FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6636, 286 aa 1>>>pF1KE6636 286 - 286 aa - 286 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3186+/-0.000402; mu= 21.4098+/- 0.025 mean_var=69.4203+/-14.043, 0's: 0 Z-trim(112.4): 23 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.153933 statistics sampled from 21361 (21379) to 21361 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.251), width: 16 Scan time: 3.830 The best scores are: opt bits E(85289) NP_079119 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 ( 286) 1897 430.3 2.1e-120 NP_001243838 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase ( 228) 1460 333.1 3e-91 NP_001017917 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 251) 592 140.4 3.4e-33 NP_001017916 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 251) 592 140.4 3.4e-33 NP_001906 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 ( 251) 592 140.4 3.4e-33 XP_005257148 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 251) 592 140.4 3.4e-33 NP_001317350 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 258) 592 140.4 3.4e-33 XP_016879751 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 318) 592 140.5 4e-33 XP_016879750 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 227) 450 108.8 9.8e-24 NP_001120855 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase ( 157) 448 108.2 1e-23 NP_008953 (OMIM: 607068) cytochrome b561 domain-co ( 222) 159 44.2 0.00028 NP_001278213 (OMIM: 607068) cytochrome b561 domain ( 222) 159 44.2 0.00028 >>NP_079119 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 isof (286 aa) initn: 1897 init1: 1897 opt: 1897 Z-score: 2282.6 bits: 430.3 E(85289): 2.1e-120 Smith-Waterman score: 1897; 99.7% identity (100.0% similar) in 286 aa overlap (1-286:1-286) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::: NP_079 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAARKRNLALDEAGQRSTM 250 260 270 280 >>NP_001243838 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 i (228 aa) initn: 1460 init1: 1460 opt: 1460 Z-score: 1759.3 bits: 333.1 E(85289): 3e-91 Smith-Waterman score: 1460; 98.7% identity (99.6% similar) in 225 aa overlap (62-286:4-228) 40 50 60 70 80 90 pF1KE6 LHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA .: ::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MLDEGEAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA 10 20 30 100 110 120 130 140 150 pF1KE6 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 pF1KE6 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAAR ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: NP_001 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAAR 160 170 180 190 200 210 280 pF1KE6 KRNLALDEAGQRSTM ::::::::::::::: NP_001 KRNLALDEAGQRSTM 220 >>NP_001017917 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 (251 aa) initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 717.0 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33 Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT :.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. :: NP_001 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM :..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::. : .. :.. 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