Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5794
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5794, 780 aa
1>>>pF1KB5794 780 - 780 aa - 780 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8129+/-0.00107; mu= 9.1665+/- 0.064
mean_var=165.9710+/-32.791, 0's: 0 Z-trim(108.8): 86 B-trim: 22 in 1/50
Lambda= 0.099554
statistics sampled from 10408 (10485) to 10408 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.322), width: 16
Scan time: 3.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1784.1 STRN gene_id:6801|Hs108|chr2 ( 780) 5149 752.4 6.2e-217
CCDS41938.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 797) 3333 491.6 2.1e-138
CCDS9641.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 713) 1907 286.8 8.6e-77
CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 760) 1529 232.5 2e-60
CCDS12690.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 753) 1515 230.5 8e-60
>>CCDS1784.1 STRN gene_id:6801|Hs108|chr2 (780 aa)
initn: 5149 init1: 5149 opt: 5149 Z-score: 4008.1 bits: 752.4 E(32554): 6.2e-217
Smith-Waterman score: 5149; 100.0% identity (100.0% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAGAARAQYSLPGILHFLQHEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAGAARAQYSLPGILHFLQHEW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 ARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIKMLEYALKQERAKYHKLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 YGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQQNSQLMWKQGRQLLRQYLQEVGYTDTILDVKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 YGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQQNSQLMWKQGRQLLRQYLQEVGYTDTILDVKS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KRVRALLGFSSDVTDREDDKNQDSVVNGTEAEVKETAMIAKSELTDSASVLDNFKFLESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 KRVRALLGFSSDVTDREDDKNQDSVVNGTEAEVKETAMIAKSELTDSASVLDNFKFLESA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 AADFSDEDEDDDVDGREKSVIDTSTIVRKKALPDSGEDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 AADFSDEDEDDDVDGREKSVIDTSTIVRKKALPDSGEDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDNE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQGVITKLKEQYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 SRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQGVITKLKEQYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLPEHEINRADEVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 LRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLPEHEINRADEVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNKDALRKTWNPKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 LGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNKDALRKTWNPKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLIT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDVEPIYTFRAHKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 ASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDVEPIYTFRAHKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLLGHTDAVWGLAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 QGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLLGHTDAVWGLAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 VAPALSVFNDTKELGIPASVDLVSSDPSHMVASFSKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 VAPALSVFNDTKELGIPASVDLVSSDPSHMVASFSKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 ANSSCQINRVISHPTLPISITAHEDRHIKFYDNNTGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 ANSSCQINRVISHPTLPISITAHEDRHIKFYDNNTGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 LMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFTAHRKKFEESIHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 LMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFTAHRKKFEESIHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
730 740 750 760 770 780
>>CCDS41938.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 (797 aa)
initn: 2616 init1: 2012 opt: 3333 Z-score: 2598.3 bits: 491.6 E(32554): 2.1e-138
Smith-Waterman score: 3333; 64.2% identity (84.0% similar) in 787 aa overlap (3-780:20-797)
10 20 30 40
pF1KB5 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAGAA
.: ::: .. . : :.: : :: : . .:: .:. .
CCDS41 MDELAGGGGGGPGMAAPPRQQQGPGGNLGLSPGGNGAAGGGGPPA-SEGAGPAAGPELSR
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 RAQYSLPGILHFLQHEWARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIK
::..:::::..::::::::.:::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS41 PQQYTIPGILHYIQHEWARFEMERAHWEVERAELQARIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 MLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQ-QNSQLMWKQGRQLL
::::::::::::::::::::::::::.: :...:.: ..::. ::::: ::::::::
CCDS41 MLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDLKMPTFESEETKDTEAPTAPQNSQLTWKQGRQLL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RQYLQEVGYTDTILDVKSKRVRALLGFS-SDVTDREDDKNQDSVVNGTEAEVKETAMIAK
::::::::::::::::.:.:::.:::.: :. . . :: ....:: :. .. : .
CCDS41 RQYLQEVGYTDTILDVRSQRVRSLLGLSNSEPNGSVETKNLEQILNGGESPKQKGQEIKR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB5 SELTDSASVLDNFKFLESAAADFSDEDEDDDV-----DGREKSVIDTSTIVRKKALPDSG
: :..::..:.:::. :: :::::..:. .:..: .. : . :
CCDS41 S----SGDVLETFNFLEN--ADDSDEDEENDMIEGIPEGKDKHRMNKHKIGNEGLAADLT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 EDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDN--ESRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQGVITKLKE
.: ::.:::::::::::.:.:.. :.::.::::.:.:.: :.:.::::.:.::::
CCDS41 DDPDTEEALKEFDFLVTAEDGEGAGEARSSGDGTEWDKDDLSPTAEVWDVDQGLISKLKE
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 QYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLANLRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLPEHEINRAD
:::::::::::::: ::.:: ::.:.: : :::: . .. . :: .:.:. .:: ::.
CCDS41 QYKKERKGKKGVKRANRTKLYDMIADLGD-DELPHIPSGIINQSRSASTRMTDHEGARAE
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 EVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESELGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNKDALRKTWN
:.: .::: ..:::::::.:..: : ::::.:: :::.:.:: .::. ::::.:::::
CCDS41 EAEPITFPSGGGKSFIMGSDDVLLSVLGLGDLADLTVTNDAD-YSYDLPANKDAFRKTWN
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 PKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLITASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDVEPIYTFRA
::.::::::::.:::::::.::::.:::::::::.::::::.:::::.::::::::::::
CCDS41 PKYTLRSHFDGVRALAFHPVEPVLVTASEDHTLKLWNLQKTVPAKKSASLDVEPIYTFRA
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 HKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLIQGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLLGHTDAVWG
: :::: ...:::::::.::: :. :: :: .:..::::.:.:.:: : :.::::::::
CCDS41 HIGPVLSLAISSNGEQCFSGGIDATIQWWNMPSPSVDPYDTYEPNVLAGTLVGHTDAVWG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 LAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTEVAPALSVFNDTKELGIPASVDLVSSDPSHMVASF
::::. ...:::::::::.:::: : : . ..: :. :::.:::... ::.:::.::
CCDS41 LAYSGIKNQLLSCSADGTVRLWNPQEKLPCICTYNGDKKHGIPTSVDFIGCDPAHMVTSF
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 SKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTTANSSCQINRVISHPTLPISITAHEDRHIKFYDNN
. : . :...::.: .. : :.::. .:. .::::.::::::..:::::::::::.::.
CCDS41 NTGSAVIYDLETSQSLVILSSQVDSGLQSNNHINRVVSHPTLPVTITAHEDRHIKFFDNK
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 TGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLYLMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFTAHRKKFEES
:::.::::::::.:::::::::::.::::::::::::::::.::::.::.::::::..::
CCDS41 TGKMIHSMVAHLDAVTSLAVDPNGIYLMSGSHDCSIRLWNLDSKTCVQEITAHRKKLDES
720 730 740 750 760 770
760 770 780
pF1KB5 IHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
:.::::: :: :::::::::::::::
CCDS41 IYDVAFHSSKAYIASAGADALAKVFV
780 790
>>CCDS9641.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 (713 aa)
initn: 2681 init1: 1745 opt: 1907 Z-score: 1492.1 bits: 286.8 E(32554): 8.6e-77
Smith-Waterman score: 2834; 57.9% identity (75.5% similar) in 787 aa overlap (3-780:20-713)
10 20 30 40
pF1KB5 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAGAA
.: ::: .. . : :.: : :: : . .:: .:. .
CCDS96 MDELAGGGGGGPGMAAPPRQQQGPGGNLGLSPGGNGAAGGGGPPA-SEGAGPAAGPELSR
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 RAQYSLPGILHFLQHEWARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIK
::..:::::..::::::::.:::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS96 PQQYTIPGILHYIQHEWARFEMERAHWEVERAELQARIAFLQGERKGQENLKKDLVRRIK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 MLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQ-QNSQLMWKQGRQLL
::::::::::::::::::::::::::.: :...:.: ..::. ::::: ::::::::
CCDS96 MLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDLKMPTFESEETKDTEAPTAPQNSQLTWKQGRQLL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RQYLQEVGYTDTILDVKSKRVRALLGFS-SDVTDREDDKNQDSVVNGTEAEVKETAMIAK
::::::::::::::::.:.:::.:::.: :. . . :: ....:: :. .. : .
CCDS96 RQYLQEVGYTDTILDVRSQRVRSLLGLSNSEPNGSVETKNLEQILNGGESPKQKGQEIKR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB5 SELTDSASVLDNFKFLESAAADFSDEDEDDDV-----DGREKSVIDTSTIVRKKALPDSG
: :..::..:.:::. :: :::::..:. .:..: .. : . :
CCDS96 S----SGDVLETFNFLEN--ADDSDEDEENDMIEGIPEGKDKHRMNKHKIGNEGLAADLT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 EDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDN--ESRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQGVITKLKE
.: ::.:::::::::::.:.:.. :.::.::::.:
CCDS96 DDPDTEEALKEFDFLVTAEDGEGAGEARSSGDGTEW------------------------
300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 QYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLANLRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLPEHEINRAD
CCDS96 ------------------------------------------------------------
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 EVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESELGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNKDALRKTWN
.: .::: ..:::::::.:..: : ::::.:: :::.:.:: .::. ::::.:::::
CCDS96 -AEPITFPSGGGKSFIMGSDDVLLSVLGLGDLADLTVTNDAD-YSYDLPANKDAFRKTWN
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 PKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLITASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDVEPIYTFRA
::.::::::::.:::::::.::::.:::::::::.::::::.:::::.::::::::::::
CCDS96 PKYTLRSHFDGVRALAFHPVEPVLVTASEDHTLKLWNLQKTVPAKKSASLDVEPIYTFRA
390 400 410 420 430 440
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 HKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLIQGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLLGHTDAVWG
: :::: ...:::::::.::: :. :: :: .:..::::.:.:.:: : :.::::::::
CCDS96 HIGPVLSLAISSNGEQCFSGGIDATIQWWNMPSPSVDPYDTYEPNVLAGTLVGHTDAVWG
450 460 470 480 490 500
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 LAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTEVAPALSVFNDTKELGIPASVDLVSSDPSHMVASF
::::. ...:::::::::.:::: : : . ..: :. :::.:::... ::.:::.::
CCDS96 LAYSGIKNQLLSCSADGTVRLWNPQEKLPCICTYNGDKKHGIPTSVDFIGCDPAHMVTSF
510 520 530 540 550 560
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 SKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTTANSSCQINRVISHPTLPISITAHEDRHIKFYDNN
. : . :...::.: .. : :.::. .:. .::::.::::::..:::::::::::.::.
CCDS96 NTGSAVIYDLETSQSLVILSSQVDSGLQSNNHINRVVSHPTLPVTITAHEDRHIKFFDNK
570 580 590 600 610 620
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 TGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLYLMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFTAHRKKFEES
:::.::::::::.:::::::::::.::::::::::::::::.::::.::.::::::..::
CCDS96 TGKMIHSMVAHLDAVTSLAVDPNGIYLMSGSHDCSIRLWNLDSKTCVQEITAHRKKLDES
630 640 650 660 670 680
760 770 780
pF1KB5 IHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
:.::::: :: :::::::::::::::
CCDS96 IYDVAFHSSKAYIASAGADALAKVFV
690 700 710
>>CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 (760 aa)
initn: 2379 init1: 750 opt: 1529 Z-score: 1198.3 bits: 232.5 E(32554): 2e-60
Smith-Waterman score: 2359; 50.8% identity (72.3% similar) in 792 aa overlap (5-780:24-760)
10 20 30 40
pF1KB5 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAG
:::: .. : .. : : :: : ...: :. .
CCDS42 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGP--TGAAPVSAPAPGPGP-AGKGGGGGGSPGPT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 AARAQYSLPGILHFLQHEWARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRR
:. ::::::::.::::::::.:.:.::.::::::::.:::::::::::::: :::::
CCDS42 AGPEPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 IKMLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQQNSQLMWKQGRQL
:::::::::::::::::::.::.::::. : .. .. .: .:: :.::.::::
CCDS42 IKMLEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KB5 LRQYLQEVGYTDTILDVKSKRVRALLGFSSDVTDREDDKN---------------QDSVV
:::::.::::::::::..:::::.::: : ... . .. .. .:
CCDS42 LRQYLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLV
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NGTEAEVKETAMIAKSELTDSASVLDNFKFLESAAADFSDEDEDDDVDGREKSVIDTSTI
. : ..:..: .. ..::: .. ::.. . ::::.. : ..:. . .
CCDS42 KQIEEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSK
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 VRKKALPDSGEDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDNESRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQ
. . : :. :...:..::::: ..:.:.. : : :. .::
CCDS42 ALVPEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEG----APD------------PRRCTVD-
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 GVITKLKEQYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLANLRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLP
: .:. . : ::: .::.::::: :: :.: .: :.. .
CCDS42 GSPHELESR---------------RVKLQGILADLRDVDGLP---PKVTGPP-PGTPQPR
350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 EHEINRADEVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESELGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNK
:: .: :: ::: : .:..::.:: :::.:. : :. :....:
CCDS42 PHEG---------SFGFSSD-VFIM--DTIGGGEVSLGDLADLTVTNDND-LSCDLSDSK
390 400 410 420
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 DALRKTWNPKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLITASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDV
::..::::::::::::.::::.:::: . .:.::::: :::.:::::.. :::...:::
CCDS42 DAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTAKKNAALDV
430 440 450 460 470 480
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 EPIYTFRAHKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLIQGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLL
:::..::::.:::: :.:.::.: :::::.:. :..:. . ..::::.:::::: :
CCDS42 EPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDPSVLSHVLE
490 500 510 520 530 540
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 GHTDAVWGLAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTEVAPA-LSVFNDTKELGIPASVDLVSS
:: :::::::.: . ::: :::::::.:.:. . .:: : .: ..: :.:.:: ..:.
CCDS42 GHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVPTSVAFTST
550 560 570 580 590 600
630 640 650 660 670 680
pF1KB5 DPSHMVASFSKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTTANSSCQINRVISHPTLPISITAHED
.:.:.:::: .: : ...::. . .::::: ... :::.:.:::. :..::::.:
CCDS42 EPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLES---RGSSGPTQINQVVSHPNQPLTITAHDD
610 620 630 640 650 660
690 700 710 720 730 740
pF1KB5 RHIKFYDNNTGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLYLMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFT
: :.: :: ::: .:::::::.::: ::::::: .:::::::::.:::.:..:::.::.:
CCDS42 RGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTCVQEIT
670 680 690 700 710 720
750 760 770 780
pF1KB5 AHRKKFEESIHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
::::: ::.:: :: :::: ::::::::::::::
CCDS42 AHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
730 740 750 760
>>CCDS12690.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 (753 aa)
initn: 2379 init1: 750 opt: 1515 Z-score: 1187.5 bits: 230.5 E(32554): 8e-60
Smith-Waterman score: 2345; 50.5% identity (72.1% similar) in 792 aa overlap (5-780:24-753)
10 20 30 40
pF1KB5 MDEQAGPGVFFSNNHPGAGGAKGLGPLAEAAAAGDGAAAAG
:::: .. : .. : : :: : ...: :. .
CCDS12 MMEERAAAAVAAAASSCRPLGSGAGPGP--TGAAPVSAPAPGPGP-AGKGGGGGGSPGPT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 AARAQYSLPGILHFLQHEWARFEVERAQWEVERAELQAQIAFLQGERKGQENLKKDLVRR
:. ::::::::.::::::::.:.:.::.::::::::.:::::::::::::: :::::
CCDS12 AGPEPLSLPGILHFIQHEWARFEAEKARWEAERAELQAQVAFLQGERKGQENLKTDLVRR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 IKMLEYALKQERAKYHKLKYGTELNQGDMKPPSYDSDEGNETEVQPQQNSQLMWKQGRQL
:::::::::::::::::::.::.::::. : .. .. .: .:: :.::.::::
CCDS12 IKMLEYALKQERAKYHKLKFGTDLNQGEKKADVSEQVSNGPVESVTLENSPLVWKEGRQL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KB5 LRQYLQEVGYTDTILDVKSKRVRALLGFSSDVTDREDDKN---------------QDSVV
:::::.::::::::::..:::::.::: : ... . .. .. .:
CCDS12 LRQYLEEVGYTDTILDMRSKRVRSLLGRSLELNGAVEPSEGAPRAPPGPAGLSGGESLLV
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NGTEAEVKETAMIAKSELTDSASVLDNFKFLESAAADFSDEDEDDDVDGREKSVIDTSTI
. : ..:..: .. ..::: .. ::.. . ::::.. : ..:. . .
CCDS12 KQIEEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDEDDELDSVQHKKQRVKLPSK
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 VRKKALPDSGEDRDTKEALKEFDFLVTSEEGDNESRSAGDGTDWEKEDQCLMPEAWNVDQ
. . : :. :...:..::::: ..:.:.. : : :. .::
CCDS12 ALVPEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEG----APD------------PRRCTVD-
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 GVITKLKEQYKKERKGKKGVKRPNRSKLQDMLANLRDVDELPSLQPSVGSPSRPSSSRLP
: .:. . : ::: .::.::::: :: :.: .: :.. .
CCDS12 GSPHELESR---------------RVKLQGILADLRDVDGLP---PKVTGPP-PGTPQPR
350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 EHEINRADEVEALTFPPSSGKSFIMGADEALESELGLGELAGLTVANEADSLTYDIANNK
:: .: ::: : .:..::.:: :::.:. : :. :....:
CCDS12 PHE-----DV------------FIM--DTIGGGEVSLGDLADLTVTNDND-LSCDLSDSK
390 400 410 420
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 DALRKTWNPKFTLRSHFDGIRALAFHPIEPVLITASEDHTLKMWNLQKTAPAKKSTSLDV
::..::::::::::::.::::.:::: . .:.::::: :::.:::::.. :::...:::
CCDS12 DAFKKTWNPKFTLRSHYDGIRSLAFHHSQSALLTASEDGTLKLWNLQKAVTAKKNAALDV
430 440 450 460 470 480
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 EPIYTFRAHKGPVLCVVMSSNGEQCYSGGTDGLIQGWNTTNPNIDPYDSYDPSVLRGPLL
:::..::::.:::: :.:.::.: :::::.:. :..:. . ..::::.:::::: :
CCDS12 EPIHAFRAHRGPVLAVAMGSNSEYCYSGGADACIHSWKIPDLSMDPYDGYDPSVLSHVLE
490 500 510 520 530 540
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 GHTDAVWGLAYSAAHQRLLSCSADGTLRLWNTTEVAPA-LSVFNDTKELGIPASVDLVSS
:: :::::::.: . ::: :::::::.:.:. . .:: : .: ..: :.:.:: ..:.
CCDS12 GHGDAVWGLAFSPTSQRLASCSADGTVRIWDPSSSSPACLCTFPTASEHGVPTSVAFTST
550 560 570 580 590 600
630 640 650 660 670 680
pF1KB5 DPSHMVASFSKGYTSIFNMETQQRILTLESNVDTTANSSCQINRVISHPTLPISITAHED
.:.:.:::: .: : ...::. . .::::: ... :::.:.:::. :..::::.:
CCDS12 EPAHIVASFRSGDTVLYDMEVGSALLTLES---RGSSGPTQINQVVSHPNQPLTITAHDD
610 620 630 640 650
690 700 710 720 730 740
pF1KB5 RHIKFYDNNTGKLIHSMVAHLEAVTSLAVDPNGLYLMSGSHDCSIRLWNLESKTCIQEFT
: :.: :: ::: .:::::::.::: ::::::: .:::::::::.:::.:..:::.::.:
CCDS12 RGIRFLDNRTGKPVHSMVAHLDAVTCLAVDPNGAFLMSGSHDCSLRLWSLDNKTCVQEIT
660 670 680 690 700 710
750 760 770 780
pF1KB5 AHRKKFEESIHDVAFHPSKCYIASAGADALAKVFV
::::: ::.:: :: :::: ::::::::::::::
CCDS12 AHRKKHEEAIHAVACHPSKALIASAGADALAKVFV
720 730 740 750
780 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 18:33:46 2016 done: Sun Nov 6 18:33:47 2016
Total Scan time: 3.730 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]