Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1979
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1979, 557 aa
1>>>pF1KE1979 557 - 557 aa - 557 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5729+/-0.00126; mu= 4.3136+/- 0.075
mean_var=201.3471+/-43.206, 0's: 0 Z-trim(107.6): 38 B-trim: 357 in 1/50
Lambda= 0.090386
statistics sampled from 9632 (9657) to 9632 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16
Scan time: 3.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 3823 511.7 9.2e-145
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 1579 219.1 1.1e-56
CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 1039 148.7 1.7e-35
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 930 134.4 3e-31
CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 722 107.3 3.9e-23
CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 707 105.4 1.7e-22
CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 630 95.1 1.2e-19
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 498 78.1 2.9e-14
>>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa)
initn: 3823 init1: 3823 opt: 3823 Z-score: 2712.4 bits: 511.7 E(32554): 9.2e-145
Smith-Waterman score: 3823; 100.0% identity (100.0% similar) in 557 aa overlap (1-557:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVLHNPHQTGC
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CCDS14 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVLHNPHQTGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSNAPGCNAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSNAPGCNAKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILGRYQDHLQQCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLYCKKDVVVINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ILGRYQDHLQQCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLYCKKDVVVINL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QNHEENLCPEYPVFCPNNCAKIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCAVTDKRRNLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QNHEENLCPEYPVFCPNNCAKIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCAVTDKRRNLQQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 HEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLEKEFKQFAQLFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLEKEFKQFAQLFG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 KNGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVDTVKQKITLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KNGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVDTVKQKITLLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 NNDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKVTDYKMKKREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NNDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKVTDYKMKKREA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 VDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEFDSLLQWPFRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEFDSLLQWPFRQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 RVTLMLLDQSGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSVLENAKNAYIKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RVTLMLLDQSGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSVLENAKNAYIKD
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE1 DTLFLKVAVDLTDLEDL
:::::::::::::::::
CCDS14 DTLFLKVAVDLTDLEDL
550
>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa)
initn: 1250 init1: 526 opt: 1579 Z-score: 1130.9 bits: 219.1 E(32554): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 1579; 42.0% identity (72.5% similar) in 552 aa overlap (17-556:25-567)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL
...:. . . . . . .::. .:..::: :: ::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN
.:.:: ::::::. :. .: .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: :
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AP-GCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY
:: ...::. ::.. : :. . : :.: ::::::..:. .:..:. : .
CCDS99 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCA-KIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGC
::..: .: ::.::.. :: : ::..:. . .:..:.. ::. : .: . : ::.:::
CCDS99 CKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGC
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 AVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLE
. .... :: :. .:. :. : . .::...: :.. .:...::.: . : ..:
CCDS99 VFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 KEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQ-VFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEA
:... ... .: : . ..: :. :. .: :. ... . .:: . . .
CCDS99 IEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPF------RQNWEEADSMKSS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 VDTVKQKITLLENNDQR-------LAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTC
:.......: ::. :. ..:: . ..:: ...: .:. . ::..:: .
CCDS99 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 YNGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSL
::: ::::. ::: .:.::: :.:.:..:: :::. ::..:::.:::::: :.:.::::
CCDS99 YNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASG
.::.::::.:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: ::::::::
CCDS99 FFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASG
480 490 500 510 520 530
530 540 550
pF1KE1 CPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
:: :::..:::: ..::::::.:.:: :: .:: :
CCDS99 CPVFVAQTVLEN--GTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
540 550 560
>>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa)
initn: 984 init1: 526 opt: 1039 Z-score: 750.6 bits: 148.7 E(32554): 1.7e-35
Smith-Waterman score: 1440; 40.6% identity (69.9% similar) in 552 aa overlap (17-556:25-542)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL
...:. . . . . . .::. .:..::: :: ::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN
.:.:: ::::::. :. .: .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: :
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AP-GCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY
:: ...::. ::.. : :. . : :.: ::::::..:. .:..:. : .
CCDS99 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCA-KIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGC
::..: .: ::.::.. :: : ::..:. . .:..: :
CCDS99 CKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSE--------------------G-
180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 AVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLE
:... .. :: :. .:. :. : . .::...: :.. .:...::.: . : ..:
CCDS99 --TNQQ--IKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 KEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQ-VFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEA
:... ... .: : . ..: :. :. .: :. ... . .:: . . .
CCDS99 IEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPF------RQNWEEADSMKSS
280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 VDTVKQKITLLENNDQR-------LAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTC
:.......: ::. :. ..:: . ..:: ...: .:. . ::..:: .
CCDS99 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 YNGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSL
::: ::::. ::: .:.::: :.:.:..:: :::. ::..:::.:::::: :.:.::::
CCDS99 YNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSL
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASG
.::.::::.:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: ::::::::
CCDS99 FFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASG
450 460 470 480 490 500
530 540 550
pF1KE1 CPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
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CCDS99 CPVFVAQTVLEN--GTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
510 520 530 540
>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 935 init1: 526 opt: 930 Z-score: 674.5 bits: 134.4 E(32554): 3e-31
Smith-Waterman score: 1251; 38.1% identity (64.1% similar) in 543 aa overlap (17-556:25-484)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL
...:. . . . . . .::. .:..::: :: ::
CCDS55 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN
.:.:: ::::::. :. .: .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: :
CCDS55 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AP-GCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY
:: ...::. ::.. : :. . : :.: ::::::..:. .:..:. : .
CCDS55 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCAKIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCA
::..: .: :: .... . :... .. .: : :.
CCDS55 CKSQVPMIALQ------------------VSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE---IE
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 VTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLEK
. ... :...: . : :.. :.... :: .:.:.:
CCDS55 IERQKEMLRNNESKIL--HLQRVIDSQ------------------------AEKLKELDK
220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 EFKQFAQLFGKNGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVD
:.. : : : ::. .. . :.. ::. .:.::
CCDS55 EIRPFRQ----------------------NWEEAD--SMKSSVESLQNRVT---ELESVD
260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 TVKQKITLLENNDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKV
... . ..:: . ..:: ...: .:. . ::..:: . ::: ::::.
CCDS55 KSAGQVA------RNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKI
290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 TDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEF
::: .:.::: :.:.:..:: :::. ::..:::.:::::: :.:.::::.::.::::.
CCDS55 RDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEY
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520
pF1KE1 DSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSV
:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: :::::::::: :::..:
CCDS55 DALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTV
400 410 420 430 440 450
530 540 550
pF1KE1 LENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
::: ..::::::.:.:: :: .:: :
CCDS55 LEN--GTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
460 470 480
>>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa)
initn: 677 init1: 579 opt: 722 Z-score: 528.8 bits: 107.3 E(32554): 3.9e-23
Smith-Waterman score: 722; 33.2% identity (62.8% similar) in 401 aa overlap (161-552:27-415)
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 QCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLYCKKDVVVINLQNHEENLCPE
:: :: : . : .: :...::.
CCDS68 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPK
10 20 30 40 50
200 210 220 230 240
pF1KE1 YPVFCPNNCAKII-----LKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCAVTDKRRNLQQHEHSA
: .. . : :.:. : : :: ::: ::. . ...:.:: ..
CCDS68 ----CRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVA-EAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTS
60 70 80 90 100 110
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKS----LEQKESKIQQLAETIKKLEKEFKQFAQLFGK
:. :.: : . ... .: :::. : .: : . . : . ..
CCDS68 QTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSE
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 NGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVDTVKQKITLLEN
. : .: : .. : ::.... . ..: ... . : :.. ....
CCDS68 SQEELA-LQHFMKE-KLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQL-----
180 190 200 210 220
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 NDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKVTDYKMKKREAV
. .:. ::... . . . . :.: :. ..:.: . ..: ..::.:. . .:..
CCDS68 DRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESA
230 240 250 260 270 280
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 DGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEFDSLLQWPFRQR
:.:::.:: .:::.. ::.:: : ::::::.:. .::::..:.::::.:.:: ::::..
CCDS68 CGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNK
290 300 310 320 330 340
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 VTLMLLDQSGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSVLENAKNAYIKDD
::.:::::..... ...:.:: .:.::.::..: :.::::: : : :.. :.::.:::
CCDS68 VTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDD
350 360 370 380 390 400
550
pF1KE1 TLFLKVAVDLTDLEDL
:.::: :. .
CCDS68 TMFLKCIVETST
410
>>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 (501 aa)
initn: 931 init1: 542 opt: 707 Z-score: 517.1 bits: 105.4 E(32554): 1.7e-22
Smith-Waterman score: 1017; 33.0% identity (62.7% similar) in 528 aa overlap (38-554:27-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 KGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVLHNPHQTGCGHRFCQH
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:. :. :.. : : . .: ...:. .: :: .::: .: . : . ::.
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: : .:.. : .: .. ..: :. : . ..:: : :. .: .:.
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... :.: .::..:. : . : : . . ..:. .: . . : :. :: : . .
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. :.:: . ::::. ..: . .. . ..: .. :.. : :...:
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:...: . :. .... : . . ..:...: .. ......:.
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:: . :... .. :.. .:.. :.: .:::..:. :
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..::: :. .::: .::::: ::..: : ::::::.:::.::::.::::.: :.::.:
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:..::..:.:. :::: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]