FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3149, 365 aa 1>>>pF1KE3149 365 - 365 aa - 365 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0556+/-0.000709; mu= 17.8092+/- 0.043 mean_var=60.3401+/-11.797, 0's: 0 Z-trim(108.6): 14 B-trim: 2 in 1/50 Lambda= 0.165109 statistics sampled from 10324 (10328) to 10324 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16 Scan time: 2.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 ( 365) 2549 615.3 2.5e-176 CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 ( 413) 1546 376.5 2.3e-104 CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 415) 897 221.9 8e-58 CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 326) 560 141.5 9.6e-34 >>CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 (365 aa) initn: 2549 init1: 2549 opt: 2549 Z-score: 3279.1 bits: 615.3 E(32554): 2.5e-176 Smith-Waterman score: 2549; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEPVEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEPVEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 QIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDY 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 IDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 IDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 VPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 VPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 KEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 KEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 KVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIPCCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS36 KVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIPCCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGED 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 NEKST ::::: CCDS36 NEKST >>CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 (413 aa) initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1987.1 bits: 376.5 E(32554): 2.3e-104 Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (1-354:61-409) 10 20 30 pF1KE3 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP .:.::: :.:.::: . . .: . . 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CCDS73 TVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWEKLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT-CGDY 240 250 260 270 280 290 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 LFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYIT .::::::.::. .:. : CCDS73 MFSGHTVVLTMLNFFVTECKYLFSASMRIR 300 310 320 365 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 02:19:01 2016 done: Sun Nov 6 02:19:02 2016 Total Scan time: 2.780 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]