK : . ::. .: .: ::: : CCDS27 AVSVVARLGFRLQAFPPALCRPLSCAQEVLRRTPLYDFHLAHGGKMVAFAGWSLP----- 10 20 30 40 50 500 510 520 530 540 550 pF1KE6 PGQDTQYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKFNIKGQDSIRLLDHL---- .::: : .. .. :. .. :.: . . .: :.: ..:.. : CCDS27 ----VQYRDSHTDSHL---------HTRQHCSLFDVSHMLQTKILGSDRVKLMESLVVGD 60 70 80 90 100 560 570 580 590 600 610 pF1KE6 FANVIPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELHDLRWIEE---EA .:.. :. : ..: . . : . .: :.. : :.. .....: .:: ... : CCDS27 IAELRPNQG--TLSLFTNEAGGILDDLIVTNTSEGHLYVVSNAGCWEKDLALMQDKVREL 110 120 130 140 150 160 620 630 640 650 660 670 pF1KE6 VKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSLKVSNIPVTA . : :: .. . . : :.. :: : .::: ...:: . :. . ..: .. 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