Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5654
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5654, 543 aa
1>>>pF1KE5654 543 - 543 aa - 543 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9759+/-0.000335; mu= 15.2938+/- 0.021
mean_var=75.7538+/-15.319, 0's: 0 Z-trim(116.1): 18 B-trim: 176 in 1/52
Lambda= 0.147357
statistics sampled from 26980 (26998) to 26980 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 10.230
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001092010 (OMIM: 604724) heparanase isoform 1 p ( 543) 3628 780.7 0
NP_006656 (OMIM: 604724) heparanase isoform 1 prep ( 543) 3628 780.7 0
NP_001159970 (OMIM: 604724) heparanase isoform 2 p ( 469) 2189 474.7 2.7e-133
NP_001186759 (OMIM: 604724) heparanase isoform 3 p ( 485) 2133 462.8 1e-129
XP_011538331 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 543) 978 217.3 9.5e-56
XP_016871984 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 545) 978 217.3 9.6e-56
NP_001159718 (OMIM: 236730,613469) inactive hepara ( 548) 978 217.3 9.6e-56
NP_068600 (OMIM: 236730,613469) inactive heparanas ( 592) 978 217.3 1e-55
XP_011538333 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 420) 953 212.0 3e-54
XP_006718000 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 420) 953 212.0 3e-54
XP_016871986 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 420) 953 212.0 3e-54
XP_011538332 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 538) 927 206.5 1.7e-52
NP_001159717 (OMIM: 236730,613469) inactive hepara ( 480) 689 155.9 2.7e-37
NP_001159716 (OMIM: 236730,613469) inactive hepara ( 534) 687 155.5 3.9e-37
XP_016871987 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 324) 675 152.8 1.5e-36
XP_011538335 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 324) 675 152.8 1.5e-36
XP_016871985 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inac ( 441) 588 134.4 7.2e-31
>>NP_001092010 (OMIM: 604724) heparanase isoform 1 prepr (543 aa)
initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 4166.5 bits: 780.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3628; 99.8% identity (100.0% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-543)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NGRTATREDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGRTATKEDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 ACI
:::
NP_001 ACI
>>NP_006656 (OMIM: 604724) heparanase isoform 1 prepropr (543 aa)
initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 4166.5 bits: 780.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3628; 99.8% identity (100.0% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-543)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NGRTATREDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NGRTATKEDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 ACI
:::
NP_006 ACI
>>NP_001159970 (OMIM: 604724) heparanase isoform 2 prepr (469 aa)
initn: 3111 init1: 2189 opt: 2189 Z-score: 2514.2 bits: 474.7 E(85289): 2.7e-133
Smith-Waterman score: 2967; 86.2% identity (86.4% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NGRTATREDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
::::::.:::::::::::::::::::::
NP_001 NGRTATKEDFLNPDVLDIFISSVQKVFQ--------------------------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
::::::::::::::::::
NP_001 ------------------------------------------DYWLSLLFKKLVGTKVLM
330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 ACI
:::
NP_001 ACI
>>NP_001186759 (OMIM: 604724) heparanase isoform 3 prepr (485 aa)
initn: 2118 init1: 2118 opt: 2133 Z-score: 2449.6 bits: 462.8 E(85289): 1e-129
Smith-Waterman score: 3112; 89.0% identity (89.3% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-485)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPAQAQDVVDLDFFTQEPLHLVSPSFLSVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTDFLIFDPKKESTFEERSYWQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_001 QVNQDICKYGSIPPDVEEKLRLEWPYQEQLLLREHYQKKFKNSTYSK-------------
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GLDLIFGLNALLRTADLQWNSSNAQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGS
:::::::::::::::
NP_001 ---------------------------------------------PNSFLKKADIFINGS
170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLGEDFIQLHKLLRKSTFKNAKLYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYL
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NGRTATREDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGRTATKEDFLNPDVLDIFISSVQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFA
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGFMWLDKLGLSARMGIEVVMRQVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLM
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASVQGSKRRKLRVYLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLL
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPLGPHGLLSKSVQLNGLTLKMVDDQTLPPLMEKPLRPGSSLGLPAFSYSFFVIRNAKVA
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ACI
:::
NP_001 ACI
>>XP_011538331 (OMIM: 236730,613469) PREDICTED: inactive (543 aa)
initn: 1313 init1: 597 opt: 978 Z-score: 1121.8 bits: 217.3 E(85289): 9.5e-56
Smith-Waterman score: 1269; 40.6% identity (63.9% similar) in 559 aa overlap (13-542:33-540)
10 20 30 40
pF1KE5 MLLRSKPALPPPLMLLLLGPLGPLSPGALPRPA--QAQDVVD
: : : . : : . : : . . ..
XP_011 VLCAFPEAMPSSNSRPPACLAPGALYLALLLHLSLSSQAGDRRPLPVDRAAGLKEKTLIL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 LDFFTQEPLHLVSPSFLSVTIDANLATDPRFLILLGSPKLRTLARGLSPAYLRFGGTKTD
:: :..:.. :. .:::. .: .. : .: .:.: .: :::::::::.::::: .::
XP_011 LDVSTKNPVRTVNENFLSLQLDPSIIHDG-WLDFLSSKRLVTLARGLSPAFLRFGGKRTD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140
pF1KE5 FLIF----DPKKES-----TFEERSYWQSQVNQDI-------CKYGSIPPDVEEKLRLEW
:: : .: : . ..: .. : .:. :: .. ::: .:. :
XP_011 FLQFQNLRNPAKSRGGPGPDYYLKNYEDDIVRSDVALDKQKGCKIAQ-HPDVMLELQREK
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 PYQEQL-LLREHYQKKFKNSTYSRSSVDVLYTFANCSGLDLIFGLNALLRTADLQWNSSN
: .: ::.:.... ..: . :.: ::.::.:::: :::.:::: :. . .::::.
XP_011 AAQMHLVLLKEQFSNTYSNLILTARSLDKLYNFADCSGLHLIFALNALRRNPNNSWNSSS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 AQLLLDYCSSKGYNISWELGNEPNSFLKKADIFINGSQLGEDFIQLHKLLRK-STFKNAK
: :: : .:: ::::::::::::.. .::::::.:.:::..::. .. :.
XP_011 ALSLLKYSASKKYNISWELGNEPNNYRTMHGRAVNGSQLGKDYIQLKSLLQPIRIYSRAS
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 LYGPDVGQPRRKTAKMLKSFLKAGGEVIDSVTWHHYYLNGRTATREDFLNPDVLDIFISS
::::..:.::... .: .:.:..: ..:.:::.: :..::.. :::. .:: . ..
XP_011 LYGPNIGRPRKNVIALLDGFMKVAGSTVDAVTWQHCYIDGRVVKVMDFLKTRLLDTLSDQ
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 VQKVFQVVESTRPGKKVWLGETSSAYGGGAPLLSDTFAAGFMWLDKLGLSARMGIEVVMR
..:. .::.. ::::.:: . .. .::. :::..::::.::. ::. : .::.::.:
XP_011 IRKIQKVVNTYTPGKKIWLEGVVTTSAGGTNNLSDSYAAGFLWLNTLGMLANQGIDVVIR
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430
pF1KE5 QVFFGAGNYHLVDENFDPLPDYWLSLLFKKLVGTKVLMASVQGSKRR---------KLRV
. :: : ::::.::.::::::::::.:.:.: ::: . : : .:. :::.
XP_011 HSFFDHGYNHLVDQNFNPLPDYWLSLLYKRLIGPKVLAVHVAGLQRKPRPGRVIRDKLRI
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 YLHCTNTDNPRYKEGDLTLYAINLHNVTKYLRLPYPFSNKQVDKYLLRPLGPHGLLSKSV
: :::: :. :::
XP_011 YAHCTN------------------HH-------------------------------KSV
490
500 510 520 530 540
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Tue Nov 8 05:34:31 2016 done: Tue Nov 8 05:34:33 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]