FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6625, 334 aa 1>>>pF1KE6625 334 - 334 aa - 334 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4265+/-0.000438; mu= -6.7980+/- 0.027 mean_var=351.9170+/-70.208, 0's: 0 Z-trim(121.4): 247 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.068368 statistics sampled from 37669 (37992) to 37669 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.445), width: 16 Scan time: 7.750 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001258767 (OMIM: 613352) serine/Arginine-relate ( 334) 2127 223.3 5.9e-58 NP_057709 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related p ( 334) 2127 223.3 5.9e-58 NP_001258763 (OMIM: 613352) serine/Arginine-relate ( 276) 1179 129.7 7.3e-30 XP_016866202 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 350 48.3 5.9e-05 XP_016866201 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 350 48.3 5.9e-05 NP_001309344 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 350 48.3 6.3e-05 NP_001309343 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 350 48.3 6.3e-05 XP_016866199 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 350 48.3 6.4e-05 XP_016866200 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 350 48.3 6.4e-05 NP_116259 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 350 48.3 6.4e-05 NP_001309334 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05 NP_056306 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 350 48.3 6.4e-05 NP_001309337 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05 NP_001309335 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05 NP_001309341 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05 XP_005266969 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 814) 350 48.4 6.5e-05 NP_001309342 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05 NP_001309339 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05 XP_016858305 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018 XP_016858308 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018 XP_016858306 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018 XP_016858307 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018 XP_016858310 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 300) 323 45.3 0.0002 XP_016858309 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 300) 323 45.3 0.0002 XP_016858303 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023 XP_011540733 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023 XP_011540730 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023 XP_016858304 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023 XP_005271396 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 491) 325 45.7 0.00025 XP_005271395 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 491) 325 45.7 0.00025 XP_016858300 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 490) 323 45.5 0.00028 XP_006722006 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 413) 301 43.2 0.0011 NP_057508 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 301 43.3 0.0012 NP_006098 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 301 43.3 0.0012 XP_005257506 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 472) 301 43.3 0.0012 NP_001317259 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 is ( 489) 301 43.3 0.0013 XP_011535347 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 638) 302 43.5 0.0014 NP_067062 (OMIM: 612427) RNA-binding protein 25 [H ( 843) 302 43.6 0.0018 XP_011535346 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 843) 302 43.6 0.0018 XP_005257509 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 442) 282 41.4 0.0044 XP_016864544 (OMIM: 609268) PREDICTED: splicing re ( 503) 283 41.5 0.0045 XP_005247024 (OMIM: 606093) PREDICTED: peptidyl-pr ( 754) 287 42.1 0.0045 XP_005247023 (OMIM: 606093) PREDICTED: peptidyl-pr ( 754) 287 42.1 0.0045 NP_004783 (OMIM: 606093) peptidyl-prolyl cis-trans ( 754) 287 42.1 0.0045 NP_005617 (OMIM: 601940) serine/arginine-rich spli ( 494) 282 41.4 0.0047 XP_016858321 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053 XP_016858320 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053 XP_016858319 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053 XP_016858322 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053 XP_016858323 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053 >>NP_001258767 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related pr (334 aa) initn: 2127 init1: 2127 opt: 2127 Z-score: 1161.5 bits: 223.3 E(85289): 5.9e-58 Smith-Waterman score: 2127; 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XP_016 IDDQ------RGNLSGNSHKHKGEAKEQERKKERSRSIDKDRKKKDKEREREQDKRKEKQ 550 560 570 580 590 600 220 230 240 250 260 pF1KE6 RRKEEDQ--ATLVEQVKRVKEIEAI--ESDSFVQQTFR--SSKEVKKSVEPSEVKQATST .:.:.: .. ...:: .: : .: :. . .: : .. :::. . :.. : XP_016 KREEKDFKFSSQDDRLKRKRESERTFSRSGSISVKIIRHDSRQDSKKSTTKDSKKHSGSD 610 620 630 640 650 660 270 280 290 300 310 320 pF1KE6 SGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSLAHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQE :. :. .: :.... 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XP_016 IDDQ------RGNLSGNSHKHKGEAKEQERKKERSRSIDKDRKKKDKEREREQDKRKEKQ 550 560 570 580 590 600 220 230 240 250 260 pF1KE6 RRKEEDQ--ATLVEQVKRVKEIEAI--ESDSFVQQTFR--SSKEVKKSVEPSEVKQATST .:.:.: .. ...:: .: : .: :. . .: : .. :::. . :.. : XP_016 KREEKDFKFSSQDDRLKRKRESERTFSRSGSISVKIIRHDSRQDSKKSTTKDSKKHSGSD 610 620 630 640 650 660 270 280 290 300 310 320 pF1KE6 SGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSLAHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQE :. :. .: :.... 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