FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4102, 471 aa 1>>>pF1KE4102 471 - 471 aa - 471 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9160+/-0.000534; mu= 11.9037+/- 0.033 mean_var=202.0236+/-44.617, 0's: 0 Z-trim(114.2): 274 B-trim: 1085 in 2/52 Lambda= 0.090235 statistics sampled from 23627 (23982) to 23627 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.64), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16 Scan time: 8.450 The best scores are: opt bits E(85289) NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 1325 185.8 2.2e-46 NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 976 140.4 1e-32 NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 937 135.3 3.5e-31 NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 866 126.1 2.2e-28 XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 863 125.7 2.8e-28 NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 863 125.7 2.8e-28 XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 863 125.7 2.8e-28 XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 863 125.7 2.8e-28 NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 863 125.7 2.8e-28 XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 763 112.6 2.2e-24 XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 749 110.8 8.1e-24 NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 680 101.9 4.2e-21 NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 680 101.9 4.4e-21 NP_892030 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 500) 677 101.5 5.6e-21 NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 664 99.8 1.8e-20 NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 664 99.8 1.8e-20 NP_291027 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 630) 652 98.4 6.2e-20 NP_060677 (OMIM: 616755) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 648 97.7 7.4e-20 XP_016857118 (OMIM: 616755) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 555) 647 97.6 9e-20 XP_006714995 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 520) 637 96.3 2.1e-19 XP_006714992 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 543) 637 96.3 2.2e-19 NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 632 95.6 3.1e-19 NP_963921 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 613 93.2 1.8e-18 XP_006714993 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 541) 613 93.2 1.9e-18 XP_011514091 (OMIM: 612548) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 486) 612 93.0 1.9e-18 NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 612 93.0 1.9e-18 NP_001268380 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 487) 612 93.0 1.9e-18 NP_835226 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein liga ( 487) 612 93.0 1.9e-18 NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 608 92.5 2.8e-18 NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 606 92.2 3.3e-18 XP_006714994 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 525) 602 91.8 5e-18 NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 599 91.4 6.5e-18 NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 597 91.1 7.6e-18 NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 547 84.4 5.5e-16 NP_741983 (OMIM: 617007) tripartite motif-containi ( 493) 541 83.8 1.2e-15 XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 528 81.7 2.6e-15 XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 528 81.7 2.6e-15 NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 529 82.1 3.1e-15 NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 529 82.2 3.5e-15 XP_016866752 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 462) 527 81.9 4e-15 XP_011513161 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 462) 527 81.9 4e-15 NP_001723 (OMIM: 601610) butyrophilin subfamily 1 ( 526) 509 79.7 2.2e-14 XP_005249397 (OMIM: 601610) PREDICTED: butyrophili ( 626) 509 79.7 2.5e-14 NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 499 78.0 3.6e-14 NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 503 78.8 3.7e-14 XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 503 78.8 3.7e-14 NP_000234 (OMIM: 134610,249100,608107) pyrin isofo ( 781) 506 79.5 3.7e-14 XP_016878725 (OMIM: 134610,249100,608107) PREDICTE ( 780) 501 78.8 5.8e-14 XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 491 77.3 1.1e-13 NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 491 77.3 1.1e-13 >>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa) initn: 1195 init1: 651 opt: 1325 Z-score: 953.6 bits: 185.8 E(85289): 2.2e-46 Smith-Waterman score: 1325; 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NP_742 CYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEK 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 KSVELKKKVEYKREEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYV : :::. :: .:..: :::... :..::...: ....::..:: .: :: ..:.: NP_742 KPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKR 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 STLKHLLREVEGKSVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKCPEL--FSFRLTKYGFSLPPQYSG : :: ::::: .::..:.: ..:: .: ...: :. :..: : ..: :: . NP_742 RDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFA 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 LDRIIKPFQVDVILDLNTAHPQLLVSEDRKAVRY-ERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQR : .:.: . .:: :: .::::.:..:::::.:.. : . :.. :::: : ::... NP_742 LRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEG 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 FSSGRHYWEVEVGNKPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTT :.:::::::::::.: .: .:::.: . :. . : :.: . . . :.:. : NP_742 FTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFT 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 pF1KE4 QLLPVVKPSKIGIFLDYELGDLSFYNMNDRSILYTFNDCFTEAVWPYFYTGT-----DSE : :::...::::::: : :::::..::: .:::.: ::: .:: :: : .. NP_742 PLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAA 420 430 440 450 460 470 460 470 pF1KE4 PLKICSVSDSER :: : .: : NP_742 PLTIRPPTDWE 480 >>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa) initn: 918 init1: 322 opt: 976 Z-score: 708.3 bits: 140.4 E(85289): 1e-32 Smith-Waterman score: 976; 35.6% identity (63.5% similar) in 463 aa overlap (9-464:9-455) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCF :::::..: :::.:. ::: .::::::: :. : . . . :: :: NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 PYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCS : ...: : : ...:.: :: . ...: : . :. :: .:..::. : NP_660 PQRNLRPNRPLAKMAEMA-----RRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACE 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 FSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKR : .: : . :.. :: . :: ::: ::.... . : .: :: .: NP_660 RSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQR 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 EEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGK ... .:::..: .: .:....:.....::...: .: :. ..:.. . : .:. :.::. NP_660 QNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGR 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE4 SVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKC--PELFSFRLTKYGFSLPPQYSGLDRIIKPFQVDVI : :: . :. .. :..: ::. ..: . .: :: . .. :. :: NP_660 CQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMEL-RTVCRVP----GLVETLRRFRGDVT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 LDLNTAHPQLLVSEDRKAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGN :: .::.:.:..::::..:. .. . .:.:: : :::..::.:::::::::::. NP_660 LDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGD 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 KPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAI---GRYMKSGYVASGPKTTQLLPVVKPSKI . .: ::::.. . :. . . :. .::: . : :..:. : .: : : .. NP_660 RTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRD---P---PRRV 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 GIFLDYELGDLSFYNMNDRSILYTFNDC-FTEAVWPYFYTGTDSE-PLKICSVSDSER ::::::: : ::::. .: :.:. : . :. .. : : ..: :. :: NP_660 GIFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDT 410 420 430 440 450 460 NP_660 LAPQ >>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa) initn: 870 init1: 406 opt: 937 Z-score: 680.8 bits: 135.3 E(85289): 3.5e-31 Smith-Waterman score: 937; 35.7% identity (64.5% similar) in 476 aa overlap (1-467:1-466) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCF : .. :. . :: .:::::. . .::.:.:::.::. :.: : .. ::::: : NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSV--CPVCRQRF 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 PYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCS :..: : :: :... :... ..... : : : :.. : ::: :: . :: :. NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEIS-QEAREGTQGER--CAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 FSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKR : ::. : . :...::. ..: :. .: :: . : .::. . . : .. :: :: .. NP_003 QSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQK 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 EEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGK .:..:: : . :: .:.. :.... .: . : :.:. ..:.. ..:..:. :.. . NP_003 SRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRR 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE4 SVQSNLELLTQAKSMHHKYQ--NLKCPELFSFRLTKYGFSLPPQYSGLDRIIKPFQVDVI .: :::: .. . .. . ::: .. : .: . .: :: .... : . NP_003 CHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSV-CHVP----GLKKMLRTCAVHIT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 LDLNTAHPQLLVSEDRKAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGN :: .::.: :..::::. :: ...: . .:: : :::.:.: ::.:::::.: . NP_003 LDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 KPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTTQLLPVVKPSKIGIF : : ::::.: . :. . : .:::.: . :. : :. : : : : ..::: NP_003 KEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIF 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 LDYELGDLSFYNMNDR-SILYTFNDC-FTEAVWPYFYTG-----TDSEPLKICSVSDSER :::: : .::::..:. :..:.:..: :: . :.: : .. :: .: .. NP_003 LDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQ 420 430 440 450 460 470 NP_003 GSTDY >>NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein ligase T (485 aa) initn: 845 init1: 402 opt: 866 Z-score: 630.7 bits: 126.1 E(85289): 2.2e-28 Smith-Waterman score: 872; 34.6% identity (62.7% similar) in 491 aa overlap (5-470:4-484) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MEFVTALVN-LQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDT----FPCPV ::::. . :: .::::. .:..:..:.:::.::.:::: :. .. . ::. NP_060 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 CRFCFPYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEIL :: ...: : :: :..: .. :... . . . .::.:.. : .:: .:. :. NP_060 CRAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLK---GDLCERHGEKLKMFCKEDVLIM 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 CTQCSFSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKK : :: : .:. : . :.. .: .. :. .:: :... :.. :. . . .... : . NP_060 CEACSQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 VEYKREEINSEFEQIRLFLQNEQE----------MILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSD :: ... : :::. . .:...: : ..: : . . ::. : :: . 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