FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6244, 680 aa 1>>>pF1KB6244 680 - 680 aa - 680 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9383+/-0.000964; mu= 3.6141+/- 0.058 mean_var=185.9554+/-36.788, 0's: 0 Z-trim(111.7): 38 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.094052 statistics sampled from 12585 (12621) to 12585 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16 Scan time: 3.050 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3293.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 680) 4662 645.2 9e-185 CCDS82887.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 676) 4608 637.9 1.4e-182 CCDS46978.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 586) 3894 541.0 1.9e-153 CCDS46976.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 555) 3787 526.4 4.2e-149 CCDS46977.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 487) 3079 430.3 3.1e-120 CCDS46979.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 461) 3019 422.2 8.4e-118 CCDS46980.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 ( 393) 2311 326.1 6.1e-89 CCDS49.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 636) 2297 324.3 3.4e-88 CCDS44049.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 587) 2275 321.3 2.5e-87 CCDS55569.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 565) 2264 319.8 6.8e-87 CCDS55566.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 499) 1865 265.6 1.2e-70 CCDS44050.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 450) 1843 262.6 8.9e-70 CCDS55567.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 555) 1661 238.0 2.9e-62 CCDS59965.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 403) 1642 235.3 1.3e-61 CCDS55568.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 540) 1640 235.1 2e-61 CCDS44051.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 ( 426) 1632 234.0 3.5e-61 CCDS11118.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 393) 932 139.0 1.3e-32 CCDS73969.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 354) 927 138.3 1.9e-32 CCDS45606.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 341) 861 129.3 9.1e-30 CCDS45605.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 346) 861 129.3 9.2e-30 CCDS73971.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 302) 856 128.6 1.3e-29 CCDS73970.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 307) 856 128.6 1.3e-29 CCDS73966.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 261) 802 121.2 1.9e-27 CCDS73968.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 209) 731 111.5 1.2e-24 CCDS73967.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 214) 731 111.5 1.3e-24 CCDS73963.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 234) 682 104.9 1.4e-22 CCDS73965.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 182) 611 95.2 8.7e-20 CCDS73964.1 TP53 gene_id:7157|Hs108|chr17 ( 187) 611 95.2 8.9e-20 >>CCDS3293.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 (680 aa) initn: 4662 init1: 4662 opt: 4662 Z-score: 3430.7 bits: 645.2 E(32554): 9e-185 Smith-Waterman score: 4662; 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99.8% identity (100.0% similar) in 450 aa overlap (1-450:1-450) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MNFETSRCATLQYCPDPYIQRFVETPAHFSWKESYYRSTMSQSTQTNEFLSPEVFQHIWD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MNFETSRCATLQYCPDPYIQRFVETPAHFSWKESYYRSTMSQSTQTNEFLSPEVFQHIWD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 FLEQPICSVQPIDLNFVDEPSEDGATNKIEISMDCIRMQDSDLSDPMWPQYTNLGLLNSM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 FLEQPICSVQPIDLNFVDEPSEDGATNKIEISMDCIRMQDSDLSDPMWPQYTNLGLLNSM 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 DQQIQNGSSSTSPYNTDHAQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 DQQIQNGSSSTSPYNTDHAQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 FQQSSTAKSATWTYSTELKKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 FQQSSTAKSATWTYSTELKKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB6 VKRCPNHELSREFNEGQIAPPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 VKRCPNHELSREFNEGQIAPPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFT 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB6 TVLYNFMCNSSCVGGMNRRPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 TVLYNFMCNSSCVGGMNRRPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB6 KQQVSDSTKNGDGTKRPFRQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 KQQVSDSTKNGDGTKRPFRQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKES 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB6 LELMQYLPQHTIETYRQQQQQQHQHLLQKQTSIQSPSSYGNSSPPLNKMNSMNKLPSVSQ :::::::::::::::::::::::::::::. CCDS46 LELMQYLPQHTIETYRQQQQQQHQHLLQKHLLSACFRNELVEPRRETPKQSDVFFRHSKP 430 440 450 460 470 480 >>CCDS46979.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 (461 aa) initn: 3019 init1: 3019 opt: 3019 Z-score: 2228.4 bits: 422.2 E(32554): 8.4e-118 Smith-Waterman score: 3019; 100.0% identity (100.0% similar) in 442 aa overlap (109-550:15-456) 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 EPSEDGATNKIEISMDCIRMQDSDLSDPMWPQYTNLGLLNSMDQQIQNGSSSTSPYNTDH :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MLYLENNAQTQFSEPQYTNLGLLNSMDQQIQNGSSSTSPYNTDH 10 20 30 40 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 AQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVSFQQSSTAKSATWTYSTEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 AQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVSFQQSSTAKSATWTYSTEL 50 60 70 80 90 100 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 KKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEVVKRCPNHELSREFNEGQI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 KKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEVVKRCPNHELSREFNEGQI 110 120 130 140 150 160 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 APPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFTTVLYNFMCNSSCVGGMNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 APPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFTTVLYNFMCNSSCVGGMNR 170 180 190 200 210 220 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 RPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIRKQQVSDSTKNGDGTKRPF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIRKQQVSDSTKNGDGTKRPF 230 240 250 260 270 280 380 390 400 410 420 430 pF1KB6 RQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKESLELMQYLPQHTIETYRQQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKESLELMQYLPQHTIETYRQQ 290 300 310 320 330 340 440 450 460 470 480 490 pF1KB6 QQQQHQHLLQKQTSIQSPSSYGNSSPPLNKMNSMNKLPSVSQLINPQQRNALTPTTIPDG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 QQQQHQHLLQKQTSIQSPSSYGNSSPPLNKMNSMNKLPSVSQLINPQQRNALTPTTIPDG 350 360 370 380 390 400 500 510 520 530 540 550 pF1KB6 MGANIPMMGTHMPMAGDMNGLSPTQALPPPLSMPSTSHCTPPPPYPTDCSIVSFLARLGC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MGANIPMMGTHMPMAGDMNGLSPTQALPPPLSMPSTSHCTPPPPYPTDCSIVRIWQV 410 420 430 440 450 460 560 570 580 590 600 610 pF1KB6 SSCLDYFTTQGLTTIYQIEHYSMDDLASLKIPEQFRHAIWKGILDHRQLHEFSSPSHLLR >>CCDS46980.1 TP63 gene_id:8626|Hs108|chr3 (393 aa) initn: 2412 init1: 2311 opt: 2311 Z-score: 1710.3 bits: 326.1 E(32554): 6.1e-89 Smith-Waterman score: 2311; 99.7% identity (100.0% similar) in 342 aa overlap (109-450:15-356) 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 EPSEDGATNKIEISMDCIRMQDSDLSDPMWPQYTNLGLLNSMDQQIQNGSSSTSPYNTDH :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MLYLENNAQTQFSEPQYTNLGLLNSMDQQIQNGSSSTSPYNTDH 10 20 30 40 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 AQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVSFQQSSTAKSATWTYSTEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 AQNSVTAPSPYAQPSSTFDALSPSPAIPSNTDYPGPHSFDVSFQQSSTAKSATWTYSTEL 50 60 70 80 90 100 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 KKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEVVKRCPNHELSREFNEGQI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 KKLYCQIAKTCPIQIKVMTPPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEVVKRCPNHELSREFNEGQI 110 120 130 140 150 160 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 APPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFTTVLYNFMCNSSCVGGMNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 APPSHLIRVEGNSHAQYVEDPITGRQSVLVPYEPPQVGTEFTTVLYNFMCNSSCVGGMNR 170 180 190 200 210 220 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 RPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIRKQQVSDSTKNGDGTKRPF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RPILIIVTLETRDGQVLGRRCFEARICACPGRDRKADEDSIRKQQVSDSTKNGDGTKRPF 230 240 250 260 270 280 380 390 400 410 420 430 pF1KB6 RQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKESLELMQYLPQHTIETYRQQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RQNTHGIQMTSIKKRRSPDDELLYLPVRGRETYEMLLKIKESLELMQYLPQHTIETYRQQ 290 300 310 320 330 340 440 450 460 470 480 490 pF1KB6 QQQQHQHLLQKQTSIQSPSSYGNSSPPLNKMNSMNKLPSVSQLINPQQRNALTPTTIPDG :::::::::::. CCDS46 QQQQHQHLLQKHLLSACFRNELVEPRRETPKQSDVFFRHSKPPNRSVYP 350 360 370 380 390 >>CCDS49.1 TP73 gene_id:7161|Hs108|chr1 (636 aa) initn: 2106 init1: 1325 opt: 2297 Z-score: 1696.9 bits: 324.3 E(32554): 3.4e-88 Smith-Waterman score: 2322; 55.5% identity (77.6% similar) in 661 aa overlap (40-678:1-629) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 TLQYCPDPYIQRFVETPAHFSWKESYYRSTMSQSTQTNEFLSPE---VFQHIWDFLEQPI :.::: : ::. .:.:.:. 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