FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7727, 431 aa 1>>>pF1KB7727 431 - 431 aa - 431 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8209+/-0.00031; mu= 11.9173+/- 0.019 mean_var=122.3443+/-25.005, 0's: 0 Z-trim(119.9): 13 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.115953 statistics sampled from 34531 (34544) to 34531 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16 Scan time: 10.370 The best scores are: opt bits E(85289) NP_036250 (OMIM: 608468) nocturnin [Homo sapiens] ( 431) 2963 506.4 5.8e-143 XP_011532907 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 552) 238 50.6 1.2e-05 XP_016865161 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 428) 233 49.7 1.7e-05 XP_016865159 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 462) 233 49.7 1.8e-05 XP_016865160 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 462) 233 49.7 1.8e-05 XP_005266010 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05 XP_011532909 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05 XP_011532908 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05 NP_001290170 (OMIM: 608951) CCR4-NOT transcription ( 557) 233 49.8 2.1e-05 >>NP_036250 (OMIM: 608468) nocturnin [Homo sapiens] (431 aa) initn: 2963 init1: 2963 opt: 2963 Z-score: 2687.7 bits: 506.4 E(85289): 5.8e-143 Smith-Waterman score: 2963; 100.0% identity (100.0% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-431) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MFHSPRRLCSALLQRDAPGLRRLPAPGLRRPLSPPAAVPRPASPRLLAAASAASGAARSC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 MFHSPRRLCSALLQRDAPGLRRLPAPGLRRPLSPPAAVPRPASPRLLAAASAASGAARSC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 SRTVCSMGTGTSRLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 SRTVCSMGTGTSRLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 RPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPPIRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 RPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPPIRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLIL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 EEILAYQPDILCLQEVDHYFDTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 EEILAYQPDILCLQEVDHYFDTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFF 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB7 LQNRFKLVNSANIRLTAMTLKTNQVAIAQTLECKESGRQFCIAVTHLKARTGWERFRSAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 LQNRFKLVNSANIRLTAMTLKTNQVAIAQTLECKESGRQFCIAVTHLKARTGWERFRSAQ 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB7 GCDLLQNLQNITQGAKIPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFASSSLNLNSAYKLLSADGQSEPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 GCDLLQNLQNITQGAKIPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFASSSLNLNSAYKLLSADGQSEPP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB7 YTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_036 YTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCD 370 380 390 400 410 420 430 pF1KB7 FSFTEESDGLS ::::::::::: NP_036 FSFTEESDGLS 430 >>XP_011532907 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (552 aa) initn: 297 init1: 111 opt: 238 Z-score: 222.5 bits: 50.6 E(85289): 1.2e-05 Smith-Waterman score: 258; 23.9% identity (51.6% similar) in 368 aa overlap (103-392:142-501) 80 90 100 110 120 pF1KB7 RLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLE---ECRAVLHTRPPRFQRDF :: ..::. . .: .:: :.. 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