FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3348, 1032 aa 1>>>pF1KE3348 1032 - 1032 aa - 1032 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9499+/-0.0005; mu= 18.6385+/- 0.031 mean_var=134.1349+/-29.800, 0's: 0 Z-trim(112.3): 274 B-trim: 974 in 1/51 Lambda= 0.110740 statistics sampled from 20739 (21149) to 20739 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16 Scan time: 11.590 The best scores are: opt bits E(85289) NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 prec (1032) 7049 1139.5 0 NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 1934 322.3 8.8e-87 NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 1934 322.3 8.9e-87 XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 1934 322.3 8.9e-87 XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 1934 322.3 8.9e-87 NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 1241 211.6 1.9e-53 XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 538 99.0 8.7e-20 XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_011508239 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 NP_003259 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) toll ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19 XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11 NP_001017404 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 828) 288 59.2 1.1e-07 XP_011508140 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 245 52.4 1.4e-05 NP_958934 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 231 49.8 3.9e-05 NP_005536 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 231 49.8 3.9e-05 XP_011508143 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 234 50.6 4.4e-05 XP_016857486 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 234 50.6 4.4e-05 XP_011508142 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 852) 233 50.4 5e-05 NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 229 49.6 6.2e-05 NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 229 49.6 6.4e-05 XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 230 50.2 0.0001 NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 230 50.2 0.0001 XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 230 50.2 0.0001 NP_570718 (OMIM: 219050,606655) relaxin receptor 2 ( 754) 224 48.9 0.00012 NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 225 49.2 0.00013 XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 225 49.2 0.00013 NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811) 223 48.8 0.00015 NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473) 219 47.9 0.00016 NP_001159530 (OMIM: 219050,606655) relaxin recepto ( 730) 221 48.4 0.00017 XP_016875878 (OMIM: 219050,606655) PREDICTED: rela ( 383) 217 47.5 0.00017 XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 225 49.4 0.00017 NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 219 48.0 0.00018 NP_848665 (OMIM: 610462) reticulon-4 receptor-like ( 420) 216 47.4 0.0002 NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 222 49.0 0.00025 NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 222 49.0 0.00025 XP_011512212 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1159) 220 48.5 0.00026 NP_848663 (OMIM: 610461) reticulon-4 receptor-like ( 441) 212 46.7 0.00033 >>NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 precurso (1032 aa) initn: 7049 init1: 7049 opt: 7049 Z-score: 6095.5 bits: 1139.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7049; 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35.6% identity (66.5% similar) in 1016 aa overlap (34-1025:35-1034) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 CRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHG---LVNCNWLFLKSVPHFSMAA ::. . .. ...:. :. ::. NP_619 FLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQTV--- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 PRGN-VTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPV---GLSPMHFPCHMTIEP :. :: :.::.: : :. . .: : .: ..::. : : : . .: ..: NP_619 --GKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHN-PNVQHQNGNPGIQSNGLNITD 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 STFLAVPTLEELNLSYNNIMTVPA-LPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRFLFMD ..:: . .:.:: : :.. .:. ::.:: ::: ..:: . . ... : :. :.. NP_619 GAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GNCYYKNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKL :::... :... .. :.. : :: :::..:.:. :: .:::::. :.:: ..: . NP_619 WNCYFNKVCEKT-NIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQIKYI 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 APEDLANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFS--HLSRLEGLVLKD . ::. .: : .::..::: :: .:: ::. : ... : :. .:..:. : :.. NP_619 SEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGG-ASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 SSLSWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAH .:: .::.::... .:.:::: :.: :.. . : .:. :.::::: : : NP_619 TSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQH 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 LSLAPSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRA .... .:..:..:. : ..: :. : : ..:: .:: :.:. : .:::.: .. .:. NP_619 INISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQN 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 FPGLRYVDLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDF------- : .:. . ::.:::: . : ... . .. . : : :. . NP_619 FSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD-PHSNFYHFTRPLI 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 RPNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVL .:.:.. . .:::: :.. . :..: .: . :: :: : .:...:..: . .. : NP_619 KPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYL 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 DLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNN ::..:.::. . ..::: ::.:::::::. : . :: :.. :. .. .:. :.:.::: NP_619 DLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNN 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 IHSQVSQ-QLCSTSLRALDFSGNALGHMWAEGD-LYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLL :.. ... .: : :: : :::: : .: . : :. .:.::..: :::: :::. . 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NP_619 TLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFE 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 pF1KE3 CACGAA----FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCF :.: . .:: :.:. .: : . : :.:::. .: :: . .: :.... . : NP_619 CTCDIGDFRRWMDEHLNVK--IPRLVD-VICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILF 780 790 800 810 820 830 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 ALSLLAVALGLGVPMLHHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKT .... ... . . . ::: ::.:. ...::: . .: .: ... :::.. .: NP_619 FFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKV--KGYRSLSTSQTF-YDAYISYDTK 840 850 860 870 880 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 QSAVADWVYNELRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAH ...:.::: :::: .::: : . .: :::::::: :: ....:: :. :.::.:::.. 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XP_011 TLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFE 740 750 760 770 780 790 770 780 790 800 810 pF1KE3 CACGAA----FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCF :.: . .:: :.:. .: : . : :.:::. .: :: . .: :.... . : XP_011 CTCDIGDFRRWMDEHLNVK--IPRLVD-VICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILF 800 810 820 830 840 850 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 ALSLLAVALGLGVPMLHHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKT .... ... . . . ::: ::.:. ...::: . .: .: ... :::.. .: XP_011 FFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKV--KGYRSLSTSQTF-YDAYISYDTK 860 870 880 890 900 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 QSAVADWVYNELRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAH ...:.::: :::: .::: : . .: :::::::: :: ....:: :. :.::.:::.. XP_011 DASVTDWVINELRYHLEESRDKNVL-LCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTK 910 920 930 940 950 960 940 950 960 970 980 990 pF1KE3 TDRVSGLLRASFLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQP : ....: :: :::... ::.....: : ..:.:.:::::.:..:.: :: .: XP_011 KYAKSWNFKTAFYLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNP 970 980 990 1000 1010 1020 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 SGQRSFWAQLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE ... :: : .. .: :: . XP_011 KAEGLFWQTLRNVVLTENDSRYNNMYVDSIKQY 1030 1040 1050 >>NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 precurso (1049 aa) initn: 1613 init1: 430 opt: 1241 Z-score: 1080.6 bits: 211.6 E(85289): 1.9e-53 Smith-Waterman score: 2028; 36.1% identity (64.6% similar) in 1043 aa overlap (13-1025:14-1045) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MGFCRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCEL-----QPHGLVNCNWLFLKSVP .: . :... :. .: :::.. . : .:.:. : .: NP_057 MVFPMWTLKRQILILFNIILISKLLGARWFPKTLPCDVTLDVPKNHVIVDCTDKHLTEIP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HFSMAAPRGNVTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPVGLSPMHFPC--HM . : :.:.:.:. :.: . ..: .: : ..... :: :. :. . : .. NP_057 G---GIPT-NTTNLTLTINHIPDISPASFHRLDHLVEIDFRCNCVPIPLGSKNNMCIKRL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 TIEPSTFLAVPTLEELNLSYNNIMTVP-ALPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRF :.: .: .. :. : :. :... .: .:: :: ::: .::. . . .:. : ... 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