Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2546
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2546, 1210 aa
1>>>pF1KE2546 1210 - 1210 aa - 1210 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3633+/-0.000428; mu= 3.8658+/- 0.027
mean_var=198.9358+/-42.595, 0's: 0 Z-trim(117.7): 40 B-trim: 354 in 1/53
Lambda= 0.090932
statistics sampled from 29912 (29951) to 29912 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 11.170
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_919226 (OMIM: 612282) zinc finger protein 804A (1209) 8040 1068.3 0
NP_001291870 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1424) 677 102.4 2.1e-20
XP_016879867 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1424) 677 102.4 2.1e-20
NP_001291871 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1424) 677 102.4 2.1e-20
XP_016879864 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1424) 677 102.4 2.1e-20
NP_001291869 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1424) 677 102.4 2.1e-20
XP_016879866 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1424) 677 102.4 2.1e-20
XP_016879868 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1424) 677 102.4 2.1e-20
XP_016879865 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1424) 677 102.4 2.1e-20
NP_001291872 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1424) 677 102.4 2.1e-20
NP_001291868 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1477) 677 102.5 2.2e-20
NP_001002909 (OMIM: 614396) G patch domain-contain (1502) 677 102.5 2.2e-20
XP_011522860 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_016879863 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_011522863 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_016879862 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_011522861 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_016879861 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1453) 373 62.6 2.2e-08
XP_011522859 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1531) 373 62.6 2.3e-08
XP_016879869 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch dom (1288) 297 52.6 2e-05
>>NP_919226 (OMIM: 612282) zinc finger protein 804A [Hom (1209 aa)
initn: 4739 init1: 4616 opt: 8040 Z-score: 5708.6 bits: 1068.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8040; 99.6% identity (99.8% similar) in 1210 aa overlap (1-1210:1-1209)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MECYYIVISSTHLSNGHFRNIKGVFRGPLSKNGNKTLDYAEKENTIAKALEDLKANFYCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 MECYYIVISSTHLSNGHFRNIKGVFRGPLSKNGNKTLDYAEKENTIAKALEDLKANFYCE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LCDKQYYKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSRKDERKQEKALQRLHKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 LCDKQYYKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSRKDERKQEKALQRLHKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 AELRKETVCAPGSGPMFKSTTVTVRENCNEISQRVVVDSVNNQQDFKYTLIHSEENTKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 AELRKETVCAPGSGPMFKSTTVTVRENCNEISQRVVVDSVNNQQDFKYTLIHSEENTKDA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 TTVAEDPESANNYTAKNNQVGDQAQGIHRHKIGFSFAFPKKASVKLESSAAAFSEYSDDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 TTVAEDPESANNYTAKNNQVGDQAQGIHRHKIGFSFAFPKKASVKLESSAAAFSEYSDDA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SVGKGFSRKSRFVPSACHLQLSSPTDVLLSSEEKTNSFHPPEAMCRDKETVQTQEIKEVS
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SVGKGFSRKSRFVPSACHLQQSSPTDVLLSSEEKTNSFHPPEAMCRDKETVQTQEIKEVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SEKDALLLPSFCKFQLQLSSDADNCQNSVPLADQIPLESVVINEDIPVSGNSFELLGNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SEKDALLLPSFCKFQLQLSSDADNCQNSVPLADQIPLESVVINEDIPVSGNSFELLGNKS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 TVLDMSNDCISVQATTEENVKHNEASTTEVENKNGPETLAPSNTEEVNITIHKKTNFCKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 TVLDMSNDCISVQATTEENVKHNEASTTEVENKNGPETLAPSNTEEVNITIHKKTNFCKR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QCEPFVPVLNKHRSTVLQWPSEMLVYTTTKPSISYSCNPLCFDFKSTKVNNNLDKNKPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 QCEPFVPVLNKHRSTVLQWPSEMLVYTTTKPSISYSCNPLCFDFKSTKVNNNLDKNKPDL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KDLCSQQKQEDICMGPLSDYKDVSTEGLTDYEIGSSKNKCSQVTPLLADDILSSSCDSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 KDLCSQQKQEDICMGPLSDYKDVSTEGLTDYEIGSSKNKCSQVTPLLADDILSSSCDSGK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 NKNTGQRYKNISCKIRETEKYNFTKSQIKQDTLDEKYNKIRLKETHEYWFHKSRRKKKRK
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 NENTGQRYKNISCKIRETEKYNFTKSQIKQDTLDEKYNKIRLKETHEYWFHKSRRKKKRK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 KLCQHHHMEKTKESETRCKMEAENSYTENAGKYLLEPISEKQYLAAEQLLDSHQLLDKRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 KLCQHHHMEKTKESETRCKMEAENSYTENAGKYLLEPISEKQYLAAEQLLDSHQLLDKRP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 KSESISLSDNEEMCKTWNTEYNTYDTISSKNHCKKNTTILLNGQSNAKMIHSGKHNLTYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: ::::::::::::
NP_919 KSESISLSDNEEMCKTWNTEYNTYDTISSKNHCKKNT-ILLNGQSNATMIHSGKHNLTYS
670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 RTYCCWKTKMSSCSQDHRSLVLQNDMKRMSQNQAVKRGYNSVMNESERFYRKRRQHSHSY
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 RTYCCWKTKMSSCSQDHRSLVLQNDMKHMSQNQAVKRGYNSVMNESERFYRKRRQHSHSY
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 SSDESLNRQNHLPEEFLRPPSTSVAPCKPKKKRRRKRGRFHPGFETLELKENTDYPVKDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SSDESLNRQNHLPEEFLRPPSTSVAPCKPKKKRRRKRGRFHPGFETLELKENTDYPVKDN
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 SSLNPLDRLISEDKKEKMKPQEVAKIERNSEQTNQLRNKLSFHPNNLLPSETNGETEHLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SSLNPLDRLISEDKKEKMKPQEVAKIERNSEQTNQLRNKLSFHPNNLLPSETNGETEHLE
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 METTSGELSDVSNDPTTSVCVASAPTKEAIDNTLLEHKERSENINLNEKQIPFQVPNIER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 METTSGELSDVSNDPTTSVCVASAPTKEAIDNTLLEHKERSENINLNEKQIPFQVPNIER
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 NFRQSQPKSYLCHYELAEALPQGKMNETPTEWLRYNSGILNTQPPLPFKEAHVSGHTFVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 NFRQSQPKSYLCHYELAEALPQGKMNETPTEWLRYNSGILNTQPPLPFKEAHVSGHTFVT
960 970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 AEQILAPLALPEQALLIPLENHDKFKNVPCEVYQHILQPNMLANKVKFTFPPAALPPPST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 AEQILAPLALPEQALLIPLENHDKFKNVPCEVYQHILQPNMLANKVKFTFPPAALPPPST
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 PLQPLPLQQSLCSTSVTTIHHTVLQQHAAAAAAAAAAAAAGTFKVLQPHQQFLSQIPALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 PLQPLPLQQSLCSTSVTTIHHTVLQQHAAAAAAAAAAAAAGTFKVLQPHQQFLSQIPALT
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE2 RTSLPQLSVGPVGPRLCPGNQPTFVAPPQMPIIPASVLHPSHLAFPSLPHALFPSLLSPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 RTSLPQLSVGPVGPRLCPGNQPTFVAPPQMPIIPASVLHPSHLAFPSLPHALFPSLLSPH
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1210
pF1KE2 PTVIPLQPLF
::::::::::
NP_919 PTVIPLQPLF
1200
>>NP_001291870 (OMIM: 614396) G patch domain-containing (1424 aa)
initn: 1078 init1: 622 opt: 677 Z-score: 487.2 bits: 102.4 E(85289): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 911; 30.2% identity (56.4% similar) in 841 aa overlap (35-815:36-849)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 YIVISSTHLSNGHFRNIKGVFRGPLSKNGNKTLDYAEKENTIAKALEDLKANFYCELCDK
: ::..::..::::::::.::::::::::
NP_001 MEMELDYAEDATERRRVLEVEKEDTEELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QYYKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSRKDERKQEKALQRLHKLAELR
:: :::::::::::::::::::::.::::::::::.:.:::::.::::::.:::.::: :
NP_001 QYQKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKDLKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE2 KETVCAPGSGPMFKSTTVTVRENCNEISQRVVVDSVNNQQDFKYTLIHSEENTK------
:.. :::::::::: :::.: :. .: .. . . .. . : :: .:
NP_001 KQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASCGL-GSEFSTDKGGPFT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 -----DATTVAEDPESAN---NYTAKNNQVGDQAQGIHRHKIGFSFAFPKKASVKLESSA
..: .:. : :. .. ::: .: : :.: ::.: ::: ::::: :
NP_001 AVQITNTTGLAQAPGLASQGISFGIKNN-LGTPLQ-----KLGVSFSFAKKAPVKLESIA
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 AAFSEYSDDASVGKGFSRKSRFVPSACHLQLSSPTDVLLSSEEKTNSFHPPEAMCRDKET
..:........ : : : :: . .: . . : .. : .. .
NP_001 SVFKDHAEEGTSEDG--TKPDEKSSDQGLQKVGDSDGSSNLDGKKEDEDPQDGGSLASTL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE2 VQTQEIKE------VSSEKDALLLPSFCKFQ--------LQLSSDADNCQNSVPLADQIP
. ...:. . : . :. :: . .. : . :. ... : . :
NP_001 SKLKRMKREEGAGATEPEYYHYIPPAHCKVKPNFPFLLFMRASEQMDGDNTTHP--KNAP
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KE2 LESVVINEDIPVSG-NSFELLGNKSTVLDMSND--CISVQATTEENVKHN-------EAS
:: . : : .. : ..:: ..:.. :. .: . : . ..:
NP_001 -ESKKGSSPKPKSCIKAAASQGAEKTVSEVSEQPKETSMTEPSEPGSKAEAKKALGGDVS
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430
pF1KE2 TTEVEN---KNGPETLAPSNT-EEVNITI---HKKTNFCKRQCEPFVPVLNKHRSTVLQW
.:. : . . ::. .:.... ... . :. :: :::.: .::.:::
NP_001 DQSLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKESQEGPKHPTGPFFPVLSKDESTALQW
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 PSEMLVYTTTKPSISYSCNPLCFDFKSTKVNNNLDKNKPDLKDLCSQQKQ--EDICMGPL
:::.:..: ..:::::::::: :::: .. .. :. ::. :..:. . . :
NP_001 PSELLIFTKAEPSISYSCNPLYFDFKLSRNKDARTKGTEKPKDIGSSSKDHLQGLDPGEP
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 SDYKDVSTEGLTDYEIG-----SSKNKCSQVTPLLADDILSS-SCDSGKNKNTGQRYKNI
. :.:. : .. : .: . :: .. .: . :.:.. . .. ..
NP_001 NKSKEVGGEKIVRSSGGRMDAPASGSACSGLNKQEPGGSHGSETEDTGRSLPSKKERSGK
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600
pF1KE2 SCKIRETEKYNFT---KSQIKQDTLDEKYNKIRLKETHEYWFHKSRRKKKRKKLCQHHHM
: . .. .:.. . : . : :: .:: .: :. : ::...::::. ....
NP_001 SHRHKKKKKHKKSSKHKRKHKADT-EEKSSK---AESGE----KSKKRKKRKR--KKNKS
600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 EKTKESETRCKMEAENSYTENAGKYL--LEPISEKQYLAAEQLLDSHQLLDKRPKSESIS
.:: : : .: . . . :... : ::. : :. . : .
NP_001 SAPADSERGPKPEPPGSGSPAPPRRRRRAQDDSQRRSLPAEE--GSSGKKDEGGGGSSSQ
650 660 670 680 690 700
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 LSDNEEMCKTWNTEYNTYDTISSKNHCKKNTTILLNGQSNAKMIHSGKHNLTYSRTYCCW
... . .... ... . .:. .. : . . :
NP_001 DHGGRKHKGELPPSSCQRRAGTKRSSRSSHRSQPSSGDEDSDDASSHRLHQKSPSQYSEE
710 720 730 740 750 760
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 KTKMSSCSQDHRSLVLQNDMKRMSQNQAVKRGYNSVMNES--ERFYRKRRQHSHSYSSDE
. . .: :. :: . . .: :.... .:.:.: . : . : ..:..: . ::
NP_001 EEEEDSGSEHSRS--RSRSGRRHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQSCYSRQRSYSDDSYSDY
770 780 790 800 810
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 SLNRQNHLPEEFLRPPSTSVAPCKPKKKRRRKRGRFHPGFETLELKENTDYPVKDNSSLN
: .:. . .. ... : : ..::..
NP_001 S-DRSRRHSKRSHDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSDDDYSLSCSQSRSRSRSHTRERSRS
820 830 840 850 860 870
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 PLDRLISEDKKEKMKPQEVAKIERNSEQTNQLRNKLSFHPNNLLPSETNGETEHLEMETT
NP_001 RGRSRSSSCSRSRSKRRSRSTTAHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRSGSRKRSWGHESPE
880 890 900 910 920 930
>--
initn: 185 init1: 169 opt: 381 Z-score: 277.3 bits: 63.6 E(85289): 1e-08
Smith-Waterman score: 381; 37.9% identity (65.6% similar) in 195 aa overlap (1025-1210:1224-1407)
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KE2 YNSGILNTQPPLPFKEAHVSGHTFVTAEQILAPLALPEQALLIPLENHDKFKNVPCEVYQ
:::: : . . :. .:.... . :
NP_001 IAPDLEHFPSYAPPSGDPSIESTDGAEDASLAPLE--SQPITFTPEEMEKYSKLQQAAQQ
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KE2 HILQPNMLANKVKFTFPPAALPPPSTP-LQPLPLQQ--SLCSTSVTTIHHTVLQQHAAAA
:: : ..::..:: .:: .: :.:: :::. .:: . .::.::..:..::.:::::
NP_001 HI-QQQLLAKQVK-AFPASAALAPATPALQPIHIQQPATASATSITTVQHAILQHHAAAA
1260 1270 1280 1290 1300
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KE2 AAAAAAAAAGTFKVLQPHQQFLSQIPALTRTSLPQLSVGPVGPRLCPGNQPTFVAPPQMP
::: . .:: : :.:. . . : .:.. . . ::. ::.: .
NP_001 AAAIGIHP-------HPHPQPLAQVHHIPQPHLTPISLSHLTHSIIPGHPATFLASHPIH
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1180 1190 1200 1210
pF1KE2 IIPASVLHPSHLAFPSLPHA-LFPSLLSPHP-----TVIPLQPLF
:::::..::. ..: .::: :.:.::.:.: :.. :.::.
NP_001 IIPASAIHPGPFTFHPVPHAALYPTLLAPRPAAAAATALHLHPLLHPIFSGQDLQHPPSH
1370 1380 1390 1400 1410 1420
NP_001 GT
>>XP_016879867 (OMIM: 614396) PREDICTED: G patch domain- (1424 aa)
initn: 1078 init1: 622 opt: 677 Z-score: 487.2 bits: 102.4 E(85289): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 911; 30.2% identity (56.4% similar) in 841 aa overlap (35-815:36-849)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 YIVISSTHLSNGHFRNIKGVFRGPLSKNGNKTLDYAEKENTIAKALEDLKANFYCELCDK
: ::..::..::::::::.::::::::::
XP_016 MEMELDYAEDATERRRVLEVEKEDTEELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 QYYKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSRKDERKQEKALQRLHKLAELR
:: :::::::::::::::::::::.::::::::::.:.:::::.::::::.:::.::: :
XP_016 QYQKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKDLKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE2 KETVCAPGSGPMFKSTTVTVRENCNEISQRVVVDSVNNQQDFKYTLIHSEENTK------
:.. :::::::::: :::.: :. .: .. . . .. . : :: .:
XP_016 KQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASCGL-GSEFSTDKGGPFT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 -----DATTVAEDPESAN---NYTAKNNQVGDQAQGIHRHKIGFSFAFPKKASVKLESSA
..: .:. : :. .. ::: .: : :.: ::.: ::: ::::: :
XP_016 AVQITNTTGLAQAPGLASQGISFGIKNN-LGTPLQ-----KLGVSFSFAKKAPVKLESIA
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..:........ : : : :: . .: . . : .. : .. .
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. ...:. . : . :. :: . .. : . :. ... : . :
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:: . : : .. : ..:: ..:.. :. .: . : . ..:
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.:. : . . ::. .:.... ... . :. :: :::.: .::.:::
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NP_001 GT
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. :.:. : .. : .: . :: .. .: . :.:.. . .. ..
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: . .. .:.. . : . : :: .:: .: :. : ::...::::. ....
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... . .... ... . .:. .. : . . :
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NP_001 GT
1210 residues in 1 query sequences
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start: Tue Nov 8 03:52:46 2016 done: Tue Nov 8 03:52:48 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]