Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3321
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3321, 904 aa
1>>>pF1KE3321 904 - 904 aa - 904 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4509+/-0.000705; mu= 15.2228+/- 0.043
mean_var=139.1528+/-30.370, 0's: 0 Z-trim(107.8): 412 B-trim: 886 in 2/51
Lambda= 0.108725
statistics sampled from 15297 (15823) to 15297 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.507), E-opt: 0.2 (0.186), width: 16
Scan time: 12.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003256 (OMIM: 603029,609423) toll-like receptor ( 904) 5981 951.8 0
XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 4195 671.5 3.5e-192
NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 638 113.8 4.6e-24
XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 638 113.8 4.6e-24
XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 638 113.8 4.6e-24
NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 638 113.8 4.6e-24
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 417 79.1 1.2e-13
NP_001182037 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 797) 410 77.9 2.2e-13
XP_011512062 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 797) 410 77.9 2.2e-13
XP_011512063 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 410 77.9 2.2e-13
NP_001182036 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 410 77.9 2.2e-13
NP_001182035 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 410 77.9 2.2e-13
NP_001017388 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 410 77.9 2.2e-13
XP_011512064 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 410 77.9 2.2e-13
NP_112218 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 iso ( 811) 410 77.9 2.2e-13
NP_001305719 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305716 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_016864065 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305725 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_016864064 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_011530517 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305720 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_003255 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-like r ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_016864063 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305722 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305724 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
NP_001305718 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_016864062 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_011530518 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 404 76.9 4.2e-13
XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 402 76.6 5.2e-13
XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 351 68.5 1.1e-10
NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 351 68.5 1.2e-10
NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 351 68.5 1.2e-10
XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 351 68.5 1.2e-10
NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 351 68.5 1.2e-10
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 350 68.8 2.4e-10
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 350 68.8 2.4e-10
XP_016865268 (OMIM: 603745) PREDICTED: slit homolo (1460) 347 68.3 3.2e-10
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 338 66.5 4.6e-10
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 338 66.5 4.8e-10
NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 335 66.0 6.2e-10
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 314 62.7 6.1e-09
NP_963924 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713) 310 62.2 1.1e-08
>>NP_003256 (OMIM: 603029,609423) toll-like receptor 3 p (904 aa)
initn: 5981 init1: 5981 opt: 5981 Z-score: 5083.2 bits: 951.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5981; 100.0% identity (100.0% similar) in 904 aa overlap (1-904:1-904)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRQTLPCIYFWGGLLPFGMLCASSTTKCTVSHEVADCSHLKLTQVPDDLPTNITVLNLTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MRQTLPCIYFWGGLLPFGMLCASSTTKCTVSHEVADCSHLKLTQVPDDLPTNITVLNLTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 NQLRRLPAANFTRYSQLTSLDVGFNTISKLEPELCQKLPMLKVLNLQHNELSQLSDKTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQLRRLPAANFTRYSQLTSLDVGFNTISKLEPELCQKLPMLKVLNLQHNELSQLSDKTFA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FCTNLTELHLMSNSIQKIKNNPFVKQKNLITLDLSHNGLSSTKLGTQVQLENLQELLLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FCTNLTELHLMSNSIQKIKNNPFVKQKNLITLDLSHNGLSSTKLGTQVQLENLQELLLSN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NKIQALKSEELDIFANSSLKKLELSSNQIKEFSPGCFHAIGRLFGLFLNNVQLGPSLTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NKIQALKSEELDIFANSSLKKLELSSNQIKEFSPGCFHAIGRLFGLFLNNVQLGPSLTEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 LCLELANTSIRNLSLSNSQLSTTSNTTFLGLKWTNLTMLDLSYNNLNVVGNDSFAWLPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LCLELANTSIRNLSLSNSQLSTTSNTTFLGLKWTNLTMLDLSYNNLNVVGNDSFAWLPQL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 EYFFLEYNNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQSISLASLPKIDDFSFQWLKCLEHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EYFFLEYNNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQSISLASLPKIDDFSFQWLKCLEHL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 NMEDNDIPGIKSNMFTGLINLKYLSLSNSFTSLRTLTNETFVSLAHSPLHILNLTKNKIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NMEDNDIPGIKSNMFTGLINLKYLSLSNSFTSLRTLTNETFVSLAHSPLHILNLTKNKIS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KIESDAFSWLGHLEVLDLGLNEIGQELTGQEWRGLENIFEIYLSYNKYLQLTRNSFALVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIESDAFSWLGHLEVLDLGLNEIGQELTGQEWRGLENIFEIYLSYNKYLQLTRNSFALVP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SLQRLMLRRVALKNVDSSPSPFQPLRNLTILDLSNNNIANINDDMLEGLEKLEILDLQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SLQRLMLRRVALKNVDSSPSPFQPLRNLTILDLSNNNIANINDDMLEGLEKLEILDLQHN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 NLARLWKHANPGGPIYFLKGLSHLHILNLESNGFDEIPVEVFKDLFELKIIDLGLNNLNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NLARLWKHANPGGPIYFLKGLSHLHILNLESNGFDEIPVEVFKDLFELKIIDLGLNNLNT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 LPASVFNNQVSLKSLNLQKNLITSVEKKVFGPAFRNLTELDMRFNPFDCTCESIAWFVNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LPASVFNNQVSLKSLNLQKNLITSVEKKVFGPAFRNLTELDMRFNPFDCTCESIAWFVNW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 INETHTNIPELSSHYLCNTPPHYHGFPVRLFDTSSCKDSAPFELFFMINTSILLIFIFIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INETHTNIPELSSHYLCNTPPHYHGFPVRLFDTSSCKDSAPFELFFMINTSILLIFIFIV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 LLIHFEGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLIHFEGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 DQSLKFCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DQSLKFCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 EQNLDSIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EQNLDSIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSK
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 NSVH
::::
NP_003 NSVH
>>XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll-lik (627 aa)
initn: 4195 init1: 4195 opt: 4195 Z-score: 3571.2 bits: 671.5 E(85289): 3.5e-192
Smith-Waterman score: 4195; 100.0% identity (100.0% similar) in 627 aa overlap (278-904:1-627)
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TSIRNLSLSNSQLSTTSNTTFLGLKWTNLTMLDLSYNNLNVVGNDSFAWLPQLEYFFLEY
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLDLSYNNLNVVGNDSFAWLPQLEYFFLEY
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 NNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQSISLASLPKIDDFSFQWLKCLEHLNMEDNDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQSISLASLPKIDDFSFQWLKCLEHLNMEDNDI
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 PGIKSNMFTGLINLKYLSLSNSFTSLRTLTNETFVSLAHSPLHILNLTKNKISKIESDAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGIKSNMFTGLINLKYLSLSNSFTSLRTLTNETFVSLAHSPLHILNLTKNKISKIESDAF
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SWLGHLEVLDLGLNEIGQELTGQEWRGLENIFEIYLSYNKYLQLTRNSFALVPSLQRLML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SWLGHLEVLDLGLNEIGQELTGQEWRGLENIFEIYLSYNKYLQLTRNSFALVPSLQRLML
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 RRVALKNVDSSPSPFQPLRNLTILDLSNNNIANINDDMLEGLEKLEILDLQHNNLARLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RRVALKNVDSSPSPFQPLRNLTILDLSNNNIANINDDMLEGLEKLEILDLQHNNLARLWK
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 HANPGGPIYFLKGLSHLHILNLESNGFDEIPVEVFKDLFELKIIDLGLNNLNTLPASVFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HANPGGPIYFLKGLSHLHILNLESNGFDEIPVEVFKDLFELKIIDLGLNNLNTLPASVFN
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 NQVSLKSLNLQKNLITSVEKKVFGPAFRNLTELDMRFNPFDCTCESIAWFVNWINETHTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NQVSLKSLNLQKNLITSVEKKVFGPAFRNLTELDMRFNPFDCTCESIAWFVNWINETHTN
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 IPELSSHYLCNTPPHYHGFPVRLFDTSSCKDSAPFELFFMINTSILLIFIFIVLLIHFEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPELSSHYLCNTPPHYHGFPVRLFDTSSCKDSAPFELFFMINTSILLIFIFIVLLIHFEG
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 WRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLKFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLKFC
460 470 480 490 500 510
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 LEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLDSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLDSI
520 530 540 550 560 570
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 ILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH
580 590 600 610 620
>>NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isoform (1041 aa)
initn: 340 init1: 106 opt: 638 Z-score: 553.1 bits: 113.8 E(85289): 4.6e-24
Smith-Waterman score: 764; 26.3% identity (57.6% similar) in 919 aa overlap (41-901:136-1026)
20 30 40 50 60 70
pF1KE3 WGGLLPFGMLCASSTTKCTVSHEVADCSHLKLTQVPDDLPTNITVLNLTHNQLRRLPAAN
.: :.:. :: ..: :.: .:.. . .
NP_619 NPGIQSNGLNITDGAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEG
110 120 130 140 150 160
80 90 100 110 120
pF1KE3 FTRYSQLTSLDVG----FNTI---SKLEPELCQKLPMLKVLNLQHNELSQLSDKTFAFCT
..: .: .: .. :: . ...: . . : :..:.:. : ::.. : . .
NP_619 ISRLINLKNLYLAWNCYFNKVCEKTNIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPK---LPS
170 180 190 200 210 220
130 140 150 160
pF1KE3 NLTELHLMSNSIQKIKNNPFVKQKNLITLDLSHN---------------GLSSTKLGTQV
.: .: : ...:. :... : :: :::: : : .: .. .
NP_619 SLRKLFLSNTQIKYISEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINID-RF
230 240 250 260 270 280
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 QLENLQELLLSNNKIQALKSEELDIFAN-SSLKKLELSSNQ-IKEFSPGCFHAI-GRLFG
..:: .: : . .:.. . : : :: :.: : . :.. : : .. ::
NP_619 AFQNLTQLRYLNLSSTSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEI
290 300 310 320 330 340
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LFLNNVQLGPSLTEKLCLELANT---SIRNLSLSNSQLSTTSNTTFLGL-KWTNLTMLDL
: :. . : ... . . :.: : : . .. . : : . ::. ..:
NP_619 LDLSFNYIKGSYPQHINISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINL
350 360 370 380 390 400
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 SYNNLNVVGNDSFAWLPQLEYFFLEYNNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQ-SISL
. : .. . : . .:: ..: : :. : . . .. : ...: . :. : ..
NP_619 GINFIKQIDFKLFQNFSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSS--SFQRHIRKRRSTDF
410 420 430 440 450
350 360 370 380 390
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XP_011 LLAGL-RYLDLSFNDFDTMP-----ICEEAGNMSHLEILGLSGAKIQKSDFQKIAHLHLN
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