FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5731, 593 aa 1>>>pF1KE5731 593 - 593 aa - 593 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7331+/-0.00114; mu= 10.1971+/- 0.069 mean_var=231.4905+/-50.738, 0's: 0 Z-trim(110.6): 60 B-trim: 452 in 1/49 Lambda= 0.084296 statistics sampled from 11693 (11743) to 11693 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16 Scan time: 3.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 593) 3965 495.7 7e-140 CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 524) 2551 323.7 3.8e-88 CCDS7241.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 586) 1711 221.6 2.3e-57 CCDS7242.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1642 213.2 7.7e-55 CCDS7243.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1614 209.8 8.2e-54 CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 533) 1553 202.3 1.3e-51 CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 602) 1545 201.4 2.8e-51 CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 470) 1543 201.0 2.8e-51 CCDS64085.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 485) 1543 201.0 2.9e-51 CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 633) 1178 156.8 7.8e-38 CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 464) 1161 154.6 2.7e-37 CCDS60020.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 535) 1162 154.7 2.7e-37 CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 636) 1162 154.8 3e-37 CCDS55041.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 562) 1161 154.6 3e-37 CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 623) 1161 154.7 3.2e-37 CCDS72727.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 595) 1018 137.3 5.4e-32 CCDS72726.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 494) 1016 137.0 5.7e-32 CCDS4236.1 DND1 gene_id:373863|Hs108|chr5 ( 353) 610 87.4 3.3e-17 >>CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (593 aa) initn: 3965 init1: 3965 opt: 3965 Z-score: 2624.8 bits: 495.7 E(32554): 7e-140 Smith-Waterman score: 3965; 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CCDS72 VSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF 560 570 580 590 >>CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 (533 aa) initn: 1567 init1: 1540 opt: 1553 Z-score: 1040.1 bits: 202.3 E(32554): 1.3e-51 Smith-Waterman score: 1553; 50.9% identity (70.9% similar) in 519 aa overlap (13-525:7-515) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP :.. : : :: :. ::::::::::.:::.:::::::::.::::: CCDS37 MNEENIDGTNGCS-KVRTGIQ---NEAALLALMEKTGYNMVQENGQRKFGGPPP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH ::::: : :::::::::::::.:::::::::: .:.:::.::::.:.:.::::::::: CCDS37 GWEGPPPPRGCEVFVGKIPRDMYEDELVPVFERAGKIYEFRLMMEFSGENRGYAFVMYTT 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD :.::. :.: :::::::::...::: :.::::::::.::: ::.::::.:. ::::::.: CCDS37 KEEAQLAIRILNNYEIRPGKFIGVCVSLDNCRLFIGAIPKEKKKEEILDEMKKVTEGVVD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED :::: ::.:: :::::::::::::::::::::::.:: .::::: : ::::.:: .:::. 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CCDS37 PPEYYLYSTTSQDGKVLLVYK---IVIPAIANGSQ-SYFMPDKLCTTLEDAKELAAQFTL 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 SPIAV---QPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTA . . . : . ..:. .... .:.: .: : . : :..:. ..: CCDS37 LHLDYNFHRSSINSLSPVSATLSSGTPSVLPYTSRPYSYPGYPLSPTISLANGSHVGQRL 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 GIYGASYVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY CCDS37 CISNQASFF 530 >>CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 (602 aa) initn: 1631 init1: 1495 opt: 1545 Z-score: 1034.2 bits: 201.4 E(32554): 2.8e-51 Smith-Waterman score: 1638; 49.2% identity (69.9% similar) in 598 aa overlap (16-584:14-568) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP :. :. .: :. . : :: ... .: . .:::::::::::: CCDS73 MEAVCLGTCPEPEASMSTAIP-GLKKGNN--ALQSIILQT--LLEKENGQRKYGGPPP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH ::.. :.::::.:.::.:::..::::.:. : .:.:::.:.::::.:.::::::: . . CCDS73 GWDAAPPERGCEIFIGKLPRDLFEDELIPLCEKIGKIYEMRMMMDFNGNNRGYAFVTFSN 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD : ::: :...::::::: ::::::: ::::::::.::::: ::::::: :. ::::::.: CCDS73 KVEAKNAIKQLNNYEIRNGRLLGVCASVDNCRLFVGGIPKTKKREEILSEMKKVTEGVVD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED :::: ::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::..:::: CCDS73 VIVYPSAADKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLLPGRIQLWGHGIAVDWAEPEVEVDED 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN .: .::::::::::. :.:. :.: :....:: :::::::::::::::..:::::.::. 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CCDS73 -YLAYTGLGRG----YQVKGDKREDKLYDILPGMELTPMNPVTLKPQGIKL--------- 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KE5 FPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQG ::...:. : .. .:. . :: . .::.... : CCDS73 -----APQILEE--ICQKNNWGQPVY---QLHSAIGQDQRQLFLYKITIPALASQNP-AI 460 470 480 490 500 520 530 540 550 560 570 pF1KE5 RPITPVYTVAPNVQR-IPTAGIYGASYV--PFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGY .:.:: :... . : :.: :. .. :. . .:. .:::::... ::: CCDS73 HPFTP-----PKLSAFVDEAKTYAAEYTLQTLGIPTDGGDGTMA-TAAAAATAFPGYA-- 510 520 530 540 550 580 590 pF1KE5 IPQAF-PAAAIQVPIPDVYQTY .:.: :..: :. CCDS73 VPNATAPVSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF 560 570 580 590 600 >>CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 (470 aa) initn: 1540 init1: 1540 opt: 1543 Z-score: 1034.1 bits: 201.0 E(32554): 2.8e-51 Smith-Waterman score: 1543; 72.6% identity (87.9% similar) in 314 aa overlap (13-326:7-316) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP :.. : : :: :. ::::::::::.:::.:::::::::.::::: CCDS64 MNEENIDGTNGCS-KVRTGIQ---NEAALLALMEKTGYNMVQENGQRKFGGPPP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH ::::: : :::::::::::::.:::::::::: .:.:::.::::.:.:.::::::::: CCDS64 GWEGPPPPRGCEVFVGKIPRDMYEDELVPVFERAGKIYEFRLMMEFSGENRGYAFVMYTT 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD :.::. :.: :::::::::...::: :.::::::::.::: ::.::::.:. ::::::.: CCDS64 KEEAQLAIRILNNYEIRPGKFIGVCVSLDNCRLFIGAIPKEKKKEEILDEMKKVTEGVVD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED :::: ::.:: :::::::::::::::::::::::.:: .::::: : ::::.:: .:::. 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CCDS64 VIVYPSATDKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLIPGTFQLWGHTIQVDWADPEKEVDEE 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN .:. ::.:::::::: :::.::: :..:.:: ::::::.:::::::: .::::: ::. CCDS64 TMQRVKVLYVRNLMISTTEETIKAEFNKFKPGAVERVKKLRDYAFVHFFNREDAVAAMSV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP .:: ..:. .::::::::.::. : CCDS64 MNGKCIDGASIEVTLAKPVNKENTWRQHLNGQISPNSENLIVFANKEESHPKTLGKLPTL 300 310 320 330 340 350 >>CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (633 aa) initn: 1259 init1: 638 opt: 1178 Z-score: 792.7 bits: 156.8 E(32554): 7.8e-38 Smith-Waterman score: 1246; 47.0% identity (68.6% similar) in 455 aa overlap (20-422:113-563) 10 20 30 40 pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQE .:: :.. : :.:: . ::.:::::.. CCDS23 FKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVT 90 100 110 120 130 140 50 60 70 80 90 100 pF1KE5 NGQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-F .:::::::::: . : .: : ::::::::::.:::::::.:: .: :..:::::: . CCDS23 TGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPL 150 160 170 180 190 200 110 120 130 140 150 160 pF1KE5 DGKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREE .:.::::::. .: :. :..::. ..::::::. :::: :: : :::.:.::: : .:. CCDS23 SGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVGSIPKNKTKEN 210 220 230 240 250 260 170 180 190 200 210 220 pF1KE5 ILEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQI ::::..:::::..:::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. . CCDS23 ILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVV 270 280 290 300 310 320 230 240 250 260 270 280 pF1KE5 AVDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFV .:.::.: . : .:: ::.:.:::: .::. ..:::..: : .:::::..::::: CCDS23 TVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEF--GKLERVKKLKDYAFV 330 340 350 360 370 290 300 310 320 330 pF1KE5 HFTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVDKE--------QYSR---YQKA----- :: .: ::.::...:: :.:: .:..:::: ::. : :: :. CCDS23 HFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAYEDYYYHPP 380 390 400 410 420 430 340 350 360 370 pF1KE5 ----------ARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYPYNALIGPNRD--YFVKAG-S .:::: . . :.: :. . : :::: :. : .: : : . CCDS23 PRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDY-YGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYYGYDDGYA 440 450 460 470 480 490 380 390 400 410 pF1KE5 IRGRGRGAAGNRAPGP-----------------RGSYLG---GYSAGRGIYSRYHEGKGK .:::: : .: :: : ::. :: : .::: .. ..:.:. CCDS23 VRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPAQQQRGRGS 500 510 520 530 540 550 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 QQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMI . .: CCDS23 RGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDYSGNYGYNN 560 570 580 590 600 610 593 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 06:10:05 2016 done: Tue Nov 8 06:10:05 2016 Total Scan time: 3.780 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]