FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3071, 229 aa 1>>>pF1KE3071 229 - 229 aa - 229 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0092+/-0.000884; mu= 15.7134+/- 0.054 mean_var=76.8465+/-14.921, 0's: 0 Z-trim(107.9): 214 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.146306 statistics sampled from 9629 (9872) to 9629 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16 Scan time: 2.110 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 1556 337.6 4e-93 CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 882 195.4 2.8e-50 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 521 119.1 2.1e-27 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 514 117.6 5.9e-27 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 506 115.9 1.9e-26 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 502 115.1 3.6e-26 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 500 114.7 4.7e-26 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 491 112.8 1.8e-25 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 488 112.1 2.7e-25 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 481 110.7 7.7e-25 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 480 110.4 8.6e-25 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 478 110.0 1.1e-24 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 469 108.1 4.5e-24 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 464 107.1 8.9e-24 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 458 105.8 2.2e-23 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 457 105.7 2.9e-23 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 453 104.8 4.6e-23 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 451 104.3 6.3e-23 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 441 102.2 2.8e-22 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 439 101.8 3.3e-22 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 439 101.9 4e-22 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 439 101.9 4e-22 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 438 101.6 4.2e-22 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 434 100.7 7e-22 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 434 100.7 7.3e-22 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 434 100.8 7.6e-22 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 434 100.8 7.8e-22 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 432 100.3 1e-21 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 429 99.7 1.6e-21 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 426 99.1 2.4e-21 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 410 95.7 2.5e-20 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 409 95.5 2.9e-20 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 405 94.6 5.3e-20 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 410 96.2 6.2e-20 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 402 94.0 8.4e-20 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 398 93.2 1.5e-19 CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 396 92.6 1.5e-19 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 394 92.2 2.1e-19 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 394 92.3 2.5e-19 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 393 92.1 3.1e-19 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 392 91.9 3.5e-19 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 390 91.5 4.7e-19 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 389 91.2 5.3e-19 CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 387 90.8 6.8e-19 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 392 92.4 8.7e-19 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 384 90.2 1.1e-18 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 383 90.0 1.3e-18 CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 381 89.5 1.7e-18 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 380 89.3 1.9e-18 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 377 88.7 3.1e-18 >>CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 (229 aa) initn: 1556 init1: 1556 opt: 1556 Z-score: 1785.3 bits: 337.6 E(32554): 4e-93 Smith-Waterman score: 1556; 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CCDS14 ILGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMAS :::::::::::..:::.::.::.:.::::::::::::::.::::::::::::::.:.:.: CCDS14 TEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 FHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKN : .: ::.::. : . .:..::::::::: ::::..:: ::::.:.: :::::::. CCDS14 FTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPP-DNGIILKPE-PKPA---MTCWC :.....::.::: :: .::..: :. . ..: . : : :. : .: : CCDS14 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC 190 200 210 220 230 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 508 init1: 272 opt: 521 Z-score: 605.3 bits: 119.1 E(32554): 2.1e-27 Smith-Waterman score: 521; 44.0% identity (74.9% similar) in 175 aa overlap (26-200:4-173) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD . : . .::...::::.:::.:: :: . . CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTE 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA .::::::. :..:.::. ::.:.:::::::::: .... :::..:... :::.:.. CCDS46 SYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQE 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK ::... .:..: .. : . ..:::::::: . : :..:::. ..:..::::: CCDS46 SFNNVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC : .. :: :::.: ..: CCDS46 NATN---VEQSFMTMAAEIKKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 160 170 180 190 200 >>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa) initn: 481 init1: 284 opt: 514 Z-score: 597.4 bits: 117.6 E(32554): 5.9e-27 Smith-Waterman score: 514; 47.9% identity (76.3% similar) in 169 aa overlap (33-201:9-172) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT .:::..::...::::::. :: : :: CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQ 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF ::::::: ..:::.::..:.:.:::::::::: :..: :::...:....::.: :: CCDS82 GATIGVDFMIKTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-SITQSYYRSANALILTYDITCEESF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP . :: :..: .:. .: . .::::: :: .: . :..:.....: .::::: CCDS82 RCLPEWLREIEQYA-SNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAK-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC ..:.:: .:. :: .: : CCDS82 -ESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN 160 170 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 491 init1: 272 opt: 506 Z-score: 588.3 bits: 115.9 E(32554): 1.9e-26 Smith-Waterman score: 506; 40.3% identity (70.1% similar) in 201 aa overlap (26-224:1-196) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD . : . .::...::::.:::.:: :: . . CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTE 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA .::::::. :..:.::. ::.:.:::::::::: .... :::..:... :::.:.. CCDS31 SYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQE 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK :. .. .:..: .. : . ..::::: :: . : . :..:::. ..:..::::: CCDS31 SYANVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHK-PLMLSQPPDNGIILKPEP-KPAMTCWC : .. :: :::.: ..:.. : : .. . : ::: CCDS31 NATN---VEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 160 170 180 190 200 >>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa) initn: 323 init1: 279 opt: 502 Z-score: 583.3 bits: 115.1 E(32554): 3.6e-26 Smith-Waterman score: 502; 41.9% identity (74.3% similar) in 191 aa overlap (33-221:17-202) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT .::::.::::::::::.. .: .: . . CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF . :::::: :...:::...:.:.:::::::::: ...: :::..::....::.: ..: CCDS34 QNTIGVDFTVRSLDIDGKKVKMQVWDTAGQERFR-TITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTF 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSM-PLFETSAKN .:.: ::.: ... :: . .:.:::::: .: . : .:. ... ..::::: CCDS34 ESIPHWIHEIEKYGAAN-VVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAK- 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KE3 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLML-SQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC .. ..: .:. .:..: ... : : .. ::. : : CCDS34 --ESKNIEEVFVLMAKELIARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC 170 180 190 200 210 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 393 init1: 276 opt: 500 Z-score: 581.3 bits: 114.7 E(32554): 4.7e-26 Smith-Waterman score: 500; 40.7% identity (73.7% similar) in 194 aa overlap (33-222:8-196) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT .::...::::.:::::. .:: : . CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTF 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF .:::.::. :..:.::.:::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:: :: CCDS12 ISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP .. .::.. ..: : :. ....:::::. . :: . ..:.: ... ..::::: CCDS12 DNIRNWIRNIEEHASA-DVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKA- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSH--KPLMLSQPP--DNGIILKPEPKPAMTCWC : .:: :.:::. .:.. : : ..: ..:. . :. . CCDS12 --NINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 160 170 180 190 200 >>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa) initn: 334 init1: 277 opt: 491 Z-score: 570.9 bits: 112.8 E(32554): 1.8e-25 Smith-Waterman score: 491; 39.5% identity (72.0% similar) in 200 aa overlap (33-229:18-212) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT .::....::..:::::.. :: .: : .: CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF .:::::: ...::.:.:.:.:.:::::::::: ...: :::........::.:. .:: CCDS33 GSTIGVDFTMKTLEIQGKRVKLQIWDTAGQERFR-TITQSYYRSANGAILAYDITKRSSF 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHS-MPLFETSAKN :.: :::. ... .: : ..:.::: :: .: ::..:. .. . .::::: CCDS33 LSVPHWIEDVRKYAGSN-IVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAK- 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KE3 PNDNDHVEAIFMTLAHKL--KSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC :...:: :. .: .: . ::. . ::. . . . . : : CCDS33 --DSSNVEEAFLRVATELIMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC 170 180 190 200 210 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 370 init1: 275 opt: 488 Z-score: 567.6 bits: 112.1 E(32554): 2.7e-25 Smith-Waterman score: 488; 43.1% identity (76.0% similar) in 167 aa overlap (33-199:8-169) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT .::...::::.:::::: .:: : CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTF 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF .:::.::. :..:.::..::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:: :: CCDS10 ISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP .. .::.. ..: ..:. :...:::::. . :: . ..:.: ... ..:::::. CCDS10 DNIKNWIRNIEEHA-SSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSS 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC . :: :.:::. . CCDS10 AN---VEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 160 170 180 190 200 >>CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX (213 aa) initn: 443 init1: 343 opt: 481 Z-score: 559.4 bits: 110.7 E(32554): 7.7e-25 Smith-Waterman score: 481; 47.3% identity (71.9% similar) in 167 aa overlap (34-199:9-171) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 EMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRTE :..::::::.:::.:: :: ::: . .. CCDS14 MEAIWLYQFRLIVIGDSTVGKSCLIRRFTEGRFAQVSD 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 ATIGVDFRERAVEID-GERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF :.:::: : :::. :.:::.:.:::::::::: :... :::: . ....:.:: :: CCDS14 PTVGVDFFSRLVEIEPGKRIKLQIWDTAGQERFR-SITRAYYRNSVGGLLLFDITNRRSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP ... :.:: : :. .: .:::.:::: . :: :.:.: ...: .::::. CCDS14 QNVHEWLEETKVHVQPYQIVFVLVGHKCDLDTQRQVTRHEAEKLAAAYGMKYIETSAR-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC : .:: : :.. . CCDS14 -DAINVEKAFTDLTRDIYELVKRGEITIQEGWEGVKSGFVPNVVHSSEEVVKSERRCLC 160 170 180 190 200 210 229 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:20:06 2016 done: Sun Nov 6 05:20:06 2016 Total Scan time: 2.110 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]