FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2668, 1358 aa 1>>>pF1KE2668 1358 - 1358 aa - 1358 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 61127809 residues in 85815 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3005+/-0.000676; mu= 2.0004+/- 0.041 mean_var=285.6675+/-59.760, 0's: 0 Z-trim(110.7): 379 B-trim: 641 in 2/56 Lambda= 0.075883 statistics sampled from 18802 (19216) to 18802 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.566), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16 Scan time: 14.870 The best scores are: opt bits E(85815) XP_016857707 (OMIM: 601995) PREDICTED: tenascin-R (1358) 9150 1017.9 0 NP_003276 (OMIM: 601995) tenascin-R isoform 1 prec (1358) 9150 1017.9 0 XP_016857708 (OMIM: 601995) PREDICTED: tenascin-R (1358) 9150 1017.9 0 XP_011508251 (OMIM: 601995) PREDICTED: tenascin-R (1199) 6817 762.5 0 NP_001315564 (OMIM: 601995) tenascin-R isoform 2 [ (1025) 6579 736.4 2.6e-211 XP_005252031 (OMIM: 187380,615629) 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 NGTAGDSLSYHQGRPFSTEDRDNDVAVTNCAMSYKGAWWYKNCHRTNLNGKYGESRHSQG 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE2 INWYHWKGHEFSIPFVEMKMRPYNHRLMAGRKRQSLQF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 INWYHWKGHEFSIPFVEMKMRPYNHRLMAGRKRQSLQF 1330 1340 1350 >>NP_003276 (OMIM: 601995) tenascin-R isoform 1 precurso (1358 aa) initn: 9150 init1: 9150 opt: 9150 Z-score: 5434.4 bits: 1017.9 E(85815): 0 Smith-Waterman score: 9150; 100.0% identity (100.0% similar) in 1358 aa overlap (1-1358:1-1358) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGADGETVVLKNMLIGINLILLGSMIKPSECQLEVTTERVQRQSVEEEGGIANYNTSSKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 MGADGETVVLKNMLIGINLILLGSMIKPSECQLEVTTERVQRQSVEEEGGIANYNTSSKE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 QPVVFNHVYNINVPLDNLCSSGLEASAEQEVSAEDETLAEYMGQTSDHESQVTFTHRINF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 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