Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6636, 286 aa
1>>>pF1KE6636 286 - 286 aa - 286 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0380+/-0.000956; mu= 17.2933+/- 0.057
mean_var=71.2524+/-14.676, 0's: 0 Z-trim(105.9): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.151941
statistics sampled from 8637 (8652) to 8637 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 1.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2244.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 ( 286) 1897 424.9 3.4e-119
CCDS58736.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 ( 228) 1460 329.0 2e-90
CCDS73296.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 ( 263) 692 160.7 1e-39
CCDS8004.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 ( 242) 691 160.4 1.1e-39
CCDS53639.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 ( 259) 691 160.5 1.2e-39
CCDS11636.1 CYB561 gene_id:1534|Hs108|chr17 ( 251) 592 138.8 4e-33
CCDS82184.1 CYB561 gene_id:1534|Hs108|chr17 ( 258) 592 138.8 4.1e-33
CCDS46449.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 ( 157) 448 107.0 8.8e-24
>>CCDS2244.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 (286 aa)
initn: 1897 init1: 1897 opt: 1897 Z-score: 2253.4 bits: 424.9 E(32554): 3.4e-119
Smith-Waterman score: 1897; 99.7% identity (100.0% similar) in 286 aa overlap (1-286:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
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CCDS22 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE6 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS22 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAARKRNLALDEAGQRSTM
250 260 270 280
>>CCDS58736.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 (228 aa)
initn: 1460 init1: 1460 opt: 1460 Z-score: 1737.1 bits: 329.0 E(32554): 2e-90
Smith-Waterman score: 1460; 98.7% identity (99.6% similar) in 225 aa overlap (62-286:4-228)
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 LHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA
.: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MLDEGEAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS58 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAAR
160 170 180 190 200 210
280
pF1KE6 KRNLALDEAGQRSTM
:::::::::::::::
CCDS58 KRNLALDEAGQRSTM
220
>>CCDS73296.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 (263 aa)
initn: 657 init1: 562 opt: 692 Z-score: 826.4 bits: 160.7 E(32554): 1e-39
Smith-Waterman score: 692; 44.4% identity (72.2% similar) in 241 aa overlap (12-250:12-246)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
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CCDS73 MVSGRFYLSCLLLGS---LGSMCILFTIYWMQYWRGGFAWNGSIYMFNWHPVLMVAGMVV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
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CCDS73 FYGGASLVYRLPQSWVGPKLPWKLLHAALHLMAFVLTVVGLVAVFTFHNHGRTANLYSLH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
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CCDS73 SWLGITTVFLFACQWFLGFAVFLLPWASMWLRSLLKPIHVFFGAAILSLSIASVISGINE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE6 KLIFSLRDPA--YSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPN
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CCDS73 KLFFSLKNTTRPYHSLPSEAVFANSTGMLVVAFGLLVLYILLASSWKRP-EPG--ILTDR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 GGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
: :: :
CCDS73 QLLLQLRPGSRPFPVTYVSVTGRQPYKSW
240 250 260
>>CCDS8004.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 (242 aa)
initn: 657 init1: 562 opt: 691 Z-score: 825.7 bits: 160.4 E(32554): 1.1e-39
Smith-Waterman score: 691; 45.7% identity (75.6% similar) in 221 aa overlap (12-230:12-228)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
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CCDS80 MVSGRFYLSCLLLGS---LGSMCILFTIYWMQYWRGGFAWNGSIYMFNWHPVLMVAGMVV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
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CCDS80 FYGGASLVYRLPQSWVGPKLPWKLLHAALHLMAFVLTVVGLVAVFTFHNHGRTANLYSLH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
::.:. .:. . : . ::.::::::: . ::..: ::::. : .:.. ::... :..:
CCDS80 SWLGITTVFLFACQWFLGFAVFLLPWASMWLRSLLKPIHVFFGAAILSLSIASVISGINE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE6 KLIFSLRDPA--YSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPN
::.:::.. . : ..: :.::.:. :.:...:: :...:. .:::: ::
CCDS80 KLFFSLKNTTRPYHSLPSEAVFANSTGMLVVAFGLLVLYILLASSWKRP-EPGILTDRQP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 GGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
CCDS80 LLHDGE
240
>>CCDS53639.1 CYB561A3 gene_id:220002|Hs108|chr11 (259 aa)
initn: 657 init1: 562 opt: 691 Z-score: 825.3 bits: 160.5 E(32554): 1.2e-39
Smith-Waterman score: 691; 45.7% identity (75.6% similar) in 221 aa overlap (12-230:29-245)
10 20 30 40
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGS
:::: .: . ..:.. :. ..: :..:.::
CCDS53 MGKNFSDSFLSRECVIRMVSGRFYLSCLLLGS---LGSMCILFTIYWMQYWRGGFAWNGS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 ALEFNWHPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVA
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CCDS53 IYMFNWHPVLMVAGMVVFYGGASLVYRLPQSWVGPKLPWKLLHAALHLMAFVLTVVGLVA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 VFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSG
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CCDS53 VFTFHNHGRTANLYSLHSWLGITTVFLFACQWFLGFAVFLLPWASMWLRSLLKPIHVFFG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 IVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPA--YSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTR
.:.. ::... :..:::.:::.. . : ..: :.::.:. :.:...:: :...:.
CCDS53 AAILSLSIASVISGINEKLFFSLKNTTRPYHSLPSEAVFANSTGMLVVAFGLLVLYILLA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 PQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAG
.:::: ::
CCDS53 SSWKRP-EPGILTDRQPLLHDGE
240 250
>>CCDS11636.1 CYB561 gene_id:1534|Hs108|chr17 (251 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 708.2 bits: 138.8 E(32554): 4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
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CCDS11 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
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CCDS11 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
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CCDS11 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::.. . :
CCDS11 GLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQAEEQALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 PNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
CCDS11 MDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>CCDS82184.1 CYB561 gene_id:1534|Hs108|chr17 (258 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 708.0 bits: 138.8 E(32554): 4.1e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:29-242)
10 20 30 40
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNW
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.::
CCDS82 MSSVCLSMEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 HPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHN
::. :: :..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::. :
CCDS82 HPLCMVIGLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 VNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGT
.. :..:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .::
CCDS82 KKGYADLYSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKE
..:::.:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::..
CCDS82 SVGTALLGLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 PNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
. :
CCDS82 AEEQALSMDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>CCDS46449.1 CYBRD1 gene_id:79901|Hs108|chr2 (157 aa)
initn: 448 init1: 448 opt: 448 Z-score: 540.4 bits: 107.0 E(32554): 8.8e-24
Smith-Waterman score: 448; 100.0% identity (100.0% similar) in 65 aa overlap (1-65:1-65)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
:::::
CCDS46 IQGIASFRFFSLSASMGSAFSPSISHAHTCLFWNCHLWNSDCNSTYGIDRETDFFPERSC
70 80 90 100 110 120
286 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 14:59:15 2016 done: Tue Nov 8 14:59:15 2016
Total Scan time: 1.270 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]