FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6641, 418 aa 1>>>pF1KB6641 418 - 418 aa - 418 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1576+/-0.00113; mu= 3.2698+/- 0.065 mean_var=256.8149+/-60.658, 0's: 0 Z-trim(109.2): 283 B-trim: 791 in 2/50 Lambda= 0.080032 statistics sampled from 10352 (10721) to 10352 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16 Scan time: 3.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2348.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 ( 418) 2814 338.7 6.3e-93 CCDS56161.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 ( 377) 2472 299.2 4.5e-81 CCDS42367.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 373) 1095 140.2 3.3e-33 CCDS32703.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 431) 1095 140.2 3.6e-33 CCDS11642.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 348) 995 128.6 9.3e-30 CCDS58585.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 314) 906 118.3 1.1e-26 CCDS54156.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 299) 890 116.4 3.8e-26 >>CCDS2348.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 (418 aa) initn: 2814 init1: 2814 opt: 2814 Z-score: 1781.9 bits: 338.7 E(32554): 6.3e-93 Smith-Waterman score: 2814; 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CCDS42 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNG 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA : : .:::: : .:. :::..:. :::::.::.: ::::.:....... :: : CCDS42 DSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARPSASTLLNHSFFKQIKRRASEALPELLRPV 280 290 300 310 320 330 390 400 410 pF1KB6 YNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF CCDS42 TPITNFEGSQSQDHSGIFGLVTNLEELEVDDWEF 340 350 360 370 >>CCDS32703.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (431 aa) initn: 1077 init1: 906 opt: 1095 Z-score: 709.0 bits: 140.2 E(32554): 3.6e-33 Smith-Waterman score: 1095; 51.1% identity (77.5% similar) in 329 aa overlap (58-386:69-396) 30 40 50 60 70 80 pF1KB6 HQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVT ::: . ::.::..: .:.:::. ::: :: CCDS32 RRKTNDASSESIASFSKQEVMSSFLPEGGCYELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVT 40 50 60 70 80 90 90 100 110 120 130 140 pF1KB6 IKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQL .. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..: CCDS32 VRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDL 100 110 120 130 140 150 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 LRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLH . :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : :::: CCDS32 ICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNL 160 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 pF1KB6 SLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVP :...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.:: CCDS32 SMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVP 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 FQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNS :.:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...: :..: . :. CCDS32 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNG 280 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA : : .:::: : .:. :::..:. :::::.::.: ::::.:....... :: : CCDS32 DSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARPSASTLLNHSFFKQIKRRASEALPELLRPV 340 350 360 370 380 390 390 400 410 pF1KB6 YNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF CCDS32 TPITNFEGSQSQDHSGIFGLVTNLEELEVDDWEF 400 410 420 430 >>CCDS11642.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (348 aa) initn: 1002 init1: 906 opt: 995 Z-score: 647.7 bits: 128.6 E(32554): 9.3e-30 Smith-Waterman score: 995; 48.5% identity (74.5% similar) in 330 aa overlap (30-357:3-330) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCS--TNVSHY .:... . : : : .::. : . . : CCDS11 MSFLTNDAS-SESIASFSKQEVMSSFLPEGGCY 10 20 30 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 ELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTIKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPN :: . ::.::..: .:.:::. ::: ::.. ::: :..: . :: . .:..: ::: CCDS11 ELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVTVRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPN 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 ITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLLRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQN :. : ..: . . :::.. :::::::..:. :.: .::.: : :: :....:.:.:. CCDS11 IVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDLICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHM 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 GCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHSLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELL : .:::.:::::::: :: : :::: :...::::.:.:.:::..:..: ::::::.: CCDS11 GYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNLSMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVL 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 RQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPFQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSE .:.:.::..:::::::::::::::.:.:::.:: :::::.::.: :: : .: : CCDS11 QQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVPFKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEE 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 SRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSDRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRP :. :.: ..::...: :..: . :.: : .:::: : .:. :::..:. : CCDS11 LTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNGDSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARY 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 SASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAYNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF CCDS11 PCWPGPGLRESRGCSGG 340 >>CCDS58585.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (314 aa) initn: 932 init1: 906 opt: 906 Z-score: 592.7 bits: 118.3 E(32554): 1.1e-26 Smith-Waterman score: 906; 52.5% identity (79.1% similar) in 263 aa overlap (58-320:40-302) 30 40 50 60 70 80 pF1KB6 HQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVT ::: . ::.::..: .:.:::. ::: :: CCDS58 RIRTNDASSESIASFSKQEVMSSFLPEGGCYELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVT 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KB6 IKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQL .. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..: CCDS58 VRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDL 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 LRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLH . :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : :::: CCDS58 ICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNL 130 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 260 pF1KB6 SLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVP :...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.:: CCDS58 SMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVP 190 200 210 220 230 240 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 FQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNS :.:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...:. .:. CCDS58 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDSLTTSTPRPSNGP 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA CCDS58 VPAPS 310 >>CCDS54156.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (299 aa) initn: 876 init1: 876 opt: 890 Z-score: 583.0 bits: 116.4 E(32554): 3.8e-26 Smith-Waterman score: 890; 51.5% identity (79.0% similar) in 262 aa overlap (59-320:26-287) 30 40 50 60 70 80 pF1KB6 QYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTI .:.. :.::..: .:.:::. ::: ::. CCDS54 MSFLVSKPERIRRWVSEKFIVEGLRDLELFGGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVTV 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KB6 KITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLL . ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..:. CCDS54 RRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDLI 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 RTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHS :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : :::: : CCDS54 CTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNLS 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 pF1KB6 LVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPF ...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.::: CCDS54 MISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVPF 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 QDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSD .:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...:. .:. CCDS54 KDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDSLTTSTPRPSNGPV 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 380 pF1KB6 RLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAY CCDS54 PAPS 418 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 18:08:25 2016 done: Sun Nov 6 18:08:26 2016 Total Scan time: 3.140 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]