FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2315, 1101 aa 1>>>pF1KE2315 1101 - 1101 aa - 1101 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9495+/-0.00122; mu= 18.4237+/- 0.074 mean_var=72.9202+/-15.014, 0's: 0 Z-trim(101.8): 38 B-trim: 161 in 2/46 Lambda= 0.150193 statistics sampled from 6652 (6678) to 6652 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.205), width: 16 Scan time: 4.370 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3603.1 HELQ gene_id:113510|Hs108|chr4 (1101) 7131 1555.5 0 CCDS75158.1 HELQ gene_id:113510|Hs108|chr4 (1034) 4106 900.0 0 CCDS33833.1 POLQ gene_id:10721|Hs108|chr3 (2590) 700 162.1 1.5e-38 CCDS30769.2 HFM1 gene_id:164045|Hs108|chr1 (1435) 374 91.4 1.6e-17 >>CCDS3603.1 HELQ gene_id:113510|Hs108|chr4 (1101 aa) initn: 7131 init1: 7131 opt: 7131 Z-score: 8342.7 bits: 1555.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7131; 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CCDS33 QFLSGSVLSPPPGLGRCLKAAAAGECKPTVPDYERDKLLLANWGLPKAVLEKYHSF-GVK 40 50 60 70 80 90 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 KLYEWQHTCLTLNSVQERKNLIYSLPTSGGKTLVAEILMLQELLCCRKDVLMILPYVAIV :..::: :: :..: : :::.:: :::.:::::::.:.:...: :: .:.:::.:... CCDS33 KMFEWQAECLLLGQVLEGKNLVYSAPTSAGKTLVAELLILKRVLEMRKKALFILPFVSVA 100 110 120 130 140 150 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 QEKISGLSSFGIELGFFVEEYAGSKGRFPPTKRREKKSLYIATIEKGHSLVNSLIETGRI .:: :.:. :.:. :. : :: . :... . .. . :::....:.: ::: ... CCDS33 KEKKYYLQSLFQEVGIKVDGYMGSTS---PSRHFSSLDIAVCTIERANGLINRLIEENKM 160 170 180 190 200 460 470 480 490 pF1KE2 DSLGLVVVDELHMIGEGSRGATLEMTLAKILYTSKTT---------------QIIGMSAT : ::.::::::::.:.. :: ::. :.:: : .. . ::.::::: CCDS33 DLLGMVVVDELHMLGDSHRGYLLELLLTKICYITRKSASCQADLASSLSNAVQIVGMSAT 210 220 230 240 250 260 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 LNNVEDLQKFLQAEYYTSQFRPVELKEYLKINDTIYEVDSKAENGMTFSRLLNYKYSDTL : :.: . ..:.:: : ..:::: : : .:....:: ::. . : .:. : CCDS33 LPNLELVASWLNAELYHTDFRPVPLLESVKVGNSIY--DSSMKLVREFEPMLQVKG---- 270 280 290 300 310 320 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 KKMDPDHLVALVTEVI-PNYSCLVFCPSKKNCENVAEMICK-FLSKEY-----LKHKE-- : ::.:.: :.: :.: :.:::::: ::..:..: . : . .. .: .: CCDS33 ---DEDHVVSLCYETICDNHSVLLFCPSKKWCEKLADIIAREFYNLHHQAEGLVKPSECP 330 340 350 360 370 620 630 640 650 660 pF1KE2 ------KEKCEVIKNLKNIGNGNLCPVLKRTIPFGVAYHHSGLTSDERKLLEEAYSTGVL :: ::. .:. . .: : ::..:.:.:::.::.::: .:: ..: :. :.. CCDS33 PVILEQKELLEVMDQLRRLPSG-LDSVLQKTVPWGVAFHHAGLTFEERDIIEGAFRQGLI 380 390 400 410 420 430 670 680 690 700 710 720 pF1KE2 CLFTCTSTLAAGVNLPARRVILRAPYVAKEFLKRNQYKQMIGRAGRAGIDTIGESILILQ ... ::::..::::::::::.:.: . . : ::::.::::: :.::.:::::: . CCDS33 RVLAATSTLSSGVNLPARRVIIRTPIFGGRPLDILTYKQMVGRAGRKGVDTVGESILICK 440 450 460 470 480 490 730 740 750 760 770 pF1KE2 EKDKQQVLELIT---KPLENCYSHLVQEFTKG--IQTLFLSLIGLKIATNLDDIYHFMNG ...:.. . :. ::...: .. : . : :.... ..: .:.. .:.. . CCDS33 NSEKSKGIALLQGSLKPVRSCLQRREGEEVTGSMIRAILEIIVG-GVASTSQDMHTYAAC 500 510 520 530 540 550 780 790 800 810 820 830 pF1KE2 TFFGV-----QQKVLLKEKSLWEITVES-LRYLTEKGLLQKDTIYKSEEEVQYNFHITKL ::... .: . ...:. ..:. . .: :. ..:. . : : : :.: CCDS33 TFLAASMKEGKQGIQRNQESVQLGAIEACVMWLLENEFIQSTEASDGTEGKVY--HPTHL 560 570 580 590 600 610 840 850 860 870 880 890 pF1KE2 GRASFKGTIDLAYCDILYRDLKKGLEGLVLESLLHLIYLTTPYDLVSQCNPDWMIYFRQF : :....... : .. ::.....:.:::. ::..::.::. . . . ::. .: . 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