FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3348, 1032 aa 1>>>pF1KE3348 1032 - 1032 aa - 1032 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3028+/-0.00114; mu= 16.6592+/- 0.068 mean_var=117.7502+/-24.596, 0's: 0 Z-trim(105.7): 135 B-trim: 68 in 1/49 Lambda= 0.118193 statistics sampled from 8427 (8591) to 8427 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16 Scan time: 2.720 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2848.1 TLR9 gene_id:54106|Hs108|chr3 (1032) 7049 1214.5 0 CCDS14152.1 TLR8 gene_id:51311|Hs108|chrX (1041) 1934 342.3 3.3e-93 CCDS14153.1 TLR8 gene_id:51311|Hs108|chrX (1059) 1934 342.3 3.3e-93 CCDS14151.1 TLR7 gene_id:51284|Hs108|chrX (1049) 1241 224.1 1.2e-57 CCDS31033.1 TLR5 gene_id:7100|Hs108|chr1 ( 858) 519 100.9 1.2e-20 CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 ( 786) 369 75.3 5.7e-13 >>CCDS2848.1 TLR9 gene_id:54106|Hs108|chr3 (1032 aa) initn: 7049 init1: 7049 opt: 7049 Z-score: 6500.7 bits: 1214.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7049; 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CCDS14 SEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGG-ASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 SSLSWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAH .:: .::.::... .:.:::: :.: :.. . : .:. :.::::: : : CCDS14 TSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQH 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 LSLAPSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRA .... .:..:..:. : ..: :. : : ..:: .:: :.:. : .:::.: .. .:. CCDS14 INISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQN 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 FPGLRYVDLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDF------- : .:. . ::.:::: . : ... . .. . : : :. . CCDS14 FSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD-PHSNFYHFTRPLI 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 RPNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVL .:.:.. . .:::: :.. . :..: .: . :: :: : .:...:..: . .. : CCDS14 KPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYL 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 DLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNN ::..:.::. . ..::: ::.:::::::. : . :: :.. :. .. .:. :.:.::: CCDS14 DLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNN 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 IHSQVSQ-QLCSTSLRALDFSGNALGHMWAEGD-LYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLL :.. ... .: : :: : :::: : .: . : :. .:.::..: :::: :::. . CCDS14 IYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRLDLSLNRLKHIP 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 PQTLRNLPKSLQVLRLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLR ... ::: :: :.. ::.: ::.: :. .:.::.::: ::.: ::.. . :: CCDS14 NEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLTDSLSDFTSSLR 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 RLDVSCNSISFVAPGFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWF-GPLASALQILDVSANPLH : .: : :: . ::.:... :..:.::.: :::...: . .. :..:.. .::.. CCDS14 TLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFE 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 pF1KE3 CACGAA----FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCF :.: . .:: :.:. .: : . : :.:::. .: :: . .: :.... . : CCDS14 CTCDIGDFRRWMDEHLNVK--IPRLVD-VICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILF 780 790 800 810 820 830 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 ALSLLAVALGLGVPMLHHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKT .... ... . . . ::: ::.:. ...::: . .: .: ... :::.. .: CCDS14 FFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKV--KGYRSLSTSQTF-YDAYISYDTK 840 850 860 870 880 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 QSAVADWVYNELRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAH ...:.::: :::: .::: : . .: :::::::: :: ....:: :. :.::.:::.. CCDS14 DASVTDWVINELRYHLEESRDKNVL-LCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTK 890 900 910 920 930 940 940 950 960 970 980 990 pF1KE3 TDRVSGLLRASFLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQP : ....: :: :::... ::.....: : ..:.:.:::::.:..:.: :: .: CCDS14 KYAKSWNFKTAFYLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNP 950 960 970 980 990 1000 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 SGQRSFWAQLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE ... :: : .. .: :: . CCDS14 KAEGLFWQTLRNVVLTENDSRYNNMYVDSIKQY 1010 1020 1030 1040 >>CCDS14153.1 TLR8 gene_id:51311|Hs108|chrX (1059 aa) initn: 1415 init1: 348 opt: 1934 Z-score: 1786.9 bits: 342.3 E(32554): 3.3e-93 Smith-Waterman score: 1985; 35.6% identity (66.5% similar) in 1016 aa overlap (34-1025:53-1052) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 CRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHG---LVNCNWLFLKSVPHFSMAA ::. . .. ...:. :. ::. CCDS14 FLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQTV--- 30 40 50 60 70 70 80 90 100 110 pF1KE3 PRGN-VTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPV---GLSPMHFPCHMTIEP :. :: :.::.: : :. . .: : .: ..::. : : : . .: ..: CCDS14 --GKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHN-PNVQHQNGNPGIQSNGLNITD 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 STFLAVPTLEELNLSYNNIMTVPA-LPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRFLFMD ..:: . .:.:: : :.. .:. ::.:: ::: ..:: . . ... : :. :.. CCDS14 GAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLA 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GNCYYKNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKL :::... :... .. :.. : :: :::..:.:. :: .:::::. :.:: ..: . CCDS14 WNCYFNKVCEKT-NIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQIKYI 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 APEDLANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFS--HLSRLEGLVLKD . ::. .: : .::..::: :: .:: ::. : ... : :. .:..:. : :.. CCDS14 SEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGG-ASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSS 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 SSLSWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAH .:: .::.::... .:.:::: :.: :.. . : .:. :.::::: : : CCDS14 TSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQH 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 LSLAPSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRA .... .:..:..:. : ..: :. : : ..:: .:: :.:. : .:::.: .. .:. CCDS14 INISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQN 380 390 400 410 420 430 420 430 440 450 460 pF1KE3 FPGLRYVDLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDF------- : .:. . ::.:::: . : ... . .. . : : :. . CCDS14 FSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD-PHSNFYHFTRPLI 440 450 460 470 480 490 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 RPNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVL .:.:.. . .:::: :.. . :..: .: . :: :: : .:...:..: . .. : CCDS14 KPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYL 500 510 520 530 540 550 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 DLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNN ::..:.::. . ..::: ::.:::::::. : . :: :.. :. .. .:. :.:.::: CCDS14 DLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNN 560 570 580 590 600 610 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 IHSQVSQ-QLCSTSLRALDFSGNALGHMWAEGD-LYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLL :.. ... .: : :: : :::: : .: . : :. .:.::..: :::: :::. . CCDS14 IYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRLDLSLNRLKHIP 620 630 640 650 660 670 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 PQTLRNLPKSLQVLRLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLR ... ::: :: :.. ::.: ::.: :. .:.::.::: ::.: ::.. . :: CCDS14 NEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLTDSLSDFTSSLR 680 690 700 710 720 730 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 RLDVSCNSISFVAPGFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWF-GPLASALQILDVSANPLH : .: : :: . ::.:... :..:.::.: :::...: . .. :..:.. .::.. CCDS14 TLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFE 740 750 760 770 780 790 770 780 790 800 810 pF1KE3 CACGAA----FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCF :.: . .:: :.:. .: : . : :.:::. .: :: . .: :.... . : CCDS14 CTCDIGDFRRWMDEHLNVK--IPRLVD-VICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILF 800 810 820 830 840 850 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 ALSLLAVALGLGVPMLHHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKT .... ... . . . ::: ::.:. ...::: . .: .: ... :::.. .: CCDS14 FFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKV--KGYRSLSTSQTF-YDAYISYDTK 860 870 880 890 900 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 QSAVADWVYNELRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAH ...:.::: :::: .::: : . .: :::::::: :: ....:: :. :.::.:::.. CCDS14 DASVTDWVINELRYHLEESRDKNVL-LCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTK 910 920 930 940 950 960 940 950 960 970 980 990 pF1KE3 TDRVSGLLRASFLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQP : ....: :: :::... ::.....: : ..:.:.:::::.:..:.: :: .: CCDS14 KYAKSWNFKTAFYLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNP 970 980 990 1000 1010 1020 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 SGQRSFWAQLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE ... :: : .. .: :: . CCDS14 KAEGLFWQTLRNVVLTENDSRYNNMYVDSIKQY 1030 1040 1050 >>CCDS14151.1 TLR7 gene_id:51284|Hs108|chrX (1049 aa) initn: 1613 init1: 430 opt: 1241 Z-score: 1148.3 bits: 224.1 E(32554): 1.2e-57 Smith-Waterman score: 2028; 36.1% identity (64.6% similar) in 1043 aa overlap (13-1025:14-1045) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MGFCRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCEL-----QPHGLVNCNWLFLKSVP .: . :... :. .: :::.. . : .:.:. : .: CCDS14 MVFPMWTLKRQILILFNIILISKLLGARWFPKTLPCDVTLDVPKNHVIVDCTDKHLTEIP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HFSMAAPRGNVTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPVGLSPMHFPC--HM . : :.:.:.:. :.: . ..: .: : ..... :: :. :. . : .. CCDS14 G---GIPT-NTTNLTLTINHIPDISPASFHRLDHLVEIDFRCNCVPIPLGSKNNMCIKRL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 TIEPSTFLAVPTLEELNLSYNNIMTVP-ALPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRF :.: .: .. :. : :. :... .: .:: :: ::: .::. . . .:. : ... CCDS14 QIKPRSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKENLTELANIEI 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 LFMDGNCYYKNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNR :.. ::::.::: . . :.:.: .: :::: ::.:.:: :::.: : : : CCDS14 LYLGQNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTAVPTVLPSTLTELYLYNNM 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 IVKLAPEDLANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFP-QLHPDTFSHLSRLEGLV :.:. .:. ::. :..::..::: :: .:: :: : . : :. ..:. :..:. : CCDS14 IAKIQEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCAPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LKDSSLSWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVS :...::. . ::.....:. ::::.::: : : .: .. : .: .:.::::.. .: CCDS14 LHSNSLQHVPPRWFKNINKLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPSLIQLDLSFNFELQVY 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 FAHLSLAPSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGI : ..:. .:.:: .:: : ..: :. : .: :: : :..: : :::. :.:.. CCDS14 RASMNLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFNLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSM 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 FRAFPGLRYVDLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVW-LQPGDLAPAPV---DTPS-SED :. : :. .::: :.:: ... . . ... .: .: : : . : CCDS14 FKQFKRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLHYFRYDKYARSCR 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KE3 FR----------PNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGS :. .: . :::::.:.. :. : .:: :.:: :: : :::..::: CCDS14 FKNKEASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGS 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 QFLPLTGLQVLDLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLR .: ::. :. ::.:.:.::: : .: :: .::.::.: ::. : .:. : ..:. .:. CCDS14 EFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLK 540 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 TLRHLSLAHNNIHSQVSQQLCSTSLRALDFSGNALGHMWAEGD-LYLHFFQGLSGLIWLD .:..: . :.: :..:. . : :::.:.: :: : .: ::: ::..:..: : :: CCDS14 VLQKLMMNDNDISSSTSRTMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEELD 600 610 620 630 640 650 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 LSQNRLHTLLPQTLRNLPKSLQVLRLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTN .:.: : : .. ..: .:. : : : : :.: .:. : .::.:::. ::: .. . CCDS14 ISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTVPE 660 670 680 690 700 710 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 GSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAPGFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWFGP-LASALQ . :. : .. :.: .. :.. : .:: :.::.: .. .... : . . :. CCDS14 RLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLK 720 730 740 750 760 770 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 ILDVSANPLHCACGAA-FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDE .: . : . :.: :. :. .. ......: : . : : .:: .: :... :: : . CCDS14 MLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVNHTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCELD 780 790 800 810 820 830 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 ALSWDCFALSLLAVALGLGVPML-HHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYD . :.::. .:.: : : : :: ::.:: .:.: : . .: : . : :: CCDS14 LTNLILFSLSI-SVSLFLMVMMTASHLYFWDVWYIYHFCKAKI--KGYQRLISPDCC-YD 840 850 860 870 880 890 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 AFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSR ::.:.: . ::..:: :: ..::. : . . :::::::::::. ..::: :. :. CCDS14 AFIVYDTKDPAVTEWVLAELVAKLEDPREK-HFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSK 900 910 920 930 940 950 940 950 960 970 980 pF1KE3 KTLFVLAHTDRVSGL--LRASFLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCR ::.::. ::. . .. .: :..:::.... ::..:..: ..:....::.::: CCDS14 KTVFVM--TDKYAKTENFKIAFYLSHQRLMDEKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCG 960 970 980 990 1000 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 QSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE .::: :: .:... :: : ::. ::: :.. : CCDS14 SSVLEWPTNPQAHPYFWQCLKNALATDNHVAYSQVFKETV 1010 1020 1030 1040 >>CCDS31033.1 TLR5 gene_id:7100|Hs108|chr1 (858 aa) initn: 316 init1: 129 opt: 519 Z-score: 484.1 bits: 100.9 E(32554): 1.2e-20 Smith-Waterman score: 624; 25.2% identity (55.8% similar) in 825 aa overlap (207-996:34-819) 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 NCYYKNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKLA .. ::: ::. : .. : ::::.: : .. CCDS31 HLDLLLGVVLMAGPVFGIPSCSFDGRIAFYRFCNLTQVPQVLNTT-ERLLLSFNYIRTVT 10 20 30 40 50 60 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 PEDLANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFSHLSRLEGLVLKDSSL .. : :..:..:.. ..: . ..: .: :. : : .:.. CCDS31 ASSFPFLEQLQLLELGSQ-----YTPLT----------IDKEAFRNLPNLRILDLGSSKI 70 80 90 100 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 SWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAHLSL .:. . :.:: .: : : : . : :..: : .:.:: : : : . : CCDS31 YFLHPDAFQGLFHLFELRLYFCGLSDAVLKDGYFRNLKALTRLDLSKN-QIRSLYLH--- 110 120 130 140 150 160 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 APSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMN-FINQAQLGIFRAFP ::::.: .:: .:. . . . : :.:: . :. . : : . ..... . . CCDS31 -PSFGKLNSLKSIDFSSNQIFLVCEHELEPL-QGKTLSFFSLAANSLYSRVSVDWGKCMN 170 180 190 200 210 220 420 430 440 450 460 pF1KE3 GLRYVDLSDNRISGAS---ELTATMGEADGGEKVW-------LQPGDLAPAPVDTPSSED .: . : .:: . ..:.....: . ... .. . .. . :... CCDS31 PFRNMVLEILDVSGNGWTVDITGNFSNAISKSQAFSLILAHHIMGAGFGFHNIKDPDQNT 230 240 250 260 270 280 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 FRPNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQV : . ::::.. . ... ..: :. :. : :..: :.. . : : .::: CCDS31 FAGLARSSVRHLDLSHGFVFSLNSRVFETLKDLKVLNLAYNKINK-IADEAFYGLDNLQV 290 300 310 320 330 340 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 LDLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHN :.::.: : . .: ::.. .::. : . .: ..:.:. .:.:: . : . CCDS31 LNLSYNLLGELYSSNFYGLPKVAYIDLQKNHIAI-IQD--QTFKFLEKLQTLDLRDNALT 350 360 370 380 390 590 600 610 620 630 pF1KE3 NIH--SQVSQQLCS----TSLRALDFSGNALGHMWAEGDL----YLHFFQGLSGLIWLDL .:: .. . . : ..: .....: : :. .:. : :.:. . : : : CCDS31 TIHFIPSIPDIFLSGNKLVTLPKINLTAN-LIHL-SENRLENLDILYFLLRVPHLQILIL 400 410 420 430 440 450 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 SQNRLHTLLPQTLRNLPKSLQVLRLRDNYLAF-----FKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLK .:::. . . . ::. : : .:.: . . : .. : .:.:: : : :. CCDS31 NQNRFSSCSGDQTPSENPSLEQLFLGENMLQLAWETELCWDVFEGLSHLQVLYLNHNYLN 460 470 480 490 500 510 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 ALTNGSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAPGFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWFGPLAS .: : . : :: :... : .. .. . . :. :..: : : . . . : CCDS31 SLPPGVFSHLTALRGLSLNSNRLTVLSHNDLPANLEI--LDISRNQLLAPNPDVF----V 520 530 540 550 560 760 770 780 790 800 pF1KE3 ALQILDVSANPLHCACG-AAFMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLC .:..::.. : . : : ..:...: ...... : :. . : : ...:.:.:. . . : CCDS31 SLSVLDITHNKFICECELSTFINWLNHTNVTIAGPPADIYCVYPDSFSGVSLFSLSTEGC 570 580 590 600 610 620 810 820 830 840 850 860 pF1KE3 LDEALSWDCFALSLLAV-ALGLGVPMLHHLCGWDLW-YCFHLCLAW---LPWRGRQSGRD :: . .::. : .. : . .. : . .:: .: : .. . .: . CCDS31 -DEEEVLKSLKFSLFIVCTVTLTLFLMTILTVTKFRGFCF-ICYKTAQRLVFKDHPQGTE 630 640 650 660 670 680 870 880 890 900 910 920 pF1KE3 EDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLE-ECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENL : :::.. :. : :: : : .:. . . . ::.::::..::.. . :. CCDS31 PDMYKYDAYLCFS---SKDFTWVQNALLKHLDTQYSDQNRFNLCFEERDFVPGENRIANI 690 700 710 720 730 740 930 940 950 960 970 980 pF1KE3 WASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRS--RYV ....::: . .... .: .: :: : : : ......:... .. . .. CCDS31 QDAIWNSRKIVCLVSRHFLRDGWCLEAFSYAQGRCLSDLNSALIMVVVGSLSQYQLMKHQ 750 760 770 780 790 800 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 RLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE .: . .:. : :: CCDS31 SIRGFVQKQQYLRWPEDLQDVGWFLHKLSQQILKKEKEKKKDNNIPLQTVATIS 810 820 830 840 850 >>CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 (786 aa) initn: 233 init1: 106 opt: 369 Z-score: 346.4 bits: 75.3 E(32554): 5.7e-13 Smith-Waterman score: 447; 22.5% identity (57.3% similar) in 756 aa overlap (278-1013:64-776) 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 VLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFSHLSRLEGLVLKDSSLSWLNASWFRGL : .: ::.:. :... . ...:. : :. CCDS33 NGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYISELWTSDILS-LSKLRILIISHNRIQYLDISVFKFN 40 50 60 70 80 90 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 GNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAHLSLAPSFGSLVALK .:. ::::.: : : . . ..:..:.:::: .: : . ::.. :: CCDS33 QELEYLDLSHNKLVKI-----SCHPTVNLKHLDLSFN-----AFDALPICKEFGNMSQLK 100 110 120 130 140 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 ELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLR-LQMNFINQAQLGIFRAF--PGLRYVDLSD : :. :..... :.:.: . ..: : .. .. . .. : .:. : .. CCDS33 FL---GLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVFPTN 150 160 170 180 190 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 NRISGASELTA-TMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDFRPNCSTLNFT-LDLSRN ... .... :... . .. . . .. .. . :. :.:... .. . : CCDS33 KEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYFLSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWN 200 210 220 230 240 250 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 NLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQF-LPLTGLQVLDLSHNKLDLYHEHSF ... . ... . . . .:. .. .. .: :.:..:.. . :.. .: CCDS33 SFIRIL--QLVWHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVF---GF 260 270 280 290 300 310 550 560 570 580 590 pF1KE3 TELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFV-AHLRTLRHLSLAHNNIHSQVSQQLCS--T . : .. ..: . : ..:. . ... . ::... ::. ... . :. : CCDS33 PQSYIYEIFS-NMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHLDFS-NNLLTDTVFENCGHLT 320 330 340 350 360 370 600 610 620 630 640 650 pF1KE3 SLRALDFSGNALGHMWAEGDLYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLLPQTLRNLPKSLQVL :..: .. : : .. ... . ...: ::.::: . . . ::: : CCDS33 ELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQ----MKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLLSL 380 390 400 410 420 660 670 680 690 700 710 pF1KE3 RLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAP . .: :. . : :...:::: .:..:.. . . :..:.:. ::.. . : CCDS33 NMSSNILTDTIFRCLP--PRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKL-EALQELNVAFNSLTDL-P 430 440 450 460 470 480 720 730 740 750 760 770 pF1KE3 GFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWFGPLASALQILDVSANPLHCACG-AAFMDFLLEV : : .. : : .. :... . ..: . .. . .. ::..:.: . :. . .: CCDS33 GCGSFSS-LSVLIIDHNSVSHPSADFFQS-CQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNIDQV 490 500 510 520 530 540 780 790 800 810 820 830 pF1KE3 QAAV-PGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCFALSLLAVALGLGVPMLH .. : : :. :: : . .: . .:... . . . . ....:. : :.: . CCDS33 SSEVLEGWPDSYKCDYPESYRG--TLLKDFHMS-ELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTS 550 560 570 580 590 840 850 860 870 880 890 pF1KE3 HLCGW-DL-WYCFHLCLAWLPWRGRQSG----RDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNE ::.. :: :: .: : : : . . . : . ::. .. .: :: :: CCDS33 -LCSYLDLPWYLRMVC-QWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSF---WVKNE 600 610 620 630 640 650 900 910 920 930 940 950 pF1KE3 LRGQLEECRGRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRAS : .:: . ....::.::...:::.. ::. . . : :..:::. . : . CCDS33 LLPNLE----KEGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYE 660 670 680 690 700 710 960 970 980 990 1000 pF1KE3 FLLAQQRLLEDRKDVVVLVILSPDGRRS---RYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWA . .:.. :... .. ..:..: : . : : .:.. . :.. : ::.. : . ::: CCDS33 LYFAHHNLFHEGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWA 720 730 740 750 760 770 1010 1020 1030 pF1KE3 QLGMALTRDNHHFYNRNFCQGPTAE .: :. CCDS33 NLRAAINIKLTEQAKK 780 1032 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 07:02:35 2016 done: Tue Nov 8 07:02:36 2016 Total Scan time: 2.720 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]